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相似文献
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1.
对文蛤(Meretrix meretrix L.,1758)、青蛤(Cyclina sinensis G.,1791)、硬壳蛤(Mercenaria mercenaria L.,1758)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis L.,1874)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata R.,1850)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum A.,1850)6种帘蛤科贝类和4个地理种群文蛤(大连、连云港、湛江、防城港)的细胞色素c氧化酶亚基I(COI)基因片段的核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为709 bp,序列A+T含量(62.2%~67.6%)明显高于GC含量.物种间共有变异位点311个,其中简约信息位点202个;文蛤4个地理种群间共有变异位点46个,其中简约信息位点2个.此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点85个;文蛤种群间只有1个氨基酸变异位点.以COI基因片段序列为标记,用大竹蛏(Solen grandis)作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发生树,其拓扑结构显示4个地理种群文蛤首先聚为1个单元,然后与青蛤聚在一起,最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,其结果与传统形态分类基本一致,说明COI基因适合作为该科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记.  相似文献   

2.
采用CO1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个CO1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),第1密码子变化范围最大(27.6%-54.1%,平均44.9%),第3密码子差别较小(41.6%-43.6%,平均42.7%)。依据Kimura-2-parameter模型,30种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006,种间为0.210,种间遗传距离是种内的35倍;在分子系统树上,28个种(93.3%)可形成单系,18个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是,由黑鳃梅童鱼(Collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C.niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平,灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名,而红牙(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平。本研究证明线粒体CO1基因可作为DNA条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定,亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题。  相似文献   

3.
肌肉生长抑制素(MSTN)基因对肌肉生长起负调控作用,在动物育种上具有潜在的应用前景.报道了眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus)的MSTN基因的序列结构特征及其组织特异性表达.MSTN基因具有3个外显子和2个内含子,编码376个氨基酸.在内含子Ⅰ和3'-UTR区内,分别发现了(TC)4CC(TC)4CT(TC)4和(AC)7微卫星序列.推断的眼斑拟石首鱼的MSTN氨基酸序列具很强的保守性,与石鼓鱼、金鲷、条纹石鮨、白鲈、金眼石鮨之间的相似性在90%以上.在结构上,眼斑拟石首鱼的MSTN包含N端信号序列(1~22氨基酸残基),TGF-β前肽域(41~256氨基酸残基),RXXR蛋白水解位点(264~267位的RARR)和TGF-β区域(282~376氨基酸残基).在检测的10种组织中,MSTN只在眼斑拟石首鱼的肌肉、脑和眼组织中表达,其中在肌肉表达最强.  相似文献   

4.
为探讨石首鱼科(Sciaenidae)鱼类分子系统进化关系,采用生物信息学方法分析了黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)、棘头梅童鱼(C.lucidus)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、小黄鱼(L.polyactis)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、白姑鱼(Pennahia argentata)、黄姑鱼(Nibea albiflora)和皮氏叫姑鱼(Johnius belangerii)共8种石首鱼类线粒体基因组全序列的基本特征。结果显示,除皮氏叫姑鱼外,其余7种石首鱼类编码的37个基因排列顺序与脊椎动物线粒体基因组相同。基因组碱基分布存在不均衡现象,A+T含量高于G+C含量。线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,ND4和ND5基因可作为COI基因的辅助分子标记,应用于石首鱼类群体遗传学的研究中。黄鱼亚科5种鱼类13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值远低于1,显示出较强的纯化选择。皮氏叫姑鱼与其他石首鱼间的遗传距离均较大且亲缘关系较远,暗示叫姑鱼属或为石首鱼类中较为原始的类群。基于线粒体基因组全序列构建NJ系统树支持黄鱼亚科和白姑鱼亚科亲缘关系较近的形态学结论。而基于去除控制区后序列和13个蛋白质编码基因序列构建的系统树则表明两亚科鱼类间的差别在非编码区更为明显。  相似文献   

5.
对采自莱州湾和胶州湾的日本蟳野生群体的线粒体16S rRNA和COI基因片段进行了PCR扩增和测序,分别得到长度为519和658 bp的碱基序列.研究结果显示这2个基因片段在种内的变异都较低,对2个基因同源序列分析表明,在线粒体16SrRNA基因片段中共检测到7个变异位点(包括6个单一变异位点,1个简约信息位点)和7种单倍型;在COI基因中共检测到8个变异位点(包括6个单一变异位点,2个简约信息位点)和7种单倍型.通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,分析比较了两群体间的序列差异和遗传多样性水平.结果显示2个日本蟳野生群体的遗传多样性比较丰富.用MEGA4.0软件构建了NJ和UPMGA系统树,基于16SrRNA基因片段的系统树显示梭子蟹科的4个属聚为两大支:日本蝇不同的单倍型先聚在一起,然后与青蟹属的3种蟹聚为一支;梭子蟹属的三疣梭子蟹、远海梭子蟹及塞氏梭子蟹聚在一起;再与美青蟹属的美洲蓝蟹、巴西蓝蟹等聚为一支.基于COI基因显示日本蟳不同的单倍型先聚在一起,再与其他3种蟳聚为一支;梭子蟹属的远海梭子蟹和三疣梭子蟹相聚,然后与美青蟹属的2种蟹相聚为一支.该结果与传统分类一致.这些数据为我国日本蟳的种质资源保护和利用提供了基础的分子生物学依据.  相似文献   

6.
测定了绒螯近方蟹和肉球近方蟹线粒体16S rRNA基因部分片段的序列,其长度分别为529bp和525bp。二者的核苷酸序列A、T、G、C的含量相似,分别为36.3%、37.2%、15.9%、10.6%,35.2%、37.5%、17.1%、10.2%;不包括4处插入/缺失位点,两序列间有31个变异位点,核苷酸差异率为5.91%,其中转换18个、颠换13个,转换与颠换比约为1.4。对国外3种近方蟹的16S rRNA基因序列与本文的2种近方蟹序列一起比对获得512bp的同源序列(含插入/缺失位点)进行分析,A+T的平均含量为73.5%,明显高于G+C的平均含量,共检测到变异位点67个,简约信息位点19个。基于已知的弓蟹科43种蟹类的16S rRNA基因502bp同源序列获得的系统发生树的拓扑结构表明,Helicana、Eriocheir、Helice、Cyrtograpsus、Metaplax、Brachynotus属的蟹类各自聚为一支,且与形态学分类结果一致,表明其分别为一单系;但Hemigrapsus、Gaetice、Cyclograpsus属的蟹类却没有各自聚为一支,分子数据不支持它们分别为一单系。  相似文献   

7.
对我国沿海4个野生群体三疣梭子蟹的核糖体RNA转录单元内间隔区ITS1基因片段进行克隆和测序,获得长度为515—571bp的ITS1核苷酸序列,在4个群体的三疣梭子蟹中共检测到变异位点56个,多态位点比例为9.5%,其中简约信息位点25个,共检测到40种单倍型。通过统计单倍型多态性、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,结果显示:舟山群体多样性指数最高,其次是鸭绿江口群体和海洲湾群体,莱州湾群体最低。在三疣梭子蟹ITSl序列中共发现5种微卫星位点,AMOVA分析结果显示4个群体间的遗传差异显著。另外,将本研究所得序列结合GenBank数据库中十足目12种蟹ITSl序列构建系统进化树,系统树显示同属的不同种各自聚支,与形态学分类吻合。  相似文献   

8.
采用线粒体DNA16SrRNA基因序列测定方法,对中国沿海3目8科的14种腹足类的系统演化关系进行了比较分析。结果显示,共测定了102个个体,获得线粒体DNA16SrRNA基因片段507bp的同源碱基序列;用最大简约法检测到保守位点87个,可变位点409个,简约信息位点254个;计算了碱基替换/颠换率的距离(R)和基于碱基替换+颠换率的距离(D),红螺属内的脉红螺和红螺R值为0.9367,大于0.5,属于种间标志值;采用Kimura2-parametermodel构建了邻接法(NJ)、最小进化法(ME)和最大似然法(MP)等3种系统树,脉红螺和红螺各自均为单系群(支持率=92—100),同时表明它们在检测的14种腹足类中属于相当进化种类。分析结果从线粒体基因序列的层次支持脉红螺与红螺属于不同种类的现代分类方法。  相似文献   

9.
波纹唇鱼mtDNA D-loop 序列变异分析   总被引:2,自引:1,他引:1  
为研究波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)线粒体D-loop 序列遗传多样性, 作者采用聚合酶链式反应和克隆技术对海波纹唇鱼群体(n=25)的mtDNA D-loop 序列进行克隆和测序, 获得长度大约为1 400 bp的产物。用ClustalX 软件进行排序比较, 将结果导入MEGA5.0, 结果显示出在这25 尾个体中, 共检测出66 个变异位点, 包括0 个碱基缺失, 4 个碱基插入, 59 转换位点, 2 颠换位点及1 个转换和颠换同时存在的位点。并用MEGA5.0 软件构建该群25 尾个体的NJ 和UPGMA 系统树。由DNASP 软件计算出该波纹唇鱼群体的多态位点数(S)为62, 核苷酸多样性(Pi)为0.00606, 平均核苷酸差异数为6.907。结果表明波纹唇鱼群体的mtDNA-loop 基因个体差异程度不明显。  相似文献   

10.
条纹斑竹鲨线粒体控制区和细胞色素b基因序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
对厦门和湛江海域的条纹斑竹鲨Chiloscyllium plagiosum(Bennett,1830)]的线粒体DNA控制区和细胞色素6(Cytb)基因进行PCR扩增和测序,获得线粒体DNA控制区、Cytb基因和tRNA^Pro。基因全序列(GenBank序列号:EU363740~EU363752)。结果表明,tRNA^Pro。基因长度为69bp,控制区长度为1094~1096bp,Cytb基因全序列长度为1146bp。tRNA^Pro。基因非常保守,未发现碱基变异。所测30个个体中,控制区只有4个多态位点,5种不同的单倍型;Cytb基因全序列共有10个多态性位点,7种单倍型。Cytb基因的1146个碱基编码381个氨基酸,氨基酸链共有3个变异位点,4种单倍型,厦门群体具有4种单倍型,湛江群体只有1种单倍型。综合Cytb基因和控制区序列,2个条纹斑竹鲨群体共有10种单倍型,其中厦门群体有9种单倍型,湛江群体仅4种单倍型。研究结果表明条纹斑竹鲨在控制区和Cytb基因序列上的遗传多样性均较低,厦门群体的遗传多样性水平高于湛江群体。  相似文献   

11.
对鰶亚科两种鱼类的线粒体16S rRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定,分析比较了两种间的序列差异。斑鰶(Konosirus punctatus)16S rRNA基因片段长度为572bp,在3个个体中检测到2个单倍型,花鰶(Clupanodon thrissa)序列长度为575bp,两种间存在30个核苷酸位点(5.2%)的变异。基于木村双参数进化模型得到两种间的遗传距离为0.043。以太平洋鲱和寿南小沙丁为外群构建的NJ树表明,斑鰶和花鰶的亲缘关系较近,而与美洲真鰶(Dorosoma cepedianum)的亲缘关系较远。  相似文献   

12.
基于2006~2007年福建沿岸海域4个航次的底拖网调查,分析了福建沿岸海域石首鱼科鱼类的资源现状.结果表明:4个航次共捕获石首鱼类16种,其中春季捕获石首鱼类10种,夏季和冬季均捕获14种,秋季捕获12种.不同航次捕获的石首鱼类占所有鱼类总渔获量的比例为10.43%~23.23%,平均15.71%.平均资源密度和平均个体密度分别为81.49 kg/km2和3 663.06 ind./km2.平均资源密度和平均个体密度均以秋季最高,分别为130.02 kg/km2和5 702.64 ind./km2.闽东沿岸海域、闽江口及其附近海域、闽中沿岸海域和厦门沿岸海域石首鱼类的全年平均资源密度分别为70.75、96.23、22.54和84.57 kg/km2.在各种石首鱼类中,叫姑鱼(Johnius belengerii)的资源密度和个体密度最大,其次是丁氏(Wak tingi).叫姑鱼的相对重要性指数最高,为871.01,仅叫姑鱼为优势种.与近20 a前的调查资料相比较,石首鱼类的渔获量占鱼类总渔获量的比例升高,但资源密度显著下降,必须采取措施,避免开发强度的继续增加,以利于其资源的可持续利用.  相似文献   

13.
厦门海域游泳生物的时空分布特征   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据2007~2008年间在厦门海域开展的游泳生物周年季节调查数据,分析了厦门海域游泳生物种类组成、数量分布特征和季节变化,结果表明,厦门海域游泳生物种类236种,其中鱼类153种(软骨鱼类11种,硬骨鱼类142种),隶属于16目61科108属;甲壳类71种,隶属于3目21科35属;头足类12种,隶属于3目4科5属12种.游泳生物平均密度指数为1 337ind/(网.h),平均生物量指数为19.560 kg/(网.h).生物量优势种为叫姑鱼(Johnius belengerii),密度优势种为鹿斑鲾(Leiognathus ruconius).游泳生物生物量指数的季节变化为夏季〉冬季〉秋季〉春季,密度指数的季节变化为夏季〉秋季〉春季〉冬季.同时对厦门海域游泳生物多样性特征进行分析表明,不同海域生物多样性变化特征存在明显差异,多样性指数(H')由东向西逐步递减,即大嶝海域〉东部海域〉九龙江口及厦门港海域〉同安海域〉厦门西港海域.并讨论了多样性特征和主要优势种的区域分布特征,结果表明,受河口区复杂环境条件的影响,该海域游泳生物季节群聚优势种较为明显.游泳生物多样性特征的变化是由于各季节主要种类的优势度不同引起的.  相似文献   

14.
密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,86尾个体序列的变异位点数为38个,共定义了28个单倍型;3个密斑马面鲀群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较高,且相差不大;密斑马面鲀群体间未检测到显著的群体遗传结构,分子方差分析表明,99.67%的遗传差异来自于群体内,群体间遗传差异仅为0.33%。贝叶斯树和最大似然树均显示出密斑马面鲀单倍型间松散的分布,未检测到显著的谱系结构。群体历史动态分析结果表明密斑马面鲀的群体经历了更新世的群体扩张事件。  相似文献   

15.
Microplankton communities of three coastal sites of Qingdao, Shandong Province, China were investigated using RAPD (random amplified polymorphic DNA) molecular markers and morphological observations. Eight RAPD-primers were selected to amplify the DNA polymorphy. The genetic distances inferred from the pairwise similari-ties were calculated for the phylogenetic tree construction. Meantime, the traditional microscopic determination, a way of visualizing the species composition, was performed to detect the major taxa of microplanktons from all samples. Results showed that: (1) the band sharing index values were in the range of 0. 504 2-0. 763 2 among samples from the same sampling site at different time scales, while 0.406 5-0.685 7 among the samples from different stations at the same time scales, indicating that spatial variations of microplankton communities were more pronounced than temporal ones; (2) samples from the same station basically clustered together, cor-responding to the geographic distribution of the sampling sites; (3) diversity derived from genetic and morpho-logical data did not correspond with each other well.  相似文献   

16.
Microplankton communities of three coastal sites of Qingdao, Shandong Province, China were investigated using RAPD (random amplified polymorphic DNA) molecular markers and morphological observations. Eight RAPDprimers were selected to amplify the DNA polymorphy. The genetic distances inferred from the pairwise similarities were calculated for the phylogenetic tree construction. Meantime, the traditional microscopic determination, a way of visualizing the species composition, was performed to detect the major taxa of microplanktons from all samples. Results showed that: (1) the band sharing index values were in the range of 0.504 2—0.763 2 among samples from the same sampling site at different time scales, while 0.406 5—0.685 7 among the samples from different stations at the same time scales, indicating that spatial variations of microplankton communities were more pronounced than temporal ones; (2) samples from the same station basically clustered together, corresponding to the geographic distribution of the sampling sites; (3) diversity derived from genetic and morphological data did not correspond with each other well.  相似文献   

17.
厦门东海域流刺网渔获鱼类种类组成及其多样性分析   总被引:10,自引:0,他引:10  
2005年7月至2006年6月对厦门东海域的流刺网渔获鱼类的种类组成及其多样性进行采样分析.总共获得鱼类67种,隶属于14目40科50属.以鲈形目种类最多,共计29种,占总数的43.3%.主要的优势种有:皮氏叫姑鱼、黄鳍鲷、杜氏棱鳀、棱鮻、中华海鲶、斑鰶、黄斑鲾和褐蓝子鱼等.渔获种类的季节变化比较明显,种类的月更替率比较高,与海洋表层水温变化有关.  相似文献   

18.
6个虾种基因组DNA多态性分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
许玉德  孙晟 《海洋科学》2001,25(1):9-11
采用RAPD方法检测了罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)、绿须虾(Aristeus virilis)、长毛对虾(Penaeus penicillatus)、日本对虾(P.japonicus)、斑节对虾(P.monodon)和周氏新对虾(Metapenaeus joyneri)等6个虾种的基因组DNA的多态性。用20个随机引物扩增得到492个DNA片段,根据这些片段的共享度计算出遗传距离并构建系统树。所得结果从DNA水平上反映出虾类在科属种不同分类阶元亲缘关系的远近,并为虾类现行的分类系统提供了分子生物学依据。  相似文献   

19.
仿刺参(Apostichopus japonicus) mtDNA三个基因片段的序列分析   总被引:10,自引:0,他引:10  
采用PCR技术对中国烟台、威海和莱州三个地点仿刺参的16S rRNA、COI、IrRNA-COI三个mtDNA基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为570bp、640bp和900bp的三段序列,分析了三个采样点样品的遗传多样性。结果表明,每段基因序列扩增均获得两种单倍型,已在Genbank中注册(注册号码:AY852278—AY852283)。通过比较,三个地点样品的序列差异不显著,无缺失、插入、颠换的现象,只有个别位点出现转换,其中16S rRNA序列最为保守,16S rRNA、COI、IrRNA-COI三段序列A T的平均含量为56·2%、59·2%、61·8%,均大于G C含量。三个采样点样品同源性为99·84%—99·96%。将获得的仿刺参DNA序列和Genbank中的来自东太平洋8个外群进行基因序列比较,结果发现,不同目、科的海参的序列差异显著。采用DNAsp统计了各类位点数;MEGA2·1分析了碱基组成和遗传距离,构建了系统树。系统树体现的分类关系与这些物种的形态学分类关系完全一致。  相似文献   

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