MALBAC技术扩增微生物群落基因组的效率评估     

王勇  高兆明  徐颖  李光玉  贺丽生  钱培元 《海洋学报(英文版)》2016,35(2):131-136

环境样品的低生物量是微生物宏基因组学研究面临的首要挑战,通过基因组扩增技术来满足高通量测序对DNA样品量的需求是最常用的解决策略。MALBAC(Multiple Annealing and Looping Based Amplification Cycles)基因组扩增试剂盒最初为扩增和研究哺乳动物的单细胞基因组而研发。本文中,我们通过人工构建的微生物群落来检测该试剂盒在微生物宏基因组扩增方面的效率和应用可行性。结果表明,每个标准反应中,10 pg的DNA模板量足以满足MALBAC试剂盒对样品扩增的需要。每个标准反应DNA模板用量为10和100 pg时,所扩增DNA样品的基因组覆盖度与原始未扩增样品表现出高度的一致性,证明MALBAC试剂盒扩增效果的高度稳定性和一致性。常用的GenomePlex全基因组扩增试剂盒使我们可以在每个标准反应DNA模板量为100 pg的条件下扩增获得足够的DNA样品,但是结果表明该参照试剂盒无法有效的实现对群落中低丰度细菌菌株基因组的线性扩增。对于MALBAC试剂盒和参照试剂盒而言,在扩增高GC含量的微生物物种基因组DNA方面效率低下。我们的实验结果表明MALBAC试剂盒在高效扩增环境样品宏基因组DNA方面的可行性,但对该试剂盒在扩增环境样品中高GC含量微生物物种方面的适用性存在疑虑。  相似文献   

异龙湖流域湿地生态系统健康评价   总被引：3，自引：1，他引：2  

刘培  常凤琴  吴红宝  路志明  朱梦姝  李楠 《湿地科学与管理》2016,(3):28-32

湿地生态系统健康状况评价为湿地资源的合理开发、生态系统的维护提供了重要的借鉴。在充分了解异龙湖流域湿地资源环境的基础上,结合湖泊湿地生态系统的概念及内涵,采用PSR(压力-状态-响应)框架模型和生态系统健康指数计算方法对研究区湿地生态系统健康状况进行评价。结果表明:(1)异龙湖流域湿地生态系统健康评价综合分值(Y)为2.8494,处于[2,3]之间,属于脆弱状态;(2)从三大指标状况来看,压力指标(P)、状态指标(S)和响应指标(R)在评价等级中的得分及表现情况分别为0.7368(脆弱状态)、1.1620(亚健康状态)和0.9506(亚健康状态);(3)人口密度、人类活动强度、单位面积化肥和农药负荷、水土流失强度、湖泊水富营养化、人们的环保意识等指标是影响流域内湿地生态系统健康状况的关键因素,人为因素占主导地位。  相似文献   

西藏尼玛盆地古新统—始新统牛堡组化学地层格架分析     

尹世滔  张治锋  黄永建  祝有海  张帅  韩中鹏  李亚林  李祥  赵永辉  刘建伟 《地质论评》2021,67(3):667-681

已有勘探资料表明,西藏尼玛盆地古新统—始新统牛堡组地层具有良好的油气资源显示,然而目前有关于该套地层的地层格架划分仍然薄弱。化学地层学方法在北美页岩气勘探开发中取得了巨大成功,鉴于此,本文以尼玛盆地东部的协德乡南牛堡组剖面作为研究对象,通过对露头样品的主微量元素测试结果进行沉积地球化学、主成分分析、完备总体经验模态分解、以及自相关函数分析,从化学自—异旋回角度以及元素耦合行为出发,探讨地球化学基准面对化学地层格架的控制作用,从而为牛堡组地层提供化学地层划分方案。主成分分析结果表明,牛堡组地层沉积主要受控于细粒碎屑输入、碳酸盐岩、粗粒碎屑输入、氧化还原—生产力、以及盐度这五个因素;经验模态分解和自相关函数分析结果表明,牛堡组地层受到了明显的异旋回驱动,显示出多尺度基准面震荡特点。通过对异旋回信号分量(本征模函数,IMFs)进行重构,并且结合元素相互耦合特性,建立了牛堡组化学地层格架,该结果与岩石地层单元以及沉积相单元一致,证明了本文所提出的化学地层划分方案的可靠性和实用性。  相似文献   

土地利用方式对岩溶断陷盆地土壤细菌和真核生物群落结构的影响     

李强 《地球学报》2021,42(3):417-425

土壤生物是土壤生态系统的重要组成部分,在生态系统物质循环和能量转化中占有重要的地位.为揭示土地利用方式对岩溶断陷盆地土壤生物的影响,在获取土壤理化性质及碳氮磷化学计量学特征的基础上,利用16S rRNA和18S rRNA高通量测序技术研究了弃耕地、草地、人工林和天然林等土壤细菌与真核生物的群落结构.C:N、C:P和N:P比变化规律为弃耕地<草地<人工林<天然林,土壤细菌和真核生物α多样性、互作网络表现出相反的变化规律.土壤磷、钾和钙是影响岩溶断陷盆地土壤细菌和真核生物群落结构和多样性的关键因素.RB41是决定岩溶断陷盆地土壤细菌-真核生物网络系统的关键类群.本研究结果为利用土壤生物进行石漠化治理及岩溶生态修复提供了理论基础.  相似文献   

平顶山矿务局七矿用天然电场选频法寻找地下富水区及导水通道的研究     

《矿井地质》1990,(2):67-74

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原始黄铁矿莓体的发现与研究     

余江滨  潘侊 《矿物学报》1988,(4)

用扫描电子显微镜研究晋东南太原组下部黄铁矿矿石和煤岩中的黄铁矿,发现许多原始莓体保留着形成时的特征。这些特征反映出原始莓体大多数为硫磺细菌化石,少数由胶体形成。本文对莓体的成因、特征、形成环境等进行了论述。  相似文献   

山西101份天然矿泉水的细菌污染状况分析     

张亚尼  冯斌 《华北地质矿产杂志》1994,9(4):516-518

本文对１９８７—１９９３年间，山西５０个矿泉水点１０１份饮用天然矿泉水细菌总数和总大肠菌群进行了检验，其中６４份合格，合格率为６３；３７％。表明山西饮用天然矿泉水源受微生物的污染较为严重，污染程度与水源出露形式和季节变化关系不明显，而主要与矿泉水出露环境的防护措施有密切关系。  相似文献   

空气微生物含量与气象条件的关系     

王学良  倪国裕  王银平 《湖北气象》1993,(Z1)

通过对空气中霉菌、细菌含量的定点观测研究,揭示空气微生物含量随时间、天气、季节变化特征.模拟出空气微生物含量与光、温、风等气象因子之间的定量关系.结果表明:1.空气中霉菌和细菌含量的最高值分别出现在14、17时,最低值在05时;2.晴天比昙天(多云天)多,阴天最少;3.夏秋比冬春季高达四倍以上,冬季最少;4.进入空气中的微生物含量与湿度、风速和空气干燥程度呈高度正相关;5.细菌比霉菌更易被阳光杀伤致死.  相似文献   

大兴安岭摩天岭雨养泥炭沼泽多环芳烃分布特征与来源分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

史彩奎  贾益群  王国平 《湿地科学》2007,5(3):260-265

运用气相色谱—质谱(GC-MS)技术对大兴安岭摩天岭(47°22′23″N,120°38′45″E)雨养泥炭沼泽泥炭柱中的多环芳烃(PAHs)污染物进行了分析。结果表明,研究区雨养泥炭沼泽表层PAHs总含量的质量比为1 874.4 ng/g,与国内外雨养泥炭沼泽表层相比,其污染水平相对较高。由于研究区气候冷湿,雨养泥炭沼泽中的有机质腐殖化程度较低,有机碳含量较高,这和其PAHs含量的相关性较小。研究区样品中检测出的PAHs主要以2~3环的多环芳烃为主;由PAHs分子标志物指标分析结果可知,研究区雨养泥炭沼泽PAHs污染物的主要来源是当地森林火灾与大气远距离沉降;沉降的PAHs污染物是原油开采、石油生产和化石燃料燃烧的共同贡献。在距地表15~34 cm处,柱状剖面层的PAHs含量显著增加,这是由于1987年和1998年大兴安岭发生森林火灾树木燃烧所致。  相似文献   

楚科奇海和加拿大海盆表层沉积物中好气异养细菌的地理分布     

高爱国  陈皓文 《极地研究》2007,19(3):231-238

本文用MPN法测定楚科奇海和加拿大海盆表层沉积物中好气异养细菌(GAB)的含量,并对其地理学分布进行分析。结果表明,研究区GAB的检出率高达100%。4℃时GAB的含量范围、平均含量为4.00×102-2.40×106个.g-1、1.71×106个.g-1。25℃时GAB的含量范围、平均含量为2.40×105-2.40×107个.g-1、1.10×107个.g-1。无论是含量范围,还是平均含量,均是25℃时的培养结果大于4℃时的培养结果。GAB含量的地理分布趋势是随纬度增高,含量呈降低趋势。在经度变化上则为由东向西,含量呈降低趋势。对沉积物所处水深的分析,表明其在4℃培养得出来的GAB含量随水深增加有下降的趋势,25℃培养出来的GAB含量受环境影响较小,与水深变化关系不明显。  相似文献