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1.
在实验室纯培养条件下,用过滤的海洋球石藻特异性病毒(Emiliania huxliyi virus,EhV)EhV-99B1株感染球石藻(E.huxleyi,Eh),建立病毒与宿主之间稳定的感染体系,病毒裂解滤液经卷式切向流超滤和PEG 8000浓缩、CsC1密度梯度离心,获得足量高纯度的病毒颗粒.根据已报道的其它EhV株系主要外壳蛋白(MCP)基因内保守片段设计合成一对特异引物,从EhV-99B1病毒基因组中克隆到了长度约为300bp的病毒外壳蛋白基因保守片段.该片段与pBS-T载体连接后转化Escherichia coli DH5α,对筛选到的阳性克隆进行序列测定与分析.结果表明,该克隆片段与GenBank中EhV163(AF453851)分离株的同源性最高,该区域内的核苷酸与对应推导的氨基酸序列同源性均为100%,证实获得的DNA片段是EhV-99B1的外壳蛋白基因;与EhV203(AF453855)分离株的核苷酸及氨基酸序列的同源性较低,分别为93%和100%.表明该病毒在自然海域中分布广泛并具有一定的多态性,同时在进化上也存在相当的复杂性.因此,MCP基因可以作为一种新的分子遗传标记以区分自然群落中EhV的不同基因型,对于理解海洋球石藻类病毒与宿主之间复杂的相互作用关系将是一个十分有价值的工具. 相似文献
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应用生物信息学分析方法,预测到中国牙鲆淋巴囊肿病毒分离株(LCDV-cn)的lcn140基因编码锌指蛋白.为了进一步研究lcn140基因的功能,本文对lcn140基因进行了原核表达与结构分析.首先将lcn140基因克隆到pET24a(+)原核载体,再以E.coli BL21(DE3)为宿主菌表达目的蛋白;通过生物信息学软件分析,了解其结构与序列特征.结果表明,lcn140基因在原核载体中得到成功表达,表达的his标签融合蛋白主要以包涵体形式存在;在结构和序列方面,lcn140基因编码C3H1型锌指蛋白,其含有4个C3H1锌指结构和4段简单重复序列.该结果为LCDV-cn的发生、发展提供了分子基础. 相似文献
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2018年7月,浙江省某大口黑鲈(Micropterus salmoides)养殖场暴发疑似病毒引起的疾病。现场采样发现,病鱼体长约15—20cm,鱼体于水面下暗游,反应迟钝,体表有出血点或溃疡症状。本研究通过采用鲤鱼上皮瘤细胞(epithelioma papulosum cyprinid, EPC)培养、超薄切片透射电镜观察、病毒主要衣壳蛋白(majorcapsidprotein,MCP)克隆与测序分析等方法,从患病大口黑鲈中分离得到一株病毒,鉴定其属于虹彩病毒科蛙病毒属,命名为大口黑鲈虹彩病毒宁波分离株(LMBIV-NB001)。EPC经患病鱼组织匀浆液接种后出现细胞圆缩、死亡、脱落等典型的细胞病变症状。将感染后的EPC细胞制作超薄切片,通过电镜观察发现,EPC细胞质中存在大量直径约120nm具囊膜的正六边形成熟病毒粒子,形态与虹彩病毒相似。根据虹彩病毒MCP基因保守区域序列设计特异性引物对病鱼组织样本进行PCR扩增,获得了1029bp的目的基因片段。将该扩增片段连入pMD19-T simple质粒后测序,经BLAST比对分析显示,其与GenBank中已报道的鳜鱼蛙病毒NH-1609、大口黑鲈溃疡综合征病毒BG/TH/CU3、EPC060608-08的MCP基因同源性最高,相似度均达到99.13%。构建系统进化树分析表明,本研究分离的LMBIV-NB001株与NC_038508、GU256635、MG941005等虹彩病毒科蛙病毒属毒株聚成一簇。本论文研究结果为不同地区蛙病毒属成员的起源和分化等相关研究等提供了基础材料。 相似文献
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采用RACE方法克隆了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)PKR基因(CsPKR), 获得了CsPKR全长cDNA序列为2907bp, 其中包含1959bp的开放阅读框, 100bp的5′非编码区和848bp的3′非编码区。保守结构域分析显示推导的CsPKR氨基酸在N端存在两个特异的dsRBD(dsRNA binding domain dsRBD)结构域, 在C端具有多个保守的激酶活性位点, 包括ATP结合位点和底物配体结合位点, 以及活性环结构A-loop。系统进化树分析显示鱼类、两栖类、鸟类及哺乳类的PKR具有共同的进化起源, CsPKR与牙鲆PKR的亲缘关系最为密切。荧光定量PCR结果显示, CsPKR基因在健康鱼多个组织中广泛表达, 在脑中的表达最高, 头肾中表达最低。经鳗弧菌和淋巴囊肿病毒分别感染后, CsPKR基因在免疫相关组织中呈现上调表达趋势, 其中感染鳗弧菌12h后在血液中表达量较对照组上升了9.28倍, 在感染淋巴囊肿病毒24h后, 在肝脏中的表达达到最大, 为对照组的9.97倍。以上结果暗示CsPKR基因在半滑舌鳎响应细菌和病毒免疫应答中起重要作用。 相似文献
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牙鲆淋巴囊肿病毒靶器官上病毒结合蛋白的鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
利用抗牙鲆淋巴囊肿病毒单克隆抗体的间接免疫荧光检测技术,在患淋巴囊肿病牙鲆的表皮、鳃、胃、肠及肾中发现淋巴囊肿病毒的感染,以此确定为病毒感染的主要靶器官。用NP-40细胞裂解液分别抽提靶器官的总蛋白,利用病毒铺覆蛋白印迹技术(VOPBA)对靶器官上淋巴囊肿病毒结合蛋白进行鉴定,结果显示在胃、肠及肾的组织蛋白中均有1个分子量为27.8 kDa的蛋白与淋巴囊肿病毒特异结合,在鳃和表皮的组织蛋白中分别存在分子量为37.6 kDa和56.0 kDa的蛋白与淋巴囊肿病毒特异结合。推测在淋巴囊肿病毒靶器官上的这3种病毒结合蛋白有可能是病毒的受体蛋白。 相似文献
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从海洋球石藻Emiliania huxleyi病毒EhV99B1的基因组中克隆了丝氨酸蛋白酶(Sp)基因(GenBank登录号:KC161207),对该基因的开放阅读框(ORF)进行系统的生物信息学分析,并在大肠杆菌中融合表达,通过亲和层析法获得了纯化的重组Sp。结果表明:EhV99B1-Sp基因的ORF为1 110bp,编码368个氨基酸,蛋白相对分子质量为39.5kDa;该基因片段与GenBank中EhV86-Sp的同源性很高,核苷酸及其对应的氨基酸序列同源性分别为95%和97%,而与其他物种Sp序列的同源性仅为28%~32%,说明其可能是丝氨酸蛋白酶家族中的一个新成员;预测的二级结构特征显示EhV99B1-Sp的蛋白结构域中具有典型的LTAGHC(组氨酸活性位点区域)和AICNGDSGGPLF(丝氨酸活性位点区域)两个丝氨酸蛋白酶催化活性位点的氨基酸基序,是一个两次跨膜蛋白;将该基因在大肠杆菌中进行低温诱导表达,得到分子量为60kDa的重组蛋白,经鲤鱼肌肉丝氨酸蛋白酶(MBSP)抗体检测证实为Sp,且重组蛋白在大肠杆菌细胞中具有明显的生物学活性。本研究结果为进一步探讨EhV99B1-Sp在病毒与宿主相互作用过程中的调节作用及其功能与应用奠定基础。 相似文献
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淋巴囊肿病毒实时定量PCR检测方法的建立和应用 总被引：2，自引：0，他引：2
选取淋巴囊肿病毒(Lymphocystis disease virus,LCDV)主衣壳蛋白(MCP)基因保守序列,利用Primer Express2.0软件设计引物,通过优化反应条件,建立了SYBR GreenⅠ实时定量PCR的检测方法,并进行了敏感性、特异性分析.SYBR GreenⅠ实时定量PCR反应体系的最佳引物浓度为0.5 μmol/L,方法的检测限为30个病毒拷贝,扩增产物的Tm值为74.5 ℃.该方法对淋巴囊肿病毒有特异性,不能扩增流行性造血器官坏死病毒(EHNV)、虎纹蛙病毒(TFV)、蛙虹彩病毒(BIV)、新加坡石斑虹彩病毒(SGIV)、鳜鱼传染性脾肾坏死病毒(ISKNV)及真鲷虹彩病毒(RSIV).对12份发病牙鲆鱼样品进行检测,均感染淋巴囊肿病毒;20份无临床症状的牙鲆经检测不含淋巴囊肿病毒.建立的LCDV的SYBR GreenⅠ实时定量PCR方法,具有成本低、特异、灵敏、快速等优点,可用于淋巴囊肿病毒的早期诊断. 相似文献
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研究并建立采自胶州湾的11株大小存在差异的新月细柱藻单克隆培养体系。对其核编码的SSU rDNA基因和叶绿体编码的rbcL基因进行了克隆和测序。序列分析表明，11株C．closterium的SSU rDNA基因和rbcL基因存在很大的序列变异。依据rhcL基因核苷酸序列推导的氨基酸残基变异则明显小于核苷酸变异。分别通过两基因核苷酸序列构建的邻接（Neighbor joining，NJ）系统发育树将11株C．closterium分成相同的6个分支（clade）。通过SSU rDNA基因构建的NJ树将所有的细柱藻聚为一支。SSU rDNA基因NJ树将细柱藻分为2个明显的支系（lineage）：支系Ⅰ由12株C．closterium组成，包括本实验分离到的全部11株C．closterium，该支系中部分节点没有得到较高的支持率（〈50％）；支系Ⅱ包括2株C．closterium和1株C．fusiformis。在rbcL基因NJ树中细柱藻也形成2个支系，11株C．closterium组成1个支系，系统树中每个节点均得到很高的支持率（〉70％）。统计分析表明，支系Ⅰ中株系间的平均遗传距离高于其它微藻种的种内变异程度，差异极显著（P〈0．01）。上述分析结果证实C．closterium实际上是1个种复合体（species complex），可以被细分为若干个种。 相似文献
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本研究对海豚链球菌DGX07株C5a肽酶基因序列进行了克隆和生物信息学分析, 表达了其功能活性区域, 并以斑点叉尾(Ictalurus punctatus)作为受试动物, 对该蛋白进行了免疫保护作用研究。结果显示, scpⅠ基因编码的氨基酸序列具有2个Peptidase_S8_S53超家族的保守结构域, 1个PA超家族的保守结构域和1个Fn3-like超家族的保守结构域, 推导其活性位点共有7个, 位于前501个氨基酸; 根据二级结构预测、疏水性分析、表面可及性、柔性分析和抗原表位分析, 推断该氨基酸序列的B细胞表位区域主要集中在第67—1098个氨基酸之间。因此, 本研究选取去掉信号肽的N段的前635个氨基酸(180—2085bp)进行表达。使用表达的重组蛋白pSCPⅠ免疫斑点叉尾, 抗体效价结果显示: 免疫后第四周抗体效价最高, 第五周后抗体效价开始下降, 相对免疫保护率为43.75%。以上结果表明重组pSCPⅠ蛋白具有较好的免疫保护作用, 能够作为海豚链球菌亚单位疫苗的候选之一。 相似文献
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利用牙鲆鳃细胞系分离和培养淋巴囊肿病毒 总被引：1，自引：4，他引：1
本文利用牙鲆鳃细胞系进行了养殖牙鲆淋巴囊肿病毒的分离及培养 ,并通过电镜对培养细胞中淋巴囊肿病毒的形态及感染循环进行了初步研究。将病鱼的淋巴囊肿组织无菌滤液接种牙鲆细胞系 ,细胞出现了明显的细胞病变 ( Cytopathic effect,CPE)。电镜观察在培养细胞的胞质中有病毒的包涵体 ,胞质中散在 6角形、5角形或圆形的病毒粒子 ,大小为 10 0～ 140 nm之间。在感染细胞的线粒体中也存在大量的病毒颗粒。 相似文献
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应用单克隆抗体检测牙鲆血清中抗淋巴囊肿病毒的特异性抗体 总被引：1，自引：1，他引：1
应用杂交瘤单克隆抗体技术制备10株分泌抗牙鲆免疫球蛋白单克隆抗体的杂交瘤细胞。利用单抗2H4,通过间接酶联免疫法(ELISA)对牙鲆血清中抗淋巴囊肿病毒(LCDV)特异性抗体进行了检测。结果表明:无外观症状的牙鲆血清中特异性抗体水平很低(平均OD值为0.092),个别鱼体偏高,证明已感染LCDV,处于潜伏期;患淋巴囊肿病且症状显现的牙鲆血清中特异性抗体水平升高(平均OD值为0.165),患淋巴囊肿病后处于恢复期的牙鲆抗体水平最高(平均OD值为0.231);健康牙鲆接种LCDV灭活疫苗后,特异性抗体水平显著升高。 相似文献
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利用免疫细胞化学法测定鱼类淋巴囊肿病毒(LCDV)滴度.以牙鲆鳃细胞系(FG)作为感染细胞,将生长旺盛的FG细胞接种于48孔培养板中培养至形成细胞单层,用2倍连续稀释的LCDV粗提液分别接种FG细胞.固定各稀释度LCDV感染后的FG细胞,孵育抗牙鲆LCDV单克隆抗体,其后再运用生物素-亲合素反应系统,以碱性磷酸酶底物APRed试剂盒发色.倒置显微镜观察,被病毒感染的FG细胞的细胞质呈现红色,未被感染细胞的细胞质呈无色.记录各稀释度病毒感染的阳性细胞孔数,按Reed-Muench法计算组织细胞培养半数感染量(TCID0).结果显示,免疫细胞化学法测得LCDV在FG的滴度为1.77×210 TCID50/mL.该法可以用来有效测定LCDV滴度,且结果直观、准确性较好,灵敏度较高. 相似文献
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淋巴囊肿病毒是最早发现的鱼类病毒,广泛分布于世界各地的淡水、盐水和海水中,可感染140种以上鱼类,危害巨大。本文对该病毒的形态结构特征、化学组成和理化特性、基因组及编码多肽、细胞培养特性和该病的致病机理、传播方式、诊断防治等方面进行了综述。 相似文献
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不同来源美人鱼发光杆菌美人鱼亚种菌株表型差异性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
美人鱼发光杆菌美人鱼亚种(Photobacterium damselae subsp.damselae)可感染多种海水养殖动物发病,为研究不同菌株之间的表型差异性,作者对不同来源的25株美人鱼发光杆菌美人鱼亚种菌株的溶血特性、生理生化特征、药物敏感性以及5种最敏感抗生素的最小抑菌浓度进行了分析。结果表明:(1)25株菌株在TSB培养基上均为白色不透明圆形菌落,TCBS培养基上菌落显绿色,直径为1～2 mm,革兰氏染色均为阴性;(2)25株菌对3%胰胨水、无盐胰胨水、葡萄糖、肌醇、3%NaCl、ONPG以及精氨酸双水解酶等22种生化反应呈现出高度一致性,对于丙二酸盐、赖氨酸脱羧酶、尿素酶以及西蒙氏枸橼酸盐表现出明显差异;(3)所有菌株中仅有2株菌表现出β溶血,23株菌表现出α溶血;(4)25株菌对丁胺卡那、链霉素、复方新诺明、乙酰螺旋霉素以及苯唑青霉素5种抗生素均表现出耐药性;对萘啶酸、氟罗沙星、菌必治、头孢胺噻肟、盖伯斯林以及洛美沙星6种抗生素均表现敏感性;对恩诺沙星等27种抗生素的药物敏感性存在显著差异;(5)5种抗生素的MIC检测结果表明,25株菌对萘啶酸以及环丙沙星的MIC基本一致,浓度分别是2.5～10μg/mL以及低于2.5μg/mL,对多粘菌素B、氧氟沙星以及洛美沙星3种抗生素差异较大。通过本研究证实不同来源的美人鱼发光杆菌美人鱼亚种菌株表型特征存在明显差异。 相似文献
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Development and characterization of a cell line from the embryos of half smooth tongue sole (Cynoglossus semilaevis) 总被引：2，自引：1，他引：2
A new cell line,CSEC,has been successfully established from embryos at gastrula stage of a cultured marine fish,half smooth tongue sole(Cynoglossus semilaevis).CSEC cells grow actively and stably more than 50 passages for over 200 d in DMEM medium supplemented with 15% FBS(fetal bovine serum),2.5 ng/cm 3 bFGF(basic fibroblast growth factor),1 ng/cm 3 LIF(leukemia inhibitory factor) and 50 mmol/dm 3 2-ME(2-mecaptoethanol).The cells grew well in the temperature range of 24-30 ℃ and the optimal growth temperature was 24℃.FBS and bFGF concentrations are the two key components for CSEC cells proliferation.Chromosome analysis reveals that CSEC cells have a normal diploid karyotype with 2n=42t.The significant fluorescent signals were observed in CSEC after transfection with the GFP reporter gene,suggesting that the CSEC cell line can be used as a useful tool for transgenic and genetic manipulation studies.CSEC cells showed the cytopathic effect(CPE) after infection with lymphosystis disease virus(LCDV) in 2 d.Moreover,the LCDV particles can be observed in the cytoplasm of virus-infected cells by electron microscopy.It suggests that CSEC could be potentially used for the study of aquatic virus. 相似文献
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采用TCBS选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到19株细菌.经16S rDNA序列分析,所有菌株均属于弧菌属（Vibrio）,且与最近似的弧菌模式种的同源性都在98.99%以上.由于弧菌种间16S rDNA序列相似度极高,无法仅靠16S rDNA序列比对来鉴定这些菌株到种的水平.16S rDNA序列的系统发育分析也显示,大多数菌株与弧菌模式种无法归为一簇,表明16S rDNA基因在弧菌种的分类鉴定上分辨率不高.进一步采用基于4种看家基因（rpo A、pyr H、gap A和top A）的多位点序列分析技术（MLSA）对分离到的弧菌菌株进行分类鉴定,结果显示19株海洋弧菌归于溶藻弧菌（Vibrio alginalyticus）与魔鬼弧菌（Vibrio diabolicus）2个种,表明这两种弧菌是该鲍鱼养殖场水体环境中的优势弧菌种,在鲍鱼养殖弧菌病害防治方面需要重点关注.此外,看家基因与16S rDNA基因的多态性分析表明,4种看家基因的多态位点比率均高于16S rDNA.4种看家基因串联后的多态位点比率高达41.1%,远高于16S r DNA基因的13.4%,表明看家基因相较于16S rDNA基因有着更高的分辨率,更适合于海洋弧菌的分类鉴定. 相似文献
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采用RT-PER原理和长片段扩增技术克隆短沟对虾和斑节对虾酚氧化酶原基因。设计合成特异引物、提取血细胞总RNA，反转录后扩增获得的特异片段回收并克隆到pGEM-TEasyVector系统的T载体上，重组子进行碱基序列测定。结果表明，所克隆的短沟对虾酚氧化酶原基因含起始密码子A1B到终止密码子TGA的2055bp，编码684个氨基酸。斑节对虾酚氧化酶原基因含ATG到TGA的2061bp，编码686个氨基酸。短沟对虾酚氧化酶原推算分子量为78153Da，等电点pI为6．25；斑节对虾则为78581Da，pI为5．83，用DNA分析软件分析显示两种对虾酚氧化酶原基因具有高度的同源性，二者的碱基和推测的氨基酸序列同源性分别为93％和92％；对虾与其他节肢动物酚氧化酶原基因的同源性的高低与种类间亲缘关系相关；不同种类间酚氧化酶活性中心重要组成部分的2个铜结合位点、位于铜结合位点内的6个组氨酸以及与铜结合位点相邻的氨基酸序列高度保守。 相似文献
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从国家海洋局第三海洋研究所海水养殖池中分离得到一株细菌AC-11,16SrDNA序列分析表明其与肺炎克雷伯氏菌肺炎亚种(Klebsiella pneumoniae subsp.pneumoniae)具有最高的序列同源性达99.78%.以此菌株为宿主菌,于2008年11月采用双层平板法分离得到3株裂解性噬菌体KP1,KP... 相似文献
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采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S r DNA序列,同时利用Gene Bank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析。结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS-5.8S r DNA序列完全一致。白色霞水母样品的ITS-5.8S r DNA序列与Gen Bank中未知真核生物的序列高度相似(≥99%),推测该物种可能是早期发育阶段(卵、浮浪幼虫或碟状体)的白色霞水母样品。霞水母属不同种间18S r DNA序列经比对后同源序列长度为1709bp,多态位点数33个;比对后ITS1同源序列长度为368bp,其中变异位点203个,简约信息位点数178个,单变异位点21个。基于18S r DNA基因序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0、0.008,而基于ITS1序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0.019、0.284。基于ITS1的种间遗传距离是种内遗传距离的15倍,适合于进行物种鉴定。NJ系统树的结果也表明同种的不同个体各自聚枝,其聚类结果大致与形态分类吻合。研究表明,ITS基因片段在霞水母不同种间变异较大,更适于大型水母种类鉴定、检测及属内种间水平的系统进化研究。 相似文献