有害藻华的宏条形码分析:机会与挑战   总被引：3，自引：3，他引：0  

陈楠生 《海洋科学》2020,44(7):116-134

宏条形码分析（metabarcoding analysis）是通过对野外样本的分子标记（即条形码）进行PCR扩增、测序，并利用测序结果分析野外样本物种组成、物种相对丰度，及其时空动态变化。这项在近20年里逐步发展起来的分子技术，得益于DNA测序技术的快速发展，包括测序通量的提升和测序成本的降低，以及生物信息学分析方法的快速开发。基于可操作分类单元（operational taxonomic units，OTUs）分析方法，特别是最近的扩增子序列变异（amplicon sequence variants，ASVs）方法的开发，极大促进了宏条形码分析的应用。在世界及我国的海洋生态领域，宏条形码分析的应用还处于起步阶段。随着分析方法的日趋成熟，可适用于不同应用领域的分子标记不断增加，以及参考数据库的不断完善，宏条形码分析将释放出广阔的应用潜力。可以预期，宏条形码分析将在系统分析我国近岸海域有害藻华物种（及其他浮游生物物种）的组成和相对丰度中起关键作用，通过发现新物种，辨别隐存种，跟踪物种的生物地理学，进而帮助解析有害藻华暴发机理。  相似文献   

DNA条形码及其在海洋生物中的应用   总被引：4，自引：0，他引：4  

李琪  邹山梅  郑小东  孔令锋  于瑞海 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2010,40(8)

近6年来,DNA条形码(DNA barcoding)被应用于很多生物类群研究,大部分研究结果表明这一新的物种鉴定工具是可行高效的。虽然DNA条形码技术目前还存在争议,但它仍然越来越被人们所关注。目前国际上已经成立了专门管理条形码的机构——生命条形码联盟,以促进全球物种DNA条形码鉴定标准的探索与开发。本文主要介绍DNA条形码的概念、原理、工作流程及其优点,综述DNA条形码技术在海洋生物中的研究现状,阐述了存在的问题及未来的展望。  相似文献   

Comparative analysis on transcriptome sequencings of six Sargassum species in China     

WANG Guoliang  SUN Jing  LIU Guiming  WANG Liang  YU Jun  LIU Tao  CHI Shan  LIU Cui  GUO Haiyan  WANG Xumin  WU Shuangxiu 《海洋学报(英文版)》2014,33(2):37-44

  相似文献   

陕西镇安西口石炭-二叠系界线剖面蜓类生物多样性与高频海平面变化     

张海军  王训练  丁林  夏国英  王雷 《中国科学D辑》2006,36(3):233-241

研究海平面变化与生物多样性及其演化之间的耦合关系, 对于进一步认识地球环境变化对生物演化的影响、探索地史时期的生命-环境协同演化规律具有重要意义. 对陕西镇安西口地区晚石炭世逍遥期至早二叠世隆林期类化石的地层分布资料进行了定量分析, 探讨了类物种分异度与相对海平面变化之间的关系. 从总体上看, 研究区的类动物群物种数在这一时期经历了一次快速的上升和一次明显的下降. 在石炭-二叠纪之交, 类物种分异度骤然增加, 是一次极为明显的生物辐射事件, 代表假希瓦格亚科的新生. 结合层序地层和海平面变化研究表明, 类的物种分异度与其在旋回层序中的产出位置关系密切, 受海平面特别是高频海平面变化控制明显. 在海平面快速上升形成的高频旋回下部单元, 类物种分异度小, 首现和末现物种数也较少; 在海平面缓慢下降形成的高频旋回上部单元, 类物种分异度增大, 首现和末现物种数也较多. 在三级层序的初始海泛面和最大海泛面等关键界面上, 类的物种分异度较低, 其上物种数呈增加趋势; 在三级层序内部, 海进体系域中类物种分异度不大, 而在高位体系域中类物种分异度增大. 二级海平面升降与高级别类单位的盛衰对应关系较为明显.  相似文献   

黄河下游河滨湿地不同草本植物群落物种多样性研究   总被引：3，自引：0，他引：3  

韦翠珍  张佳宝  周凌云 《湿地科学》2012,10(1):58-64

暖温带河滨湿地植被以草本植物群落为主。以黄河下游河滨湿地的河漫滩和背河洼地的15个草本植物群落为调查对象,研究河滨湿地不同草本植物群落的组成及多样性。结果表明,15个草本植物群落中共有31科73属94种植物,包括2科蕨类植物门植物和29科被子植物门植物,其中,禾本科植物最多(12属17种);丰富度最高的是狗尾草(Setaria viridis)群落;15个草本植物群落的Shannon-wiener指数介于0.22～2.07之间,人工群落荷花(Nelumbo nucifera)的Shannon-wiener指数最低,仅0.22,而另一人工群落水稻(Oryza sativa)的Shan-non-wiener指数却最大,达到2.07;典型湿地植物群落的Pielou均匀度指数较高,如扁秆藨草(Scirpus planiculmis)、芦苇(Phragmites australis)、水烛(Typha angustifolia)群落的Pielou均匀度指数都大于0.6;Simpson多样性指数最高的是荷花群落,而最低的是水稻群落;15个群落中,多样性指数、丰富度、均匀度指数和优势度指数在各群落间存在显著的差异;河滨湿地自然草本植物群落的Shannon-wiener指数、物种丰富度、Pielou均匀度指数均高于人工草本植物群落,而Simpson多样性指数则是前者低于后者,但人工草本植物群落与自然草本植物群落间4个多样性指数的差异并不明显。  相似文献   

人促天然更新米槠次生林与杉木人工林乔木层碳贮量分配特征比较     

李丽红 《亚热带资源与环境学报》2012,7(2)

以杉木人工林为对照,分析三明陈大人工促进天然更新形成的米槠次生林乔木层碳贮量及其随树种、径阶、高阶的分配特点．结果表明：米槠次生林乔木层物种丰富度高于杉木林,人促天然更新有利于保持乔木层的树种多样性．米槠次生林乔木层碳贮量为178．67t·hm^-2,高于杉木人工林（111．24t·hm^-2）．米槠次生林和杉木人工林均以单优树种碳贮量占绝对优势,但米槠次生林中大个体林木（大径阶、大高阶）的碳贮量远大于杉木人工林．与杉木人工林相比,米槠次生林呈现出异龄的林分结构,这可能是其能够保持高碳吸存和高树种丰富度的重要原因．  相似文献   

黑河上游祁连山区植物群落随海拔生境的变化特征   总被引：5，自引：5，他引：0  

丁松爽  苏培玺 《冰川冻土》2010,32(4)

基于79个样地的野外调查数据,采用双向指示种分析(TWINSPAN)等方法,研究了黑河上游祁连山浅山区、阴坡、阳坡3种典型类型植物群落随海拔梯度的变化特征.结果表明:浅山区植被属于山地荒漠类型;阴坡植被沿海拔升高依次分异为山地荒漠、山地森林和高山灌丛,海拔2 500m和3 300m是它们的海拔分界线;阳坡植被在海拔3 200m截然分异为干旱类型和湿润类型.乔木物种多样性随海拔变化难于形成一定的格局;灌木物种丰富度随海拔升高呈现多峰分布格局,总体上高海拔低、低海拔高;草本植物物种多样性随海拔升高呈单峰变化.以上生态型的各优势种分别占据不同的海拔范围,祁连山主要乔木青海云杉分布在海拔2 500～3 500m的阴坡,其郁闭度随海拔升高而降低,在海拔3 300m以上海拔区域为零星分布.  相似文献   

Biostratigraphy of a Paleocene–Eocene Foreland Basin boundary in southern Tibet     

Xiaoqiao Wan  Xi Wang  Luba F. Jansa 《地学前缘(英文版)》2010,1(1):69-79

This study of the Paleocene–Eocene boundary within a foreland basin of southern Tibet, which was dominated by a carbonate ramp depositional environment, documents more complex environmental conditions than can be derived from studies of the deep oceanic environment. Extinction rates for larger foraminiferal species in the Zongpu-1 Section apply to up to 46% of the larger foraminiferal taxa. The extinction rate in southern Tibet is similar to rates elsewhere in the world, but it shows that the Paleocene fauna disappeared stepwise through the Late Paleocene, with Eocene taxa appearing abruptly above the boundary. A foraminifera turnover was identified between Members 3 and 4 of the Zongpu Formation—from the Miscellanea–Daviesina assemblage to an Orbitolites–Alveolina assemblage. The Paleocene and Eocene boundary is between the SBZ 4 and SBZ 5, where it is marked by the extinction of Miscellanea miscella and the first appearance of Alveolina ellipsodalis and a large number of Orbitolites. Chemostratigraphically, the δ13C values from both the Zongpu-1 and Zongpu-2 Sections show three negative excursions in the transitional strata, one in Late Paleocene, one at the boundary, and one in the early Eocene. The second negative excursion of δ13C, which is located at the P–E boundary, coincides with larger foraminifera overturn. These faunal changes and the observed δ13C negative excursions provide new evidence on environmental changes across the Paleocene–Eocene boundary in Tibet.  相似文献   

Experimental Study on the Interspecific Interactions Between the Two Bloom-Forming Algal Species and the Rotifer Brachionus plicatilis     

XIE Zhihao）  ）  XIAO Hui）  TANG Xuexi）    CAI Hengjiang） ） Marine Ecology Laboratory  Ocean University of China  Qingdao  P. R. China ） Faculty of Life Science  Biotechnology  Ningbo University  Ningbo  P. R. China 《中国海洋大学学报(英文版)》2009,8(2)

The interspecific interactions between the rotifer Brachionus plicatilis and two harmful algal blooms(HAB) species were investigated experimentally by single culture method. B. plicatilis population and the growth of the two algae were compared at different algal cell densities. The results demonstrated that the B. plicatilis obtained sufficient nutrition from Prorocentrum donghaiense to support net population increase. With exposure to 2.5×104 cells mL-1 of P. donghaiense,the number of B. plicatilis increa...  相似文献   

福建主要港口外轮压舱水生物的分布及其潜在入侵威胁   总被引：1，自引：0，他引：1  

杨清良  蔡良候  高亚辉  苏展  陈长平  李炳乾  许翠娅  林更铭  郑惠东  项鹏 《海洋湖沼通报》2009,(4)

根据2006～2007年间采自福建省4个主要港口12艘外轮(包括8条集装箱船和4条散货船)的压舱水样品,研究压舱水生物的分布特点,结果表明进入该水域的外来船舶压舱水生物物种丰富度和个体丰度高,共发现浮游植物7门86属240种(包括60种赤潮生物)和浮游动物5门30属52种;经3种网目(20,77,和160μm)筛网收集的不同粒径生物的平均丰度分别为:动物38858.3 ind./m~3(粒径77～160μm)和782.3 ind./m~3(粒径>160μm);植物3625.0 cells./ dm~3(粒径20～77μm)和134.1 cells./dm~3(粒径77～160μm).压舱水生物的分布及生存状态与水样的盐度及水龄相关.初步评估外来压舱水生物排放对福建沿海的潜在入侵风险.  相似文献