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1.
对许氏平鲉进行简化基因组测序,设计微卫星引物200对,可稳定扩增的引物190对,占95%。利用一个荣成野生群体对24个多态性较高的微卫星标记进行了评价,每个位点的等位基因数(Na)为2—21个,观测杂合度(Ho)为0.0417—0.9167,期望杂合度(He)为0.0278—0.9722,多态信息含量(PIC)为0.1948—0.9496,结果显示有20个微卫星位点为中高度多态。利用这些引物对荣成野生群体和烟台养殖群体的遗传多样性进行了比较分析,野生和养殖群体的平均等位基因数(Na)分别为8.5000、6.9583,有效等位基因数(Ne)的均值分别为4.5484、3.6365,期望杂合度(He)均值分别为0.6421、0.5840,多态信息含量均值(PIC)分别为0.6088、0.5490,平均香农-威纳指数均值为1.4605、1.2834,但F检验发现无显著差异,发现两个群体的遗传多样性都处于高度多态水平,但养殖群体遗传多样性水平低于野生群体。本研究结果说明许氏平鲉的人工繁育中,通过使用较大数量的亲本进行繁育可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工定向选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。Bonferroni校正后在两个群体中各有4个位点偏离Hardy-Weinberg平衡。本研究开发的微卫星标记为许氏平鲉遗传图谱构建、分子标记辅助育种等提供了更多标记选择,对野生和养殖群体遗传多样性分析为下一步的遗传育种提供参考。  相似文献   

2.
本研究目的为开展许氏平鲉(Sebastes schlegelii)遗传改良和优质新品系选育,选取荣成(R)和长岛(C)的野生许氏平鲉为基础群体,采用群体选育(群体内和群体间)和家系选育相结合的方法,获得R-F1、RC-F1两个群体选育群体和R-F2、RC-F2、R-F3、RC-F3四个家系选育群体。对4个选育家系的生长性能进行比较分析,并利用20对高多态性的微卫星标记对8个群体进行遗传多样性检测。结果表明:(1)群体内和群体间家系选育子3代比家系选育子2代生长速度分别提高21.59%和30.99%。4个选育家系后代的绝对增重率随着天数的增加而上升,群体内家系选育(R-F3)的生长速度、绝对增重率显著大于群体间的杂交选育系(RC-F3),杂交系未表现出生长的杂种优势。(2)20对微卫星位点在所有群体中均表现出较高多态性,8个群体的平均有效等位基因数(Νe)为2.9849—7.9598,平均观测杂合度(oH)和期望杂合度(He)分别为0.7230—0.8405和0.6315—0.8716,平均多态信息含量(PIC)为0.6472—0.8478。经两代家系选育的R-F3和RC-F3平均等位基因数显著降低,但观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)均值仍达到0.7230、0.7549和0.6527、0.6315,还有维持了较高的遗传多样性水平,遗传潜力较大。Hardy-Weinberg平衡检测结果和遗传偏离指数(d)表明各群体在大约10个位点上表现出一定程度的杂合子缺失现象。群体间平均遗传分化系数(Fst)为0.1279,各群体间存在中等遗传分化程度。R与R-F1分别与RC-F3遗传距离最远(0.9959、0.9848),预测利用两组群体中生长优良个体分别进行杂交育种有可能获得杂种优势。  相似文献   

3.
利用已发表的EST序列设计引物并结合PCR筛选的方法,对许氏平鲉多态EST-SSR引物进行了开发。结果表明:(1)许氏平鲉EST-SSR位点发现率为9.14%,核心序列以二碱基重复出现频率最高,占到33.03%,其中以TG/CA基序最为丰富。(2)共设计引物56对,46对实现有效扩增,其中18对具有多态性。(3)野生群体遗传多样性分析显示,每个位点观测等位基因数(Na)为2—9,平均观测等位基因数为3.89;观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及平均值分别是0.0333—0.8000、0.0333—0.7927和0.3037、0.3757;每个位点的多态信息含量(PIC)在0.0323—0.7522之间,其中高度多态位点5个,中度多态位点5个;经Bonferroni校正后,3个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,但两两位点间不存在连锁不平衡现象。(4)许氏平鲉多态EST-SSR引物对朝鲜平鲉、褐菖鲉通用性检测结果表明,引物对二者的通用率和多态率分别为88.89%、100.00%和33.33%、88.89%。研究表明,这些通用引物可用于相关物种的遗传多样性评价、系统进化分析和比较基因组作图等研究。  相似文献   

4.
采用微卫星标记分析技术,选用36对微卫星引物对罗非鱼原始群体和引种群体进行遗传多样性分析,原始群体为中国水产科学研究院淡水渔业研究中心保种的奥利亚罗非鱼("夏奥1号",ZA)、埃及尼罗罗非鱼("99品系",ZN),引种群体为广西水产研究所从淡水渔业研究中心引进培育的奥利亚罗非鱼群体(GA)和埃及尼罗罗非鱼群体(GN)。结果显示19对引物具备多态性,比率为52.8%,ZA与GA两个群体的平均观测杂合度、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为0.10、0.15、0.12,遗传相似性系数为0.9867,平均近交系数(FST)与基因流(Nm)分别为0.0379、6.3408;而ZN与GN两个群体平均观测杂合度、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为0.37、0.49、0.43,遗传相似性系数为0.7696,平均近交系数(FST)与基因流(Nm)分别为0.1146、1.9309。分析结果表明:(1)两个奥利亚群体中ZA与GA遗传多样性小,群体间遗传距离小,相似度较高,选育出的奥利亚群体遗传结构相对稳定;(2)两个尼罗群体中ZN与GN遗传多样性适中,群体间存在一定的遗传距离,相似度低,ZN与GN两个埃及尼罗群体具备进一步选育出新品系的潜力;(3)基因座UNH896、UNH995、UNH999可应用为鉴别奥利亚群体与埃及尼罗群体的特异性标记。  相似文献   

5.
为探究不同地理条件下斑节对虾天然群体的遗传多样性和遗传分化水平, 选用14对简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)特异引物对广东湛江、海南三亚、海南琼海的斑节对虾天然群体共计90尾个体进行微卫星标记分析, 每对引物检测出的等位基因数为2~4不等, 平均2.7。3个群体(湛江、三亚、琼海)平均有效等位基因分别为1.9081、1.9715和2.0185, 平均多态信息含量分别为0.3864、0.3926和0.4078, 总的平均期望杂合度(0.4605 )明显高于观测杂合度(0.4046), 表明3个群体遗传多样性水平为中等, 且存在杂合度缺失的现象。种群分化指数和遗传距离分析表明, 在不同群体间已产生了遗传分化, 但是分化较小; 三亚群体和琼海群体之间的亲缘关系最近, 而与湛江群体的亲缘关系最远。分子方差分析表明, 群体间的遗传变异指数为8%, 群体内个体间的遗传变异指数为92%, 基因分化主要发生在群体内, 而不是群体之间。  相似文献   

6.
用9对微卫星引物对尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus、奥利亚罗非鱼O.aureus和红罗非鱼O.sp.群体的遗传变异进行了比较研究。在3个群体109个个体中共检测到60个等位基因,3个群体的平均等位基因数分别为4.11、1.33和3.44,平均观测杂合度分别为0.528、0.056和0.491,平均期望杂合度分别为0.644、0.091和0.526,平均多态信息含量分别为0.580、0.077和0.466。杂合子偏离度D值分别为0.148、0.222和0.044,表明3个罗非鱼群体存在不同程度的杂合子缺失。卡方检验表明3个群体的大部分位点偏离Hardy-Weinberg平衡,存在遗传漂变现象。群体间遗传分化显著(遗传分化指数FST在0.329到0.656之间,P<0.01)。尼罗罗非鱼和红罗非鱼群体间的遗传距离最小(0.47)。上述分析表明,尼罗罗非鱼的遗传多样性最高,奥利亚罗非鱼的遗传多样性最低,群体间分化显著。表明尼罗罗非鱼和红罗非鱼尚具有一定的选育潜力,而奥利亚罗非鱼遗传多样性低,不利于选择育种,需要引进新的种群。  相似文献   

7.
为了解许氏平鲉(Sebastes schlegelii)微卫星标记与生长性状的相关性,选取26个微卫星标记在海捕许氏平鲉群体中进行微卫星筛选,每个微卫星位点的等位基因数(Na)在3~21,有效等位基因数(Ne)为1.1815~15.5676;观测杂合度(Ho)范围为0.0417~0.9999;期望杂合度(He)范围为0.1581~0.9456;多态信息含量(PIC)范围为0.1509~0.9320。利用单标记分析法分析了多态性较高(PIC0.5)的22个标记与体长、体质量、体高的相关性,结果显示3个标记与生长性状显著相关,其中HJ2-32与体长、体质量和体高显著相关(P0.05),并推断等位基因D与C对于体质量、体长、体高分别具有重要的正向与负向影响;HJ7-2与体质量显著相关;HJ7-22与体长显著相关,并推测等位基因F对体长具有正向影响,等位基因B对体长有负面影响。这些标记可为许氏平鲉分子标记辅助育种提供基础。  相似文献   

8.
采用微卫星位点对凡纳滨对虾的海南群体(进口亲虾繁育的第1世代:G1)、山东和饶平群体(G2)、湛江2和湛江3群体(G3)、湛江1和上海群体(G4)共4个世代7个养殖群体的遗传多样性进行了分析.从21对微卫星引物中筛选出12对有效扩增引物,对7个群体共280个个体进行扩增,得到10个多态位点,共获得等位基因数63个.各位点的等位基因数在2-15个之间,各群体的平均等位基因数在4.70-5.80之间.平均观测(期望)杂合度在0.36-0.43(0.53-0.65)之间.杂合子偏离指数(D)为负值,表明存在杂合子缺失现象.对7个群体、10个多态位点进行Hardy-wleinberng平衡检测,共有54个偏离平衡.对7个群体间的遗传分化水平进行检测,得到近交系数FIS在9个多态位点均为正值,两两群体间的固定指数FST值在0.149-0.375之间.FST显著性检验表明,各群体之间的遗传分化极显著(P<0.01).分子方差分析结果显示,大部分遗传变异(72.17%)来自于群体内,来自于群体间的遗传变异(27.83%)较小.凡纳滨对虾不同世代间遗传变异大,随着繁育世代的增加,遗传多样性降低.  相似文献   

9.
选取10对高多态性、非遗传连锁的微卫星引物对分布于广东和福建南部海区若干葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)养殖群体和野生群体种群进行遗传变异分析。3个养殖群体分别采样于福建漳浦(zp1)、广东饶平(zp2)和广东惠州大亚湾(zp4),一个野生群体采样于福建漳浦(zp3)。结果表明无论养殖群体还是野生群体,其种群遗传多样性均较高:3个葡萄牙牡蛎养殖群体期望杂合度为0.769~0.857,野生群体期望杂合度为0.878;3个养殖群体的观测杂合度为0.410~0.518,野生群体为0.641;3个养殖群体基因多样性为0.769~0.820,野生群体为0.878,表明尚未存在种质衰退问题。4个群体间出现显著分化,表明这几个群体间基因交流有限。养殖群体的遗传多样性低于野生群体,提醒要提防葡萄牙牡蛎资源的种质衰退。  相似文献   

10.
泥蚶人工选育群体的微卫星分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
采用微卫星分子标记技术对人工选育的泥蚶(Tegillarca granosa)群体进行遗传多样性分析。结果表明:在12个标记位点中,每个位点的等位基因数为2~9个,观测杂合度平均范围0.4195~0.4725,期望杂合度平均范围为0.5700~0.6323。哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在48个群体-位点组合中有32个群体-位点组合显著偏离平衡。Shannon遗传多样性指数为1.0608~1.2242。群体间的遗传分化系数Fst值从0.0347~0.4549,平均值0.1930;基因流Nm值为0.2996~6.9617,平均值2.3367;群体近交系数Fis范围0.0052~0.7135,平均值0.2468。结果表明,连续的人工选育过程,群体的遗传多样性仍然比较高,但选育过程对群体的遗传多样性和遗传分化有一定程度的影响。  相似文献   

11.
采用微卫星DNA分子标记方法对中国南部沿海多鳞鱚(Sillago sihama)广西北海、广东湛江、汕尾及海南三亚4个野生地理群体进行了遗传多样性及遗传分化等研究。结果表明:(1)用于研究的34对微卫星引物在4个群体中具有丰富的多态性,有效等位基因数介于1.71—20.46之间,多态信息含量PIC介于0.40—0.95之间。4个群体总的平均期望杂合度(He)为0.598,观测杂合度(Ho)为0.572,SY群体的杂合度最大(He=0.606,Ho=0.623),SW群体的最小(He=0.586,Ho=0.508)。(2)群体间F-统计量分析表明,群体遗传分化处于高度分化水平(Fst平均值为0.306);基于奈氏遗传距离(DA)构建的NJ和UPGMA聚类树均显示地理位置相邻的群体聚在一起。  相似文献   

12.
Eight microsatellite markers were used to analyze genetic diversity, level of inbreeding, and effective population size of spawner and recaptured populations of Chinese shrimp(Fenneropenaeus chinensis) during stock enhancement in the Bohai Bay in 2013. A total of 254 and 238 alleles were identified in the spawner and recaptured populations, respectively, and the numbers of alleles(N_a) were 8–63 and 6–60, respectively. The numbers of effective alleles(N_e) were 2.52–21.60 and 2.67–20.72, respectively. The polymorphism information content ranged from 0.529 to 0.952. The observed heterozygosity(H_o) values(0.638–0.910 and 0.712–0.927) were lower than the expected heterozygosity(H_e) values(0.603–0.954 and 0.625–0.952), which indicated that the two populations possessed a rich genetic diversity. In 16 tests(2 populations×8 loci), 13 tests deviated from the HardyWeinberg equilibrium. F_(is) values were positive at seven loci and the inbreeding coefficients(F) of the two populations estimated by trio ML were 13.234% and 11.603%, suggesting that there was a relatively high degree of inbreeding. A certain level of inbreeding depression had occurred in the Chinese shrimp population. F_(st) values ranged from 0 to 0.059, with a mean of 0.028, displaying a low level of genetic differentiation in the two populations. Effective population sizes(3 060.2 and 3 842.8) were higher than the minimum number suggested for retaining the evolutionary potential to adapt to new environmental conditions. For enhancement activity in 2014,the ideal number of captured shrimp spawners should have ranged from 7 686 to 19 214 to maintain genetic diversity and effective population size. Further strategies to adjust the balance of economic cost, fishing effort and ideal number of shrimp spawners to maintain a satisfactory effective population size for ensuring the sustainability of Chinese shrimp are proposed.  相似文献   

13.
牙鲆养殖群体遗传结构的研究   总被引:11,自引:0,他引:11  
黎中宝 《海洋学报》2004,26(3):102-108
应用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了牙鲆养殖群体(F1代)的遗传结构.结果表明,牙鲆养殖群体具有较高的遗传多样性水平.牙鲆群体平均每位点等位基因数的变化为1.19(0.11)~1.24(0.10).多态位点百分数的变化为14.29%~23.81%.期望杂合度的变化为0.056(0.036)~0.057(0.033).观察杂合度的变化为0.099(0.065)~0.104(0.065).牙鲆群体间遗传分化较低,群体间分化度为0.005,表明总的遗传变异中有99.5%来自群体内,有0.5%来自群体间.群体间遗传距离和遗传一致度均值分别为0.001和0.999.群体间基因流很大,等于49.75.  相似文献   

14.
斜带石斑鱼不同地理群体遗传变异的微卫星分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
王家祺  郭丰  丁少雄  王军 《海洋科学》2009,33(11):60-64
筛选5时可分析引物对斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)台湾群体和广东群体的DNA多态性进行分析.根据电泳检测结果,平均每个引物获得4.2个等位基因,未发现群体的特异位点.获得2个群体平均观测杂合度(H_o)分别为0.672 1和0.682 6,平均期望杂合度(H_e)分别为0.647 9和0.544 4,两群体间的遗传分化系数(F_(ST))为0.011 0.统计结果表明,2个群体有着较高的遗传变异性,群体间的遗传分化程度处于多数海水鱼类的平均水平.  相似文献   

15.
山东近海褐牙鲆自然群体活样本共 79尾 ,分别于 1 996年 5月、1 997年 1月和 1 998年 4月采自青岛近海 ;养殖群体活样本 5 2尾于 1 997年 1 2月采自山东荣成寻山养鱼场。采用水平淀粉胶和垂直聚丙烯酰胺凝胶电泳方法及 3种缓冲系统 (TC、EBT和TG)分别对自然和养殖群体的 1 5种同工酶进行生化遗传分析。结果表明 ,山东近海牙鲆自然群体的多态基因座位比例 ( 31 .0 % )和群体平均杂合度 ( 0 .0 80 2 )都明显高于养殖群体 ( 2 4 .1 % ,0 .0 788) ;在自然群体的 9个多态基因座位、养殖群体的 7个多态基因座位中 ,除了Cat(P <0 .0 5 )和Idhp - 1(P <0 .0 5 ,养殖群体中 )有显著差异、Ldh -C(P <0 .0 1 )完全偏离Hardy -Weinberg定律外 ,其余多态座位基因频率均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律  相似文献   

16.
采用现场测量和11对微卫星标记引物对海湾扇贝南部亚种选育系F5与普通养殖群体的生产性能、遗传差异及遗传多样性现状进行分析。结果表明:在生产性能上,选育系的壳高、壳长、壳宽、体重、壳重、软体重、肉柱重、肉柱率、成活率和笼产量等性状较对照组分别提高了17.02%、16.67%、15.02%、43.71%、35.86%、58.74%、81.18%、29.46%、17.94%和69.47%。在遗传差异的SSR分析上,选育系和普通群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)分别为3.2727、3.3636;2.3366、2.3203;0.3152、0.3545;0.5326、0.5441;0.4622、0.4693;群体间遗传距离(Dxy)为0.1161,遗传分化指数(Fst)为0.0465。结果表明,选育系生产性能明显优于普通群体,遗传多样性指数较普通群体有所降低,两群体间出现了显著的遗传分化,选育系F5获得了显著的遗传进展。同时,选育系群体仍具有较高的遗传多样性,为进一步的选育利用提供了空间。  相似文献   

17.
真江蓠是原产于西北太平洋的重要经济红藻。我们利用10对微卫星引物检测中国黄渤海地区真江蓠的群体遗传多样性和结构。10个微卫星位点在12个群体中共检测到65个等位基因,每个位点的等位基因(Na)为1~28,有效等位基因(Ne)为1.0~9.6。每个群体的平均等位基因(Na)、平均有效等位基因(Ne)、平均香浓指数(I)、平均观察杂合度(Ho)和平均预期杂合度(He)分别为2.4、1.6、0.419、0.133和0.227,显示较低的群体遗传多样性。中国黄渤海12个真江蓠群体间遗传分化较大(Fst=0.398 7),基因流有限(Nm=0.377 1),近交系数为正(Fis=0.391 3,Fit=0.634 0),表明可能存在近交和杂合子缺失现象。Structure和UPGMA系统进化分析一致将12个群体分为两个遗传组,并在黑石礁群体(HS)和石岛群体(SD)中发现明显的遗传混杂现象。AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内(73.27%)。该研究可为黄渤海地区真江蓠自然资源保护和管理提供科学依据。  相似文献   

18.
采用高通量测序法从单环刺螠基因组中开发微卫星标记,并通过一个秦皇岛单环刺螠野生群体对其进行多态性评价,利用获得的多态性引物对秦皇岛、烟台、潍坊、青岛、大连5个不同海区的野生单环刺螠群体进行了遗传多样性及遗传结构分析。结果表明:本实验设计的50个微卫星标记能稳定扩增的有38个,其中22个微卫星位点在5个群体中均表现为高多态性,等位基因数(Na)介于24—44之间,多态信息含量(PIC)介于0.921—0.967之间。5个群体总的平均有效等位基因数(N_e)范围为6.629—8.850,平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)范围分别为0.790—0.912、0.851—0.896,大连群体的杂合度最大(H_e=0.8962),潍坊群体的最小(H_e=0.8510),其中有12个微卫星位点在不同群体中出现显著偏离Hardy-Weinberg平衡的现象。平均遗传分化指数(FST)表明,群体分化水平处于中等分化水平(FST值为0.0880—0.1136);聚类分析显示烟台群体先与青岛群体聚为一支,再与秦皇岛群体聚类,然后跟潍坊群体聚为一支,大连群体单独聚为一支;遗传距离模式(IBD)显示单环刺螠群体的地理距离与遗传距离间不存在显著的线性关系。本研究开发的22对微卫星标记可以用于单环刺螠遗传结构分析研究,为下一步单环刺螠种质资源保护和人工繁育提供参考依据。  相似文献   

19.
为研究东海区厚壳贻贝(Mytilus coruscus)遗传多样性,以厚壳贻贝F mtDNA D-loop为标记,对浙江省舟山嵊山岛、宁波渔山岛、温州南麂岛、福建省宁德湾和莆田南日岛五个海区的厚壳贻贝群体进行了遗传分析。结果表明,厚壳贻贝各群体的遗传多样性差异不明显,在5个群体中,宁德群体的遗传多样性相对最丰富;将5个群体作为一个整体时,呈现出较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。对厚壳贻贝5个群体间的遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)进行检测,结果显示群体间Fst值都很低,但Nm值都很高(Nm绝对值1),表明5个群体间存在丰富的基因交流。但宁德群体与浙江沿海的3个群体(嵊山、渔山、温州)的Fst值相对较高,且差异显著(P0.5),表明宁德群体与这3个群体间出现遗传分化。本研究旨在为海洋经济贝类资源的保护管理提供理论依据。  相似文献   

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