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1.
以提取并纯化的西太平洋深海沉积物DNA为模板,利用古菌PCR特异性引物扩增出样品中古菌的16S rDNA片段,构建其克隆文库,建立阳性克隆子RFLP(Restriction Fragment Length Polymor-phism)酶切图谱。据酶切图谱对所获得的90个克隆进行测序,并与数据库中的序列进行比对,从而进行古菌的多样性和系统发育分析。结果表明,沉积物中扩增的16S rDNA古菌序列分别来自泉古生菌(Crenarchaeota)和广古生菌(Euryarchaeota),以Marine Benthic Group B (11.8%)、Marine Benthic Group D (13.6%)、Marine Crenarchaeotic Group (68.69%)为主。少量序列为South African Gold Mine Euryarchaeotic Group (1.07%)、Deep-Sea Hydrothermal Vent Euryarchaeotic Group (1.61%)、UIIB（1.25%）、VALIII（1.79%）、Marine Benthic Group E (0.18%)。以上结果表明西太平洋深海沉积物中有丰富多样的古菌群落。 相似文献
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苏禄海深海沉积物古菌群落结构多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究热带西太平洋深海沉积物中古菌群落结构的多样性,应用16S rDNA文库技术,对IMAGES ⅪⅤ航次采集的岩芯MD3 059进行基因文库的构建和分析,选取得到543个克隆,处理获得137个OTUs(Operational Taxonomic Units).基于16s rRNA序列的同源性比较,绘制系统进化树,进行统计学分析.研究结果显示,热带西太平洋苏禄海沉积物中有丰富多样的古菌群落,在不足5 m的沉积物中垂直分布着11种古菌类群.古菌序列归属于泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota),其中,前者主要由Miscellaneous Crenarchaeotic Group(MCG)构成(占总古菌克隆序列的50%以上),而后者主要由Marine Benthic Group D(MBG-D)、South Africa Gold Mine Euryarchaeotic Group(SAGMEG)和Marine Benthic Group B(MBG-B)等种属构成(占总古菌克隆序列的30%以上).研究结果对于理解热带西太平洋深海沉积物中微生物多样性和未来开发利用微生物资源具有重要意义. 相似文献
3.
东海内陆架泥质区沉积物古菌群落垂向分布特征 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究东海内陆架闽浙沿岸泥质区不同深度沉积物中古菌群落垂向分布特征, 利用古菌16S rDNA基因文库得到473个有效克隆、50个OTUs(Operational Taxonomic Units).16S rDNA序列系统进化和统计分析发现古菌分别归属于泉古生菌(Crenarchaeota)和广古生菌(Euryarchaeota), 其中以Miscellaneous Crenarchaeotic Group(MCG)为主, 仅含少量的Marine Benthic Group B(MBG-B)、South African Gold Mine Euryarchaeotic Group(SAGMEG)、Anaerobic Methanotrophs 3(ANME-3)、Marine Crenarchaeotic Group I(MG-I)和Marine Benthic Group D(MBG-D).该泥质区沉积物可能存在由ANME-3催化的甲烷厌氧氧化作用, 同源序列分析表明其古菌群落分布与周边环境有较大联系.UniFrac与沉积物环境因子分析表明该泥质区古菌群落垂向分布与沉积物有机质含量和粒度变化密切相关. 相似文献
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深海热液口由于剧烈的温度(可达到400℃以上)、pH和化学梯度,成为地球生命起源和演化研究的焦点,海底热液口生命系统为人类提供了一个探索深部生命及生命起源和进化的窗口.本文主要开展了瓜伊马斯深海热液口高温环境下沉积物和烟囱样品中古菌多样性的研究.采用实时荧光定量PCR首先对样品中古菌进行了定量,发现沉积物和烟囱两个样品都含有高丰度的古菌,沉积物和烟囱中古菌分别达到1.47×109拷贝数/g和5.29× 108拷贝数/g(湿重).通过核糖体小亚基16S rRNA基因的PCR扩增,文库构建和系统发育分析,发现沉积物和烟囱样品中的古菌类群多数是嗜热和超嗜热微生物,但两个样品中的古菌群落组成差异很大:沉积物以泉古菌门为主,优势菌群为Miscellaneous Crenarchaeota Group (MCG)和Hot Water Crenarchaeota Group Ⅰ(HWCG Ⅰ);烟囱样品则主要是广古菌门类群,其中以Thermococcales,Marine Benthic Group D (MBGD)/Deep Hydrothermal Vent Euryarchaeota 1(DHVE 1)为主.在沉积物样品中发现了一个新的MCG类群,命名为MCG-H,可能是MCG的高温独特类群.研究揭示,在瓜伊马斯深海热液口烟囱和沉积物中都包含有丰富的古菌类群包括未被发现的新类群,对瓜伊马斯深海热液口古菌分布和多样性的研究将为进一步深入的古菌生理功能和演化的研究提供基础. 相似文献
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为了研究西太平洋黑潮源区不同深度沉积物中古菌群落结构的多样性,应用16S rDNA文库技术,对IMAGES XIV航次采集的岩芯MD06-3047进行基因文库的构建和分析,得到260个克隆,经分析处理后得到56个OTUs(Operational Taxonomic Units).基于16S rRNA序列的同源性比较,绘制系统进化树,进行统计学分析.研究结果显示,西太平洋黑潮源区的本哈姆高原(Benham Rise)沉积物中有丰富多样的古菌群落,在1m内的沉积物中分布着9种古菌类群.古菌序列归属于泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota),并以泉古菌为主(占总序列的91.5％).其中,泉古菌包含MGI、MBG-B、MCG和UCII-b 4个类群,并且主要由MGI构成(占总序列的40.8％),而广古菌包含MBG-D、SAGMEG、DHVEG、MBG-E和VAL Ⅲ 5个类群,各类群所占总序列比例均较低(占总序列的0.4％～5.4％之间).研究结果对于理解西太平洋黑潮源区沉积物中古菌多样性有重要意义,并为今后研究古菌群落与环境之间的关系提供科学依据. 相似文献
6.
从黑潮源区采集上层沉积物,进行DNA提取,以细菌和古菌的16S rDNA通用引物PCR扩增黑潮源区沉积物中细菌和古菌群落的16S rDNA,并构建细菌和古菌的16S rDNA文库,经限制性片段长度多态性分析(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP),DNA序列测定和系统发育分析,对黑潮源区表层沉积物的细菌和古菌多样性进行了研究。研究结果表明:黑潮源区细菌包括了变形杆菌(Proteobacteria)、酸杆菌(Acidbacterium)、浮霉菌(Planctanycene)、疣微菌(Verrucomicro-bia)和Candidate division OP8和拟杆菌(Bacteroidetes)共6个类群,其中变形杆菌是优势类群。古菌包括了泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota),其中泉古菌占优势;泉古菌包括MCG、C3、MBGA和MGI 4个类群,而广古菌包括SAGMEG、MBGE和MEG 3个类群,其中MBGE是优势类群。 相似文献
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为了研究贵州喀斯特地区碳酸盐岩表生古菌群落结构的多样性,应用16S rDNA文库技术,对采集于贵州南江大峡谷的白云岩和石灰岩样品进行基因文库的构建和限制性片段长度多态性(RFLP)分析。用限制性核酸内切酶MspⅠ对两个文库中分别随机挑选的300个阳性克隆子进行酶切分型,白云岩和石灰岩16S rDNA基因文库各得到14和13个基因型,其覆盖率分别为95.4%和91.3%,香农指数分别为2.14和1.93。系统发育分析表明白云岩和石灰岩表生古菌克隆子全部归属于泉古菌门（Crenarchaeota）,代表性克隆与GenBank数据库已有16S rRNA序列的相似性为96%～100%,且最高相似性序列均来源于土壤及岩石环境的未可培养古菌序列。 相似文献
8.
对黄土高原西峰地区黄土沉积物中的有机质进行了总DNA 提取和PCR（聚合酶链式反应）扩增,通过克隆测序技
术构建了含有44 个克隆子的细菌16S rDNA 文库。对16S rDNA 系统发育的分析表明,西峰地区的黄土沉积物中细菌可分属
13 个类群,包括：酸杆菌（Acidobacteria）、变形菌（Proteobacteria）、放线菌（Actinobacteria）、绿弯菌（Chloroflexi）、厚壁菌（Firmicutes）、疣微菌（Verrucomicrobia）、浮霉菌（Planctomycetes）、芽单胞菌（Gemmatimonadetes）、异常球菌-栖热菌（Deinococcus-Thermus）、硝化螺旋菌（Nitrospirae）、蓝细菌（Cyanobacteria）、拟杆菌（Bacteroidetes）和Candidate divisionTG1。其中酸杆菌为最主要优势类群,变形菌为次优势类群,二者占黄土细菌总克隆数的70%,且大多为不可培养的基因型。 相似文献
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南海西沙海槽沉积物细菌多样性初步研究 总被引：8，自引：1，他引：8
对来自南海西沙海槽的深海沉积物进行总DNA提取，并构建细菌16S rDNA文库。细菌16S rDNA系统发育分析表明沉积物中细菌分属4个类群：变形杆菌(Proteobacteria)、浮霉菌(Planctomycene)、低G+C含量革兰氏阳性菌和放线菌(Actinobacteria)，它们分别占总体的49%、22%、22%和7%。Proteobacteria类群又以δ Proteobacteria亚群占优势，其他分属α 和γ Proteobacteria亚群。Planctomycene和低G+C含量革兰氏阳性菌两个常见于浅海的类群，在西沙海槽沉积物的丰度高于其他深海沉积物，可能是随沉积物被浊流搬运至海槽。 相似文献
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Microbial diversity in the hydrate-containing (sites SH3B and SH7B) and-free (sites SH1B, SH5B, SH5C) sediments collected from the Shenhu area of the South China Sea (SCS) was investigated using 16S rR... 相似文献
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采集了某废弃炼油厂的石油污染地下水样品,提取水中微生物总DNA,构建细菌16S rDNA克隆文库,并通过16S rDNA序列的系统发育分析,对样品中的细菌种群多样性以及群落结构进行了研究。结果表明,文库中阳性克隆的16S rDNA序列分属11个细菌类群,分别为Betaproteobacteria(381％),Alphaproteobacteria(353％),Gamaproteobacteria(51％),Deltaroteobacteria(52％),Bacteroidetes(40％),Verrucomicrobia(25％),Epsilonproteobacteria(19％),Nitrospira(13％),Planctomycetes(13％),Candidate Division OD1(13％),Unclassified Bacteria(38％)。在这一生态系统中,Betaproteobacteria和Alphaproteobacteria类细菌占据主导地位,二者所占比例均在三分之一以上。群落中最主要的降解菌是噬氢菌属(Hydrogenophaga)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)细菌,它们在文库中所占比例达239％和195％。该石油污染地下水样品中细菌与许多其他已知的降解菌亲缘关系较近,如Sulfuricurvum kujiense、Trichlorobacter thiogenes、Rhodoferax ferrireducens以及红细菌属(Rhodobacter)、甲基单胞菌属(Methylomonas)和涅瓦菌属(Nevskia)细菌等。此外,文库中克隆的16S rDNA序列与许多类似的污染场地中发现的环境克隆相似性很高,如煤焦油污染的地下水、苯污染的地下水、原油污染的土壤、溴甲烷和氯甲烷污染的土壤、抗生素生产废水以及活性污泥等,证明该石油污染地下水中有大量降解菌群的存在。石油污染物的种类对降解菌群的组成有一定的选择作用。 相似文献
13.
Yong Zhang Xin Su Fang Chen Yuanyuan Wang Lu Jiao Hailiang Dong Yongyang Huang Hongchen Jiang 《地学前缘(英文版)》2012,3(3):301-316
South China Sea(SCS) is the largest Western Pacific marginal sea.However,microbial studies have never been performed in the cold seep sediments in the SCS.In 2004."SONNE" 177 cruise found two cold seep areas with different water depth in the northern SCS.Haiyang 4 area,where the water depth is around 3000 m.has already been confirmed for active seeping on the seafloor.such as microbial mats,authigenic carbonate crusts and bivalves.We investigated microbial abundance and diversity in a 5.55-111 sediment core collected from this cold seep area.An integrated approach was employed including geochemistry and 16S rRNA gene phylogenetic analyses.Here,we show that microbial abundance and diversity along with geochemistry profiles of the sediment core revealed a coupled reaction between sulphate reduction and methane oxidation.Acridine orange direct count results showed that microbial abundance ranges from 10~5 to 10~6 cells/g sediment(wet weight).The depth-related variation of the abundance showed the same trend as the methane concentration profile.Phylogenetic analysis indicated the presence of sulphate-reducing bacteria and anaerobic methane-oxidizing archaea.The diversity was much higher at the surface,but decreased sharply with depth in response to changes in the geochemical conditions of the sediments,such as methane,sulphate concentration and total organic carbon.Marine Benthic Group B.Chloroflexi and JSl were predominant phylotypes of the archaeal and bacterial libraries,respectively. 相似文献
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H-W Kuo C-Y Huang C-N Chang P-L Lee Y-W Chen C-F Huang H-H Chang Y-H Tang S-Z Zeng G-Y Li C-R Lin L-Z Chen 《International Journal of Environmental Science and Technology》2017,14(4):743-754
Three commercial bio-aid samples have shown good troubleshooting capabilities earlier during several biological wastewaters processing, but their microbial contents were still unclear. This study was aimed to assess eubacteria contents for the three bio-aids based on sequence comparisons of 16S ribosomal deoxyribonucleic acid (rDNA). Majority of target 16S rDNA sequences of bacteria within or cultured from bio-aids were obtained via pyrosequencing-based approach, and few sequences were from isolation- or cloning-sequencing approaches. Results showed that a total of 8114, 2327, and 5402 sequences were retrieved from pyrosequencing-based methods for the three bio-aids, respectively, which were affiliated with 100, 80, and 59 bacterial species based on sequence comparison using Ribosome Data Project (RDP) Classifier and Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Target sequences matched Bacillus sp., Enterococcus sp., and Clostridium sp. of Firmicutes phylum were the most abundant for the bio-aids, while some sequences identical to bacteria of phyla Actinobacteria, Bacteroidetes, Chloroflexi, Cyanobacteria, and Proteobacteria were also found. Additionally, most of sequences from the isolation- or cloning-sequencing-based methods were not retrieved by the pyrosequencing-based methods. Culture media appeared to potentially select several bacteria species within phyla Firmicutes and/or Proteobacteria, but sequences from the culture-based methods did fulfill some absences for the uncultured method. Based on principal coordinate analysis, bacteria community structures of the three bio-aids were different. This study provided insights into bacteria contents for the three bio-aids as fundamental information in attempts for future selection or formulation of suitable bio-aids for solving various troubles during wastewater biological processing. 相似文献
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漠河盆地科学钻探井MK-1地下冷环境中嗜热微生物的多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
在漠河盆地科学钻探井MK-1地下110m冷环境样品中发现大量嗜热微生物存在的证据,针对这些冷环境中的嗜热菌进行了克隆文库分析和分离培养,分别用细菌和古菌16SrDNA引物PCR扩增.结果表明:未发现古菌16SrDNA存在,而嗜热细菌与栖热菌属(Thermus),地芽孢杆菌属(Geoba-cillus)和厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)有较近的亲缘关系,通过分离培养分离出3种地芽孢杆菌属(Geobacillus)的细菌,其相似度均为100%.嗜热微生物多存在于地下温暖有机质丰富的生态系统中,了解它们的来源、分布机制及其多样性对于能源和资源的寻找在一定程度上具有指示意义. 相似文献