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1.
采用通用引物-PCR扩增法,测定了辽宁营口海蜇成体的部分16S基因序列578bp、部分COI基因序列633bp,以及黄海海域沙海蜇成体部分COI基因序列645bp、部分16S基因序列479bp.结果表明,海蜇个体间的16S序列只有一个变异位点,其余序列完全一致;COI序列共有4个变异位点,碱基之间只存在转换,没有颠换、插入或缺失的位点.沙海蜇个体间的COI序列碱基组成完全一致,16S序列碱基组成也完全一致.从辽宁盘锦和山东胶州所取的水母碟状体和稚水母的测序结果显示,COI序列与海蜇成体的差异为0.5%-0.6%,与沙海蜇成体的差异为18.9%-19.4%;16S序列与海蜇成体的差异为0.0%-0.2%,与沙海蜇成体的差异为13.1%-13.3%.以上结果表明,水母碟状体和稚水母都为海蜇而非沙海蜇.结合GenBank中已有的其它水母类COI基因同源序列信息,构建分子系统发育树.结果显示:轮环水母亚目(Kolpophorae)和指环水母亚目(Daktyliophorae)以及有肩板族(Scapulatae)和无肩板族(Inscapulatae)的分类划分,与传统分类一致.从分子水平上证明,在黄海海域采集的沙海蜇和在日本采集的越前水母的差异只处于种内水平,两者应为同物异名. 相似文献
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采用分子生物学方法,以霍乱弧菌lolB为靶基因设计特异性引物,进行了霍乱弧菌的PCR和环介导等温核酸扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测技术研究,并对它们的特异性、灵敏性和实际应用进行了比较.结果表明,所建立的PCR检测霍乱弧菌的方法最低检测限为4.0× 103 CFU/ml; LAMP检测方法在65℃下恒温扩增60min,检测限为4.0×101 CFU/ml,反应产物加入荧光染料SYBR Green Ⅰ后反应液呈现明显的绿色;以温和气单胞菌、副溶血弧菌、鳗弧菌及美人鱼弧菌为对照菌株,检测结果均为阴性;霍乱弧菌人工染菌的8种水产品进行PCR及LAMP检测,结果均为阳性,而未染菌组均为阴性;PCR及LAMP检测霍乱弧菌的方法均具有灵敏度较高、特异性强等优点,且LAMP检测霍乱弧菌的方法灵敏度是PCR方法的100倍,更适合于养殖现场检测的推广使用. 相似文献
3.
淋巴囊肿病毒实时定量PCR检测方法的建立和应用 总被引：2，自引：0，他引：2
选取淋巴囊肿病毒(Lymphocystis disease virus,LCDV)主衣壳蛋白(MCP)基因保守序列,利用Primer Express2.0软件设计引物,通过优化反应条件,建立了SYBR GreenⅠ实时定量PCR的检测方法,并进行了敏感性、特异性分析.SYBR GreenⅠ实时定量PCR反应体系的最佳引物浓度为0.5 μmol/L,方法的检测限为30个病毒拷贝,扩增产物的Tm值为74.5 ℃.该方法对淋巴囊肿病毒有特异性,不能扩增流行性造血器官坏死病毒(EHNV)、虎纹蛙病毒(TFV)、蛙虹彩病毒(BIV)、新加坡石斑虹彩病毒(SGIV)、鳜鱼传染性脾肾坏死病毒(ISKNV)及真鲷虹彩病毒(RSIV).对12份发病牙鲆鱼样品进行检测,均感染淋巴囊肿病毒;20份无临床症状的牙鲆经检测不含淋巴囊肿病毒.建立的LCDV的SYBR GreenⅠ实时定量PCR方法,具有成本低、特异、灵敏、快速等优点,可用于淋巴囊肿病毒的早期诊断. 相似文献
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长棘海星(Acanthaster planci)的暴发是导致我国南海乃至印度—太平洋海域珊瑚礁退化的主要原因之一。浮游幼体的密度是决定成体种群是否暴发的重要指标, 但是由于幼体肉眼不可见且不易分辨, 常规调查和显微镜观察均无法有效检测到自然海域的长棘海星幼体, 因此迫切需要开发一种高灵敏性且特异性的长棘海星幼体检测技术。本研究针对长棘海星幼体线粒体细胞色素氧化酶亚基I(mtCOI, mitochondrial cytochrome oxidase subunit I)基因序列, 建立了基于聚合酶链式反应(PCR, polymerase chain reaction)的长棘海星幼体特异性检测技术, 并对西沙七连屿珊瑚礁海域的长棘海星幼体进行了检测。结果表明, 设计筛选的4对特异性引物均可以扩增长棘海星ApmtCOI基因片段, 且与蓝指海星(Linckia laevigata)、面包海星(Culcita novaeguineae)、粒皮海星(Choriaster granulatus)和吕宋棘海星(Echinaster luzonicus)没有交叉反应。在退火温度为58.5℃时, 引物2aooniF/2aooniR的特异性最佳, 具有较高的灵敏度, 可检测到皮克级的长棘海星基因组DNA。利用该技术检测了西沙七连屿海域长棘海星幼体分布情况, 发现10月底西沙七连屿珊瑚礁海域能检测到长棘海星幼体, 且幼体分布并不均匀。因此, 该检测技术可作为今后长棘海星幼体种群监测的有效方法。 相似文献
6.
毛颚类是热带近岸海域中上层鱼类的食物来源, 同时又是重要的肉食性浮游动物, 数量丰富, 然而其维持种群结构的生存策略尚不清晰。本文运用分子生物学技术, 分析了三亚湾海域毛颚类优势种肥胖软箭虫(Flaccisagitta enflata)成体与幼体的肠道食物组成, 以期从食物资源利用的角度揭示其维持种群结构的营养策略。研究结果显示, 幼体和成体摄食的浮游生物种类分别为21种和19种, 共同的食物类群有桡足类、小型水母类、硅藻和多毛类。成体与幼体食物偏好差异显著, 成体主要的食物来源是小型水母类(59%), 而幼体主要的食物来源是桡足类(60%); 幼体营养生态位(5.16)高于成体(2.89), 且二者食物重叠度低(0.21), 表明成体与幼体食物分化明显。研究结果揭示, 即使成体与幼体大量共存, 它们也可以通过摄食分化避免食物资源竞争, 这种分配策略对毛颚类保证足够幼体存活率和维持种群数量具有重要意义。 相似文献
7.
采用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)进行核酸扩增,凭借横向流动试纸条(lateral flow dipstick,LFD)完成扩增产物检测,建立了可快速检测孔石莼(Ulva pertusa)的LAMP-LFD方法。该方法首先在孔石莼的内转录间隔区序列(internal transcribed spacer,ITS)的8个种内保守区域设计6条特异性引物(上游内引物由生物素标记),进行由生物素标记的LAMP反应;同时,在两条外引物的有效扩增区段内设计1条异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记的探针,生物素标记的LAMP产物与FITC标记的探针特异性杂交后,在LFD上完成结果显示。优化后LAMP的反应条件为63°C反应50min,加上探针杂交与LFD检测共需60min。结果表明,利用该LAMP-LFD方法可特异性地检出孔石莼,对浒苔(Ulva prolifera)等9种常见藻类的检测均呈阴性。利用该方法最低可检测到3.04×10~(–2) pg/μL的孔石莼基因组DNA,是以LAMP外引物进行的常规PCR方法的1000倍。针对一定数量的实际样本的检测结果表明,LAMP-LFD方法与传统的形态学观察的结果一致。因此,本研究建立的孔石莼LAMP-LFD快速检测方法,具有特异性强、灵敏度高、操作简便等优点,有望成为我国东部沿海孔石莼快速检测和定期监测的有效技术手段。 相似文献
8.
利用环介导恒温扩增（LAMP）技术成功检测了米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)基因，并对其反应程序和反应体系进行了优化，建立起一种简单快速的微藻检测技术。利用本实验优化体系对米氏凯伦藻进行了LAMP扩增，得到了理想的扩增产物，同时以其他8种藻类为阴性对照实验，只有米氏凯伦藻为特异性扩增，其他藻类均呈现阴性反应。另外，对扩增终产物进一步进行酶切分析，并与以F3和B3为引物PCR扩增的片段相比较，均与预期结果相吻合。采用2种方法进行阳性反应检测，一是阳性反应管内可见白色焦磷酸镁沉淀，二是LAMP产物与SYBR Green I反应呈现绿色。这种技术简单快速，有望应用到赤潮藻类的现场检测，在赤潮的预测预报中发挥强大作用。 相似文献
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应用LAMP-LFD技术可视化检测河流弧菌(Vibrio fluvialis)的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
以河流弧菌(Vibrio fluvialis)为检测对象,将环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)与横向流动试纸条(lateral flow dipstick,LFD)联合应用,建立了快速便捷的LAMP-LFD方法。该方法以河流弧菌的外膜蛋白omp U基因作为检测靶标,在其保守区域设计6条特异性引物(上游内引物由生物素标记),并在两条外引物的有效扩增区段内设计1条特异性探针,由异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记。使用引物进行有生物素标记的LAMP反应,产物与FITC标记的探针完成杂交,杂交产物在LFD上进行结果展示。结果表明,LAMP-LFD方法可特异性地检出河流弧菌,对近似物种如创伤弧菌等弧菌病原以及迟缓爱德华菌等其他水产养殖病原的检测均呈阴性。经优化,LAMP的反应条件为63°C反应25min,加上5min的探针杂交和3—5min的LFD显色,整个检测时程约35min。利用该方法最低可检测到1.0×10~2 CFU/m L的河流弧菌纯培养物,能够从污染强度为5.0×10~2 CFU/m L的组织样品中检测到该病原。该方法设备依赖性更低,仅需简单的恒温加热设备即可完成。因此,本研究建立的河流弧菌LAMP-LFD方法,具有操作便捷,设备依赖性低、灵敏度高和检测快速等优点,在河流弧菌的基层检测中具有良好的应用前景。 相似文献
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生活史不同阶段的海月水母(Aureliasp.1)与海蜇(Rhopilema esculenta)的相互捕食关系 总被引：1，自引：0，他引：1
采用交叉实验和水母体培养的方法,研究了不同生活史阶段的海月水母及海蜇之间的相互捕食关系。海月水母螅状体(口柄直径约为1mm)能够捕食海蜇碟状体及伞径≤8mm的海蜇幼体;海月水母的碟状体只能够捕食海蛰碟状体;伞径100mm的海月水母体能够捕食海蜇碟状体及伞径≤30mm的海蛰幼体。在海蜇对海月水母的捕食实验中发现,伞径≥10mm的海蜇幼体对海月水母的碟状体有捕食行为。通过对两种水母相互捕食关系的研究,笔者认为海月水母捕食海蜇的能力明显强于海蜇捕食海月水母的能力。这或许有助于解释近年来海月水母不断暴发而海蜇资源日渐减少的现象,有助于改进海蜇人工增殖放流措施,提高放流效果。 相似文献
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为了探究不同种类水母对浮游食物网的摄食影响,采用碳氮稳定同位素和脂肪酸标记法,研究分析了渤海红沿河海域常见的4种小型水母(伞径直径5 cm:卡玛拉水母Malagazzia carolinae、球形侧腕水母Pleurobrachia globosa、帽铃水母Tiaricodon coeruleus、半球美螅水母Clytia hemisphaerica和3种大型水母(伞径10—200cm:沙海蜇Nemopilema nomurai、海月水母Aurelia aurita)和白色霞水母Cyanea nozakii)的食物组成。结果表明,不同种类水母的食物组成存在差异。其中卡玛拉水母、球形侧腕水母、帽铃水母、半球美螅水母和白色霞水母均偏肉食食性,食物组成中动物性食物所占比例更高,高于海月水母与沙海蜇。在食物粒径谱上,帽铃水母和半球美螅水母较大粒径的食物比例均高于小粒径的悬浮有机物(POM)比例。卡玛拉水母和球形侧腕水母各个粒径食物比例接近。大型水母中,白色霞水母的食物中大粒径的浮游动物的比例高于海月水母,更高于沙海蜇。由此看来,小型水母和大型的白色霞水母的暴发会直接影响大中型浮游动物数量,海月水母的暴发对不同大小的浮游生物均会产生一定的影响。而沙海蜇的暴发会大量摄食1 mm的小型浮游生物和POM,对大中型浮游动物以及更高营养层生物(鱼类等)的影响可能是通过蜇伤以及饵料竞争导致的。因此,不同种类水母暴发对浮游生物的影响存在差异。本研究从摄食角度初步探究了水母对海洋生态系统物质循环和能量流动的影响,为水母暴发的灾害防治提供了数据支持。 相似文献
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采用常规表观生物学特性及16S rRNA、gyrB及rpoA基因同源性检索与系统发育学分析等方法,对分离自江苏连云港某育苗场的大批死亡日本对虾蚤状幼体的优势生长菌进行了综合鉴定。结果表明,其形态和生理生化特征与弧菌属的需钠弧菌相近;16S rRNA、gyrB及rpoA基因同源性检索也均与需钠弧菌相似性最高,分别为98%、89%和95%,且三种基因的NJ系统发育树也均与需钠弧菌聚为一个分支;分离菌的致病性试验表明其半数致死量LD50为1.8×106CFU/ml。综合分离菌的致病性、形态与生理生化特征及基因同源性与系统发育分析结果,认为引起日本对虾蚤状幼体大批死亡的病原为需钠弧菌。基于gyrB基因序列设计1套LAMP特异性引物,建立了需钠弧菌的快速特异性检测方法,可用于由需钠弧菌引起的水产动物疾病的诊断及分子流行病学的调查研究。 相似文献
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环介导等温扩增联合横向流动试纸条检测简单异尖线虫/派氏异尖线虫方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
简单异尖线虫复合种(Anisakissimplexspeciescomplex)是人兽共患寄生虫,其中的简单异尖线虫(A. simplex sensu stricto)和派氏异尖线虫(A. pegreffii)能引起人异尖线虫病。本研究利用环介导等温扩增技术(loop-mediatedisothermalamplification,LAMP)结合流动试纸条(lateralflowdipstick,LFD)建立了简单异尖线虫/派氏异尖线虫的快检技术。本研究以简单异尖线虫核糖体DNA的内转录间隔区(ribosomal internal transcribed spacer 2, rDNA-ITS2)序列为检测靶标,设计6条特异性的引物进行(荧光)LAMP反应。将生物素化的LAMP产物与异硫氰酸荧光素标记的探针杂交并通过LFD可视化显示。结果表明,本研究建立的LAMP-LFD可以特异性检测出简单异尖线虫/派氏异尖线虫,而对其它10种蠕虫的检测结果呈阴性;针对两个异尖线虫姊妹种的第三期幼虫(third-stagelarvae,L3)的检测灵敏度为单条虫体基因组DNA的10–5倍。优化后的LAMP反应时间为40min,加之探针杂交和LFD显色,整个检测时程只需50min。利用本LAMP-LFD方法对2015—2017年收集于140尾海鱼的1573条线虫进行检测的结果表明,简单异尖线虫/派氏异尖线虫是东海海域的优势种,这与经rDNA-ITS1-5.8S-ITS2测序的结果一致。因此, LAMP-LFD方法能快速、灵敏且准确地检测简单异尖线虫/派氏异尖线,在经济鱼类中简单异尖线虫复合种的筛检和常规检验检疫具有巨大潜力。 相似文献
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应用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)和环介导等温扩增(Loop-Mediated Isothermal Ampli-cation,LAMP)两种检测技术分别对2009年广东省粤西地区养殖体系中凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei白斑综合症病毒(White Spot Syndrome,WSSV)、桃拉病毒(Taura Syndrome Virus,TSV)和传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious Hypodermal and Hematopoietic Necrosis Virus,IHHNV)的携带情况进行了调查。结果显示,WSSV和TSV的携带率较高,是该地区凡纳滨对虾的主要流行病毒种类;LAMP检测方法与PCR方法具有相当的灵敏度和特异性,但LAMP检测方法更加简单方便、快速且成本低。 相似文献
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2015年5月搭载“北斗”渔业调查船、使用渔拖网的采样方式,在整个黄海及东海北部进行系统的走航式大面调查,记录了30°N—39°N海区内的大型水母种类组成、伞径大小及生物量分布,估算和比较了大型水母与其他渔业生物的生物量。结果表明,5月整个调查区,大型水母的总生物量估算值5.9万t,绝大部分由黄海中部的多管水母和洋须水母生物量贡献所致。出现的大型水母种类伞径分布呈单峰型。不同种类的水母分布具有明显地理区域和水文偏好性。其中,洋须水母主要分布于黄海中、北部50m水深以深水域,多管水母主要分布于黄海中部50m水深以浅的西侧以及整个东海北部;沙海蜇多为幼体,分布于黄、东海交汇区31°N—33°N间;霞水母较为集中出现于31°N以南、123°N以西近海。各水母种类的高密区的底层水温按洋须水母、沙海蜇、四叶小舌水母、霞水母呈升高趋势。东海多管水母分布区的底层水温与沙海蜇相近;黄海多管水母分布区的底层水温较洋须水母略高。沙海蜇和四叶小舌水母较其他水母的适温范围宽。霞水母和洋须水母处于相对高盐区域。 相似文献
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一种钵水母—黄金水母(Chrysaora pacifica)被怀疑是海月水母(Aurelia aurita)碟状幼体的潜在捕食者,为了验证这一假设,在实验室可控条件下进行了以黄金水母幼水母为捕食者、海月水母碟状幼体为猎物的捕食实验。实验结果表明黄金水母幼水母(伞径:9-15mm)能够以海月水母碟状幼体(ca. 2mm)为食。在2 h的实验中,黄金水母幼水母最多摄食了15只海月水母碟状幼体(实验容器容积为450mL)。黄金水母幼水母对海月水母碟状幼体的摄食率在44ind./L和111ind./L的密度下分别为0.8±0.6/ind.·h和1.3±1.0/ind.·h。滤水率在两个密度下分别为0.029±0.024和0.051±0.041L/ind.·h。滤水率随着饵料密度的降低显著提高。实验结果证实黄金水母是海月水母碟状幼体的重要潜在捕食者,并且其对海月水母碟状幼体的捕食可能是影响天然海域中海月水母碟状幼体成活率的重要因素。 相似文献
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通过2009-2011年5月下旬-7月下旬辽东湾北部近海10m等深线内的大型水母调查数据,分析了辽东湾北部近海近三年中大型水母资源状况,并探讨了辽东湾大型水母的生态类型。结果显示:辽东湾北部近海大型水母种类主要有海蜇(Rhopilema esculentum)、沙蜇(Nemopilema nomurai)、白色霞水母(Cyanea nozakii)、海月水母(Aurelia sp.1),海蜇和沙蜇是优势种。海蜇幼水母阶段主要集中分布在5m等深线以内的近岸河口水域,随着个体增大有略向深水或密度较小的水域扩散的趋势,仍主要分布在5m等深线两侧水域,属于高温低盐种类。6月份调查海区中发现大量的沙蜇幼水母,随着沙蜇个体增大,7月份调查海区中沙蜇数量大幅度减少。辽东湾海月水母在南部海域出现较多,2010、2011年在北部近海部分海域出现。白色霞水母近几年来辽东湾出现较少,栖息在盐度较高的水域。辽东湾各种大型水母中,沙蜇的生长速度最快。辽东湾海蜇幼水母、沙蜇幼水母的海区出现时间要晚于黄、东海。 相似文献
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扁浒苔PCR 快速检测方法研究 总被引：2，自引：0，他引：2
扁浒苔(Ulva compressa)能够导致绿潮灾害,对其开展快速检测技术研究是预防和控制其危害的重要技术手段。根据石莼属不同种类核糖体基因转录间隔区域(ITS)的序列设计了一对检测扁浒苔的特异性引物,并对其反应条件和体系进行了优化。PCR特异性检测结果表明,供试扁浒苔均扩增出与预期大小相一致的330 bp产物,而对缘管浒苔(Ulva linza)、浒苔(U.prolifera)、曲浒苔(U.flexuosae)、孔石莼(U.pertusa)的检测结果全为阴性。PCR灵敏度试验表明,该PCR体系最低可以检测到10 pg的扁浒苔DNA模板。本快速检测方法为扁浒苔的早期识别与有效治理提供了科学依据,对相关扁浒苔产业和生态学等研究也具有一定参考意义。 相似文献
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九龙江口春季微型浮游生物数量变动及其与小型水母消长的关系 总被引：2，自引：0，他引：2
通过2011年春季对九龙江口的生态调查,对浮游植物、微型浮游动物以及小型水母的种类组成和数量变动特征并对分粒级叶绿素进行了研究,同时还分析了营养盐、温度和盐度等环境参数。调查共记录浮游植物种类45种,以硅藻门的中肋骨条藻(Skeletonema costatum)、颗粒直链藻(Melosira granulate)、针杆藻(Synedra spp.),以及绿藻门的斜生栅藻(Scenedesmus obliquus)、甲藻门的微小亚历山大藻(Alexandrium minutum),蓝藻门的优美平裂藻(Merismopedia elegans)具有较高的检出率;微型浮游动物分为4大类,红色中缢虫(Mesodinium rubrum)占有最大的比例为55.5%-79.8%,无壳纤毛虫次之,砂壳纤毛虫和无节幼体所占的比例均不足10%;小型水母种类组成中主要以弗洲指突水母(Blackfordia virginica)、球型侧腕水母(Pleurobrachia globosa)、厦门和平水母(Eirene xiamenensis)以及水螅水母幼体(Hydroidomedusae larvae)为主要优势类群,占小型水母总量的85%以上。小型水母数量在4月底和5月初达到丰度最高值(69.49±29.4)ind/L,此时微型浮游动物数量从小型水母出现初期的峰值(1085±574.66)ind/L下降为(526±152.93)ind/L,同时micro级叶绿素占总叶绿素比例达到最大值(42.26±12.94)%。小型水母数量下降后,微型浮游动物的数量回升。在小型水母数量消长过程中,浮游植物、微型浮游动物和小型水母数量间处于动态平衡。 相似文献