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山口红树林根际土壤可培养细菌多样性及其活性筛选 总被引：2，自引：1，他引：1
为探讨广西山口红树林土壤可培养细菌的多样性，采用纯培养分离技术对采集的25个红树林样品进行可培养细菌多样性分析，挑选117株菌株进行16S rRNA基因测序并构建系统发育树分析。结果表明117株菌株分别属于9个纲20个目27个科35个属，9个纲包括α-变形菌纲（21.37%）、β-变形菌纲（1.71%）、γ-变形菌纲（12.82%）、δ-变形菌纲（0.85%）、噬纤维菌纲（0.85%）、鞘脂杆菌纲（0.85%）、黄杆菌纲（2.56%）、放线菌纲（27.35%）、芽孢杆菌纲（31.62%）。优势属为芽孢杆菌属，占所有菌株的28.20%，此外α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲和放线菌纲中发现了7株潜在的新物种。分离菌株的产酶活性检测表明，山口红树林根际土壤蕴含丰富的产淀粉酶、蛋白酶、葡聚糖、纤维素酶和几丁质酶等生物活性酶的菌株，其中芽孢杆菌纲的产酶菌株数最为丰富。初步研究结果表明广西山口红树林土壤可培养细菌资源丰富，新物种资源多样，是农业微生物开发应用的重要资源库。 相似文献
2.
研究广西茅尾海红树林自然保护区内红树林土壤中可培养放线菌的多样性,挖掘具有高产多种功能酶活性的放线菌类群。应用可培养技术和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析研究红树林土壤中可培养放线菌的多样性;并以10种酶活底物为指示物,结合点植法和透明圈法对可培养的放线菌进行功能酶活性筛选。结果显示,从红树林土壤中共分离到444株放线菌,隶属于6目13科24属63种,其中3株放线菌为潜在新种。从63株不同种的放线菌中筛选出56株放线菌在至少1种功能酶活性检测中显示阳性,总阳性率为88.89%;其中具有2种以上功能酶活性的放线菌31株,链霉菌属、微杆菌属和短小杆菌属的产酶菌株最为丰富。综上所述,广西茅尾海红树林自然保护区内红树林土壤中可培养放线菌的种类丰富多样,潜藏着放线菌新资源,且功能酶活性显著,具有较大的挖掘潜力。 相似文献
3.
为了寻找新型抗结核药物先导,从广东沿海阳江、惠州、珠海、深圳等原生态红树林保护区采集了45份土壤样品,采用改良高氏Ⅰ号培养基对样品进行放线菌分离,共分离得到放线菌177株。纯化后的菌株采用固体培养基发酵培养,甲醇∶二氯甲烷∶乙酸乙酯混合溶剂(3∶2∶1,v/v/v)超声提取,并以耻垢分枝杆菌为指示菌,进行抗分枝杆菌活性筛选,发现44株红树林放线菌对天然耐药的耻垢分枝杆菌有不同程度的抑制作用,占总分离菌株的24.8%。结果表明,从红树植物老鼠簕根部土壤中分离得到放线菌的数量及抗分枝杆菌活性菌株数量都最多。 相似文献
4.
红树林土壤中蕴藏着丰富的放线菌资源,是新菌种的重要来源。为获得更多新的放线菌资源以用于开发新的生物活性化合物,了解放线菌的多样性是非常重要和必要的。研究采用扩增子高通量测序和传统培养法对八门湾红树林土壤放线菌进行了非培养和培养水平多样性研究,同时对其抗病原菌活性进行了分析。对于非培养水平多样性研究,与细菌通用引物相比,利用放线菌相关引物可以提高放线菌丰度的检测水平,其百分比含量提高2.47倍;可以检测到放线菌门更多的目、科和属;对于在目水平上的放线菌类群组成来说,Acidimicrobiales、Corynebacteriales、Gaiellales、Kineosporiales、Solirubrobacterales是优势类群,但是在用两对不同引物得到的结果中,其百分含量差异较大。放线菌相关引物更适合环境样品中放线菌多样性的分析。对于培养水平多样性研究,分离到256株放线菌,属于7个目、9个科、14个属, Shannon-Wiener多样性指数为1.32, Streptomyces(42.58%)和Micromonospora(42.19%)是优势属;与模式菌株的相似性小于98.5... 相似文献
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海南红树林根系土壤中可培养细菌的多样性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为研究海南红树林根系土壤细菌多样性,充分发掘中国红树林特有微生物资源,作者于2012年12月份从10份采集于海南北港岛红树林根系淤泥样品中分离可培养海洋细菌,并基于16S rRNA基因序列分析的方法对样品中的细菌多样性进行研究。共分离得到122株海洋细菌,经并菌后选取其中的70株代表性菌株测序,结果发现它们分为4个类群:变形菌门(主要为γ-变形菌纲)(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria),分别占66%,19%,11%和4%。共代表30个属47个种,其中有9个潜在新种和2个潜在新属。本研究结果表明,北港岛红树林中存在着丰富的细菌多样性,很多类群可能是红树林特有细菌物种。 相似文献
6.
深圳福田红树林生态中放线菌的筛选及其抗菌活性测定 总被引：6，自引：0，他引：6
从深圳福田红树林根际于不同季节采集的3份土样和2份水样中分离得到95株放线菌,94%的放线菌为链霉菌科。测定95株放线菌发酵液对病菌的抗菌活性,82%的放线菌发酵液有不同程度的抗菌作用,对革兰氏阳性细菌(G )的抗菌作用最强。测定其中6株放线菌发酵液对细菌、霉菌和酵母的抗菌活性,各具有不同的抗菌谱:s33,s48和s68具有广谱的抗菌活性;s10和s87只能抑制细菌;s67b不能抑制革兰氏阴性细菌(G-)。s10发酵液的最小抑菌浓度<0.125μL/mL。 相似文献
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应用免培养方法与可培养方法相结合的方式对琼东海域6种珊瑚样品中的共附生放线菌进行研究,具体为滨珊瑚(Porite)、扁脑珊瑚(Platygyra)、角蜂巢珊瑚(Favites)、盔形珊瑚(Galaxea)和鹿角珊瑚(Acropora).免培养方法中,利用放线菌特异性引物对样品总DNA进行16S rRNA基因序列扩增,并将扩增产物进行Miseq高通量测序,测序结果分析表明,6种珊瑚样品中的放线菌序列属于37个分类单元,主要分布在酸微菌目、棒杆菌目、微球菌目、丙酸杆菌目和假诺卡式菌目,其中37.8%的分类单元与已有效发表菌株的序列相似性小于97%,可能代表着放线菌新的类群.可培养方法中,通过6种培养基分得137株放线菌,分属于放线菌门放线菌纲5个目11个科下的20个属,优势类群为分枝杆菌属(Mycobacterium)、考克氏菌属(Kocuria)和微球菌属(Micrococcus),其中放线孢菌属(Actinomycetospora)、柠檬球菌属(Citricoccus)和涅斯捷连科氏菌属(Nesterenkonia)是第一次从珊瑚样品中发现;琼东海域珊瑚共附生放线菌多样性丰富,新类型的放线菌资源挖掘潜力比较大. 相似文献
8.
九龙江口红树林土壤微生物的类群及抗菌活性 总被引：21，自引：2，他引：19
研究了九龙江口的秋茄(Kandelia candel)林和白骨壤(Avicennia marina)林两个红树林群落及其相应对照光滩土壤微生物的类群及抗菌活性.对微生物类群的研究结果表明:九龙江口红树林区土壤细菌中,芽孢杆菌(Bacillus)是最占优势的属;放线菌以小单胞菌属(Micromonospora)最具优势;其次是链霉菌属(Streptomyces),从秋茄林到白骨壤林,由于潮位降低,小单胞菌比例增加,而链霉菌比例下降;丝状真菌以半知菌占绝对优势,木霉(Trichoderma)、曲霉(Aspergillus)和青霉(Penicillum)是最常见的属;随着土壤深度的增加,微生物的类群减少,但芽孢杆菌和小单胞菌的相对比例增加;红树林土壤微生物类群比对照光滩丰富,缘于林内土壤营养与微生物的栖息条件比光滩优越.对抗菌活性研究表明:土壤真菌的抗菌活性低,抗菌谱窄;放线菌的抗菌活性高,抗菌谱宽,具有抗菌活性的放线菌多为小单胞菌,小单胞菌是一类值得重视的放线菌. 相似文献
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采用大肠杆菌诱导法和滤纸诱导法对广西北部湾不同海洋生境采集的样品进行黏细菌的分离纯化,基于菌落形态特征结合16S r RNA基因序列分析对黏细菌纯培养物进行初步鉴定。从21份海洋生境样品中共分离纯化得到38株黏细菌,隶属于4属10种,其中黏球菌属和珊瑚球菌属分别占菌株总数的63.16%和26.32%,属于优势菌属。采用VY/2培养基进行固体培养发酵,利用丙酮提取浓缩获得提取物,进一步利用滤纸片琼脂扩散法对菌株粗提物进行抗菌活性初步筛选。结果发现24株黏细菌提取物对9种指示菌具有不同程度的抑制作用,抗菌阳性率达63.16%,其中Myxococcus macrosporus (1H01)的提取物对肺炎克雷伯菌的抑制活性显著,优于阳性药(氨苄青霉素钠,1mg·mL-1)。研究结果表明广西北部湾特殊海洋生境黏细菌多样性丰富,分离出的黏细菌具有良好的抗菌活性,为新型抗生素应用研究奠定了物质基础。 相似文献
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以北戴河碱蓬-芦苇滨海湿地采集的5个根际土壤样品为研究材料,使用以原油为唯一碳源的选择培养基富集培养石油降解菌,采用重量法评价降解效率,通过GC-MS分析研究高效降解菌的降解特性,利用排油圈法测定降解菌的表面活性剂产生能力。研究结果表明,初筛获得22株石油降解菌,在25℃降解21d的条件下对石油的降解率为17%～38%,其中qhd2B降解率最高,为38%,其中8株具有较好的产表面活性剂的能力。16s测序结果经BLAST比对,所分离获得的22株菌中,8株菌属于放线菌门(Actinobacteria),13株菌属于变形菌门(Proteobacteria),有一株拟杆菌门(Bacteroidetes)丽水菌属(Yeosuana)。选取石油降解率在31%以上菌株进行GC-MS分析,结果显示其对大部分烷烃和多环芳香烃都有较好的降解效果。其中菌株qhd2B对烷烃和芳烃的总降解率分别为79.9%和76.7%,是一株优良的石油降解菌。 相似文献
11.
采用常规的形态及生理生化特性检验、API20strep快速鉴定及分子生物学等方法,对引起2009年海南罗非鱼大规模死亡的病原菌进行了致病性、表型生物学,分子生物学及药敏试验的系统研究。结果表明,2株分离菌均为无乳链球菌,对罗非鱼具有很强的致病性。分离菌16SrRNA基因序列(GenBank登录存取号分别为GU363869和GU363870)与其它链球菌的16SrRNA基因同源性相似性在96.5%—100%之间,所测2株病原菌16SrRNA基因之间的同源性为100%。16SrRNA基因构建的系统进化树表明,2株病原菌均与无乳链球菌聚类。药敏试验结果表明,分离菌株对头孢类药物、阿莫西林、强力霉素等27种试验药物较敏感,对复方新诺明、卡那霉素等11种试验药物不敏感,对庆大霉素的敏感性不同。 相似文献
12.
鳗弧菌(Vibrio anguillarum)是常见的海水鱼类病原菌,有23种血清型,其中O1—O3为主要的致病血清型。我国海水养殖鱼类鳗弧菌的血清型种类尚未明确。本研究对实验室分离和收集自海水养殖鱼类的31株鳗弧菌临床菌株进行了生理生化、16S r RNA基因序列、血清分型、抗生素敏感性的分析,旨在系统了解存在于我国海水养殖环境的鳗弧菌血清学型及耐药特征。首先用API ID32E生化反应鉴定系统对鳗弧菌进行生理生化鉴定,结果未能将待测菌株鉴定到种的水平;然后测定鳗弧菌的16S r RNA基因序列并构建系统发育树,结果显示所有分离株聚为一簇,与鳗弧菌有最近的亲缘关系(相似性99%—100%),据此可将临床菌株鉴定为鳗弧菌。以鳗弧菌O1—O5血清型标准菌株为O抗原制备兔抗血清,采用玻片凝集反应对鳗弧菌菌株进行血清学分析,结果显示属于O1、O2、O3、O5血清型菌株分别有16、5、3、1株,表明我国海水鱼类养殖存在3种血清型的致病性鳗弧菌,O1为主要流行的血清型。用ATB药敏检测系统检测鳗弧菌对28种抗生素的敏感性,结果显示菌株对7种抗生素(林可霉素、夫西地酸、甲硝唑、阿莫西林、阿莫西林/克拉维酸、苯唑西林、青霉素)的耐药率为100%,对3种抗生素(红霉素、原始霉素、泰洛星)的耐药率为94.4%(34株),有83%以上的菌株(30株)对12种以上的抗生素产生耐药,表明我国海水鱼类养殖鳗弧菌普遍存在多重耐药性。研究结果为进一步揭示鳗弧菌的流行病学规律和防控弧菌病奠定了良好的基础。 相似文献
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在相同的分离培养条件下,为比较地域差别较大的福建海域海绵动物(山海绵Mycale sp.和网架海绵Stylissa sp.)和海南海域海鞘动物(皱瘤海鞘Styela plicata和乳突皮海鞘Molgula manhattensis)之间可培养放线菌多样性的差异,作者采用5种放线菌分离培养基和1种细菌通用培养基,对海绵和海鞘中的放线菌进行分离培养。采用16S rRNA 基因限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)分析和序列分析,揭示其多样性。共获得可培养放线菌198株,其中从海绵中分离到87株放线菌,从海鞘中分离到111株放线菌。RFLP分析表现为38种不同的图谱类型。16S rRNA基因序列分析表明,从海绵中分离到的放线菌包括6个放线菌属,其中有2株菌的16S rRNA基因序列与最相近的菌株相似性低于97%,可能是潜在的新菌株;从海鞘中分离到的放线菌包括7个放线菌属,有8株可能是潜在的新菌株。比较海绵和海鞘中可培养放线菌的多样性发现,从海绵中分离到的放线菌,除节细菌(Arthrobacter)以外,均包括在海鞘分离的放线菌属中。海鞘相关放线菌多样性水平不容忽视,是除海绵之外另一获得新型放线菌资源以及药用天然活性产物的重要来源。 相似文献
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采用平板涂布法从南麂岛近海海洋沉积物样品中分得86株放线菌,用琼脂块法和杯碟法结合筛选出对副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、哈维氏弧菌(V.harveyi)两种大黄鱼病原性弧菌具有不同拮抗作用的海洋放线菌5株,其中编号NJR0956的菌株对两种致病菌的抑菌圈直径均25mm,表现出较强的抑制作用;进而测定了5株活性菌株的抗菌谱。结果表明,它们对指示菌中的副溶血弧菌、哈维氏弧菌、鳗弧菌(V.anguillarum)、溶藻弧菌(V.alginolyticus)四种病原弧菌均具有较好的拮抗作用;在对NJR0956的抑菌效果研究中发现,该菌株在牛肉膏蛋白胨液体培养基中不仅能够增殖,而且能够有效地抑制病原菌的生长。 相似文献
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采用常规表观生物学特性及16S rRNA、gyrB及rpoA基因同源性检索与系统发育学分析等方法,对分离自江苏连云港某育苗场的大批死亡日本对虾蚤状幼体的优势生长菌进行了综合鉴定。结果表明,其形态和生理生化特征与弧菌属的需钠弧菌相近;16S rRNA、gyrB及rpoA基因同源性检索也均与需钠弧菌相似性最高,分别为98%、89%和95%,且三种基因的NJ系统发育树也均与需钠弧菌聚为一个分支;分离菌的致病性试验表明其半数致死量LD50为1.8×106CFU/ml。综合分离菌的致病性、形态与生理生化特征及基因同源性与系统发育分析结果,认为引起日本对虾蚤状幼体大批死亡的病原为需钠弧菌。基于gyrB基因序列设计1套LAMP特异性引物,建立了需钠弧菌的快速特异性检测方法,可用于由需钠弧菌引起的水产动物疾病的诊断及分子流行病学的调查研究。 相似文献