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魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景 总被引：10，自引：0，他引：10
魁蚶（Ｓｃａｐｈａｒｃａｂｒｏｕｇｈｔｏｎｉｉ）是蚶科贝类的一种大型经济种类，主要分布于我国、日本和朝鲜半岛及俄罗斯东南部沿海。在我国，主要分布于辽宁、河北和山东沿海，生活在３～５０ｍ（多为２０～３０ｍ）水深的软泥或泥沙质海底，是我国北方沿海重要的经济贝类之一。但但有有关关其其自自然然群群体体的的遗遗传传变变异异及及群群体体间间遗遗传传分分化化等等方方面面的的研研究究不不多多 ;;同同时时，，作作者者和和日日本本研研究究者者发发现现，，中中国国、、韩韩国国和和日日本本魁魁蚶蚶群群体体在在形形态态和… 相似文献
2.
萼花臂尾轮虫(Brachionus calyciflorus)COI基因序列变异及种群遗传结构分析 总被引：4，自引：0，他引：4
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ，COI)基因序列对北京地区和江汉湖群部分湖泊萼花臂尾轮虫(Brachionus calyciflorus)种群遗传结构进行了初步分析。以特异引物进行PCR扩增，获得了661bp的基因片断序列，所得序列与Genbank中B．calyciflorus COI序列的同源性为82％—93％。在6个种群中，共获得了15种单元型。序列分析结果表明，不同季节单元型之间的遗传距离较大(0．248-0．263)，而在同一季节单元型之间遗传距离较小(0．002-0．031)。种群遗传结构分析表明，各种群之间无共享的单元型，同一季节不同湖泊种群之间存在着一定程度的遗传分化，但未按照地理位置形成明显的地理格局。按采样时间分组进行AMOVA分析，组间差异高达94．09％；DH-I与其他种群之间存在着明显的遗传分化。同一湖泊不同季节样品之间，遗传变异较大，这表明在同一湖泊存在着不同基因型的轮虫休眠卵，当环境条件发生了变化后，不同基因型之间会发生更迭。 相似文献
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3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究 总被引：15，自引：0，他引：15
对3种蛏类大竹蛏（Solen grandis），长竹蛏（Solen strictus）和小刀蛏（Cultellus attenuatus）的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究。得到的序列总长度分别为472-481bp（16S）和658bp（COI）。3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例（16SrRNA基因62．1％；COI基因62．8％）。对位排序比较表明，16SrRNA片段种内个体间变异较小，3种类间存在128个碱基变异位点（其中包括127个简约信息位点）和5个插入／缺失位点，总共12个碱基长；COI片段有200个碱基存在变异，其中包括191个简约信息位点，不存在任何插入／缺失位点。数据分析结果表明16SrRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0．0856和0．1712，两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0．3054，0．2798和0．2662，0．2933。作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平，结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点。3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因在种间明显的多态性，证实了16SrRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析。 相似文献
4.
本研究针对中国沿海银口天竺鲷属鱼类分类鉴定不清晰，同种异名多，种类误鉴等分类问题，结合形态特征比较与DNA条形码技术对其分类鉴定问题进行梳理。2014—2019年间于南海北部沿海采集101尾银口天竺鲷属鱼类标本，经形态学特征鉴定为：横带银口天竺鲷Jaydia striata（Smith&Radcliffe，1912），特征为体侧有7—11褐色宽横带，腹鳍、臀鳍浅灰色；印度洋银口天竺鲷J.striatodes（Gon，1997），特征为体侧有7—11褐色宽横带，臀鳍后缘黑色；白边银口天竺鲷J.novaeguineae（Valenciennes，1832），特征为臀鳍、尾鳍最下缘为白边；黑边银口天竺鲷J.truncata（Bleeker，1855）特征为第二背鳍、臀鳍中部有一平行基底的黑色带，尾鳍后缘黑色带略宽；史密斯银口天竺鲷J.smithi Kotthaus，1970，特征为第二背鳍中部有一平行基底的黑色纵带，尾鳍后缘黑色带略细；斑鳍银口天竺鲷J.carinatus （Cuvier，1828），特征为第二背鳍最末软条基底有一大黑斑；黑鳃银口天竺鲷J.poeciloptera （Cuvier，1828），特征为臀鳍淡黄色，鳍膜间有一暗点。研究发现Apogon arafurae并不是J.truncata同种异名，学名应更正为Jaydia poeciloptera。基于线粒体COI基因K2P遗传距离显示，J.striata、J.smithi、J.truncata种内遗传距离大于2%。构建NJ系统发育树发现红海、阿拉伯海和北部湾的J.smithi分成2个单系支。结合NJ树分析发现，J.smithi和J.poeciloptera均出现错误鉴定，认为GenBank上传的序列（MH085808、JQ681491）存在误鉴，实为J.poeciloptera。 相似文献
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中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码 总被引：1，自引：0，他引：1
DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。 相似文献
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基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究 总被引：2，自引：0，他引：2
相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析，结果表明14种相手蟹COI和16S rRNA基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%，均达到了种间差异水平。构建的系统发育树显示，14种相手蟹分别为独立有效物种，但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹，没有分别形成2个独立的支系，而是混合聚成一大支系。而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支，再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支，表现出与形态分类的不一致。错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源，也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。 相似文献
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三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)作为重要的海洋经济动物,其常见体色(头胸甲)为茶绿色。近年来在我国沿海海域海捕三疣梭子蟹中开始出现体色为紫色的一类梭子蟹,除体色不同外,二者表型特征并无显著差异。对两种体色三疣梭子蟹不同个体的线粒体COI和16S rRNA基因进行了序列比对分析以判定二者之间的亲缘关系。结果发现COI和16S rRNA基因在两种体色三疣梭子蟹群体中的核苷酸序列一致性分别为99.87%和99.88%,表明紫色三疣梭子蟹并未发生亚种的分化,即紫色和茶绿色群体属于同一个种。并利用GenBank数据库检索了梭子蟹科其他15种海产蟹的16S rRNA序列,进行了序列同源性比对分析和分子系统学方面的探讨,为梭子蟹种属分类学研究提供分子依据。 相似文献
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三疣梭子蟹作为重要的海洋经济动物，其常见体色为茶绿色。近年来在我国东部沿海海域海捕三疣梭子蟹中开始出现体色为紫色的一类梭子蟹，除体色不同外，二者表型特征并无显著差异。为确定两种体色三疣梭子蟹之间的关系，本文对两种体色三疣梭子蟹不同个体的线粒体COl和16srRNA基因进行了比较分析以判定体色的差异是否由于种属的差异引起的。通过对以上两个基因部分序列的SSCP和相关序列测定分析，发现在紫色和茶绿色群体中这两个线粒体保守序列基因的SSCP电泳条带图谱相似，序列分析表明COl和16srRNA基因在两种体色三疣梭子蟹群体中的核苷酸序列相似度分别为99．81％和99．91％。以上结果表明，紫色三疣梭子蟹并未发生亚种的分化，即紫色和茶绿色群体属于同一个种。此外，紫色梭子蟹群体的线粒体DNA序列在进化关系上较茶绿色群体更为保守。 相似文献
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DNA barcode assessment of Ceramiales (Rhodophyta) in the intertidal zone of the northwestern Yellow Sea 总被引：1，自引：0，他引：1
A total of 142 specimens of Ceramiales(Rhodophyta) were collected each month from October 2011 to November 2012 in the intertidal zone of the northwestern Yellow Sea. These specimens covered 21 species,14 genera,and four families. Cluster analyses show that the specimens had a high diversity for the three DNA markers,namely,partial large subunit r RNA gene(LSU),universal plastid amplicon(UPA),and partial mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I gene(COI). No intraspecific divergence was found in our collection for these markers,except for a 1–3 bp divergence in the COI of Ceramium kondoi,Symphyocladia latiuscula,and Neosiphonia japonica. Because short DNA markers were used,the phylogenetic relationships of higher taxonomic levels were hard to evaluate with poor branch support. More than half species of our collection failed to find their matched sequences owing to shortage information of DNA barcodes for macroalgae in Gen Bank or BOLD(Barcode of Life Data) Systems. Three specimens were presumed as H eterosiphonia crispella by cluster analyses on DNA barcodes assisted by morphological identification,which was the first record in the investigated area,implying that it might be a cryptic or invasive species in the coastal area of northwestern Yellow Sea. In the neighbor-joining trees of all three DNA markers,H eterosiphonia japonica converged with D asya spp. and was distant from the other Heterosiphonia spp.,implying that H. japonica had affinities to the genus Dasya. The LSU and UPA markers amplified and sequenced easier than the COI marker across the Ceramiales species,but the COI had a higher ability to discriminate between species. 相似文献
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The present study reports on population structure analysis of the marbled crabPachygrapsus marmoratus (Fabricius, 1787) from the Tunisian coast, an appropriate location to study biogeographical process... 相似文献