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采用三对通用引物(ITS1/ITS4,EF3/EF4,NS1/NS4)检测其对东海陆架DH-13站点表层沉积物真核微型生物的扩增特异性和多样性差异。对323个有效克隆子进行OTU分型和多样性分析,结果表明,NS1/NS4引物扩增所获得的文库多样性最高,EF3/EF4其次,ITS1/ITS4最后。通过NCBI比对和分类学研究,发现优势种群主要为原生生物界,包括丝足虫门(Cercozoa,占所有OTU的36.4%)、横裂甲藻纲(Dinophyceae,占14.2%)、不等鞭毛门(Stramenopiles,占7.4%)和纤毛虫门(Ciliophora,占6.3%);另含部分真菌界如子囊菌门(Ascomycota,占7.4%)和壶菌门(Chytridiomycota,占6.3%)。原生生物方面,NS1/NS4引物表现的多样性最高,适合于扩增丝足虫门、横裂甲藻纲和不等鞭毛门,并扩增到独有的眼虫门(Euglenozoa)、隐藻门(Cryptophyta)和顶复门(Apicomplexa);ITS1/ITS4适合于扩增甲藻和纤毛虫门;EF3/EF4则适合于丝足虫门。真菌方面,ITS1/ITS4适合于扩增子囊菌门;EF3/EF4适合于子囊菌门和壶菌门,而NS1/NS4适合于壶菌门。系统发育分析表明,三对引物的原生生物系统树中的相似序列多来自海洋环境样品,真菌序列则分别来自陆地土壤真菌和海洋真菌,说明三对引物更适合于海洋沉积环境微型原生生物的分子生态分析。 相似文献
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为了研究滨海化工园区附近潮间带沉积环境中的微生物群落结构,揭示化工园区排污对附近沉积环境中微生物的多样性及群落影响,同时也为揭示滨海化工园区附近潮间带环境中微生物群落的多样性和复杂性。选择浙江省台州市椒江化工园区附近潮间带沉积物微生物群落为研究对象,利用Illumina Mi Seq高通量测序技术,在椒江化工园区附近潮间带的沉积物中,共鉴定出古菌和细菌16门43科76属176种,其中,变形菌门丰度最高,其序列数占总序列数的62.4%;ACE指数和Chao指数的平均值分别为232和233,Shannon多样性指数平均值为4.44,Simpson多样性指数平均值为0.033,表明潮间带沉积物中微生物群落的多样性水平较高,化工园区南、北端附近潮间带沉积物中微生物群落的多样性水平差异较小;沉积物中绿弯菌门、浮霉菌门物种数量等与多数环境指标显著负相关,装甲菌门、脱铁杆菌门和待定菌群OD2、TM8物种数量则与多种重金属、多环芳烃和多氯联苯化合物含量显著正相关。 相似文献
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椒江口沉积物中细菌多样性初步研究 总被引：2，自引：1，他引：1
通过常规分离纯化、鉴定和构建细菌克隆文库的方法,研究椒江口三个站点沉积物中细菌的多样性,并对其进行系统发育分析。可培养细菌的形态学及API鉴定结果显示杀鲑气单胞菌是优势种,典型细菌16S r DNA分子鉴定结果表明γ-变形菌纲和厚壁菌门为主要类群。未培养细菌克隆文库的序列分析结果表明:细菌主要包括变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门、CFB群、放线菌门、厚壁菌门等8个类群;其中C0站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及绿弯菌门;C1站点克隆子以α-变形菌纲及γ-变形菌纲为主;C2站点克隆子主要属于放线菌门及α-变形菌纲。综合可培养及未培养结果,可发现椒江口沉积物中γ-变形菌纲为典型优势类群,且相当数量的克隆子其且相当数量克隆子的相似序列来自重金属或石油烃污染的沉积环境。 相似文献
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PCR技术应用于环境监测具有快速、灵敏、准确、简便、特异性强等特点,被广泛应用于水体、气体和土壤的环境污染监测中。将此方法应用于海洋细菌监测中,从浙江南部沿海表层海水中分离到一株海洋细菌MZ0306A1,利用细菌通用引物对其16SrDNA进行扩增。琼脂糖凝胶电泳检测目的DNA片段约为1．5kb。测序后将所测得的序列在NCBI网站中进行相似性搜索,得到该细菌的结果与Halomonas variabilis strain DSM 3051的相似性最高,为97％,故命名为嗜盐单胞菌属。该细菌的16SrDNA序列已经提交GenBank,序列收录号为EU124745。 相似文献
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南黄海大型底栖生物生态调查与研究 总被引：5，自引：3，他引：2
根据2008年9月第十二次中韩黄海环境联合调查底栖生物的调查资料整理而成,并与2006年的资料进行比较,分析研究了南黄海海域大型底栖动物的环境质量状况。结果表明,底栖生物种类组成以多毛类居首,软体动物次之。大型底栖生物的栖息密度、生物量和种类数基本上呈现沿岸高,黄海中部低的空间分布特征。调查海域东北部的B3站位是相对稳定的底栖生物栖息密度和生物量高值区。调查海域大型底栖生物可划分为7个群落,以临近长江口的群落Ⅶ的多样性指数和丰富度最高。靠近中国沿岸的群落的生物量组成与临近韩国的群落显著不同。中国与韩国的部分近岸海域均受到一定的人为扰动,但未发现有相互污染的情况。除群落Ⅳ和群落Ⅵ多样性指数和丰富度较低外,其它群落多样性指数和丰富度尚可,群落结构基本稳定。 相似文献