基于Illumina HiseqTM 2000高通量转录组测序的里氏拟石磺SSR 标记开发   总被引：1，自引：0，他引：1  

吴欣  沈和定  王冬凤  刘宸  杨铁柱  刁亚 《海洋科学》2015,39(11):20-25

为给石磺科贝类系统进化研究和资源保育工作提供更有效的分子标记,使用Illumina Hiseq TM2000高通量测序技术对里氏拟石磺进行转录组测序,以所得的拼接序列为基础,利用MISA和SSR Hunter1.3软件进行微卫星序列的查找,对选出的51个微卫星位点进行引物设计,经PCR扩增得到单一清晰扩增条带的位点24个,研究湛江里氏拟石磺群体扩增。结果表明,其中14个位点表现多态性。14个多态性位点得到的等位基因数为2~4,其中观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.031 3~0.714 3和0.031 3~0.708 4,多态性信息含量(PIC)为0.089 5~0.640 5,14个位点中的2个位点表现为高度多态性(PIC0.5),10个位点表现为中度多态性(0.5PIC0.25),另外2个位点表现为低度多态性(PIC0.25)。经Sequential Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验,9个位点不偏离平衡(P0.05)。开发的SSR标记可用于里氏拟石磺群体遗传学和石磺科贝类间的系统发生研究,并为里氏拟石磺的群体种质保护提供数据支持。  相似文献   

无裂栉江珧种内同工酶表型差异的比较研究     

王梅芳  余祥勇  杨书婷  桂建芳 《热带海洋学报》2000,19(4):45-50

采用垂直板聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳对 4种不同类型无裂栉江珧Atrinapectinata的肾脏、后闭壳肌和鳃组织进行了酯酶 (EST)、过氧化物歧化酶 (SOD)、乳酸脱氢酶 (LDH)、苹果酸脱氢酶 (MDH)、苹果酸酶 (ME) 5种同工酶的比较研究。结果表明这 4种类型的酶谱表达有差异 ,特别是肾组织的EST ,后闭壳肌的EST、SOD和鳃组织的SOD、MDH的酶谱表型差异明显 ,其特征谱带可作为区别无裂栉江珧种内差异的一种分子标记。  相似文献   

DNA分子标记技术在紫菜属中的应用现状及展望   总被引：1，自引：0，他引：1  

乔利仙  戴继勋  王晶珊  朱新产  刘文平  郭宝太 《海洋科学》2008,32(9):82-87

伴随着遗传学的发展,遗传标记经历了形态学标记、细胞学标记、生化标记和DNA分子标记4个阶段。DNA分子标记诞生于20世纪80年代中期,与其他遗传标记相比,它具有如下优点：（1）直接以DNA的形式表现,在生物各个组织、各个发育阶段都可以检测到,不受季节、环境限制;（2）数量极多,遍及整个基因组;（3）多态性高,自然存在许多等位变异;（4）表现“中性”,既不影响目标性状的表达,与不良性状也没有必然的连锁;  相似文献   

RAPD技术在中国对虾群体鉴别上的应用          下载免费PDF全文

刘振辉  孔杰  刘萍  邓景耀 《海洋学报》2003,25(4):67-71

采用RAPD技术对中国对虾(Penaeus chinensis)、中国黄海、渤海沿岸种群(H)朝鲜半岛西海岸种群(K)和即墨健康养殖群体(S)的DNA进行检测,41个随机引、物在3个群体间共筛选到了3个稳定的RAPD标记F-02₅₄₀,OPN-13₈₀₀和OPN-20₂₂₀₀,可用于群体间的鉴别,研究将为中国对虾分子标记遗传育种提供依据。  相似文献   

基于地理标记照片的个性化景点推荐方法     

叶凡  孙玉  陈崇成  于大宇 《地球信息科学学报》2021,23(8):1391-1400

研究如何根据已有的海量旅游信息及数据,为游客个性化推荐旅游景点具有重要意义。本文利用从Flickr网站获取的2013—2018年香港特别行政区范围内的地理标记照片来识别旅游景点,并根据游客游览顺序重建旅游轨迹。在此基础上,针对现有方法尚未考虑游客偏好在旅行过程中会发生动态变化的问题,提出一种基于隐含狄利克雷分布模型（Latent Dirichlet Allocation, LDA）和用户长短期偏好的个性化景点推荐方法（A Recommendation Method Based on LDA and User's Long and Short-Term Preference, L-ULSP）。该方法利用LDA主题模型获取景点特征信息,挖掘景点间的相关性,再利用注意力机制和长短期记忆网络分别学习用户的长期偏好和短期偏好,最后结合长短期偏好捕捉用户偏好的动态变化。实验结果表明, L-ULSP方法所推荐的景点在命中率和平均倒数排名2个指标上均优于现有其他方法,证明了本文所提方法可以从景点序列中有效学习游客偏好,并为游客推荐下一个景点。此外,本文通过对比实验,进一步验证了同时考虑用户的长短期偏好能够更好地学习用户的偏好变化。  相似文献   

正六边形格网DEM下的等高线生成算法及质量评价     

肖坤  艾廷华  王璐 《地球信息科学学报》2022,24(4):643-656

正六边形格网由于各向同性、邻接等效、拟合精度高等优点,被作为规则格网DEM数据结构的格网单元,已应用到流向分析、谷地线提取等数字地形分析中,但是其质量检测评价仍没有得到很好的研究,DEM的质量直接影响到后续数据分析结果以及相关决策的正确性与可靠性。使用常规的方法如检查点法、剖面法只能在局部评价DEM的误差情况,无法全面的评价DEM的质量。而等高线能够反映地形地貌的整体情况,因此等高线回放法通过分析回放等高线的质量,进而检测评价DEM的质量,是评价DEM质量的一种相对全面准确的方法。因此,本文将顶点高差标记法应用到六边形DEM格网结构中,为正六边形规则格网DEM提出了一种等高线生成算法,并对正六边形格网DEM的数据质量进行评价和分析。首先,本文利用生成等高线拓扑正确性、与原始等高线贴合度以及弯曲特征保持情况3个指标以评价六边形格网结构下的基于顶点高差标记法所追踪的等高线,其具有无自相交等拓扑错误、与原始等高线贴合度高、弯曲特征保持情况良好等特点,证明了该算法的可行性。此外,本文将该生成方法应用到不同规则格网DEM质量对比中,即基于顶点高差标记方法分别生成四边形DEM和六边形DEM的等高线,并基于上述3个指标对比六边形DEM和四边形DEM生成等高线的质量,从而进行六边形DEM和四边形DEM的质量差异比较,实验比较表明,在相同分辨率下,六边形DEM回放的等高线与原始等高线的贴合度更高,弯曲特征保持情况更好,并且随着分辨率的降低,其贴合度降低幅度较小,弯曲特征丧失较少,并未出现尖角化、形状过度变形等情况,因此六边形DEM的质量优于四边形DEM,并且随着分辨率降低,六边形DEM的精度折损程度更小。  相似文献   

顾及物理空间的三维不动产数据模型研究     

王履华  朱烨  周鑫鑫  沈健 《测绘科学》2023,(3):40-48

针对现有三维数据模型难以有效支撑三维不动产物理空间和产权空间一体化管理的问题，该文提出了顾及物理空间的三维不动产数据模型。基于土地管理领域模型(LADM)分析设计了产权语义类，并利用城市地理标记语言(CityGML)发展了多层级物理空间的构建方法，通过CityGML的扩展机制实现了产权空间要素类和物理空间要素类的语义关联以及一体化存储。实验表明，该模型能够有效表达“地—楼—层—户—间”多层次的几何语义信息，解决了三维不动产数据模型内容单一、缺乏建筑语义等难点，为不动产立体化产权管理和三维确权登记等工作提供了方法支撑。  相似文献   

海南岛岸礁澄黄滨珊瑚(Porites lutea)集合种群的遗传结构和连通性     

付成冲  李福宇  陈丹丹  侯敬  王珺  李元超  王道儒  王嫣 《热带海洋学报》2023,(2):64-77

海南岛岸礁的造礁珊瑚代表性种类澄黄滨珊瑚(Porites lutea)是环境适应性较强的块状产卵型珊瑚。探究其遗传结构和连通性将有助于揭示其海南岛岸礁集合种群的遗传多样性格局和幼虫迁移路径,进而阐明海南珊瑚礁的恢复潜力。文章通过11个P. lutea微卫星标记来分析10个海南岛岸礁地理群体(八所、海尾、大铲礁、邻昌礁、雷公岛、木栏头、铜鼓岭、龙湾、大洲岛和鹿回头)和1个西沙群岛(西沙七连屿)群体的遗传结构。结果显示,整体上各群体的遗传多样性中等偏低,平均等位基因丰度(allelic richness, Rs)为(2.8±1.3)(八所群体)～(3.7±1.7)(邻昌礁群体),平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.31 (铜鼓岭群体)～0.54 (大铲礁群体)和0.50 (雷公岛群体)～0.64 (海尾群体)。除海南岛东部龙湾群体、大洲岛群体和西部的八所群体、大铲礁群体之外,其他7/11的地理群体均呈杂合子缺失。海南岛岸礁澄黄滨珊瑚P. lutea地理群体间的遗传分化显示,集合种群分为北东南遗传连通带和西岸两支,支间遗传分化显著,前者包括北岸的雷公岛群体和木栏头群体、东岸的大洲岛群体,以及...  相似文献