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利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)4种帘蛤科贝类的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoRⅠ/MseⅠ进行酶切,使用6个E 3/M 3引物组合进行扩增,共获得1 096个位点,多态位点比率95.1%,片段长度50~456 bp。其中,文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681,715,702和694个位点,相应的多态位点比率为76.8%,81.7%,83.0%和75.1%,得到17个种特异性位点,可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明,硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.670 9),遗传多样性指数最低(0.236 0);菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低(0.592 5),遗传多样性指数最高(0.261 8);根据遗传相似系数采用UPGMA法构建了4物种32个体的聚类图,表明文蛤与菲律宾蛤仔遗传关系最近,青蛤与其他3物种遗传关系较远。 相似文献
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本文报道海产贝类DNA提取方法及PCR扩增。采用随机引物N01-20共获得391个片段。其中皱纹盘鮑2个个体,产生65个片段,在501-2818bp间;毛蚶3个个体,产生76个片段，在398-2818bp间;四角蛤蜊3个个体,产生154个片段,在562-3311bp间;中国蛤蜊2个个体，产生96个片段,在478-3311bp间。通过比较分析,可见海产贝类有丰富的遗传多态现象,RAPD技术可用于海产贝类的分类及系统演化关系探讨等领域。 相似文献
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文蛤属(Meretrix)16S rRNA基因及ITS1序列的系统学分析 总被引：8，自引：5，他引：8
利用线粒体16SrRNA基因片段及核糖体DNA转录间隔区ITS1序列分析的方法,以近缘属的青蛤(Cyclinasinensis)为外群,对文蛤属的文蛤(M.meretrix)、丽文蛤(M.lusoria)、帘文蛤(M.lyrata)和斧文蛤(M.lamarckii)4种贝类进行了系统学研究。经ClustalX多重比对及DNAsp软件分析后,用PAUP4.0分析软件,计算出种间序列的碱基转换/颠换频率,利用邻接法NJ构建系统发育树。结果表明,帘文蛤与该属其他三种的分歧时间较早,两类序列与其他种类间的相对遗传距离分别在0.25866—0.28218和0.15644—0.20104之间。文蛤与丽文蛤间的16SrDNA及ITS1序列间的遗传距离仅为0.04805和0.04201,拓扑结构图显示关系很近,并且二者的分布区大面积重叠,其序列间的转换/颠换频率接近种内单元型(haplotype)间的序列变化,鉴于它们的贝壳形态有一定差别,应归为同一个种内的不同地理亚种比较恰当。 相似文献
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6种帘蛤科贝类及4个地理种群文蛤线粒体COI基因片段序列分析 总被引：8，自引：0，他引：8
对文蛤(Meretrix meretrix L.,1758)、青蛤(Cyclina sinensis G.,1791)、硬壳蛤(Mercenaria mercenaria L.,1758)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis L.,1874)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata R.,1850)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum A.,1850)6种帘蛤科贝类和4个地理种群文蛤(大连、连云港、湛江、防城港)的细胞色素c氧化酶亚基I(COI)基因片段的核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为709 bp,序列A+T含量(62.2%~67.6%)明显高于GC含量.物种间共有变异位点311个,其中简约信息位点202个;文蛤4个地理种群间共有变异位点46个,其中简约信息位点2个.此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点85个;文蛤种群间只有1个氨基酸变异位点.以COI基因片段序列为标记,用大竹蛏(Solen grandis)作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发生树,其拓扑结构显示4个地理种群文蛤首先聚为1个单元,然后与青蛤聚在一起,最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,其结果与传统形态分类基本一致,说明COI基因适合作为该科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记. 相似文献
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利用RAPD技术分析了我国沿海辽宁、江苏、广西省3个文蛤地理群的遗传变异,总共用60个随机引物进行了RAPD扩增,其中50个随机引物得到了扩增产物,选取其中15个随机引物的扩增图谱进行相似性系数和遗传距离的计算,结果为辽宁(LW)、江苏(JW)、广西(GW)群体内的遗传距离分别为:0.169±0.034,0.117±0.032,0.108±0.031.LW,JW之间为0.222±0.036;JW,GW之间为0.209±0.043;LW,GW之间为0.316±0.047,同时发现引物s396-900bp的标记为JW和LW所特有;引物s433-250bp标记为JW和GW所特有,由此可作为这3个地理群的分子标记. 相似文献
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为探明辽东湾蛤蜊岗潮间带滩涂贝类的物种组成、分布密度和生物量的变化状况,于2011年5月对蛤蜊岗滩涂贝类资源进行了现场调查,采集共获得滩涂贝类16种,其中文蛤、泥螺、四角蛤蜊、托氏琩螺为蛤蜊岗滩涂贝类优势种,青蛤和光滑河蓝蛤为常见种。托氏琩螺的分布密度最高,为83个/m2,四角蛤蜊的平均生物量最大,为178.51 g/m2。蛤蜊岗滩涂贝类的分布呈现从滩涂北部向南部逐渐减少的趋势,滩涂四周的分布密度大于滩涂中间区域。对滩涂贝类分布密度和生物量与底质粒度、有机物含量等环境因子进行相关分析的结果显示:文蛤分布与底质中值粒径呈极显著的负相关性;托氏琩螺分布与底质中有机质含量呈显著的正相关性,而泥螺、四角蛤蜊则与环境因子的关系不显著。调查结果表明,蛤蜊岗滩涂贝类资源丰富,但应加强文蛤自然资源的保护和恢复,同时应加强对托氏琩螺资源的合理开发利用。 相似文献
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军曹鱼的分子遗传特性研究 总被引：8，自引：1，他引：8
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)和线粒体DNA(mtDNA)的限制性片段长度多态性(RFLP)分析方法对广东湛江近海军曹鱼Rachycentron canadum的分子遗传学特征进行了研究。RAPD研究结果显示17个引物共检测到119个位点，其中多态位点比例P为80．85％，遗传相似系数S为0．7400，遗传距离D为0．2600，Nei基因多样性指数H为0．3009，Shannon信息指数I为0．4498。结果表明，军曹鱼的遗传多样性比较丰富。用19种识别5、6碱基的限制性内切酶对军曹鱼的mtDNA RFLP进行了分析研究，构建其mtDNA物理图谱；用引物5’-GTG ATC TGA AAA ACC ACC GTT G-3’和5’-AAT AGG AAG TAT CAT TGC GGT TTG ATG-3’扩增线粒体细胞色素b区段，得到稳定的850bp大小的特异性条带，用18种识别4-6碱基的限制性内切酶对扩增片段的限制性长度多态性进行分析，并测定其序列。 相似文献
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长江中华鲟遗传多样性变化 总被引：1，自引：0，他引：1
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对2000年共30尾长江中华鲟(Acipenser sinensis)幼鲟遗传多样性进行了分析。共用40个10bp长的随机引物,在25个可分析的引物中,只有OPK01,OPK02,OPK03,OPK09和OPK14RAPD-PCR产物有多态现象,多态引物占20%。25个引物共扩增出101条稳定的DNA带。其中12条为多态带,多态座位比例为9.9%。香农遗传多样性指数(H0)为2.6332,遗传多样性指数(H)为0.0261,遗传相似性指数平均为0.9824,遗传距离平均为0.0176。其遗传多样性明显低于葛洲坝截流以前。 相似文献
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文蛤三个野生种群的生化遗传变异 总被引：6，自引：0，他引：6
采用聚丙烯酰胺梯度凝胶垂直平板电泳检测和比较了广东电白、南三和广西北海三个文蛤(Meretrix meretrix)野生群体9种同工酶24个基因座位的生化遗传变异。结果表明,三个群体的平均杂合度观察值分别为0.291,0.251和0.290,多态位点比例(P0.95)分别为37.5%,37.5%和41.6%,位点平均有效等位基因数分别为1.476,1.419和1.479,各群体在多个位点上都存在杂合子缺失现象。比较了三个群体之间的遗传相似度(I)和遗传距离(D),其中电白与南三群体间的遗传分歧极微,它们与北海群体间的遗传分歧稍明显,三群体基因分化系数为0.035,预示三地间有着较强的基因流。 相似文献
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浙江近岸海域贝类中重金属和贝毒污染状况研究 总被引：4，自引：0，他引：4
在浙江近岸海域采集了青蛤(Cyclina sinensis)、毛蚶(Scapharca subcrenata)、厚壳贻贝(Mytilus coruscus)、缢蛏(Sinonovacula constricta)、泥螺(Bullacta exarata)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippi-narum)、文蛤(Meretrix meretrix)、僧帽牡蛎(Ostrea cucullata)和栉孔扇贝(Chlamys farreri)共9种贝类计29份样品,检测其中重金属汞、砷、铜、铅、锌、镉以及麻痹性贝毒和腹泻性贝毒.结果表明,瑞安毛蚶、瑞安栉孔扇贝中有麻痹性贝类毒素检出,嵊泗文蛤、毛蚶和乐清牡蛎中存在重金属超标的情况;牡蛎对汞、铜、锌、镉有较强的富集能力. 相似文献
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采用通用引物对辽宁盘锦、辽宁大连、山东日照的3个地理群体黑龙江河蓝蛤(Potamocorbula amurensis)COI和16S r RNA序列进行扩增、测序分析,得到30条658bp的COI基因部分序列和27条450 bp的16S r RNA基因部分序列。其中COI和16S r RNA基因部分序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为45.4%和32.0%、13.5%和13.3%、20.7%和29.3%、20.4%和25.3%、66.1%和61.3%,AT含量高于GC含量,这与其他软体动物门动物的COI和16S r RNA的观测结果相近。COI和16S r RNA分别检测到了24个单倍型、43个核苷酸多态位点和9个单倍型、19个核苷酸多态性位点。AMOVA分析表明,3个群体间COI和16S r RNA部分基因总遗传分化系数分别为Fst=0.0090(P0.001)和Fst=0.0674(P0.001),群体内遗传分化远大于群体间、群体内存在较高的遗传分化。用NJ法构建分子进化树,3个地理群体的黑龙江河蓝蛤聚为一个族群,有少数个体和其他群体的个体聚在一起。 相似文献
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To test if environmental contamination acts as a selection force affecting genetic diversity at the population level, two intertidal invertebrate species, Mytilus galloprovincialis and Balanus glandula, were collected from seven different bay sites in southern California. Collections were made at three relatively pristine 'clean' sites and four 'impacted' sites exposed to heavy industrial or boating activity, and which had previously been identified as having measurable levels of pollution. Genetic diversity at each site was assessed by comparing fragment polymorphisms generated from genomic DNA by randomly amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction (RAPD-PCR). All populations retained a large amount of genetic diversity and were genetically similar to each other. However, several different measures of diversity indicated that, for most primers, the populations of both species from impacted sites had lower genetic diversity compared to those populations from clean sites. Individuals at impacted sites were more likely to share the same haplotypes than were those from clean sites. Few bands seen in the clean sites were absent from the impacted sites or vice versa, but a number of bands in the clean site populations were significantly less common in the impacted populations, while a few bands uncommon in clean site populations were more common at impacted sites. Together, these results suggest that pollution at the impacted sites may reduce genetic diversity among the resident invertebrate populations. 相似文献
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采用序列相关扩增多态SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)标记对国家级江苏文蛤良种场(筹)保存的广西北海(GX)、江苏南通(JS)、辽宁大连(LN)三个地理种群原种文蛤进行种质资源分析。结果表明:(1)15对引物在文蛤3种群共扩增223个位点,其中多态位点数为159个,多态性位点百分率为71.30%,显示了较高的多态性;(2)GX、JS、LN3种群的多态性位点百分率分别为69.12%、57.81%、51.85%,平均杂合度分别为0.2532、0.2162、0.1836,香农信息指数分别为0.3649、0.3127、0.2714,均以GX种群最高,表明GX种群遗传多样性更为丰富;(3)3种群扩增位点显性基因频率的分布规律揭示,与LN和JS两种群相比,GX种群中低频基因位点显著增加,而隐性纯合基因位点显著减少,表明GX种群中存在大量稀有等位基因。各地理种群原种文蛤遗传多样性水平相对较高,遗传改良潜力大,GX种群作为选择育种的基础群更为适合。 相似文献
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6个虾种基因组DNA多态性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用RAPD方法检测了罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii)、绿须虾（Aristeus virilis)、长毛对虾（Penaeus penicillatus)、日本对虾（P.japonicus)、斑节对虾（P.monodon)和周氏新对虾（Metapenaeus joyneri)等6个虾种的基因组DNA的多态性。用20个随机引物扩增得到492个DNA片段，根据这些片段的共享度计算出遗传距离并构建系统树。所得结果从DNA水平上反映出虾类在科属种不同分类阶元亲缘关系的远近，并为虾类现行的分类系统提供了分子生物学依据。 相似文献
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利用fAFLP标记技术和PCR-RFLP技术,对采集于广西的形态和壳色变异很大的2个文蛤群体(G、W)以及山东文蛤(S)群体进行了遗传结构和亲缘关系研究.fAFLP分析显示:在457个总扩增位点中存在53个W群体的特异性位点(其中9个为100%显性)、21个G群体的特异性位点、14个S群体的特异性位点,这些位点可作为群体鉴别的特征性标记;通过计算群体间相对遗传距离和聚类分析,发现S和G间的遗传距离最小(0.0424),在系统树上首先聚在一起,而W与S、G的相对遗传距离均很大(0.2308和0.2305),单独分出一支.对文蛤核糖体ITS的PCR-RFLP结果显示:W的三个不同壳色类群(WX、WC、WH)的酶切结果完全一致,而与G和S群体差别较大;G和S群体基本一致,但也稍有差别.进一步的ITS序列分析显示:W的ITS序列长度为1266-1269bp.而G和S分别为1614bp和1520bp;W群体内部序列比较保守,而与G和S群体之间在ITSl和ITS2开始和结尾处均存在多处插入/缺失;在依据序列构建的系统树上,WX、WC、WH三个类群聚在一起,S和G聚为另一支,两支相距甚远.本研究结果表明,fAFLP标记分析、PCR-RFLP分析和ITS序列分析结果一致,W群体和G、S群体的差异较大,已超出种内群体间的遗传变异,S和G尽管存在遗传分化,但仍应同属Meretrix meretrix-个物种. 相似文献