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1.
基于转录组数据的大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记开发及多态性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
大菱鲆(Scophthalmus maximus)是最具商业价值和养殖前途的海水鱼类之一,雌雄间生长有一定的差异。其高通量雌雄转录组测序的完成为大规模鉴定和开发SNP标记提供了参考序列。本研究基于大菱鲆雌雄转录组测序数据,选择其中45个SNP位点,设计引物63组,其中21个位点(46.7%)应用小片段高分辨率熔解曲线(HRM)技术分型成功。对其进行多态性检测,21个位点均具有二个单倍型。观测杂合度Ho的分布范围为0.256—1.000,期望杂合度He的范围为0.276—0.518,19个位点符合Hardy-Weinberg平衡。14个SNP位点位于基因编码区,其中3个属于非同义突变。含有这些SNP位点的基因大多与信号转导和转录翻译相关。本研究结果表明,高通量转录组测序和小片段HRM适合大规模SNP标记开发,为大菱鲆的分子遗传育种提供了候选标记资源。 相似文献
2.
EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径。本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点。利用高分辨率熔解曲线结合非标记探针技术,对其中90个位点在4个野生群体中进行了位点多态性检测。得到33个(36.7%)具有二等位基因位点,并对其中26个位点进行了功能注释。进一步的标记验证显示,33个多态位点在青岛野生群体的48个个体中均成功分型,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.062 5～0.744 7和0.099 8～0.504 6,其中5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,各位点间没有检测到连锁不平衡。研究为栉孔扇贝群体遗传学和遗传育种分析提供了候选标记。 相似文献
3.
《中国海洋大学学报(自然科学版)》2016,(12)
为在多家系群体中进一步验证与大菱鲆生长性状紧密关联的SNP位点,本研究以QTL定位作图筛选获得的100个与大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)生长性状相关的候选单核苷酸多态(SNP)位点为基础,利用飞行质谱法,在4个大菱鲆家系群体中进行基因分型,并与体重、体长2个生长性状数据进行关联分析。对关联显著的位点,统计位点在家系群体中的多态性,并进行连锁不平衡分析和单倍型分析;根据显著位点所在基因序列信息,在NCBI数据库中进行比对分析,对匹配到的基因功能进行初步探讨。关联分析发现,有9个SNP位点与生长性状关联显著(P0.05)。9个位点中,4个位点与体重关联显著(P0.05),7个位点与体长关联显著(P0.05),其中,SNP51和SNP111与体重和体长2个性状均关联显著(P0.05)。SNP位点的多态性分析发现,观测杂合度在0.126~0.719之间(平均为0.387),期望杂合度在0.118~0.501之间(平均为0.338);9个位点的平均多态信息含量为0.267,属于中度多态性位点;哈迪温伯格平衡检验结果显示,9个位点中有5个位点偏离平衡。连锁不平衡和单倍型分析发现,标记间存在显著的连锁不平衡;单倍型CTTGT和CTTGA是2个主要的单倍型,单倍型频率分别为26.8%和25.9%。根据关联显著SNP位点所在的序列信息,在NCBI数据库比对分析后发现,COL11A1和Notch1基因可能是与大菱鲆生长性状相关的重要功能基因。本研究结果将推进大菱鲆生长相关分子标记的研究,为下一步基因定位和分子标记辅助育种提供更多的标记基础。 相似文献
4.
利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。 相似文献
5.
为充分挖掘绿鳍马面鲀(Thamnaconus modestus)基因组资源,开发可用于群体遗传学研究的分子标记,本研究利用NCBI数据库中公布的绿鳍马面鲀全基因组序列筛查微卫星位点并在野生群体中验证,在85个选取的位点中筛选得到30个新的多态性较高的微卫星标记。每个微卫星标记的等位基因数为4~16,平均为8.5个;观测杂合度范围为0.207~0.916,平均值为0.685;期望杂合度范围为0.315~0.971,平均值为0.756;多态信息含量范围为0.301~0.898,平均值为0.716,其中属于高度多态的位点有26个,占总位点数的86.67%;经过Bonferroni校正后,有7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。将30个绿鳍马面鲀多态性微卫星标记在丝背细鳞鲀(Stephanolepis cirrhifer)中进行通用性检测,其中13个位点成功扩增,9个位点具有多态性。本研究开发的微卫星标记可用于绿鳍马面鲀及相关物种的遗传多样性分析、QTL定位以及系统进化等研究。 相似文献
6.
为对大菱鲆(Scophthalmus maximus)的养殖群体进行微卫星分析研究,作者用70个微卫星位点在大菱鲆亲本后代中的基因型分离方式进行检测与分析。结果显示,70个位点共产生了12种分离方式(♀×♂)。70个微卫星位点中45个位点符合孟德尔遗传定律(P≥0.05),有25个位点偏离了孟德尔遗传定律(P0.05)。平均等位基因数目为2.2,平均有效等位基因数为1.885。平均期望杂合度和观测杂合度分别为0.55和0.537。多态信息含量为0.182~0.699,平均值为0.361。研究证明这些标记大部分可以用于大菱鲆进一步的图谱构建,QTL定位和分子标记辅助育种研究。同时对群体的分析表明,该大菱鲆养殖群体遗传多样性水平较高,可用于进一步的良种繁育。 相似文献
7.
《海洋湖沼通报》2016,(2)
为探究SNP标记与刺参(Apostichopus japonicus)性状之间的相关性,本研究运用高分辨率溶解曲线(HRM)分析方法,采用46个SNP标记对刺参家系的遗传多样性进行分析,运用一般线性模型对SNP标记与刺参体长、体宽、体重、体壁重和出肉率性状的关联性进行检测。结果表明,平均多态信息含量(PIC)的范围从0.0302到0.3750,观测杂合度(Ho)的范围是从0.0312到0.4688,18个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡(P0.05)。相关性分析显示,46个SNP位点中有10个位点与生长性状呈显著相关(P0.05),其中位点SNP183的基因型AB与出肉率显著相关(P0.05);位点SNP189的基因型AA与体长呈显著相关(P0.05);8个SNP位点(SNP4、SNP146、SNP154、SNP163、SNP164、SNP175、SNP178和SNP216)的基因型BB与体长、体宽、体重、体壁重性状中的部分或全部呈显著相关,推断基因型BB可能是这些位点的优势基因型。 相似文献
8.
大菱鲆与耐高温性状相关的微卫星标记筛选 总被引：2，自引：0，他引：2
采用微卫星分子标记(SSR)技术分析大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)耐高温相关特性,为耐高温大菱鲆的分子辅助育种提供合适的分子标记.将大菱鲆经过高温实验处理,区分为耐高温组与高温敏感组,用于实验分析.采用Salah.M法抽提大菱鲆肌肉组织的DNA,根据已知的30个大菱鲆微卫星位点的侧翼保守序列设计引物,进行微卫星引物PCR(SSR-PCR)扩增.对PCR扩增出的差异条带进行个体统计,最后进行微卫星位点与耐高温性状的相关性分析.结果表明,有1个微卫星位点与大菱鲆耐高温性状存在一定的负相关性;有3个微卫星位点与大菱鲆耐高温性状存在正相关性,其中位点Sma-USC27 286 bp的等位基因片段与耐高温性状的正相关性极显著,相关系数达到0.383(P＜0.01),其余2个位点为一般显著性相关.微卫星位点Sma-USC27所扩增出的差异等位基因片段可作为分子标记指导耐高温大菱鲆的辅助育种. 相似文献
9.
盐度是影响三疣梭子蟹人工繁育非常重要的一个环境因素，抗低盐品系的三疣梭子蟹受到水产养殖界的广泛喜爱。分子标记辅助育种可以大大加快良种选育和性状改良的的过程，目前作为第三代的分子标记技术的SNP，广泛应用到三疣梭子蟹耐低盐品系选育过程中。本实验室已有的研究中，通过不同群体分别在盐度11和33下的基因表达差异，构建的比较转录组学数据中总共包含了615条与低渗调节相关的基因片段。为了发掘三疣梭子蟹与低盐适应相关SNP，本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据研究结果，筛选出低盐调节相关候选基因片段50条，设计引物进行PCR扩增，共得到总长为18511 bp的DNA片段。通过直接测序法在低盐相关片段上发现了85个SNP位点，分布频率为0.46/100 bp，其中转换突变的比例为81%，颠换突变的比例为19%，转换的比例远远大于颠换，符合“transition bias”原理。C/T或G/A突变所占比例为55%；G/T或C/A比例为26%，A/T突变所占比例为12%，G/C突变比例为7%。通过飞行质谱法，在三疣梭子蟹低盐适应性状分离群体中各成功分型了23个SNP位点。通过卡方检验分析发现，8个SNPs与低盐适应显著相关（P<0.05）。其中有三个关联性SNP位点位于表皮蛋白基因上，有三个SNP位点位于三个新基因上，其他两个SNP位点分别位于水通道蛋白和氯离子通道蛋白基因上。这些标记的开发为三疣梭子蟹耐低盐新品种选育方法的建立奠定了良好的基础。 相似文献
10.
单核苷酸多态性（SNPs）是继RFLP和SSR多态性标记之后的新一代遗传标记系统.本文采用EPIC的方法,分析了45个杂色鲍样品的血蓝蛋白HtH1基因第16内含子（H1 intron 16）的SNP数据.这45个个体分别来自日本、台湾和汕头3个不同海域的野生或养殖群体.日本群体的血蓝蛋白HtH1基因第16内含子呈现出长度多态性,共有3种不同长度,分别是1 900、780、440 bp,测序结果表明3个等位基因可以互相比对;而台湾和汕头杂色鲍养殖群体的均为1 900 bp.初步研究结果表明日本杂色鲍个体大约96 bp长的片段含有1个自身杂合SNP位点;台湾杂色鲍个体约133 bp含有1个自身杂合SNP位点;汕头杂色鲍个体约153 bp含有1个自身杂合SNP位点.13个台湾杂色鲍个体包含的SNP密度为约31 bp含有1个SNP;23个汕头杂色鲍个体包含的SNP密度为约21 bp含有1个SNP.这些数据表明现有的杂色鲍养殖群体包含了丰富的SNP位点,利用SNP分子标记进行高密度遗传图谱的构建是可行的. 相似文献
11.
Kazushi Aranami Shuichi Watanabe Shizuo Tsunogai Masato Hayashi Ken Furuya Toshi Nagata 《Journal of Oceanography》2001,57(3):315-322
Dimethylsulfide (DMS), chlorophyll a (Chl-a), accessory pigments (fucoxanthin, peridinin and 19-hexanoyloxyfucoxanthin), and bacterial production (BP) were measured in the surface layer (0–100 m) of the subarctic North Pacific, including the Bering Sea, during summer (14 July–5 September, 1997). In surface sewater, the concentrations of DMS and Chl-a varied widely from 1.3 to 13.2 nM (5.1 ± 3.0 nM, mean ± S.D., n = 48) and from 0.1 to 2.4 µg L–1 (0.6 ± 0.6 µg L–1, n = 24), respectively. In the subarctic North Pacific, DMS to Chl-a ratios (DMS/Chl-a) were higher on the eastern side than the western side (p < 0.0001). Below the euphotic zone, DMS/Chl-a ratios were law and the correlation between DMS and Chl-a was relatively strong (r
2 = 0.700, n = 27, p < 0.0001). In the euphotic zone, DMS/Chl-a ratios were higher and the correlation between DMS and Chl-a was weak (r
2 = 0.128, n = 50, p = 0.01). The wide variation in DMS/Chl-a ratios would be at least partially explained by the geographic variation in the taxonomic composition of phytoplankton, because of the negative correlation between DMS/Chl-a and fucoxanthin-to-Chl-a ratios (Fuc/Chl-a) (r
2 = 0.476, n = 26, p = 0.0001). Furthermore, there was a positive correlation between DMS and BP (r
2 = 0.380, n = 19, p = 0.005). This suggests that BP did not represent DMS and dimethylsulfoniopropionate (DMSP) removal by bacterial consumption but rather DMSP degradation to DMS by bacterial enzyme. 相似文献
12.
对500个成体青蛤分别用鳗弧菌和生理盐水注射,在感染后3h、6h、12h、24h和36h分别取不同处理组的肝胰脏、鳃和闭壳肌组织,测定上述样品的碱性磷酸酶(ALP)及酸性磷酸酶(ACP)活性,分析鳗弧菌对青蛤体内免疫相关酶活性的影响。结果表明,鳗弧菌感染组的ALP与ACP活性从高到低依次为肝胰脏鳃闭壳肌,其中青蛤肝胰脏和鳃组织中ALP和ACP活性均有显著升高的趋势,并且在12h时达到最高,与对照组差异显著(P0.05),随后呈现下降趋势。而青蛤闭壳肌组织中侵染组ALP和ACP活性与对照组之间没有显著差异(P0.05)。鳗弧菌对青蛤的磷酸酶活性影响较大,对其免疫防御系统有明显的刺激作用。 相似文献
13.
磺胺甲基唑和恩诺沙星在日本囊对虾体内的药代动力学研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究磺胺甲基唑(Sulfamethoxazole, 简称SMZ)和恩诺沙星(Enrofloxacin, 简称ERFX)在日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)体内的药物代谢动力学特点, 在水温21℃±0.5℃, 盐度29.91 的条件下, 应用萃取、液相测定和反相高效液相色谱法(RP-HPLC)对药物平均回收率、主要动力学参数及在3种组织中的半衰期进行了测定, 检测数据经药物代谢动力学软件3p97 进行研究。结果表明, SMZ 和ERFX 在对虾肝脏、肌肉和血淋巴的平均回收率分别为90.09％, 88.92％, 84.84％和89.14％, 86.04％,91.77％。药物代谢动力学分析表明, SMZ 单次腹部肌肉注射日本囊对虾, 其肝脏药时数据符合二室模型, 肌肉和血淋巴药时数据符合一室模型,半衰期为19.1284, 4.5799, 9.1855 h。ERFX 单次腹部肌肉注射日本囊对虾, 其肌肉药时数据符合二室模型, 肝脏和血淋巴药时数据符合一室模型。半衰期分别为15.16, 16.83, 17.19 h。通过两种药物的代谢特征比较分析表明, SMZ 在肌肉中吸收较ERFX 快, ERFX在血淋巴和肝脏中吸收较SMZ 快。根据SMZ 和ERFX 在21℃±0.5℃的条件下的主要动力学参数及3种组织内消除半衰期, 建议SMZ 在日本囊对虾的休药期不少于10 d, ERFX 的休药期不少于12 d。 相似文献
14.
利用酸溶法和酶溶法分离纯化绿鳍马面鲀(Navodon septentrionalis)鱼皮酸溶性胶原蛋白(ASC)和酶溶性胶原蛋白(PSC),并对所得的ASC和PSC的氨基酸组成、亚基组成、红外光谱(FTIR)、黏度和热变性温度,以及溶解度等性质进行系统分析。研究结果表明:马面鲀鱼皮酸溶性胶原蛋白(ASC)和酶溶性胶原蛋白(PSC)的得率分别为0.87%±0.15%和9.52%±0.41%(按鱼皮干重计算)。ASC和PSC中含有的主要氨基酸为甘氨酸(Gly),含量分别为323.3残基/1000残基和321.7残基/1000残基;二者中所含的亚氨基酸含量分别为191.1/1000残基和183.4/1000残基。氨基酸组成分析、SDS-PAGE和FTIR证实马面鲀鱼皮酸溶性胶原蛋白(ASC)为I型胶原蛋白,且其SDS-PAGE图中的亚基组成(α1-肽链和α2-肽链)、氨基酸序列,以及胶原蛋白构型与PSC明显不同。ASC和PSC的热变性温度(Td)分别为21.5℃和18.9℃,显著低于哺乳动物来源的胶原蛋白。ASC和PSC的最大溶解度出现在p H 2—3时,当Na Cl的浓度低于2%时,二者的溶解度就开始急剧下降。此外,冻干的胶原蛋白显示出疏松多孔的超微结构。综上,相对于哺乳动物类胶原蛋白,马面鲀鱼皮ASC和PSC的亚氨基酸含量和热变性温度较低,结构稳定性差,易于降解,可作为胶原蛋白肽的制备原料进行开发利用。 相似文献
15.
为研究脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)药物代谢酶对恩诺沙星的响应及其在恩诺沙星代谢过程中的作用,作者以10、20和40 mg/kg恩诺沙星连续投喂脊尾白虾3 d,于投喂后的第1、2天以及停止投喂药物的第1、4、8、12、24、48、72、120小时取样,测定了脊尾白虾肝胰腺、鳃和血清中的氨基比林-N-脱甲基酶(aminopyrine-N-demethylase,APND)、7-乙氧基香豆素-O-脱乙基酶(7-ethoxycoumarinO-Deethylase,ECOD)和谷胱甘肽-S-转移酶(glutathione-S-transferase,GST)的活性。结果表明:不同浓度恩诺沙星对脊尾白虾肝胰腺、鳃和血清中Ⅰ相药物代谢酶APND和ECOD活性均呈现显著抑制作用(P0.05)。投喂药物后,APND和ECOD活性呈现先下降后逐渐上升趋势,3个剂量组酶活性均在最后一次给药后8 h达到最低。与对照组相比,不同浓度恩诺沙星对各组织中Ⅱ相药物代谢酶GST活性呈现显著诱导作用(P0.05),此作用呈现先上升后下降的趋势。恩诺沙星对脊尾白虾APND、ECOD及GST活性的作用均呈现剂量依赖性。本研究表明,脊尾白虾Ⅰ相和Ⅱ相代谢酶均会对药物做出反应,可作为其养殖过程中药物代谢及适用性的指示物。 相似文献
16.
利用构建的cDNA文库及高通量测序方法,获得金属硫蛋白及硫氧还蛋白基因全长。结果表明,青蛤金属硫蛋白和硫氧还蛋白的cDNA全长分别为776bp和804bp,金属硫蛋白基因编码74个氨基酸,包含7个CXC特征结构;硫氧还蛋白基因编码165氨基酸,包含5个氨基酸构成的活性中心。采用实时定量PCR方法分析了两种基因在Cd2+胁迫下的表达变化,结果显示,金属硫蛋白基因在Cd2+胁迫下6—12hmRNA表达量急剧上升,与对照组有显著性差异(P<0.01)。硫氧还蛋白基因在Cd2+胁迫下mRNA在6h明显升高,在6—24h与对照组出现显著性差异(P<0.05)。说明Cd2+能够诱导青蛤金属硫蛋白和硫氧还蛋白基因表达的时序性升高,二者的转录过程反映了贝类抵御重金属胁迫的分子调控过程。 相似文献
17.
从实验室保存的pBS-Trx重组质粒中克隆球石藻病毒EhV-Trx基因,构建毕赤酵母重组表达载体pPIC9K-EhV-Trx,将重组质粒电转化毕赤酵母GS115,诱导分泌表达并对重组蛋白进行二硫键还原酶活性分析。结果表明,EhV-Trx基因开放阅读框为591bp,编码197个氨基酸;在毕赤酵母GS115中成功诱导表达重组EhV-Trx,经SDS-PAGE分析目的蛋白分子量约为27.8kDa;重组EhV-Trx具有二硫键还原酶的活性,能有效打开胰岛素A、B两条链的二硫键,有望开发成一种新型的硫氧还蛋白脱敏制剂应用于食品安全领域。 相似文献
18.
海水温度对衰亡期浒苔释放生源硫影响的模拟研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究浒苔释放生源硫的特征，本文对采集于黄海绿潮中期和末期的浒苔进行了实验室模拟培养，探讨了不同温度对衰亡期浒苔释放生源硫化物的影响。实验结果表明，在10~25℃温度范围内，温度升高能够加速浒苔的衰亡。二甲基硫（DMS）的平均释放速率范围为2.79~150.70 nmol/（L·g·d），二甲基硫基丙酸内盐（DMSP）的平均释放速率范围为2.16~113.26 nmol/（L·g·d）。温度升高能够使DMS和DMSP的释放速率加快，释放量增加，DMS最大平均释放速率在25℃条件下比10℃条件下升高了约60%，培养液中DMS浓度升高了2~3倍。采集于绿潮末期的浒苔培养液中的DMS和DMSP和采集于绿潮中期的浒苔相比，浓度有所增加，采集于浒苔绿潮末期浒苔培养液中DMS的最高平均浓度为418.41 nmol/L，约为中期的4倍；DMSP的最高平均浓度为316.14 nmol/L，是中期的3倍。浒苔绿潮的爆发会对水体中的硫体系循环产生影响，进而影响该海域生态环境。 相似文献
19.
Six years of quasi-meridional crossings of the Antarctic Ocean from Antarctica to southern Africa between 4°W and 16°E longitude are analyzed, with emphasis on temperature and salinity distributions. Data are sparse, but (particularly in the southern part of the sections) adequate to show significant variations in the latitude/depth distributions and T-S characteristics of the principal water masses. In particular, the cross-sectional area occupied by Warm Deep Water (Weddell Deep Water) dropped by about one third in 1968. Positions of major features associated with the Antarctic Divergence varied by up to 5 degrees of latitude. The surface temperature gradient often observed at the Antarctic Divergence appears to be the surface expression of a shallow (possibly seasonal) thermocline which sometimes slopes upward to intersect the sea surface. There is a clear need for more closely spaced and consistently planned data from Antarctic cruises, particularly those on which physical oceanography is an ancillary activity. As a bare minimum, much more closely spaced surface temperature (and if possible also salinity) measurements would be useful. 相似文献
20.
从微拟球藻高产油藻株IMET1 的cDNA 中, 克隆出一个I 型脂酰辅酶A: 二脂酰甘油酰基转移酶的编码基因NoDGAT1A, 该基因共编码437 个氨基酸, 与拟南芥I 型DGAT 的氨基酸序列相似度为38%, 且含有至少9 段高疏水区。随后, NoDGAT1A被转化入营养缺陷型酿酒酵母三脂酰甘油合成突变株H1246 中进行诱导表达。结果表明, 在外加二十碳五烯酸(EPA)时, 表达NoDGAT1A 的H1246 能够产生三脂酰甘油(TAG), 针对其TAG 的分析表明, 与酵母DGAT 相比, 表达NoDGAT1A 的H1246 产生的TAG 中含有更多的EPA, 说明NoDGAT1A 具有更强的合成含EPA 的TAG 之能力。此外, 16: 0(63.82%)和18: 0(27.98%)是其TAG 中主要的脂肪酸链成分, 说明NoDGAT1A 合成的TAG 侧链仍以长链饱和脂肪酸为主。NoDGAT1A对微拟球藻中TAG 的合成具有重要作用, 也为以微拟球藻为模式的产油微藻TAG 和EPA 代谢网络提供参考。 相似文献