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基于线粒体16S rDNA和COΙ基因探讨中国近海黄姑鱼类的分子系统进化关系 总被引：1，自引：1，他引：0
为探讨中国近海黄姑鱼类的系统进化关系,通过PCR扩增了黄姑鱼(Nibea albifora)、浅色黄姑鱼(N.coibor)、日本黄姑鱼(N.japonica)和状黄姑鱼(N.miichthioides)等4种黄姑鱼类的16S rDNA和COΙ基因片段并进行了序列测定,计算其种间及种内遗传距离并结合来自GenBank的13种石首鱼科鱼类的相应基因片段序列构建分子系统树。结果表明:(1)利用16S rDNA片段可以对4种黄姑鱼类进行分子鉴定;但是基于COΙ基因片段计算的日本黄姑鱼和状黄姑鱼的种间遗传距离为0.002—0.005,尚未达到种间分化水平,应用该基因片段进行这两种鱼的分子鉴定值得商榷;(2)分子系统树显示日本黄姑鱼和状黄姑鱼与黄姑鱼和浅色黄姑鱼处于不同的系统发育阶元,日本黄姑鱼和状黄姑鱼与白姑鱼属鱼类聚为同一类群,支持形态学上将日本黄姑鱼和状黄姑鱼划归为白姑鱼属的分类学观点。 相似文献
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采用CO1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个CO1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),第1密码子变化范围最大(27.6%-54.1%,平均44.9%),第3密码子差别较小(41.6%-43.6%,平均42.7%)。依据Kimura-2-parameter模型,30种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006,种间为0.210,种间遗传距离是种内的35倍;在分子系统树上,28个种(93.3%)可形成单系,18个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是,由黑鳃梅童鱼(Collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C.niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平,灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名,而红牙(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平。本研究证明线粒体CO1基因可作为DNA条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定,亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题。 相似文献
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为探讨石首鱼科(Sciaenidae)鱼类分子系统进化关系,采用生物信息学方法分析了黑鳃梅童鱼(Collichthys niveatus)、棘头梅童鱼(C.lucidus)、大黄鱼(Larimichthys crocea)、小黄鱼(L.polyactis)、鮸鱼(Miichthys miiuy)、白姑鱼(Pennahia argentata)、黄姑鱼(Nibea albiflora)和皮氏叫姑鱼(Johnius belangerii)共8种石首鱼类线粒体基因组全序列的基本特征。结果显示,除皮氏叫姑鱼外,其余7种石首鱼类编码的37个基因排列顺序与脊椎动物线粒体基因组相同。基因组碱基分布存在不均衡现象,A+T含量高于G+C含量。线粒体基因组的基因变异位点分析结果表明,ND4和ND5基因可作为COI基因的辅助分子标记,应用于石首鱼类群体遗传学的研究中。黄鱼亚科5种鱼类13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值远低于1,显示出较强的纯化选择。皮氏叫姑鱼与其他石首鱼间的遗传距离均较大且亲缘关系较远,暗示叫姑鱼属或为石首鱼类中较为原始的类群。基于线粒体基因组全序列构建NJ系统树支持黄鱼亚科和白姑鱼亚科亲缘关系较近的形态学结论。而基于去除控制区后序列和13个蛋白质编码基因序列构建的系统树则表明两亚科鱼类间的差别在非编码区更为明显。 相似文献
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石首鱼类是我国海洋鱼类中具有代表性的类群之一，通常栖息于泥沙底质的浅海，一般不作远距离回游，有些种类(如大黄鱼和小黄鱼)数量多、鱼群大，是重要的经济鱼类。浙江外海是我国最重要的海洋渔业生产区，探讨石首鱼类在这一海区的分布相季节变化，对渔业生产和鱼类区系研究都有现实意义。本文根据在浙江近海调查所取得的11种石首鱼类［大黄鱼Pseudosciaena crocea (Richardson), 小黄鱼Pseudosciaena polyactis (Bleeker,)鮸鱼Miichthys miiuy (Basilewsky), 棘头梅童鱼Collichthys lucidus (Richardson), 黑姑鱼Atrobucca nibe (Jordan et Thompson), 叫姑鱼Johnius belengerii (Cuvier et Valenciennes),丁氏?Wak tingi (Tang), 白姑鱼Argyosomus argentatus (Houttuyn), 大头白姑鱼Argyrosomus macrocephalus (Tang), 黄姑鱼Nibea albiflora (Richardson), 双棘黄姑鱼Nibea diacanthus (Lacépède)] 的周年性资料，对此进行了分析和研究。 相似文献
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浙江南部近海鱼类分类多样性研究 总被引：4，自引：2，他引：2
根据2015年11月至2016年8月浙江南部近海鱼类调查资料，采用纳尔逊分类系统整理鱼类物种组成，通过计算分类阶元包含指数(TINCLi)、分类多样性指数(平均分类差异指数△+和分类差异变异指数∧+)分析浙南近海鱼类的分类多样性。调查结果共记录鱼类182种，分属18目78科130属。TINCLi分析结果显示，浙南近海鱼类种类组成中，其目、科、属所包含的(科、属、种)、(属、种)和(种)的平均数目分别为(4.33、7.22、10.11)、(1.67、2.33)和(1.40)。浙江南部近海鱼类△+值和∧+值分别为62.9和77.0。浙江南部近海鱼类△+值小于高纬度的黄、渤海(66.4)和山东近海(66.1)，大于低纬度的南沙群岛(56.6)、西沙群岛(60.2)和东沙群岛(55.2)，呈现随着纬度降低鱼类△+值随之降低的规律。通过分析浙江南部近海鱼类的分类多样性，可以为浙江南部近海鱼类资源的可持续开发利用及保护提供重要的参考依据。 相似文献
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摘 要：为了解天津近海鱼类群落结构和食性功能群结构的组成，于2018年4月、6—11月采用底拖网采样对该海域鱼类资源进行调查，以阐明天津近海鱼类资源群落结构和食性功能群结构现状。结果表明：本次调查共捕获鱼类23种，隶属于6目14科20属，其中鲱形目6种，胡瓜鱼目1种，鲉形目1种，鲻形目1种，鲈形目12种，鲽形目2种。月间优势种以小型鱼类为主，其中矛尾鰕虎鱼为各月共有优势种。根据鱼类栖所类型划分，大陆架浅水底层鱼类9种，大陆架浅水中上层鱼类7种，大陆架浅水中底层鱼类共4种，大陆架岩礁性鱼类2种，大陆架大洋洄游性中上层鱼类1种。根据鱼类适温类型划分，暖温性鱼类15种，暖水性鱼类6种，冷温性鱼类2种。据月间CLUSTER聚类和MDS分析结果可知，天津海域月间鱼类群落结构分为3个群组，其中6—9月为一组，10、11月为一组，4月为一组。根据各鱼种食物组成的出现频率百分比组成进行聚类分析，天津近海鱼类群落由6个功能群组成，包括浮游动物食性功能群、 广食性功能群、杂食性功能群、虾/鱼食性功能群、鱼食性功能群和底栖动物食性功能群。研究表明，天津近海鱼类种类较少，且以小型鱼类为主，以杂食性功能群、虾/鱼食性功能群和浮游动物食性功能群为主要功能群。 相似文献
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细胞色素b基因序列与7种石首鱼类的系统进化 总被引：12，自引：0，他引：12
通过比较一段381bp细胞色素b基因序列，分析了石首鱼科7种石首鱼的系统发育关系．该序列有51个单变异多态位点、128个简约信息多态位点，对应的氨基酸序列有41个氨基酸变异位点．根据Kimura 2参数构建的邻接树(NJ tree)和最大简约树(MP tree)都显示同样的结果：7种石首鱼类构成一个单系群．皮氏叫姑鱼位于单系群的基部，且与其他石首鱼分离时间很早；大黄鱼和棘头梅童鱼亲缘关系最近。并与钩牙皇石首鱼和波纹短须石首鱼构成姐妹群．黄姑鱼和鱿鱼也接近树的基部． 相似文献
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南澎列岛近海海域底拖网鱼类组成的季节性变化 总被引：1，自引：0，他引：1
1991年逐月对南澎列岛近海海域作底拖网调查,共捕获鱼类132种,其中软骨鱼类7种（4目6科6属）,硬骨鱼类125种（10目58科95属）,后 者以鲈形目居多（69种）。全年渔获优质种类为条尾鲱鲤、黑天竺鱼、二长棘鲷、大头狗母鱼、多齿蛇鲻、三线矶鲈、绿布氏筋鱼、多鳞Xi和乔氏台雅鱼等9种,其渔获尾数之和是渔获总数的71．1％。季节性优势种类除全年优势种类外,尚有粗纹Fu、半线天竺鲷、印白姑鱼、静Fu和翼红娘鱼等5种;各种类全的渔获尾数及出现月份数相关,各月份的渔获尾数和渔获种数不相关;渔获物中仅有少量的中上层鱼类（13种）。就适温性而言,该海区鱼类以亚热带性为主并兼有热带性特征,以Shannon、Brillouin、Simpson和McIn-tosh等多样性指标及相应的Hurlbert均匀度指标对逐月样本做估计,这8种指标之间高度显著相关;该海域鱼类的Shannon多样性指标及相应的均匀度指标皆以秋冬季为高,春夏季较低。 相似文献
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日本黄姑鱼人工繁殖及苗种培育技术的初步研究 总被引：5，自引：0，他引：5
日本黄姑鱼Ｎｉｂｅａ ｊａｐｏｎｉｃａ （Ｔｅｍｍｉｃｋ ｅｔ Ｓｃｈｌｅｇｅｌ），俗称白 ，为石首鱼科黄姑鱼属的近海中下层鱼类，分布于我国的东海、南海及日本南部沿海［１］。日本黄姑鱼生长迅速、病害少、易于养殖，当年即可达商品鱼规格，经济效益显著，成为海水鱼网箱养殖诸多品种之佼佼者，倍受养殖业者欢迎。但其海区野生苗种来源有限，且规格不一，品种不纯，阻碍了大规模生产的发展。因此，开展日本黄姑鱼人工育苗，已成为水产科研部门与养殖业者共同关注与亟待解决的问题。有关日本黄姑鱼的人工孵化工作，日本在１９８… 相似文献
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本文对中国台湾海峡鱼类寄生线虫幼虫的形态特征进行了聚类分析和主成份分析。针对目前鱼类寄生线虫形态分类中存在的问题,尤其是难以区分是形态学差异还是个体间变异,以及主成份分析在分类学中运用应注意的问题进行探讨 。 相似文献
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用于数值分类的聚类分析 总被引：24，自引：0，他引：24
这里所谓聚类分析包括传统的聚类分析和作者提出的聚类统计检验分析。传统的聚类分析是常用的重要数值分类方法。但是，这个方法由于缺乏显著性检验，在国际上已长期公认是一个在多元统计中并不完整的方法。本文把聚类统计检验分析在其具有显著性检验的优越性上，和传统聚类分析作了对比分析。聚类统计检验分析区分有均匀聚类与中心聚类。前者用（１６）作为聚类判据，后者则用（２７），并且各用相应的公式（１７）－（２１）与（２ 相似文献
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刺网选择性对鱼类表型性状的选择作用研究 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究从刺网选择性对鱼类表型性状的影响入手,应用数值模拟方法,模拟了一个具有一定体长特征的鱼类种群,利用具有多项选择参数(曲线标准差σ,最适体长l0,选择性因素R0)的刺网曲线对其进行长期捕捞作用,并在去除捕捞的情况下探讨这种影响的稳定性。结果表明,刺网捕捞作业长期作用于鱼类种群,会对种群体长组成产生深远的影响,开发率(E)越大,效果越明显。当刺网最适捕捞体长与初始种群优势体长重合时(l0=15),造成种群体长分布峰值的分化;如果l0>15,则导致种群体长组成向小型化方向偏移;反之则会造成种群体长组成向大型化方向偏移;而且这种影响可能伴随遗传因素,具有不可逆性。 相似文献
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Tapan K. Barik Surya N. Swain Bijayalaxmi Sahu Bibarani Tripathy Usha R. Acharya 《Marine Ecology》2021,42(1):e12632
Individual specimens of Myripristis jacobus Cuvier, 1829 and Scarus taeniopterus Lesson, 1829 were collected from Gopalpur‐on‐sea, Odisha coast, Bay of Bengal. Both the fish samples were assigned species level tags using the conventional taxonomic methods. The capture of both the fish species is of particular interest in that they were new to the Bay of Bengal. Molecular analysis using the mitochondrial cytochrome oxidase subunit I (COI) gene showed high confidence sequence similarity in species identification. The resultant phylogenetic relationships strongly support the monophyly of both the genus with congruent clustering of both the species according to their morphological identification. In addition, the time tree produced is in complete agreement with the recent studies. These studies conclusively prove that both the species might have been originated during the middle to the late Miocene period. Furthermore, both fish species are typical inhabitants of stigmatized coral reefs, confined to the reef regions. These fish species perhaps migrated to the Bengal Bay from the Andaman and Nicobar Islands reef regions because of climatic changes. 相似文献
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Mesopelagic fish,the most important daily vertically migrating community in the oceans,are characterized by high lipid content which may obscure the interpretation of stable isotopes analysis.Demersal fish,which are important consumers in the food web dominated by mesopelagic fish,also have a high lipid content.Here we collected 127 fish samples from the South China Sea and evaluated the effect of lipid contents on δ13C of mesopelagic and demersal fish.In lipid-extracted mesopelagic f... 相似文献
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Stomach content analysis of eastern North Pacific groundfish has been conducted routinely by researchers interested in understanding trophic interactions between key predator species and their prey. Identification of prey by traditional morphological methods has limitations however, due to the loss of identifiable characters from digestion and morphological similarities between taxa. Furthermore, some forage fish (e.g., osmerids, ammodytids, and juvenile gadids), common prey of Bering Sea and Gulf of Alaska groundfish, are difficult to distinguish because of their slender or fusiform shape, disarticulating easily during digestion. DNA-based identification methods were developed to differentiate among 18 fish species, some that are found at depths greater than 200 m, from four taxonomic families: Ammodytidae and Osmeridae (forage fish), Pleuronectidae (flatfish), and Gadidae (gadid fish). Polymerase chain reaction (PCR) amplification of a 739 basepair section of mitochondrial DNA cytochrome c oxidase I and an 862 basepair section of mitochondrial DNA cytochrome b was followed by restriction digest assays and resulted in species level resolution for 16 of 18 species of interest. PCR restriction digest assays applied to fish prey from stomach contents of groundfish indicated the presence of several target species, eulachon (Thaleichthys pacificus), walleye pollock (Gadus chalcogrammus), searcher (Bathymaster signatus), rock sole (Lepidopsetta bilineata), yellowfin sole (Limanda aspera) and either Bering flounder (Hippoglossoides robustus) or flathead sole (H. elassodon). The PCR restriction digest protocols improved the identification rate of predated fish from stomach contents compared to identification by conventional taxonomic methods alone, and DNA sequence analysis further resolved identification of unknown prey fish samples. 相似文献
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Kohonen网络在烟叶动态分类中的应用 总被引：4，自引：0，他引：4
针对输入为高维化学指标数据的烟叶分类问题 ,提出 1种改进的 Kohonen自组织特征映射神经网络的聚类方法。在数据预处理时 ,加入了领域专家经验 ,对输入特征向量中的各个分量分配不同的分类参与度 ;用 Gauss邻域函数替代了标准 Kohonen网络的方形邻域 ;在 2个学习阶段学习率和邻域宽度采用了不同的递减函数。通过应用证明了改进后的 Kohonen网络的收敛效果和聚类精度比 K- means聚类方法和标准的 Kohonen网络都有较大的提高。 相似文献
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The spring-spawning Baltic Sea herring spawn in coastal areas that also serve as nursery areas for the young fish during their first summer. In a bay known as a herring spawning and nursery area, the pelagic fish abundance was quantified using hydroacoustics every second week from late spring to autumn in 2000 and 2001. A dense system of survey transects allowed determination of the acoustic index (the nautical area scattering coefficient) for fish abundance with high precision. The variation, expressed as the geostatistical coefficient of variation, was on average 5% both years and ranged from 3–11% (2000) and 3–8% (2001). Through the hydroacoustic data intra-annual dynamics in acoustic fish abundance, densities and size composition could be followed, which showed similar trends in both years. In spring and early summer acoustic fish densities were low, followed by a drastic, 20-fold increase in late summer. Hydroacoustic data and biological samples suggest that the increase was caused mainly by the recruitment of young-of-the-year herring to the acoustically assessable pelagic fish community. This age class is commonly not well represented in catches when using traditional sampling gears such as gill nets and trawls, and hydroacoustics may help to improve quantitative estimates of small juvenile fish in order to increase the understanding of biological processes in coastal nursery areas. 相似文献
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以3种海鱼(牙鲆、狭鳕、鲱鱼)为样本,针对海产品中主要的致病性寄生虫-异尖线虫,开展了酶消化检测技术的研究.根据鱼肉消化前后干物质的质量变化设计了胃蛋白酶消化效率的计算方法,并按照鱼肉:消化液＝1:10 (g/mL)的反应比例,分别确定了酶水解鱼肉的最佳条件为:初始pH值为1.1,温度为37 ℃,酶活力为8 U/mL左右;消化后所得的虫体采用多重PCR方法替代传统的形态学观察进行种属鉴定,从而初步建立了基于酶水解-多重PCR的异尖线虫的酶消化检测体系.实际样本检测表明,该技术可以较为准确、快速地用于海产鱼类中简单异尖线虫(Anisakis simplex)和伪地新线虫(Pseudoterranova decipiens)的确证性检测. 相似文献