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1.
《海洋科学》2012,36(5)
通过测定花鳗鲡∞nguilliamarmorata）海南群体（HN）和菲律宾群体（PH）共19尾个体的线粒体D．100p基因的核苷酸序列（约1017bp）,分析了花鳗鲡的种群遗传结构。结果表明：A、T、G、C4种核苷酸的平均含量分别为39．8％、28_3％、12．4％、19．4％,A＋T含量（68．1％）明显高于G＋C含量（31．8％）。所测序列中存在73个变异位点,共有18个单倍型。其中海南群体的单倍型多样度（删）、核苷酸多态性（Pi）、平均核苷酸差异数（纠分别为0．982、0．21577和219．655,而菲律宾群体的单倍型多样度、核苷酸多态性、平均核苷酸差异数分别为1．000、0．26728和271．821,两个群体之间平均遗传距离（P）为0．3203。结果表明2个群体遗传变异较大,菲律宾群体的遗传多样性较海南群体更加丰富。通过构建NJ分子系统树表明2个群体的亲缘关系较近。利用中性检验Tajima’s D（海南群体D=I．35345,P〉0．01;菲律宾群体D=0．79220,P〉0．01）和Fs（海南群体Fs=3．759;菲律宾群体Fs=2．231）探讨其种群历史,表明花鳗鲡群体进化过程种群数量较为稳定。 相似文献
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测定了中国沿海角木叶鲽4个群体57个体的线粒体控制区序列,在长度为549 bp的线粒体控制区序列中,检测到3个插入/缺失位点,24个变异位点(包括11个简约信息位点),共出现了37个单倍型,其中9个为共享单倍型。角木叶鲽整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多态度(P)i结果分别为0.979±0.008和0.00655±0.0037,呈现出高单倍型多样度和低核苷酸多态度分布模式。中性检验结果显示,角木叶鲽种群的Fu’s Fs为显著负值,核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明角木叶鲽在历史上经历过种群扩张事件。群体内个体间的平均遗传距离为0.0065,群体间遗传分化指数都为负值(-0.0067~-0.0460)但不显著(P>0.1),AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内个体间(102.15%),均表明我国近海角木叶鲽种群无明显的分化,可以作为一个渔业管理单位加以保护和利用。 相似文献
3.
摘要:在对我国南部沿海闽东、闽南、粤西、海南、北部湾5个海域的条纹斑竹鲨群体线粒体控制区多态性研究中,获得长度为1 094~1 096 bp的线粒体控制区完整序列。序列比对发现了6个多态性核苷酸位点,定义了8个单倍型。5个群体的单倍型多样度(h=0.542 5~0.744 8)和核苷酸多样度(π=0.000 571~0.000 980)均处于较低水平,说明条纹斑竹鲨的线粒体DNA进化速率较低。分子方差分析(AMOVA)结果显示群体间的遗传差异较小(Fst=0.216 26,P<0.000 1),变异主要发生在群体内部。10 000步Markov链计算的群体间遗传分化概率及单倍型系统地理学分析结果将5个群体分成两个地理种群(台湾海峡种群、南海北部种群)。综合分析表明条纹斑竹鲨的基因流主要在浅海近岸水域扩散,遗传变异程度受地理结构和距离隔离影响。 相似文献
4.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(9)
对中日海域5个金乌贼群体123个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因片段进行测序,并应用于群体遗传多样性分析。经比对得到454bp的核苷酸序列,并发现34个多态性位点,单突变位点15个,简约信息位点19个,38个单倍型。群体遗传多样性较高,总群体的平均单倍型多样性指数Hd为0.904,平均核苷酸多样性Pi为0.007 7,平均核苷酸差异数K为3.490。遗传分化系数(Fst)及遗传距离均显示中国日照群体与日本群体之间遗传差异远大于日本群体之间的遗传差异。日照群体与日本4个群体之间的遗传分化系数(Fst)和遗传距离分别为0.642 9~0.725 9和0.012 8~0.014 3之间;日本爱知、爱媛、长崎、福井等群体之间遗传分化较小。单倍型网络图及贝叶斯树均表明5个金乌贼群体分为2大支系,4个日本群体为一个支系,中国日照群体单独为一支系。Tajima’D检验和Fu’s Fs检验及核苷酸错配分布说明,5个群体近期可能经历过种群扩张事件。 相似文献
5.
本研究利用形态学方法和基于线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的遗传学方法分析了中国沿海青蚶(Barbatia virescens)6个地理群体的形态差异、遗传多样性、遗传结构及其种群历史动态。单因素方差分析(ANOVA)和Tukey检验表明,青蚶不同地理种群间表现出显著形态差异(P0.05)。经PCR扩增测序获得长度为587bp的COⅠ基因片段,112个个体共检测到18个多态性位点、17个单倍型,每个群体均有特有单倍型。青蚶群体的遗传多样性水平较低,总群体的平均单倍型多样度为0.5472,平均核苷酸多样度为0.000974。AMOVA分析表明,群体内个体间的遗传分化是青蚶群体遗传变异的主要原因,占87.40%。阳江群体与其他群体之间存在显著的低程度的遗传分化,而其他群体间的遗传分化不显著。单倍型网络关系图呈典型的星状拓扑结构,没有表现出显著的地理谱系结构。单倍型邻接树结果也没有明显分支,未呈现出地域性差异。中性检验和核苷酸不配对分析结果揭示青蚶种群历史上经历了群体扩事件,扩张时间约为26万年前。研究结果为青蚶资源的保护和可持续利用提供了基础资料。 相似文献
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浙江和福建沿海厚壳贻贝Mytilus coruscus群体的COI序列比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
基于线粒体DNA COI基因序列分析了浙江和福建沿海的厚壳贻贝Mytilus coruscus群体遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为564bp的COI基因片段上,厚壳贻贝的5个群体均呈现较高的单倍型多样度(0.867±0.129~1.000士0.177)和较低的核苷酸多样度(0.007±0.005~0.011±0.008);邻接关系树显示,5个群体的单倍型相互混杂,仅有1个小的分支存在;厚壳贻贝单倍型网络关系图呈星状结构,存在1个与系统树相对应的分支;不同群体间的F_(ST)值较小,且统计检验的结果均不显著,表明浙江、福建沿岸的厚壳贻贝群体问在COI基因上存在同质性;Tajima's D和Fu's F_s中性检验的结果(Tajima's D=-1.828,P=0.017;Fs=-22.954,P=0.000)都显著偏离中性,提示厚壳贻贝经历了群体扩张。 相似文献
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基于线粒体16S rRNA 基因研究5 个栉江珧野生群体的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
采用通用引物对山东长岛、文登、日照、广东湛江和海南三亚等5个地理群体栉江珧(Atrina pectinta)16S rRNA序列进行扩增、测序分析,得到59条441bp的核苷酸序列.其中T、C、A、G和A+T的平均含量分别为29.91%、17.41%、25.74%、26.94%及55.65%, AT含量高于GC含量,共检测到了9个单倍型和26个核苷酸多态位点.群体多样性分析表明,文登群体具有较高的遗传多样性水平.AMOVA 分析表明,五群体间总遗传分化系数Fst =0.5007(P<0.001),群体间遗传分化略大于群体内、群体间存在较高的遗传分化.基于群体间遗传距离构建NJ和UPGMA分子进化树,5个地理群体的栉江珧聚为两个支,长岛、文登、日照群体聚为一支,海南和湛江群体聚为另一支. 相似文献
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以海南陵水、马来西亚、西沙、南沙4个海域共101尾波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)作为研究对象,利用线粒体DNA ND1基因序列对波纹唇鱼进行了遗传多样性分析。通过PCR扩增、克隆与序列测定技术,获得ND1基因序列长度为975 bp,其多态性遗传参数统计显示,101个个体存在13个变异位点,14个单倍型,总群体单倍型多样性(Hd)为0.292,平均核苷酸差异数(K)为0.335,核苷酸多样性指数(Pi)为0.000 35,表现出遗传多样性处于较低水平。Tajima′s D中性检验结果为-1.768 09(P=0.031)表明波纹唇鱼在历史上经历过近期群体扩张或瓶颈效应。分子方差分析(AMOVA)表明遗传变异来自群体内。该结果可为今后波纹唇鱼的种质资源保护工作提供必要的科学依据。 相似文献
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为研究洪泽湖河蚬种群遗传多样性及其遗传结构, 采用线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COI) 作为分子标记, 采用PCR 扩增洪泽湖4 个河蚬群体(顾勒河GLH、临淮LH、蒋坝JB 和高良涧GLJ) 的COI 基因片段并进行了序列测定和分析。结果表明, 614bp 长度的核苷酸片段中, 碱基A+T 的平 均含量为65.0%, 明显高于G+C 的含量(35.0%).共检测到73 个多态位点, 多态位点比例为11.9%, 77 个个体中共获22 个单倍型(GenBank 登录号: KM659000-KM659021), 其中包括3 个共享单倍型, 4 个群体的平均单倍型多样性指数h 为0.889, 平均核苷酸多样性指数π 为0.04499, 平均核苷酸差异 数K 为27.622, 其中蒋坝群体的遗传多样性最高, 顾勒河群体的遗传多样性最低。22 个单倍型间的 Kimura 2-paramter 遗传距离为0.002-0.100, 平均遗传距离为0.0514.NJ 法构建的分子系统树显示 22 个单倍型聚为2 个分支。4 个群体间的遗传距离达0.03729-0.04969, 基于群体间遗传距离构建的 NJ 系统树中, 高良涧群体和顾勒河群体聚为一支, 蒋坝群体和临淮群体聚集为一支。AMOVA 分析 表明, 洪泽湖河蚬四群体间总遗传分化系数Fst 为0.06325(P>0.05), 93.67%遗传变异存在于群体内部, 6.33%变异存在于群体间。中性检验结果和歧点分布图显示, 洪泽湖河蚬种群大小保持稳定, 未经历 明显的种群扩张。 相似文献
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利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基(COI)基因序列片段对江浙闵沿海地区缢蛏三个野生群体(江苏射阳-WS、浙江象山-WX,福建霞浦-WP)和三个养殖群体(江苏射阳-CS、浙江象山-CX、福建焦城-CJ)的遗传结构进行初步分析.以特异引物进行PCR扩增,经纯化、测序、同源序列比对获得长度为556bp的核苷酸序列,其中A+T含量为66.2%,显著高于G+C含量.在缢蛏六群体98个个体中共检测到了56个单倍型和66个核苷酸多态位点,多态位点比例为11.7%.野生群体的平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数略高于养殖群体,但是野生群体和养殖群体的单倍型多态性指数均大于0.9,其单倍型较为丰富.此外,六群体均有各自特有的单倍型,但只有射阳野生群体与其他群体无共享单倍型,具有鉴定该群体的特异碱基序列.遗传距离和聚类结果显示,养殖群体与象山野生群体和霞浦野生群体间亲缘关系较近. 相似文献
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Population genetic diversity and structure of a dominant tropical seagrass,Cymodocea rotundata,in the Western Pacific region 
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下载免费PDF全文 Dan M. Arriesgado Hiroyuki Kurokochi Yuichi Nakajima Yu Matsuki Wilfredo H. Uy Miguel D. Fortes Wilfredo L. Campos Kazuo Nadaoka Chunlan Lian 《Marine Ecology》2016,37(4):786-800
Cymodocea rotundata is an ecologically important tropical pioneer seagrass species distributed in the Indo‐Pacific region. The population genetic diversity and structure of this species were analysed at 46 sites spanning the Philippines, Ryukyu Islands (northern limit) and Hainan Island, by using microsatellite simple sequence repeat (SSR) markers. Analyses revealed the persistence of C. rotundata likely relies on local population dynamics and fitness influenced by environmental gradients, with sexual reproduction prevalent in the Philippines while the Ryukyu and Hainan populations were predominantly established by clonal spread. Analysis of molecular variance showed significant genetic differentiation (P < 0.001) among three geographic regions: the Philippines, Ryukyu and Hainan. Furthermore, the mean fixation index value was very high (FST = 0.36), indicating poor dispersal potential or limited gene flow. Allelic richness and heterozygosity of C. rotundata was comparable in the Philippines and Ryukyu Islands populations. More private alleles were found in the Philippines and excess heterozygotes in the Ryukyu Islands. STRUCTURE analysis revealed that the Ryukyu and Hainan populations were mosaics of admixed alleles of individuals from the Philippines. An assignment test suggested that recruitment occurs from the Northeast Philippines to Ryukyu Islands. These results suggest that the Philippine populations are tropical seagrass hotspots and perhaps the origin of the populations in the Ryukyu and Hainan Islands. This scenario is most likely driven by the Kuroshio Current and island integration events during plate tectonic activities. The Philippine Archipelago is considered of high importance for conservation objectives and management plan of seagrasses. Likewise, the Ryukyu Islands are also important in terms of conserving regional diversity because locally adapted genotypes have important evolutionary potential in the face of environmental change. 相似文献
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真江蓠是原产于西北太平洋的重要经济红藻。我们利用10对微卫星引物检测中国黄渤海地区真江蓠的群体遗传多样性和结构。10个微卫星位点在12个群体中共检测到65个等位基因，每个位点的等位基因（Na）为1~28，有效等位基因（Ne）为1.0~9.6。每个群体的平均等位基因（Na）、平均有效等位基因（Ne）、平均香浓指数（I）、平均观察杂合度（Ho）和平均预期杂合度（He）分别为2.4、1.6、0.419、0.133和0.227，显示较低的群体遗传多样性。中国黄渤海12个真江蓠群体间遗传分化较大（Fst=0.398 7），基因流有限（Nm=0.377 1），近交系数为正（Fis=0.391 3，Fit=0.634 0），表明可能存在近交和杂合子缺失现象。Structure和UPGMA系统进化分析一致将12个群体分为两个遗传组，并在黑石礁群体（HS）和石岛群体（SD）中发现明显的遗传混杂现象。AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内（73.27%）。该研究可为黄渤海地区真江蓠自然资源保护和管理提供科学依据。 相似文献
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本研究通过对线粒体控制区序列进行分析的技术手段,对中国宁德（ND）、厦门（XM）、漳浦（ZP）、南澳岛（NAD）、湛江（ZJ）、海口（HK）与北海（BH）的7个野生黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）群体的遗传多样性和遗传分化进行比较分析。结果表明：中国东南沿海的野生黄鳍棘鲷群体呈现出中等以上的遗传多样性特征,48个黄鳍棘鲷样品的控制区序列长度为580 bp,单倍型数目为44个,总体的单倍型多样性指数（Hd）和核苷酸多样性指数（Pi）分别为0.996和0.017 30。7个野生黄鳍棘鲷群体间的遗传分化程度较低,各群体间的遗传距离为0.010 28~0.029 87。群体间的遗传分化系数（FST）为-0.068 41~0.545 86,北海群体和其他群体间存在一定程度的遗传分化。AMOVA分析显示群体内的遗传变异占比为83.34%,大部分遗传变异发生在组群内;但北海群体与其他6个群体分为两个组群后,组群间的遗传变异占比为42.66%,两个组群间存在较大程度的遗传变异。基于Kimrua距离法构建的系统进化树中显示北海群体聚为一个分支,另外6个群体聚为一支。基于TCS network构建的单倍型网络图中44个单倍型混杂在一起,未按照水系格局和地理距离进行分布,表明黄鳍棘鲷群体间未形成多个单系群。本研究可为中国东南沿海野生黄鳍棘鲷群体的种质资源利用和保护提供科学依据。 相似文献
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中国沿海不同地区泥蚶(Tegillarca granosa)的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以采自海南海口、广西防城港、广西北海、广东湛江、福建漳州、山东荣成、山东威海7个地理群体62个泥蚶个体为材料,获取592bp线粒体COI基因片段序列,并进行遗传多样性及分化分析。多态性遗传参数统计显示:62个个体共检测出103个多态性位点,定义了26个单倍型;总群体单倍型多样性指数为0.834,核苷酸多样性指数为0.01665,平均核苷酸差异数为9.85772。7个群体均显示出较丰富的遗传多样性,群体内遗传距离及群体内遗传多样性参数显示中国沿海泥蚶遗传多样性由北向南呈升高趋势,而群体内遗传分化系数也呈现升高的趋势。基于26个单倍型COI序列构建的NJ树和UPGMA树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树显示,荣成群体和威海群体亲缘关系较近,聚成一小支,而后与漳州群体相聚,然而南方类群并没有聚为独立的一支。 相似文献
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为了评估长牡蛎(Crassostrea gigas) 2个壳长性状(掌心形)快速生长选育群体(LY2-K4、LY2-K7)、1个壳高性状(速生型)快速生长选育群体(LY2-K11)和6个野生群体(QHD、LS、HD、ZH、WD、KTD)的遗传多样性和遗传结构, 用21对多态性丰富的微卫星引物对9个长牡蛎群体的269个个体进行了遗传分析。结果显示: 21个微卫星位点共检测出了460个等位基因(Na),平均等位基因数为21.905; 21个微卫星位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5, 具有高度遗传多态性; 选育群体LY2-K11的遗传多样性最低(Na=13, I=2.128,He=0.831, PIC=0.825), 野生群体KTD的遗传多样性最高(Na=29,I=3.112, He=0.941, PIC=0. 938); 189个群体位点组合有66%偏离哈代-温伯格平衡, 表明这些群体存在一定程度的杂合子缺失; 9个群体间的遗传分化指数(Fst)为0.012~0.064, 处于较低的遗传分化水平; AMOVA分析显示遗传变异主要来自于个体内; PCoA分析结果与UPGMA聚类树一致, LY2-K11群体单独聚为一类, QHD和HD群体聚为一类, 其他6个群体聚为一类。综上所述, 长牡蛎3个选育群体和6个野生群体遗传多样性均较高, 遗传分化水平较低; 选育群体LY2-K11多样性略有下降, 选育过程中应保证亲本的数量及质量, 防止因近交衰退造成遗传多样性降低, 苗种抗逆性变差。该结果将为长牡蛎新品种的选育和野生种质资源的保护提供科学指导。 相似文献
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密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,86尾个体序列的变异位点数为38个,共定义了28个单倍型;3个密斑马面鲀群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较高,且相差不大;密斑马面鲀群体间未检测到显著的群体遗传结构,分子方差分析表明,99.67%的遗传差异来自于群体内,群体间遗传差异仅为0.33%。贝叶斯树和最大似然树均显示出密斑马面鲀单倍型间松散的分布,未检测到显著的谱系结构。群体历史动态分析结果表明密斑马面鲀的群体经历了更新世的群体扩张事件。 相似文献
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为研究东海区厚壳贻贝(Mytilus coruscus)遗传多样性,以厚壳贻贝F mtDNA D-loop为标记,对浙江省舟山嵊山岛、宁波渔山岛、温州南麂岛、福建省宁德湾和莆田南日岛五个海区的厚壳贻贝群体进行了遗传分析。结果表明,厚壳贻贝各群体的遗传多样性差异不明显,在5个群体中,宁德群体的遗传多样性相对最丰富;将5个群体作为一个整体时,呈现出较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。对厚壳贻贝5个群体间的遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)进行检测,结果显示群体间Fst值都很低,但Nm值都很高(Nm绝对值1),表明5个群体间存在丰富的基因交流。但宁德群体与浙江沿海的3个群体(嵊山、渔山、温州)的Fst值相对较高,且差异显著(P0.5),表明宁德群体与这3个群体间出现遗传分化。本研究旨在为海洋经济贝类资源的保护管理提供理论依据。 相似文献