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通过对CTAB法、SDS法和植物基因组提取试剂盒3种方法提取江蓠Gracilaria总DNA的得率比较,并将得到的总DNA用于限制性酶切和PCR扩增反应进行纯度检测,选择出适合江蓠属总DNA的提取方法,建立了江蓠RAPD、ISSR和ITS等遗传多样性和系统学研究的分子生物学方法.实验结果表明,SDS法和植物基因组提取试剂盒均适用于江蓠总DNA的提取;其中SDS法适用于新鲜和冰冻材料的总DNA提取,不仅得率和纯度高,且方法稳定性好,提取时间较短,在本实验中是江蓠总DNA提取的最佳方法.植物基因组提取试剂盒的得率低,但质量好,操作快速简便,适用于大量新鲜样本总DNA的提取.CTAB法由于相对耗时长且产物稳定性差,不推荐在江蓠中使用. 相似文献
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针对1种典型的酸性、高有机质含量类型土壤-红树林土壤,从DNA产量、DNA纯度、土壤腐殖酸类物质的提取量以及DNA提取物PCR(polymerase chain reaction)扩增反应的敏感度等方面比较了不同提取缓冲液对土壤DNA品质的影响.结果表明,酸性SDS(sodium dodecyl sulfate)提取缓冲液所获得的土壤DNA产量及纯度均较低;PVP (polyvinylpyrrolidone)提取缓冲液所获得的土壤DNA产量较高,但土壤腐殖酸类物质的提取量亦远高于其他提取缓冲液;酸性SDS提取缓冲液及PVP提取缓冲液所获得的土壤DNA提取物即使稀释到10-3量级亦不能获得目的基因PCR扩增条带.PVPP(polyvinylpolypyrrolidone)提取缓冲液及CTAB(cetyltrimethylammoniumbromide)+PVPP提取缓冲液所获得的土壤DNA产量较PVP提取缓冲液低,但其纯度较高,并且其纯度随提取缓冲液中PVPP浓度的升高而提高;当2%PVPP提取缓冲液及CTAB+PVPP提取缓冲液所获得的土壤DNA提取物分别稀释到10-2及10-1量级时,均能获得PCR扩增条带.综上所述,酸性提取缓冲液及PVP提取缓冲液不适用于酸性、高有机质含量类型土壤DNA的提取,而2%PVPP提取缓冲液及CTAB+PVPP提取缓冲液均能提高此类土壤DNA的提取品质. 相似文献
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扩增仿刺参SSR和ISSR指纹技术的初步研究 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SSR(Simple Sequence Repeats)技术和ISSR(Inter Simple Sequence Repeats)技术对仿刺参(Apostichopus Japonicus)进行了PCR扩增。探索了刺参基因组DNA的提取方法。为了得到更好的PCR扩增结果,对引物浓度、Mg2 浓度、dNTP浓度、模板浓度、Taq浓度和退火温度及循环数等方面进行了研究,从而摸索出一个适合刺参SSR和ISSR分析的反应体系和反应条件,并对PCR反应中的一些特定影响因子进行了分析。 相似文献
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木榄属3种红树植物的遗传变异和亲缘关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
用随机扩增多态性DNA(RAPD)和inter-简单重复序列(ISSR)分子标记技术对木榄属(Bruguiera)3种红树木榄(Bruguiera gynmorrhiza)、海莲(B．serangula)、尖瓣海莲(B．serangula var．rhynchopetala)进行遗传亲缘关系研究。12个RAPD引物和10个ISSR引物分别扩增出240和191条带,多态位点百分率分别为38．75％和52．88％,ISSR检测到的多态位点率高于RAPD。运用Nei指数法计算木榄-海莲、木榄-尖瓣海莲、海莲-尖瓣海莲之间的遗传距离．RAPD分析结果为0．47、0．36、0．29,ISSR分析结果为0．62、0．4l、0．32。同时运用UPGMA统计法进行聚类分析,结果显示,海莲和尖瓣海莲聚为一组,木揽单独一组。结合宏观形态和等位酶资料,作者把尖瓣海莲确定为海莲的变种。 相似文献
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在企鹅珍珠贝遗传育种研究中,为保证在贝类存活的条件下获得其DNA信息,采用企鹅珍珠贝(Pteria penguin)贝壳边缘和足丝研究非致死性DNA提取方法。不同于贝壳获取过程中会对实验贝体产生一定损伤,足丝是无生命的细胞外纤维束,其获取方法简单且属于非损伤性取样,对实验贝几乎无伤害,是潜在的获取具足丝贝类基因组DNA的优良材料。本研究采用脱钙与未脱钙两种处理方式,并结合海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒法及有机溶剂萃取法(OSE)提取贝壳及足丝DNA,对获得的贝壳DNA及足丝DNA进行PCR扩增。结果显示,足丝有机溶剂法(OSE法)提取效率显著高于贝壳DNA提取方法,脱钙足丝与未脱钙足丝的DNA提取效率无显著差异,分别为(0.016 7±0.002 9)μg/mg和(0.016 1±0.003 1)μg/mg。未脱钙足丝的OSE法获得的DNA产物纯度最优, A260/280值为1.400 0±0.040 0,A260/230值显著高于贝壳DNA及足丝DNA的其他提取方法,为0.910 0±0.080 0。除脱钙贝壳OSE法外,其他所有DNA提取方法均可用于后续PCR扩增,测序结果表明... 相似文献
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《中国海洋大学学报(自然科学版)》2017,(6)
沉积物成分复杂,腐殖酸等物质含量较高,这些杂质在DNA提取过程中不易除去,可能会对后续的PCR扩增等产生抑制作用。因此,高质量DNA的获得是海洋微生物分子生态学研究的基础和前提。本研究采用6种不同的方法,分别提取同一来源海洋沉积物样品中的微生物基因组DNA。对DNA纯度、得率、16SrRNA基因拷贝数和微生物群落特征等多方面进行比较,结果表明:方法1(QIAamp DNA Stool Mini Kit)、方法2(PowerSoil~DNA Isolation Kit)和方法3(RNA PowerSoil~DNA Elution Accessory Kit)得到的DNA产量较低,纯度却较高,可以直接用于后续分子生物学分析;与方法2相比,方法3得到的细菌16SrRNA基因拷贝数和单位质量DNA中可扩增细菌16SrRNA基因模板量较低;方法4(SDS高盐法)得到的DNA虽然产量高,但杂质含量也高,抑制了后续PCR反应的进行;方法5(方法4得到的DNA经QIAamp DNA Stool Mini Kit纯化)和方法6(方法4得到的DNA经PowerSoil~DNA Isolation Kit纯化),虽然纯度有所提高,但DNA大量损失,且耗时长,花费高。另外,方法2在提取过程中可以最大程度裂解菌体细胞壁,能更好反映微生物群落特征。综合以上结果,方法2(PowerSoil~DNA Isolation Kit)提取海洋沉积物微生物基因组DNA效果最佳。本研究可为海洋微生物分子生态学研究提供一种有效的技术手段。 相似文献
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海洋沉积物中的植物信息具有重要的生态学和古环境意义,但传统方法只能通过研究沉积物中的孢粉获取植物信息。随着分子生物学的进步,探索利用海洋沉积物中的植物分子多样性解释全球变化成为了一种新的尝试。文章首次尝试了对海洋沉积物中的植物DNA进行提取与PCR扩增,通过使用不同的DNA提取方法(DNA提取试剂盒)和PCR扩增条件[2倍浓缩的PCR扩增预混合溶液(Mix)退火温度、循环数、DNA模板量以及引物],探索海洋沉积物中植物DNA提取和PCR扩增的方法,并在采自黄海潮间带以及浅海表层的沉积物中进行了检验。共尝试了32种方法,结果表明:强力土壤微生物DNA提取试剂盒(DNeasy PowerSoil)以及2×TransTaq HiFi PCR SuperMixⅠ是较好的DNA提取与扩增条件;对于潮间带表层沉积物样品,最佳退火温度为55°C,最佳循环数为55个循环;而对于浅海表层沉积物样品,最佳退火温度为59°C,最佳循环数为45个循环;此外,相对于rbcL引物, gh引物的扩增结果更好。这项研究首次成功提取并扩增了海洋沉积物中的植物DNA,以期应用于海洋沉积物中植物分子多样性的分析,为研究全球... 相似文献
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通过2种样品前处理方式和4种不同的DNA提取方法相结合,提取橘色刺柳珊瑚(Echinogoria aurantiaca)基因组DNA,并对其18S rRNA基因进行了克隆和测序。实验结果表明,对于2种样品前处理方式,采用纯酒精进行样品前处理比PBS(磷酸缓冲液)进行样品前处理效果要好。在4种不同的DNA提取方法中,以CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取基因组DNA效果最好,其余3种方法如PVP(聚乙烯基吡咯烷酮)法、高盐法和酚/氯仿法的提取效果较差。并且不同样品的钙质沉淀对DNA都有一定程度的吸附。最后,通过PCR扩增、克隆测序得到橘色刺柳珊瑚18S rRNA基因序列(AY962532)。BLAST软件进行序列比对表明橘色刺柳珊瑚与弱柳珊瑚(Leptogorgia chilensis)的18S rRNA基因(AF052928)同源性最高,为98.79%。 相似文献
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九龙江口红树植物分子分类的初步研究 总被引：5，自引：0，他引：5
本研究工作以福建九龙江口龙海红树林自然保护区浮宫种苗园内7种红树植物为材料，采用改进的CTAB法获得了纯度较高(A260/A280在1.6～2.0之间)，得率高(DNA平均得率约为120×10－6m/m，FreshWeight)，片段完整(片段大小约为23kb左右)的基因组DNA，并运用RAPD技术对这7种红树植物进行了遗传多样性分析．从30个10-mer随机引物中筛选出9个有效引物，并利用这9个有效引物共扩增出352条DNA带.利用UPGMA法对红树植物的7个种间的亲缘关系进行聚类分析，得出7个种的DNA分子分类系统图,并与传统的分类进行比较,发现结果相符，从而确定了RAPD技术用于红树植物分子分类研究的可行性，并为从分子水平研究红树植物遗传多样性,保护、开发和利用红树林资源提供科学依据. 相似文献
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海湾扇贝样品不同保存条件下DNA的提取及RAPD扩增比较 总被引：17，自引：4，他引：17
以海湾扇贝为材料，研究了鲜活样品以及采用冷冻保存、70％乙醇固定和10％福尔马林固定等方法保存的闭壳肌样品用于DNA提取的不同效果，并分析了不同保存条件下所提得DNA用于RAPD扩增的结果，研究表明，鲜活样品以及采肜冷冻保存和70％乙醇固定的样品可以得到很好的DNA，其质量和得率没有显著差异，利用上述DNA模板进行RAPD分析，可以获得一致性很好的扩增结果。10％福尔马林休固定样品则没有得到可用的DNA模板。采用70％乙醇固定保存海洋生物组织，是用于DNA提取及相关的分子生物学研究的快速、简易和有效的方法。 相似文献
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根据包纳米虫（Bonamia sp.）SSU rDNA和派琴虫（Perkinsus sp.）ITS rDNA的保守区序列,设计特异性引物和Taqman MGB探针,建立了同时检测上述两种贝类原虫的双重实时荧光PCR方法.该方法可检测到包纳米虫基因的446拷贝质粒,以及派琴虫基因的171拷贝质粒,具有较高的灵敏度.以10倍系列稀释的包纳米虫阳性标准品质粒和派琴虫阳性标准品质粒为模板,测得该方法的定量标准曲线相关系数分别为0.999和1.000,显示出很好的扩增效率.同时该方法与尼氏单孢子虫（Haplosporidium nelsoni）、沿岸单孢子虫（H.costale）等其他贝类原虫,以及副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus）、迟缓爱德华氏菌（Edwardsiella tarda）和鮰爱德华氏菌（E.ictaluri）等海水养殖常见致病菌之间无交叉反应,表现出较高的特异性.福建莆田的湄州湾、平海湾、兴化湾等地采集的296份贝类临床样本的检测证明,该方法是一种有效的快速检测鉴定上述2种贝类原虫的方法,具有良好的灵敏度和特异性,可广泛应用于海洋贝类原虫感染情况调查,以及贝类疫病检疫监控等领域. 相似文献
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福建九龙江口红树植物分子分类的研究 总被引：4，自引：0，他引：4
运用RAPD技术对福建九龙江口龙海红树林自然保护区浮宫种苗园内白骨壤（Auicenmia marina)，桐花树（Ageiceras corniculatum)，无瓣海桑（Sonneratia apatala)，秋茄(Kandeliacandel),木榄（Bruguiera gymnorthiza),海莲（B.sexangula),尖瓣海莲（B.sexangula var,rhynchopetala)等7种红树植物进行了遗传多样性分析，从30个10-mer随机引物中筛选出15个有效引物，利用这15个有效引物共扩增出630条DNA带，其中多态性条带535条，占总扩增条带的84．92％，利用Nei指数法得出7种红树植物间的遗传一致度和遗传距离，并运用UPGA统计分析法对红树植物的7个种间的亲缘关系进行聚类分析，7个种分为A，B两个大组，白骨壤，酮花树，无瓣海垒同属于A组，秋茄，木榄，海莲，尖瓣海莲分聚类在B组，分子聚类结果和传统的分类学相吻合，由此表达这15个有效引物的PAPD分子标记技术能较为客观地反庆出红树植物种间的遗传亲缘关系，并为从分子水平研究红树植物遗传多样性，保护，开发和利用红树林资源提供科学依据。 相似文献
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条斑紫菜高纯度总DNA及其质粒状DNA的提取 总被引：11，自引：2，他引：9
提取条斑紫菜高纯度总DNA及其质粒状DNA的新方法。先用海螺酶处理紫菜叶状体制备细胞,然后用SDS-蛋白酶K裂解细胞提取总DNA,再用玻璃粉浆(glassmilk)对其纯化,经纯化后的总DNA能被EcoRI,Dral与HaeⅢ等限制酶完全酶切,并在酶切图谱上形成明显的DNA带型。当用异硫氰酸胍一十二烷基肌氨酸钠裂解紫菜细胞时,在总DNA提取物中直接发现有一条质粒状DNA带(2.3Kb),即建立了一种极简便的质粒状DNA提取方法。 相似文献
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斑节对虾Penaeusmonodon白斑综合症是由白斑综合症杆状病毒 (WSBV)所致。患有典型白斑综合症的斑节对虾 ,用两种提取病毒模板DNA的方法 ,进行PCR扩增 :一种是用传统的方法 ,即蛋白酶K ,CTAB等消化 ,酚 /氯仿抽提 ,乙醇沉淀得到DNA ;另一种是用改进的煮沸法提取病毒DNA。对比发现后一种方法稳定性及敏感性比前者高 ,重复性好。用后一种方法对病虾的复眼进行检测 ,PCR结果为阳性。应用后一种方法还对病虾的各组织器官及人工感染的虾进行检测 ,发现病虾中除肝胰腺外 ,附肢、肌肉、心脏、鳃、胃、中肠、神经、复眼、表皮结果均为阳性。感染实验中 ,出现阳性结果注射感染比投喂感染早 ,而且肌肉和附肢较敏感。 相似文献
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东太平洋深海沉积物中DNA的提取及细菌多样性初步分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以东太平洋海隆附近深海柱状沉积物为材料，通过化学裂解和酶消化相结合的方法提取了沉积物微生物的总基因组DNA，并进行了纯化。结果表明所得到的DNA分子片段大小在21kb左右，纯化后的DNA可直接用于PCR等分子生物学操作。细菌16SrDNAV3可变区的PCR—DGGE图谱展示出15条以上条带，表明深海沉积物中细菌多样性较高，群落结构比较复杂。对其中9条主要条带进行回收、测序和系统发育分析，结果表明所获得的序列分属放线菌门（Actinobacteria），绿弯菌门（Chloroflexi），γ-变形细菌亚门（Gamma—proteobacteria），α-变形细菌亚门（Alpha—proteobacteria）和嗜酸菌门（Acidobacteria）5个大类群。 相似文献