绿鳍马面鲀微卫星标记开发及在丝背细鳞鲀中的通用性检测     

王九龙  徐文刚  杨沛  杨婕  杜荣斌  刘立明 《海洋科学》2022,46(6):99-108

为充分挖掘绿鳍马面鲀(Thamnaconus modestus)基因组资源,开发可用于群体遗传学研究的分子标记,本研究利用NCBI数据库中公布的绿鳍马面鲀全基因组序列筛查微卫星位点并在野生群体中验证,在85个选取的位点中筛选得到30个新的多态性较高的微卫星标记。每个微卫星标记的等位基因数为4~16,平均为8.5个;观测杂合度范围为0.207~0.916,平均值为0.685;期望杂合度范围为0.315~0.971,平均值为0.756;多态信息含量范围为0.301~0.898,平均值为0.716,其中属于高度多态的位点有26个,占总位点数的86.67%;经过Bonferroni校正后,有7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。将30个绿鳍马面鲀多态性微卫星标记在丝背细鳞鲀(Stephanolepis cirrhifer)中进行通用性检测,其中13个位点成功扩增,9个位点具有多态性。本研究开发的微卫星标记可用于绿鳍马面鲀及相关物种的遗传多样性分析、QTL定位以及系统进化等研究。  相似文献   

结构化标记转换系统的部分互模拟与共变-逆变模拟     

黄振华 《成都信息工程学院学报》2014,29(5):471-478

结构化标记转换系统是经典标记转换系统的一种扩充,在处理转换系统之间的模拟关系时考虑了标记本身的结构。结构化标记转换系统间的部分互模拟与共变-逆变模拟之间存在诸多相似之处,为了更深入地研究两者的关系,引入Institution框架。基于该框架,讨论了部分互模拟关系与共变-逆变模拟关系之间的关系,并证明前者到后者存在Institution态射,结果表明,在结构化标记转换系统中,相比部分互模拟关系,共变-逆变模拟关系具有更强的表达能力。  相似文献   

城市标记语言的明清古建筑扩展模型     

黄明  蔡晓靓  董岩 《测绘科学》2022,47(3)

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大菱鲆(Scophthalmus maximus)微卫星序列的开发与分析     

李猛  马爱军  岳亮  邹杰  王广宁  田岳强  马本贺  夏丹丹 《海洋与湖沼》2013,44(5):1365-1371

采用FIASCO (Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats)法和标记初步筛选法, 进行了大菱鲆(Scophthalmus maximus)微卫星标记开发的研究, 分析了大菱鲆基因组中微卫星DNA序列的特征, 并进行了拟作图标记的初步筛选。结果表明, FIASCO法的富集效率为78.56%, 二次筛选出655个阳性克隆, 测序后经分析有469条含有微卫星位点的单一序列, 共得到597个微卫星位点。其中完美型占51.76%, 非完美型占34.67%, 复合型占13.57%; 核心序列的重复次数在3—96次之间, 平均重复数为13.39次; 重复单元类别最多的是(CA/GT)n, 占77.6%。利用Primer Premier 5.0共设计413对引物, 其中有360对能够得到稳定表达的产物; 再经标记初筛试验得知, 183对引物(50.8%)的PCR产物有多态性, 其中110个微卫星位点(30.6%)符合遗传连锁图谱作图标准。  相似文献   

基于地理标记照片的个性化景点推荐方法     

叶凡  孙玉  陈崇成  于大宇 《地球信息科学学报》2021,23(8):1391-1400

研究如何根据已有的海量旅游信息及数据,为游客个性化推荐旅游景点具有重要意义。本文利用从Flickr网站获取的2013—2018年香港特别行政区范围内的地理标记照片来识别旅游景点,并根据游客游览顺序重建旅游轨迹。在此基础上,针对现有方法尚未考虑游客偏好在旅行过程中会发生动态变化的问题,提出一种基于隐含狄利克雷分布模型（Latent Dirichlet Allocation, LDA）和用户长短期偏好的个性化景点推荐方法（A Recommendation Method Based on LDA and User's Long and Short-Term Preference, L-ULSP）。该方法利用LDA主题模型获取景点特征信息,挖掘景点间的相关性,再利用注意力机制和长短期记忆网络分别学习用户的长期偏好和短期偏好,最后结合长短期偏好捕捉用户偏好的动态变化。实验结果表明, L-ULSP方法所推荐的景点在命中率和平均倒数排名2个指标上均优于现有其他方法,证明了本文所提方法可以从景点序列中有效学习游客偏好,并为游客推荐下一个景点。此外,本文通过对比实验,进一步验证了同时考虑用户的长短期偏好能够更好地学习用户的偏好变化。  相似文献   

正六边形格网DEM下的等高线生成算法及质量评价     

肖坤  艾廷华  王璐 《地球信息科学学报》2022,24(4):643-656

正六边形格网由于各向同性、邻接等效、拟合精度高等优点,被作为规则格网DEM数据结构的格网单元,已应用到流向分析、谷地线提取等数字地形分析中,但是其质量检测评价仍没有得到很好的研究,DEM的质量直接影响到后续数据分析结果以及相关决策的正确性与可靠性。使用常规的方法如检查点法、剖面法只能在局部评价DEM的误差情况,无法全面的评价DEM的质量。而等高线能够反映地形地貌的整体情况,因此等高线回放法通过分析回放等高线的质量,进而检测评价DEM的质量,是评价DEM质量的一种相对全面准确的方法。因此,本文将顶点高差标记法应用到六边形DEM格网结构中,为正六边形规则格网DEM提出了一种等高线生成算法,并对正六边形格网DEM的数据质量进行评价和分析。首先,本文利用生成等高线拓扑正确性、与原始等高线贴合度以及弯曲特征保持情况3个指标以评价六边形格网结构下的基于顶点高差标记法所追踪的等高线,其具有无自相交等拓扑错误、与原始等高线贴合度高、弯曲特征保持情况良好等特点,证明了该算法的可行性。此外,本文将该生成方法应用到不同规则格网DEM质量对比中,即基于顶点高差标记方法分别生成四边形DEM和六边形DEM的等高线,并基于上述3个指标对比六边形DEM和四边形DEM生成等高线的质量,从而进行六边形DEM和四边形DEM的质量差异比较,实验比较表明,在相同分辨率下,六边形DEM回放的等高线与原始等高线的贴合度更高,弯曲特征保持情况更好,并且随着分辨率的降低,其贴合度降低幅度较小,弯曲特征丧失较少,并未出现尖角化、形状过度变形等情况,因此六边形DEM的质量优于四边形DEM,并且随着分辨率降低,六边形DEM的精度折损程度更小。  相似文献   

顾及物理空间的三维不动产数据模型研究     

王履华  朱烨  周鑫鑫  沈健 《测绘科学》2023,(3):40-48

针对现有三维数据模型难以有效支撑三维不动产物理空间和产权空间一体化管理的问题，该文提出了顾及物理空间的三维不动产数据模型。基于土地管理领域模型(LADM)分析设计了产权语义类，并利用城市地理标记语言(CityGML)发展了多层级物理空间的构建方法，通过CityGML的扩展机制实现了产权空间要素类和物理空间要素类的语义关联以及一体化存储。实验表明，该模型能够有效表达“地—楼—层—户—间”多层次的几何语义信息，解决了三维不动产数据模型内容单一、缺乏建筑语义等难点，为不动产立体化产权管理和三维确权登记等工作提供了方法支撑。  相似文献   

海南岛岸礁澄黄滨珊瑚(Porites lutea)集合种群的遗传结构和连通性     

付成冲  李福宇  陈丹丹  侯敬  王珺  李元超  王道儒  王嫣 《热带海洋学报》2023,(2):64-77

海南岛岸礁的造礁珊瑚代表性种类澄黄滨珊瑚(Porites lutea)是环境适应性较强的块状产卵型珊瑚。探究其遗传结构和连通性将有助于揭示其海南岛岸礁集合种群的遗传多样性格局和幼虫迁移路径,进而阐明海南珊瑚礁的恢复潜力。文章通过11个P. lutea微卫星标记来分析10个海南岛岸礁地理群体(八所、海尾、大铲礁、邻昌礁、雷公岛、木栏头、铜鼓岭、龙湾、大洲岛和鹿回头)和1个西沙群岛(西沙七连屿)群体的遗传结构。结果显示,整体上各群体的遗传多样性中等偏低,平均等位基因丰度(allelic richness, Rs)为(2.8±1.3)(八所群体)～(3.7±1.7)(邻昌礁群体),平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.31 (铜鼓岭群体)～0.54 (大铲礁群体)和0.50 (雷公岛群体)～0.64 (海尾群体)。除海南岛东部龙湾群体、大洲岛群体和西部的八所群体、大铲礁群体之外,其他7/11的地理群体均呈杂合子缺失。海南岛岸礁澄黄滨珊瑚P. lutea地理群体间的遗传分化显示,集合种群分为北东南遗传连通带和西岸两支,支间遗传分化显著,前者包括北岸的雷公岛群体和木栏头群体、东岸的大洲岛群体,以及...  相似文献