| 三疣梭子蟹低盐适应相关的SNP开发 |
| |
| 引用本文： | 冯艳艳,张德宁,吕建建,高保全,李健,刘萍.三疣梭子蟹低盐适应相关的SNP开发[J].海洋学报(英文版),2019,38(8):41-47. |
| |
| 作者姓名： | 冯艳艳 张德宁 吕建建 高保全 李健 刘萍 |
| |
| 作者单位： | 中国水产科学研究院黄海水产研究所 山东 青岛 266071,中国水产科学研究院黄海水产研究所 山东 青岛 266071,中国水产科学研究院黄海水产研究所 山东 青岛 266071,中国水产科学研究院黄海水产研究所 山东 青岛 266071,中国水产科学研究院黄海水产研究所 山东 青岛 266071,中国水产科学研究院黄海水产研究所 山东 青岛 266071 |
| |
| 基金项目： | The Modern Agro-industry Technology Research System under contract No. CARS-48; the program of Shandong Leading Talent under contract No. LJNY2015002; the National Natural Science Foundation of China under contract No. 31472275; the Qingdao Industrial Development Program (Science and Technology Benefit Special Project) under contract No. 17-3-3-62-nsh. |
| |
| 摘 要： | 盐度是影响三疣梭子蟹人工繁育非常重要的一个环境因素，抗低盐品系的三疣梭子蟹受到水产养殖界的广泛喜爱。分子标记辅助育种可以大大加快良种选育和性状改良的的过程，目前作为第三代的分子标记技术的SNP，广泛应用到三疣梭子蟹耐低盐品系选育过程中。本实验室已有的研究中，通过不同群体分别在盐度11和33下的基因表达差异，构建的比较转录组学数据中总共包含了615条与低渗调节相关的基因片段。为了发掘三疣梭子蟹与低盐适应相关SNP，本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据研究结果，筛选出低盐调节相关候选基因片段50条，设计引物进行PCR扩增，共得到总长为18511 bp的DNA片段。通过直接测序法在低盐相关片段上发现了85个SNP位点，分布频率为0.46/100 bp，其中转换突变的比例为81%，颠换突变的比例为19%，转换的比例远远大于颠换，符合“transition bias”原理。C/T或G/A突变所占比例为55%；G/T或C/A比例为26%，A/T突变所占比例为12%，G/C突变比例为7%。通过飞行质谱法，在三疣梭子蟹低盐适应性状分离群体中各成功分型了23个SNP位点。通过卡方检验分析发现，8个SNPs与低盐适应显著相关（P<0.05）。其中有三个关联性SNP位点位于表皮蛋白基因上，有三个SNP位点位于三个新基因上，其他两个SNP位点分别位于水通道蛋白和氯离子通道蛋白基因上。这些标记的开发为三疣梭子蟹耐低盐新品种选育方法的建立奠定了良好的基础。
|
| 关 键 词： | 三疣梭子蟹 低盐 飞行质谱 单核苷酸多态性 SNP |
| 收稿时间： | 2018/7/19 0:00:00 |
Identification of SNP markers correlated with the tolerance of low-salinity challenge in swimming crab (Portunus trituberculatus) |
| |
| Feng Yanyan,Zhang Dening,Lv Jianjian,Gao Baoquan,Li Jian and Liu Ping.Identification of SNP markers correlated with the tolerance of low-salinity challenge in swimming crab (Portunus trituberculatus)[J].Acta Oceanologica Sinica,2019,38(8):41-47. |
| |
| Authors: | Feng Yanyan Zhang Dening Lv Jianjian Gao Baoquan Li Jian and Liu Ping |
| |
| Affiliation: | Key Laboratory of Sustainable Development of Marine Fisheries of Ministry of Agriculture, Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Portunus trituberculatus low salinity time-of-flight mass spectrometry single nucleotide polymorphism SNP |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《海洋学报(英文版)》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《海洋学报(英文版)》下载全文 |
