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近年来 ,分子标记技术在海洋生物研究领域中的应用取得了很大的发展 ,尤其是以ＰＣＲ（ＰｏｌｙｍｅｒａｓｅＣｈａｉｎＲｅａｃｔｉｏｎ）技术为核心的ＲＡＰＤ（ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ）标记方法在藻类学研究中得到了较广泛的应用。ＲＡＰＤ技术是由美国杜邦公司的Ｄｒ．Ｗｉｌｌｉａｍｓ等和美国加利福尼亚生物研究所的Ｗｅｌｓｈ等于１９９０年几乎同时报道的一种ＤＮＡ分子标记技术。该技术一经出现 ,便以其简便 ,快速 ,高效和灵敏等特点引起广大生命科学工作者的极大兴趣。目前 ,已在生命科学的… 相似文献
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微卫星DNA分子标记在海洋动物遗传分析中的应用 总被引：23，自引：0，他引：23
分子遗传标记的研究一直是遗传学研究中的一个热点。目前 ,各种分子遗传标记的研究在陆地生物学中已深入开展 ,在海洋生物学中分子遗传标记的研究也是方兴未艾。在各种分子遗传标记中 ,微卫星ＤＮＡ标记的研究则受到许多学者的青睐。微卫星ＤＮＡ标记以其特异性的ＰＣＲ扩增、稳定性、重复性好、能较好地反映物种的遗传结构和遗传多样性变化等特点 ,日益受到研究者的重视。１微卫星ＤＮＡ的概念和特征微卫星ＤＮＡ是指核心序列为１～４个的寡核苷酸经多次重复而形成的串联重复的ＤＮＡ序列 ,如（ＣＡ）ｎ ,（ＴＧ）ｎ等 ,又被称为短串联重复… 相似文献
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本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(～491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明, 454高通量测序和illumina测序技术得到的菌群多样性及丰富度均高于克隆文库技术。在菌群组成方面,虽然3种测序技术检测到的优势类群均为亚硝化螺菌,但在菌群丰度方面存在差异。3种测序技术中,克隆文库技术在很大程度上可能高估物种丰度,且对部分低丰度类群的检测能力有限;illumina单端测序由于其测序片段较短,可能存在物种注释错误、不能准确区分各物种间序列差异等问题;比较而言, 454高通量测序技术能较为全面和准确地反映海洋沉积物中AOB的菌群结构特征。 相似文献
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凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)是世界也是我国的主导对虾养殖品种,产业的发展离不开良种的支撑,分子育种被认为是加快良种选育的最有效途径,而目标性状相关分子标记的开发是发展分子育种的基础。研究主要目的是建立一种适用于凡纳滨对虾等水产经济物种的高通量候选基因关联分析方法,并在抗弧菌相关标记筛选中进行应用。首次将三代靶向测序技术用于对虾候选基因的基因分型,在抗弧菌性状候选基因LvPI3K的全长序列上发掘到91个SNP位点,通过关联分析鉴定到21个与抗弧菌性状显著相关的SNP标记(P0.05),利用Sanger测序证实了三代靶向测序技术分型结果准确可靠。所建立的基于三代测序的靶向分型方法为凡纳滨对虾等水产动物提供了一种高效、低成本的基因分型方法,所发掘的抗弧菌性状相关位点对开展凡纳滨对虾抗弧菌性状分子育种具有一定指导意义。 相似文献
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硅藻不仅对全球初级生产力有重要贡献,还在碳的生物地球化学循环、维持海洋生态系统稳定方面起到了重要作用,因此受到广泛关注。结合新兴的高通量测序技术对硅藻固碳途径进行研究,已经证明其在基因组层次上C_4途径所需关键基因的存在,而转录组测序技术则可以在基因组的基础上,结合一系列特定的环境因子展开更深一步的研究。虽然一些硅藻种类中的单细胞C_4途径在其体内的作用仍存在争议,但随着同位素标记,实时荧光定量PCR等技术的发展与应用,这一领域的相关证据不断积累,并发现这一机制除了可以提高Rubisco酶的CO_2固定效率以外,还具有降低光呼吸强度,为碳代谢相关的途径提供还原力和中间代谢产物的重要意义。通过C_4途径与不同生态学尺度相结合的研究,不仅明确了该过程在代谢产物运输和能量流动方面的运行情况,还可以更好得解释硅藻在海洋环境中取得的巨大成功。 相似文献
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单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism—SNP)被认为是揭示遗传变异理想的分子标记,近几年来一系列针对高通量测序平台的技术如RAD,GBS,RRLs,2b-RAD等成为非模式生物尤其是水生动物的de novo SNP标记规模开发和大样本群体遗传研究的有利途径。本文从理论上讨论了测序错误和重复序列因素对de novo SNP分型的影响,并利用模式生物拟南芥RAD模拟数据对理论分析进行了验证。通过理论推导和模拟验证发现测序数据量在15～20X左右时单拷贝区域内SNP被检测的概率大于95%,等位基因的支持度不小于2时能够有效屏蔽掉测序错误对SNP分型的影响(假阳性低于2%),这些为实际数据的de novo SNP分型提供了理论上的指导。 相似文献
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自体荧光是生物体内部组织成分在吸收光时自然发出的荧光,会影响人工标记荧光的有效识别,严重干扰对抗体标记的目的蛋白荧光的观察及数据分析,在珊瑚冰冻切片免疫荧光标记研究中尤为突显。为更有效地去除珊瑚组织切片中的自体荧光,本研究以共生模式种花伞软珊瑚（Xenia sp.）为研究对象,首次尝试在花伞软珊瑚冰冻切片免疫荧光染色中,使用一种在小鼠和人体组织切片中常用的TrueBlack Lipofuscin自体荧光淬灭剂,并与已有研究中的酒精梯度脱水法进行比较。结果表明,使用荧光淬灭剂TrueBlack Lipofuscin后,花伞软珊瑚组织切片中的自体荧光强度是传统的酒精梯度脱水法的52.4%,且在Cy5通道下效果最佳。同时,通过珊瑚免疫荧光标记实验表明使用TrueBlack Lipofuscin的实验组特异性荧光信号强度为对照组的205.3%,背景荧光和自体荧光基本去除。 相似文献
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长毛对虾是我国南方沿海地区的重要经济虾类。近年来,由于过度捕捞、病害频发以及海洋环境恶化,长毛对虾的自然资源量大幅减少。为补充自然资源,改善种群结构,1980年我国开始对长毛对虾开展增殖放流工作。然而,增殖放流的效果如何,目前尚缺乏有效的评估手段。以长毛对虾为实验材料,通过对其基因组进行de novo测序和重测序开发SNP (single nucleotide polymorphism)标记,最终建立长毛对虾的亲子鉴定技术。具体研究结果如下:长毛对虾基因组大小为1 335.76 Mb GC (guanine cytosine)含量为40.86%,N50为1 221 bp;以组装的长毛对虾基因组为参考基因组通过重测序进行SNP挖掘,共获得12 579 780个原始SNP位点,经筛选,优化及模型选择,最终建立了基于192个SNP标记的长毛对虾亲子鉴定技术,亲子鉴定成功率为100%(95%的置信度)。研究结果可为下一步长毛对虾增殖放流效果评估提供参考。 相似文献