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相似文献
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1.
三种鳜鱼(Siniperca)生长激素基因的克隆及序列比较   总被引:4,自引:1,他引:3       下载免费PDF全文
采用长片段PCR及T-A克隆技术,从基因组DNA成功克隆翘嘴鳜、大眼鳜和斑鳜含完整阅读框的生长激素(Growth Hormone,GH)基因DNA全序列,翘嘴鳜序列全长5548bp,大眼鳜序列全长5483bp,斑鳜序列全长5789bp,提交GenBank数据库后获得注册号分别为EF205280、EF205281、EF441623。三种鳜鱼GH基因均由六个外显子、五个内含子组成;均在第二内含子中相同位置发现“AG”微卫星重复序列;均在第三内含子末端发现一处剪接位点序列的相邻重复。三种GH基因在第一、二、三内含子处存在碱基长度差异。序列间差异主要表现为邻近序列的重复、DNA片段的缺失或插入及单核苷酸多态性(SNP)。翘嘴鳜与大眼鳜GH基因编码氨基酸序列完全相同,两者与斑鳜序列在第150位有一个氨基酸残基差异。采用MEGA软件对三种鳜鱼GH基因DNA序列及编码氨基酸序列分别构建UPGMA系统发育树,结果表明,在系统发育中,斑鳜可能最先从共有祖先物种中分化出来。  相似文献   

2.
对中国鳜亚科七种鱼类的骨骼进行比较。指出这七种鱼类之间存在着明显的类群差异,提出将鳜亚科分为三个属,即少鳞鳜属Coreoperca)、鳜属(Siniperca)和长身鳜属(Core-osiniperca);广西与福建的斑鳜和大眼鳜不存在种的分化,而福建产暗鳜(S.obscura Nichols)与广西暗鳜在某些骨骼形态特征上存在某些差异。  相似文献   

3.
本研究采用高通量测序技术进行了翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组学研究,并扩增分析了EST-SSR分子标记的多态性,以期保护翘嘴鳜种质资源及良种选育,发掘其功能性SSR分子标记。结果表明,在翘嘴鳜转录组测序得到的51245条unigenes中共检测出14094个EST-SSR位点,分布于35285条Unigenes中,出现频率为27.51%。翘嘴鳜转录组EST-SSR位点的序列总长度达到195086bp,EST-SSR位点长度分布从10—25个碱基不等,平均长度13bp;翘嘴鳜转录组EST-SSR位点共有90种重复基元;其中,二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型,分别占总SSR的30.62%和14.23%,且GT/AC、AAG/CCT分别占总SSR的32.12%和6.36%。随机选取100对经济性状相关EST-SSR引物的扩增产物中有24.7%表现为多态性,可作为功能性SSR分子标记开发。  相似文献   

4.
对鳜亚科9种鱼类的LDH同工酶进行了比较研究。结果表明9种鱼的LDH同工酶表型具有明显的种间差异;同种的个体及性别之间没有明显差异。根据LDH同工酶表型所得的分类结果与形态分类基本一致。鉴于9种鱼具有基本相同的相对迁移率,提出鳜亚科的种类可能是单系起源。在暗鳜(Siniperca obscura Nichols,1930);鳜(S.chuatsi Basilew-sky,1855)的晶体里,发现了C基因控制的区带,暗鳜、斑鳜(S.scherzeri Steindachner,1892)及大眼鳜(S.knerni Garmar,1912)的肝组织中酶谱存在多态现象。  相似文献   

5.
根据自行分离的翘嘴鳜微卫星序列(GenBank登录号:DQ789247-DQ789306)设计并合成20对微卫星引物,对鳜属鱼类4个物种即翘嘴鳜、大眼鳜、斑鳜和暗鳜共80个个体进行了物种鉴定分析.结果表明,20对微卫星引物共检测到293个等位基因,大小在80-301bp之间.它们在4个物种中的多态性位点百分率分别为90%、75%、85%和85%,累积个体识别率和非父排除率均达到0.9999,属于高识别力的微卫星遗传标记系统,可以用来进行鳜属鱼类物种的鉴定分析.UPGMA聚类分析表明,翘嘴鳜与暗鳜之间亲缘关系最近,可归属于第Ⅰ类;大眼鳜为第Ⅱ类;斑鳜独自为第Ⅲ类.本研究可为鳜属鱼类的分类及进化关系、群体遗传结构分析等提供理论支持,为野生原种鳜类遗传多样性的监测和评估以及鳜类优良的种质资源得到合理保护和开发利用奠定基础.  相似文献   

6.
肌肉生长抑制素(MSTN)基因对肌肉生长起负调控作用,在动物育种上具有潜在的应用前景.报道了眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus)的MSTN基因的序列结构特征及其组织特异性表达.MSTN基因具有3个外显子和2个内含子,编码376个氨基酸.在内含子Ⅰ和3'-UTR区内,分别发现了(TC)4CC(TC)4CT(TC)4和(AC)7微卫星序列.推断的眼斑拟石首鱼的MSTN氨基酸序列具很强的保守性,与石鼓鱼、金鲷、条纹石鮨、白鲈、金眼石鮨之间的相似性在90%以上.在结构上,眼斑拟石首鱼的MSTN包含N端信号序列(1~22氨基酸残基),TGF-β前肽域(41~256氨基酸残基),RXXR蛋白水解位点(264~267位的RARR)和TGF-β区域(282~376氨基酸残基).在检测的10种组织中,MSTN只在眼斑拟石首鱼的肌肉、脑和眼组织中表达,其中在肌肉表达最强.  相似文献   

7.
采用RT-PCR及RACE法,分离、克隆鳜鱼β-肌动蛋白基因cDNA全序列,再用基因组步行法(Genome Walker)克隆鳜鱼β-肌动蛋白基因5'调控区.序列分析结果表明,鳜鱼β-肌动蛋白基因全长1897bp,其中5'-UTR长94bp,3'-UTR长675bp,编码区长1128bp,编码375个氨基酸.将所得序列与其它动物类群的β-肌动蛋白基因序列进行比较分析显示,鱼类、两栖类、鸟类、哺乳类等不同类群脊椎动物B-肌动蛋白氨基酸序列同源性均在96%以上,说明该基因在生物进化过程中高度保守.通过鳜鱼与其它脊椎动物β-肌动蛋白基因的核苷酸序列构建的进化树显示,脊椎动物β-肌动蛋白聚类成3个分支,鱼类β-肌动蛋白基因形成一个独立的分化群,说明鱼类β-肌动蛋白基因起源于-个共同祖先.克隆得到的鳜鱼β-肌动蛋白基因5'侧翼序列长1399bp,对其进行序列分析,在其起始密码字ATG上游200bp范围内发现含有CAAT box、CC(A/T)6GG(CArG box)、TATA box对转录调控起重要作用的顺式元件,同时在侧翼区也发现含有GC box、MYOD、YY1、SP1、GATA等多个潜在调控元件.鳜鱼β-肌动蛋白基因5'侧翼序列的克隆成功,为今后转基因鳜鱼的研究工作奠定了基础.  相似文献   

8.
1984年6月和1986年2月,我们在广西壮族自治区柳州市柳江中采得鳜鱼类两批共16尾,体长从82.5一146.3 mm。经比较研究,认为系一新种,定名为柳州鳜Sini-perca liuzhouensis Zhou, Kong et Zhou,sp.nov.。新种一些特征接近于斑鳜Siniperca scherzeri Steindachner,而与暗鳜S.obscura Nichols更较相似。新种与已知种的不同点是:(l)前翼骨有小牙l丛,(2)鳔后端圆钝而非尖锐,(3)幽门垂24-38个,(4)全身花纹不同。  相似文献   

9.
为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombus kobensis (Jordan & Starks, 1906) 核糖体RNA基因的序列多态性特征, 本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚类分析以及重组检测, 结果显示5.8S (158bp) 无长度变异, 而其他4个基因片段则表现出较高的长度多态性, 并可分为不同序列类型: 18S (1856~1893 bp) 有4种序列类型A、B、C和R; 28S (967~974bp) 和ITS1 (407~ 505bp) 均有3种类型A、B和R; ITS2 (423~447 bp)存在2种类型A和B。此外5个基因片段在碱基组成中均表现出GC偏倚, 并且ITS2 (71.14%)>ITS1 (65.37%)>28S (62.22%)>5.8S (57.67%)>18S (54.95%)。对具有不同序列类型的18S、28S和ITS进行真、假基因推断时, 通常的判别特征不足以提供有力依据, 因此增加了与4种鲆科近缘鱼类长冠羊舌鲆Arnoglossus macrolophus、青缨鲆Crossorhombus azureus、大鳞短额鲆Engyprosopon grandisquama以及冠毛鲆Lophonectes gallus相应基因片段的比对。各基因片段的插入/缺失以及特异性碱基差异位点比对结果显示: 18S和28S的短序列类型A与4种鲆科鱼类序列一致, 而其他序列类型则不同; ITS1序列类型A与4种鲆科鱼类在类型B的缺失位点均无缺失, 因此推测18S、28S和ITS1的A类型为真基因, 而其他类型为假基因。ITS2的A和B类型在差异位点上与4个鲆科鱼类不存在一致性, 没有足够的依据对两个类型做出真、假基因的推断。长臂缨鲆核糖体RNA基因中, 5.8S序列最为保守遵循协同进化的方式, 而其他4个基因片段为非协同进化的方式。  相似文献   

10.
对鰶亚科两种鱼类的线粒体16S rRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定,分析比较了两种间的序列差异。斑鰶(Konosirus punctatus)16S rRNA基因片段长度为572bp,在3个个体中检测到2个单倍型,花鰶(Clupanodon thrissa)序列长度为575bp,两种间存在30个核苷酸位点(5.2%)的变异。基于木村双参数进化模型得到两种间的遗传距离为0.043。以太平洋鲱和寿南小沙丁为外群构建的NJ树表明,斑鰶和花鰶的亲缘关系较近,而与美洲真鰶(Dorosoma cepedianum)的亲缘关系较远。  相似文献   

11.
采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,从鳜脑垂体总RNA中扩增生长激素(GH)成熟肽基因,将成熟生长激素的cDNA定向克隆到表达载体pET-32a(+),并转入大肠杆菌BL21(DE3)中。结果表明,鳜生长激素(GH)基因含开放阅读框(ORF)615个核苷酸,编码204个氨基酸,蛋白分子量为23kDa,等电点为7.07,其中酸性氨基酸占10.78%,碱性氨基酸占12.74%,疏水氨基酸为占44.12%,极性氨基酸占32.35%。在IPTG终浓度1.0mmol/L、温度37℃和培养时间4h的最佳诱导表达条件下,鳜生长激素基因(GH)在大肠杆菌中获得高效表达,重组菌体裂解物经SDS-PAGE可检测到分子量约为43kDa的鳜生长激素与硫氧还蛋白(Thioredoxni,Trx)融合蛋白,其表达量约占菌体总蛋白58%。Western印迹分析也证实含6×His标签的重组融合蛋白能够很好地与抗6×His单抗发生反应。本研究为下一步鳜生长激素基因(GH)的生物学功能及应用奠定了基础。  相似文献   

12.
We compared the genetic diversity of three dominant myctophid fishes in the North Pacific Ocean that have different diel vertical migration patterns on the basis of the nucleotide sequences of the mitochondrial gene for cytochrome b. No genetic structure was detected for each of these three species. The genetic diversity progressively increased for Diaphus theta, a diel migrant species showing clear diel vertical migration; Stenobrachius leucopsarus, a semi-diel migrant, in which only part of the population migrates vertically; S. nannochir, a non-diel migrant. All three species were suggested to have experienced a recent, sudden population expansion. Interspecific differences in genetic diversity might be attributable to differences in the degree of population size reduction during the glacial periods; this degree in turn corresponds to the energy demand of the fishes.  相似文献   

13.
三种蛏的遗传多样性分析   总被引:4,自引:0,他引:4       下载免费PDF全文
应用AFLP技术对浙南地区分布的小荚蛏(Siliqua minimai)、缢蛏(Sinonovacula constricta)和大竹蛏(Solen grandis)3种蛏进行了基因组DNA多态性检测,并对其遗传多样性进行了分析.利用筛选出的5对引物组合,共扩增出781个清晰的位点;小荚蛏、缢蛏和大竹蛏多态位点比例依次为79.22%、84.25%和64.82%,Nei's基因多样性指数分别为0.2971、0.3070和0.2785,Shannon's多样性指数分别为0.4402、0.4575和0.4010,种内平均遗传距离为0.2585、0.2691和0.1838.研究结果表明,这3种蛏的核DNA遗传多样性水平以缢蛏为最丰富,小荚蛏次之,大竹蛏最低;并且3种蛏的共享位点很少,遗传趋异比较明显,说明3种蛏的遗传关系比较远.  相似文献   

14.
Several hybridisation events have been recorded in marine fish, yet there is little information for southern African species. Here we present evidence for hybridisation within the genus Chrysoblephus (Sparidae), by analysing a fish caught off KwaZulu-Natal, off the east coast of South Africa. We utilise three mitochondrial (16S, COI and Cyt b) and four nuclear markers (1st intron of the S7 ribosomal protein gene, Tmo-4C4, Histone 3 and 18S rRNA) to resolve the hybrid parentage. MtDNA analyses support C. anglicus as the maternal lineage. Analyses of the Tmo-4C4 gene and the first intron of the S7 gene show six and four heterozygous positions for the hybrid fish respectively. The heterozygous positions are shared by C. anglicus and C. puniceus, which suggests C. puniceus to be the paternal lineage, with the hybrid being a first generation cross. Morphologically, the hybrid mostly resembles C. puniceus, with some meristic counts overlapping with other sparid species. Interestingly, only two of the four nuclear markers show variation within the sparids sampled in this study; 1 160 bp of 18S rRNA and Histone 3 were invariable even between the genera Chrysoblephus, Gymnocrotaphus, Petrus and Pachymetopon, suggesting conserved nuclear evolution or a rapid speciation within this group of endemic fishes.  相似文献   

15.
闽南-台湾浅滩渔场鱼类食物网研究   总被引:54,自引:2,他引:52  
海洋鱼类食物网是海洋生态学基础理论研究之一,从多种海洋鱼类食性类型的综合分析,阐明食物网营养级的能流途径,为改造海洋生态系统,减少食物链的环数而提高水域生产力。因此,深入研究海洋鱼类食物网,对于合理利用海洋渔业资源具有一定的实践意义。近年来,国外在河口红树林群落,以残屑(detritus)为基础的食物网研究已有报道[1];对河口游泳动物食物网也发表过综合论述[2]。  相似文献   

16.
杭州湾海域春、秋季鱼类种类组成和数量分布   总被引:8,自引:0,他引:8       下载免费PDF全文
采用底层拖网法,用渔获率作为鱼类资源数量分布的指标,进行了杭州湾调查海域2012年5月(春季)、10月(秋季)2个季节的鱼类种类组成、区系特点、数量分布等研究。结果表明:(1)杭州湾海域春、秋两季共获得并鉴定出的鱼类有31种,隶属于9目15科,其中以石首鱼科和■虎鱼科的种类为最多,各有5种,分别占总种数的16.7%;鳀科鱼类次之,有4种,占总种数的13.3%,优势种有睛尾蝌蚪■虎鱼、龙头鱼、刀鲚、棘头梅童鱼;(2)根据鱼类适温性可将该海域的鱼类分为暖水性、暖温性和冷温性3种适温类型,以暖温性种类为主,暖水性种类次之,而冷温性种类极少,仅有1种;(3)根据其生态习性,可分为河口性、沿岸性和近海性3种生态类群;(4)渔获数量分布规律是春季在调查海域的内侧或者说中西部较高,而湾口较低,秋季则正好相反。  相似文献   

17.
We investigated the diversity of patterns of habitat use by juveniles of coral reef fishes according to seasons and at two spatial scales (10–100 m and 1–10 km). We conducted underwater visual censuses in New Caledonia's Lagoon between 1986 and 2001. Co-inertia analyses highlighted the importance of mid-shelf habitats at large spatial scale (1–10 km) and of sandy and vegetated habitats at small spatial scale (10–100 m) for most juveniles. Among all juvenile species, 53% used different habitats across seasons (e.g. Lutjanus fulviflamma and Siganus argenteus) and 39% used different habitats as they grow (e.g. Lethrinus atkinsoni and Scarus ghobban). During their ontogeny, at large and small scales, respectively, 21% and 33% of the species studied showed an increase in the number of habitats used (e.g. L. fulviflamma, L. atkinsoni), 10% and 3% showed a decrease in the number of habitats used (e.g. Amphiprion melanopus, Siganus fuscescens), 23% and 3% showed a drastic change of habitat used (e.g. S. ghobban, Scarus sp.) whereas 46% and 61% showed no change of habitat used (e.g. Lethrinus genivittatus, Ctenochaetus striatus). Changes in habitat use at both small and large spatial scales occurred during the ontogeny of several species (e.g. S. ghobban, Scarus sp.). Results pointed out the different spatial and temporal scales of juvenile habitat use to account for in conservation decisions regarding both assemblage and species-specific levels.  相似文献   

18.
中街山列岛岩礁海域鱼类群落多样性研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
汪洋  吴常文 《海洋与湖沼》2015,46(4):776-785
加快包括岛礁海域鱼类资源在内的渔业资源调查研究,可以进一步完善该区域鱼类群落生态学内容,探究岩礁海域生境生态学功能,为该海域鱼类资源的养护修复、可持续利用和有效管理提供科学依据。本文基于2013年11月—2014年10月的中街山列岛岩礁海域鱼类资源调查数据,对研究区域鱼类组成及群落多样性分析,结果如下:全年渔获鱼类49种隶属9目28科42属,暖水种和暖温种分别为25和24种,底层、近底层和中上层鱼类各为12、26和11种,定居种、季节性洄游种和偶见种各为28、19和2种;褐菖鲉为全年的绝对优势种,黄姑鱼年IRI值最大,为37.23;迁移指数分析显示群落7月份稳定性最高;ABC曲线分析显示6月受到的干扰最小,2月受到的干扰最大;流刺网年渔获率和CPUE分别为44.03尾/km、13.43 kg/km,延绳钓作业分别为4.91尾/100钓、1.67kg/100钓;群落多样性指数分析结果显示,Margalef种类丰富度指数2月最低,为2.35,7月最大,为4.93;Shannon-Wiener多样性指数7—8月均值最大,为2.80左右;均匀度指数最大和最小值分别是0.97、0.74;三种多样性指数均呈现随气温升高而增大的趋势,但均匀度指数变化没有前2个指数明显,12月和5月3种指数均有波动现象发生。  相似文献   

19.
Demersal fish communities were studied on the lower continental shelf and the upper continental slope along the Pacific coast of northeastern Japan. Species composition, number and weight of each species were examined based on otter trawl samples at 45 stations. Mean density and biomass of demersal fishes were 131 ha–1 and 21 kg ha–1, respectively. The ten most abundant species comprised of about 95% of total number and weight of overall catch indicating simple species composition. Gadiform fishesTheragra chalcogramma, Gadus macrocephalus andPhysiculus maximowiczi were the most important species by number, weight and frequency of occurrences, and three main community types represented by the three key species were recognized.Theragra-dominant community showed higher density and biomass, and lower diversity thanPhysiculus-dominant community did. Species diversity of demersal fish community was negatively correlated to density and biomass. Density and biomass of demersal fish community were high on the uppermost slope, and the high abundance resulted from low-diversity communities dominated byT. chalcogramma andG. macrocephalus.  相似文献   

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