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微卫星DNA分子标记在海洋动物遗传分析中的应用 总被引：23，自引：0，他引：23
分子遗传标记的研究一直是遗传学研究中的一个热点。目前 ,各种分子遗传标记的研究在陆地生物学中已深入开展 ,在海洋生物学中分子遗传标记的研究也是方兴未艾。在各种分子遗传标记中 ,微卫星ＤＮＡ标记的研究则受到许多学者的青睐。微卫星ＤＮＡ标记以其特异性的ＰＣＲ扩增、稳定性、重复性好、能较好地反映物种的遗传结构和遗传多样性变化等特点 ,日益受到研究者的重视。１微卫星ＤＮＡ的概念和特征微卫星ＤＮＡ是指核心序列为１～４个的寡核苷酸经多次重复而形成的串联重复的ＤＮＡ序列 ,如（ＣＡ）ｎ ,（ＴＧ）ｎ等 ,又被称为短串联重复… 相似文献
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蟹类微卫星DNA标记的筛选及其在遗传学研究中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
微卫星DNA标记是近年来最受研究者青睐的分子标记之一.由于其具有高度多态性、共显性遗传、基因组中含量丰富且随机分布等特点,已被应用于种群分化研究、亲缘分析、基因连锁分析、进化以及生态学研究等许多领域.近年来,蟹类微卫星的研究报道日益增多.文中对蟹类微卫星分离方法、引物设计、遗传学特性以及在种群遗传、家系分析、遗传多样性评价等方面的最新研究进展进行综述,并分析微卫星分析中无效等位基因(null allele)、"结巴"带(stutter bands)和上游等位基因"扩增丢失"现象(upper allelic dropout)的产生原因以及对微卫星基因型判读带来的影响. 相似文献
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微卫星DNA标记技术及其在海洋生物遗传学中的应用 总被引：3，自引：0，他引：3
DNA简单重复序列从1974年在海洋生物中被发现,到1989年“微卫星”术语开始使用这段时间是这种新型分子标记技术的发展阶段。伴随着PCR技术的发明、成熟与拓展,微卫星DNA以其多态性高、随机分布、共显性遗传、重复性好等特点在生物学的个体及系统发育方面得到很广泛的应用。本文从微卫星DNA的发展简史开始,较详细地介绍了它的原理、方法及策略,然后概括了在海洋动、植物的遗传学中,微卫星DNA在遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因鉴定和标记以及系谱认证等领域的研究,展望了其在海洋生物分子育种、基因克隆、生物保护等方面的应用前景。 相似文献
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以一对分别来自长江中、下游野生鲢及其90尾杂交后代为作图群体,分别构建了鲢雌、雄亲本AFLP和微卫星混合标记连锁图谱和鲢性别平均连锁图谱。鲢性别平均连锁图谱含254个标记(包括46个微卫星标记和208个AFLP标记),由23个连锁群、8个三联体及9个连锁对组成,图谱总长1 146.6 cM,覆盖率74.6%,249个座位间平均间隔15.5 cM。鲢性别平均图谱标记分布不均匀,在不同连锁群间以及同一连锁群上的不同区域,都存在标记密度显著差别。比较雌、雄图谱座位同线性关系,发现1个可能与性别决定相关的重组抑制区。该图谱是构建高密度微卫星标记图谱的起点,其分布清楚的微卫星标记为鲢及其近缘物种遗传资源评价等研究奠定了基础。 相似文献
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条斑紫菜（Porphyra yezoensis）EST序列中微卫星位点的计算机筛查及相关分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用公共数据库中的条斑紫菜的表达序列标签（EST），进行简单重复序列（SSR）即微卫星标记的发掘和分析。该研究利用EST序列能够代表特定基因的特性以及SSR标记的多态性，当具有多态性的SSR与功能确定的基因相关联时，这种SSR就可作为遗传标记看待。对21954条EST序列的分析发现其中1162条EST含有微卫星序列，对这1162条EST序列进行聚类，其中984条可聚类为112条重叠群（contig），其余178条不与其他序列聚类，共计得到非冗余基因290条。在筛查到的所有微卫星类型中，GC／CG型和GA／TC型最为丰富。GC含量丰富的微卫星类型，在各种不同碱基长度的微卫星中都占多数。 相似文献
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遗传标记经历了形态标记、细胞学标记、蛋白质标记及DNA标记的四个重要发展历程。纵观遗传学的发展历史,遗传学的发展推动了新型遗传标记的发展,每一种新型遗传标记的发现,均推进了遗传理论与技术的发展。19世纪后期,孟德尔以豌豆为材料,利用7对形态学标记对杂种后代的不同个体依据性状表现进行归类分析,发现了著名的遗传分离规律和独立分配规律。细胞学标记是指能明确显示遗传多态性的细胞学特征,如染色体形态、数目和结构在不同物种中的差异等,可以作为一种遗传标记来进行基因定位。20世纪50年代,人们发现同工酶是一种可用于物种起源与进化研究、种质鉴定、分类等诸多领域的分子标记技术(Markert et al.,1959)20世纪后期以来,DNA分子标记技术不断涌现,相继建立了RFLP(restriction fragment lengthen polymorphisis)、DNA指纹 (DNA fingerprint)，RAPD (random anplified polymophism DNA), AFLP(amplified fragnent lengthen polynorphisn)、微卫星 DNA (microsate llite DNA).SNP(single nucleotide polymorphisn)等专门的技术，在生物研究中得以广泛应用。分子标记技术应用于藻类学研究较晚,主要用于藻类的系统发生、地理分布、种群遗传、分类、亲本鉴定、杂种优势的鉴别及种质鉴定等领域。 相似文献
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基于转录组数据的凡纳滨对虾微卫星标记开发 总被引：2，自引：0，他引：2
对虾遗传多样性和育种研究需要大量的分子标记。作者利用凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)转录组测序数据,采用MISA软件进行微卫星序列挖掘,共获得14 767条微卫星序列。统计发现在凡纳滨对虾中微卫星出现的频率为16.76%;在所有的微卫星序列中,2碱基微卫星最多,占59.53%;其次是3碱基微卫星,占35.78%。随机选取其中74条序列设计引物,通过DNA混池扩增和分型的方法进行微卫星标记的开发,PCR扩增的显示有54对(72.97%)能扩增出清晰的目的条带,进一步分型的结果显示27条(36.49%)微卫星显示出多态性,从这些多态性的微卫星位点中选择11个位点在"科海1号"种质库材料中进行个体分型,结果显示在该群体中微卫星标记的等位基因数目为2~11个不等,期望杂合度值为0.256~0.858,观察杂合度为0.213~0.875,多态性信息含量为0.221~0.830,在11个位点中有4个位点显著偏离HWE(P0.05)。本研究结果为后续使用微卫星标记进行对虾遗传学研究,促进对虾的遗传选育和种质资源保护提供了重要基础。 相似文献
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鲢、草鱼是传统池塘养殖的四大家鱼的2个重要成员,其遗传资源评估与管理、性状遗传基础研究、功能基因从头克隆等迫切需要序列已知标记连锁图谱工具。本研究将已有鲢连锁图谱新整合53个草鱼微卫星DNA标记和28个鲢InDel-RFLP标记,构建了鲢已知序列标记连锁图谱,标记数326个,达到中等密度水平。构建的图谱将为鲢、鳙资源评价和管理、性状遗传基础研究等提供工具。另外,本研究初步比较了鲢、草鱼间标记共线性排列,发现两物种染色体既存在共线性,也存在明显重排。 相似文献
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采用磁珠富集法,利用生物素标记的(GT)15寡核苷酸探针从三疣梭子蟹基因组DNA的Sau3A1酶切的500-1000bp片段中筛选微卫星序列.洗脱的杂交片段克隆到PMD18-T载体上构建富集微卫星基因组文库后,通过PCR筛选检测出阳性克隆进行测序.在56条测序序列中有49条非冗余序列包含有重复次数不少于5次的微卫星位点,阳性序列比例达到87.5%.其中perfect类型微卫星最大的重复次数为47次.在47条非冗余序列中,共有40条(85.1%)微卫星重复序列两端有侧翼序列能够进行引物设计.本研究中筛选的微卫星位点将为下一步的三疣梭子蟹种群遗传结构分析、经济性状的QTL定位提供遗传标记. 相似文献
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对许氏平鲉进行简化基因组测序,设计微卫星引物200对,可稳定扩增的引物190对,占95%。利用一个荣成野生群体对24个多态性较高的微卫星标记进行了评价,每个位点的等位基因数(Na)为2—21个,观测杂合度(Ho)为0.0417—0.9167,期望杂合度(He)为0.0278—0.9722,多态信息含量(PIC)为0.1948—0.9496,结果显示有20个微卫星位点为中高度多态。利用这些引物对荣成野生群体和烟台养殖群体的遗传多样性进行了比较分析,野生和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为8.5000、6.9583,有效等位基因数(Ne)的均值分别为4.5484、3.6365,期望杂合度(He)均值分别为0.6421、0.5840,多态信息含量均值(PIC)分别为0.6088、0.5490,平均香农-威纳指数均值为1.4605、1.2834,但F检验发现无显著差异,发现两个群体的遗传多样性都处于高度多态水平,但养殖群体遗传多样性水平低于野生群体。本研究结果说明许氏平鲉的人工繁育中,通过使用较大数量的亲本进行繁育可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工定向选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。Bonferroni校正后在两个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。本研究开发的微卫星标记为许氏平鲉遗传图谱构建、分子标记辅助育种等提供了更多标记选择,对野生和养殖群体遗传多样性分析为下一步的遗传育种提供参考。 相似文献
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坛紫菜EST-SSR筛选及其在遗传多样性分析中的实用性 总被引：1，自引：0，他引：1
微卫星标记作为1种重要的分子标记,在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用.EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一, 本研究对坛紫菜EST数据库中6*!035条序列进行搜索,发现340条EST包含SSR序列,其中三碱基重复最多,占总数45.95%;其次是两碱基重复,占总数的45.38%;再次是六碱基和五碱基,分别占总数的5.78%和2.02%;四碱基最少,仅占总数的0.87%.在两碱基中AG,GA,TC,CT类型数量最多,占所有两碱基SSR的82.8%;在三碱基中CCG,CGC,GCC,GGC,GCG,CGG类型数量最多,占所有三碱基SSR的52.83%;其它重复次数中,各种类型所占比例相差不大.进一步比较坛紫菜与条斑紫菜EST-SSR序列,发现2种紫菜SSR类型及比例存在明显差异.根据EST-SSR序列设计合成了10对引物,其中4个位点在8个不同来源坛紫菜叶状体间存在多态性,说明从坛紫菜EST中筛选的SSR标记可以用于进行坛紫菜遗传多样性分析. 相似文献
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7个海星动物线粒体基因组比较及基因变异位点分析 总被引：3，自引：0，他引：3
与单基因相比,线粒体基因组是一个完整的体系,具有信息量丰富等优点,在过去的十几年间被广泛地应用于后生动物关键类群的分子系统发育和群体遗传学的研究.本论文综合分析了海星纲7个物种(多棘海盘车、赭色豆海星、多棘槭海星、砂海星、长棘海星、棘冠海星和海燕)线粒体基因组全序列,全面揭示了海星纲线粒体基因组的基本特征.海星线粒体基因组均编码后生动物线粒体基因组标准的37个基因.7个海星线粒体基因组的基因排列完全一致;与海胆纲及海参纲楯手目线粒体基因组的基因排列相比,海星线粒体基因组的基因排列存在4.6 kb长片段的倒位.长棘海星属13个线粒体蛋白质编码基因的非同义替换率(Ka)与同义替换率(Ks)比值都低于1.000 0(为0.006 0～0.221 9),显示出较强的负(纯化)选择.对海星纲线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,nad5、nad4基因可作为备选的分子标记,应用于海星纲群体遗传学的研究中.同时,在长棘海星属线粒体基因组变异位点分析中,nad5、nad4基因仍然可作为备选的分子标记,用于分析长棘海星不同群体及物种之间的生物多样性,为合理利用其生物资源及其生物多样性的保护提供基础资料. 相似文献
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The estimation of genetic parameters has played an important role in animal selective breeding for growth traits.Recently studies show that molecular markers can be incorporated into genetic evaluations. In order to improve the performance of an incomplete pedigree(i.e, only parents are known) in the genetic evaluations, 12 microsatellite markers have been applied in the estimation of the genetic parameters for body weight in a farmed population(n=1 890) of juvenile turbot(Scophthalmus maximus L.). A new relatedness called parental molecular relatedness(PMR) is estimated based on results of genotyping of 48 parents(31 males, 17 females) with microsatellites markers. The feasibility of PMR in estimation of genetic parameters is verified by comparison with pedigree related(PR) which is obtained from a complete pedigree. The results demonstrate that a high correlation(0.872) between them is found. Heritabilities are estimated using the PMR(0.52±0.13) and PR(0.55±0.22) with the same animal model. A cross-validation shows that the predictive abilities of models using the PMR and the PR are identical(0.81). From that, a conclusion can be made that PMR and PR predicted genetic values equally well in a population of juvenile turbot. Therefore PMR can be applied as an alternative of the PR when only parents are known. However, for a better performance, more markers and more families should be included in a further study. 相似文献
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Concordance of microsatellite and mitochondrial DNA markers in detecting genetic population structure in the boring giant clam Tridacna crocea across the Indo‐Malay Archipelago 
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下载免费PDF全文 Mitochondrial DNA (mtDNA) is a single, usually non‐recombining locus, and often uniparentally inherited. Therefore, its ability to reveal recent gene flow among populations is usually questioned. In this study, the genetic population structure of 16 populations of Tridacna crocea (n = 366) from the Indo‐Malay Archipelago (IMA) was examined with 10 microsatellite markers and compared to previous studies using mtDNA, in order to test if the revealed population structure was congruent between the two marker systems. The results showed that the genetic population structure revealed by the two marker systems was mostly congruent, with a high correlation between cytochrome c oxidase subunit I (COI) and microsatellites. The studied populations could be divided by both marker systems as follows: (i) Eastern Indian Ocean, (ii) Central IMA, and (iii) Western Pacific. Populations in the Central IMA showed high gene flow. However, populations in the Java Sea (Karimunjava, Pulau Seribu) were grouped into a separate cluster by mtDNA analysis, while this grouping was not detected by microsatellites. It was also noteworthy that there is obvious heterozygosity deficiency in most of the populations, which may be caused by null alleles, inbreeding or population expansion. Overall, these results indicate that the mitochondrial COI gene is applicable for population genetic analysis and precise recovery of connectivity patterns of giant clams. Therefore, the combination of mtDNA and nuclear DNA markers can lead to a more complete understanding of population genetics. Moreover, this study is expected to facilitate fully displaying the population genetic structure of giant clams combining with other researchers' results. 相似文献
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海湾扇贝(Argopecten irradians)是典型的雌雄同体型贝类,行体外受精,能自体受精也能异体受精,因此可产生3种不同形式的交配方式:杂交(Out bred)、近交(Inbred)和自交(Selfing).本研究筛选了10对多态性微卫星引物对海湾扇贝4个不同近交梯度共8个家系基因型进行了遗传分离分析.从偏分离标记的个数来看,杂家家系最多,其次是自交一代和自交二代,最后是近交家系.结果表明只有自交家系后代基因型存在纯合子缺失,部分证明了显性遗传效应,同时筛选出3个与有害基因连锁的微卫星标记. 相似文献
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红鳍东方鲀基因组微卫星特征分析 总被引：5，自引：0，他引：5
对河豚基因组微卫星分布特征进行研究，在约365Mb基因组序列中共找到49647个微卫星序列，平均每隔7351个碱基就有1个。微卫星序列长度主要分布在20～60个碱基的长度范围内。全部微卫星序列重复区长度（2802374bp）占整个基因组的比例为0．77％。两碱基重复类型数目最多，为35339个，占总数的71．30％；其次是四碱基类型，6837个，占13．77％；再次分别是三碱基类型3548个，占7．1496。五碱基类型1856个，占3．73％，六碱基类型1605个，占3．23％，单碱基类型最少，共402个。占0．80％。按降序排列，出现最多的前20个微卫星重复类别为：CA，TG，GT，AC，GA，CT，TC，TA．AG，AT，TCCA，ATCC，TCTG，GATG，ATCT，CATC，TGGA，ATGG，GATA，GAG，占全部微卫星序列的75．21％。在河豚基因组中未发现CC微卫星序列的存在。与其它生物基因组中微卫星分布特征相比，河豚基因组具有更高的简洁性。本研究将为研究河豚微卫星标记、研究其群体遗传多样性，进行不同基因组的比较研究提供基础。 相似文献
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采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术开发蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)微卫星标记,从获得的1 450个四至六碱基重复微卫星位点中随机挑选93个位点进行引物合成和多态性检测,最终开发出31个多态性微卫星标记.群体遗传学检测结果表明,31个位点的等位基因数为4~29(均值13.48),观测杂合度(Ho)为0.281~0.875(均值0.650),期望杂合度(He)为0.557~0.958(均值0.838),多态信息含量值(PIC)为0.456~0.939(均值0.803),表明所开发的31个微卫星位点均具有较高的多态性.Hardy-Weinberg平衡检测表明,17个位点符合HWE("哈迪-温伯格"平衡),且各位点间不存在连锁不平衡现象.跨物种扩增结果显示,分别有27、20、20、18、9个微卫星标记在颌圆鲹(Decapterus macarellus)、长身圆鲹(Decapterus macrosoma)、无斑圆鲹(Decapterus kurroides)、竹荚鱼(Trachurus japonicus)及金带细鲹(Selaroides leptolepis)中具有较好的通用性.本研究开发的多态性长碱基重复微卫星标记可为蓝圆鲹渔业资源的科学管理和保护提供有力的遗传学评估手段,亦可为圆鲹属和鲹科鱼类系统进化研究提供新的分析手段. 相似文献
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Population connectivity scales are important tools to achieve a mechanistic understanding of the factors regulating the abundance and distribution of marine populations and therefore support conservation actions to manage fisheries and stocks. We used 10 microsatellites markers on mullets' samples across the Spanish coast to determine the spatial scale of gene flow as well as the origin of post-larvae caught inside two MPAs. Population structure varied from complete homogeneity for Mullus barbatus, to high spatial variability in Mullus surmuletus samples. Differential habitat utilization by species, geomorphological features and oceanographic patterns are discussed as potential causes of patterns observed. Although we were unable to verify the origin of most post-larvae caught inside MPAs we suggest that they may act as genetic reservoirs due to high heterozigosity levels found in adult specimens inside (M. surmuletus) and nearby (both) them. Our results indicate that early life history traits (i.e. larvae) may not be the only determinant on species dispersal capability, suggesting that other mechanisms such as fine scale adult or juvenile movement may have been underestimated as promoting population connectivity. 相似文献
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黑棘鲷(Acanthopagrusschlegelii)是广泛分布于西北太平洋的暖温性中下层经济鱼类,也是我国沿海重要的海洋捕捞鱼类和增养殖对象。然而,目前有关黑棘鲷的微卫星标记研究报道较少,难以对其种质资源状况作出精确评估。本研究采用SLAF-seq技术测序共获得22489个二至六碱基重复的黑棘鲷微卫星序列,短重复序列(二、三碱基)占总微卫星序列的90.8%,长重复序列(四至六碱基)占有9.2%。经过157对随机合成引物的多态性筛选,开发出49个高多态性的黑棘鲷微卫星标记,其中短重复序列位点有25个,长重复序列位点有24个。每个位点的等位基因数(Na)为2—20(均值为8.3),观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.097—0.938和0.122—0.922(均值分别为0.663和0.701),多态信息含量(PIC)为0.118—0.897(均值为0.655)。经Bonferroni校正后,有47个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),各位点间未检测到连锁不平衡现象,仅2个位点偏离HWE。结果表明,所开发的大部分微卫星标记具有高多态性,蕴含的遗传信息含量较为丰富,能够为黑棘鲷的种群遗传资源评估提供数量充足、类型多样的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,有43个黑棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增,其中28个标记在太平洋棘鲷(Acanthopagruspacificus)、黄鳍棘鲷(Acanthopagruslatus)和澳洲棘鲷(Acanthopagrusaustralis)中具有较好的通用性,2个标记在平鲷(Rhabdosargussarba)、蓝点赤鲷(Pagruscaeruleostictus)、真赤鲷(Pagrusmajor)、二长棘犁齿鲷(Evynnis cardinalis)及黄牙鲷(Dentex hypselosomus)中具有通用性。这些通用性标记可为阐明鲷科属、种间的系统进化关系和棘鲷属鱼类的群体遗传学分析提供新的标记来源和研究角度。 相似文献