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比较分析了石鲽和星突江鲽线粒体基因组COI、Cytb基因以及D-loop片段总长度为1175 bp的核苷酸序列,探讨了石鲽与星突江鲽的亲缘关系。2种间共检测到95处核苷酸替代,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是第三密码子位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明:3个目的片段的鸟嘌呤(G)含量普遍较低,在2个蛋白质编码基因第三密码子位点上表现得尤为明显。线粒体COI、Cytb基因和D-loop片段序列分析显示石鲽与星突江鲽间平均遗传距离分别为0.043、0.062和0.153,属于属内种间差异水平。2种鲽鱼在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传分化,核苷酸替代速率由大到小依次为D-loopCytbCOI。贝叶斯法、邻近距离法和最大简约法构建的系统发育树一致,皆显示石鲽与星突江鲽遗传关系很近。基于Cytb基因片段序列的分析结果表明:石鲽与星突江鲽的分歧时间约为185万年,分化事件发生于更新世中期(Middle Pleistocene)。 相似文献
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为了解黑鲷(Acanthopayrus schlegelii)种质资源现状以及放流群体可能对野生群体产生的遗传学影响,本研究采用线粒体DNA控制区序列对采自舟山、莱州和南通的黑鲷亲鱼、放流群体和海捕群体进行了遗传学比较研究。研究显示：764尾黑鲷个体共检测到69个单倍型,其中亲鱼群体与放流群体的共享单倍型为5个、亲鱼群体与海捕群体的共享单倍型为6个,放流群体与海捕群体的共享单倍型为27个。亲鱼群体、放流群体和海捕群体的单倍型多样度分别为0.849,0.786～0.935和0.850～0.951,核苷酸多样度分别为0.011,0.005～0.009和0.008～0.009。群体间遗传分化指数FST显示,黑鲷亲鱼群体与放流群体、放流群体间以及放流群体与海捕群体均产生中等程度的遗传分化。研究结果表明,黑鲷亲鱼群体、放流群体以及海捕群体的遗传多样性均较高,说明放流群体的种质资源良好,但黑鲷苗种与海捕群体间存在较大的遗传分化,仍需开展其遗传多样性监测工作,以保护黑鲷的优质种质资源。 相似文献
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密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,86尾个体序列的变异位点数为38个,共定义了28个单倍型;3个密斑马面鲀群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较高,且相差不大;密斑马面鲀群体间未检测到显著的群体遗传结构,分子方差分析表明,99.67%的遗传差异来自于群体内,群体间遗传差异仅为0.33%。贝叶斯树和最大似然树均显示出密斑马面鲀单倍型间松散的分布,未检测到显著的谱系结构。群体历史动态分析结果表明密斑马面鲀的群体经历了更新世的群体扩张事件。 相似文献
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浙江和福建沿海厚壳贻贝Mytilus coruscus群体的COI序列比较分析 总被引：1，自引：0，他引：1
基于线粒体DNA COI基因序列分析了浙江和福建沿海的厚壳贻贝Mytilus coruscus群体遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为564bp的COI基因片段上,厚壳贻贝的5个群体均呈现较高的单倍型多样度(0.867±0.129~1.000士0.177)和较低的核苷酸多样度(0.007±0.005~0.011±0.008);邻接关系树显示,5个群体的单倍型相互混杂,仅有1个小的分支存在;厚壳贻贝单倍型网络关系图呈星状结构,存在1个与系统树相对应的分支;不同群体间的F_(ST)值较小,且统计检验的结果均不显著,表明浙江、福建沿岸的厚壳贻贝群体问在COI基因上存在同质性;Tajima's D和Fu's F_s中性检验的结果(Tajima's D=-1.828,P=0.017;Fs=-22.954,P=0.000)都显著偏离中性,提示厚壳贻贝经历了群体扩张。 相似文献
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为了解东营河口浅海贝类国家级海洋特别保护区的环境现状,2009年9月底对保护区物理、化学、浮游植物和浮游动物丰度及组成进行了调查研究,以期为保护区的建设和维护提供基础资料。保护区秋季表层水盐度在30.0～31.0之间,溶解氧平均值6.31 mg/L(6.05～6.53 mg/L),pH平均值8.61(8.51～8.71),生物需氧量平均值2.02 mg/L(1.60～2.32 mg/L),化学耗氧量平均值1.61 mg/L(1.05～2.42 mg/L),氨氮平均值0.206 mg/L(0.008～0.613 mg/L),活性磷酸盐平均含量0.021 mg/L(0.001～0.08 mg/L),叶绿素a平均值2.833 mg/m~3(0.746～6.166 mg/m~3),检测到浮游植物2门58种,其中硅藻门为51种,甲藻门7种。浮游植物总丰度为4.96×10~4个/m~3,硅藻门丰度占81.0%。硅藻优势种为线形圆筛藻、辐射圆筛藻、中肋骨条藻、丹麦细柱藻等;甲藻优势种为夜光藻和三角角藻。检测到浮游动物4门38种,其中节肢动物30种,腔肠动物6种,毛颚动物和尾索动物各1种。浮游动物总丰度为4.3×10~3个/m~3,其中节肢动物的丰度占到87.7%,节肢动物优势种有小拟哲水蚤、真刺唇角水蚤、中华哲水蚤、克氏纺锤水蚤等。腔肠动物优势种为八斑芮氏水母和四叶小舌水母。 相似文献
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参考鳗鲡等鱼类线粒体DNA序列进行了中国花鲈线粒体DNA细胞色素b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为410bp，其A、T、G、C含量分别为101bp(24.63%)、112bp(27.32%)、72bp(17.56%)、125bp(30.49%)，与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。 相似文献
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本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelys parvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目(Anguilliformes)鱼类,采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列, 结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列, 分析比较了序列组成和差异, 并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群, 基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科11属14种鱼类的系统发育树, 探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型, 4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G), 平均A+T含量(53.2%)高于G+C含量(46.8%), 表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura 2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.218 8, 不同属间的平均遗传距离为0.225 0, 不同科间的平均遗传距离为0.232 7, 分类阶元越高, 遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支, 并得到有效的区分, 而其他类群存在混杂现象。以上结果表明, 由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定, 该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。 相似文献