紫菜分子遗传学研究进展   总被引：3，自引：1，他引：3  

汤晓荣  潘光华  许东海 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2006,36(5):687-692

紫菜因其重要的经济价值和独特的生物学特性而颇具研究价值。近年来,紫菜遗传学研究随着分子生物学技术的进步得以迅速发展,本文从分子标记技术在紫菜遗传学中的应用以及紫菜基因组的研究两方面对紫菜的分子遗传学发展现状作一综述。  相似文献   

中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)基因组微卫星特征分析   总被引：15，自引：1，他引：15  

高焕  刘萍  孟宪红  王伟继  孔杰 《海洋与湖沼》2004,35(5):424-431

对中国对虾基因组随机测序，获得了总长度约为641000个碱基的基因组DNA序列，从中找到1362个重复序列。其中，两碱基重复类型的重复数目最多(985个)，占重复序列总数目的72．32％；其次是三碱基(149个)和四碱基(102个)，分别占重复序列总数目的10．94％和7．49％。另外，六碱基重复34个，单碱基重复50个，五碱基重复5个，分别占重复序列总数目的2．50％、3．67％、0．37％。在单碱基重复类型中，重复拷贝类别为A的重复数目最多；两碱基重复类型中，AT重复数目最多，其次是AC和AG；三碱基重复类型中以AAT重复拷贝类别最多．其次是AAG和ATC；四碱基重复类型中，AGAT重复数目最多；五碱基重复类型只发现了AGAGA、GAGGC、TCTYC和TTTCT四种重复拷贝类别；六碱基重复中以ATTATC重复数目最多。其中一些序列已经提交GeneBank注册，注册号为AY545898-AY545913。中国对虾基因组二碱基重复类型中以不完全(Imperfect)形式的微卫星序列为主，其中GC重复拷贝类别的重复数目很少。利用8对微卫星引物对60个个体遗传多样性分析，共获得了60个等位基因，因此认为微卫星技术在中国对虾基因组研究中具有较好的应用前景。  相似文献   

大黄鱼高质量基因组DNA的简便提取方法   总被引：9，自引：0，他引：9  

李明云  张海琪 《海洋科学》2002,26(10):15-17

目前常用的分子标记技术如ＲＡＰＤ、ＡＦＬＰ、微卫星等都是以ＤＮＡ为研究对象 ,而高质量ＤＮＡ的简便快速提取是至关重要的 ［１］。大黄鱼 (Ｐｓｅｕｄｏｓｃｉａｅｎａｃｒｏ ｃｅａ（Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ）)曾是我国著名的四大海洋渔业对象之一 ,也是目前闽浙两省重要的经济养殖品种。近年来养殖大黄鱼普遍出现生长缓慢、抗病能力弱、性成熟提早、个体小等生物学性状退化的现象［２］。为了从ＤＮＡ水平上研究大黄鱼遗传多样性 ,为养殖大黄鱼种质的改良和养殖业的健康持续发展提供依据 ,我们首先要从大黄鱼组织中提取基因组ＤＮＡ。…  相似文献   

螺旋藻(Spirulina)基因组外DNA的高效提取与纯化          下载免费PDF全文

曹学成  汪志平  杨灵勇  徐步进 《海洋与湖沼》2007,38(3):193-198

通过研究建立了一种简便、高效提取螺旋藻基因组外DNA(exDNA)的方法——CTAB-蛋白酶K法。该法先以含200μg/ml蛋白酶K的CTAB提取液裂解螺旋藻细胞,并用氯仿/异戊醇抽提得到总DNA粗提物,粗提物再经100μg/ml蛋白酶K酶解及酚/氯仿/异戊醇抽提得到总DNA,再利用凝胶冻融离心法得到高纯度exDNA。利用上述方法,对6株钝顶螺旋藻品系Sp-1、Sp-2、Sp-3、Sp-4、Sp-5和Sp-6所作的研究结果表明,(1)6株品系均含有exDNA,但数目与相对质量不尽相同;(2)Sp-1、Sp-2、Sp-5和Sp-6均只有一种exDNA,依次约为1.15kb、0.75kb、1.15kb和1.1kb;(3)Sp-3和Sp-4均有2条exDNA带,Sp-3的exDNA约为1.55kb和3.0kb,Sp-4的exDNA约为1.8kb和3.6kb;(4)螺旋藻品种(系)间exDNA的异同性及其与生理生态等特性的关系,暗示着exDNA可能与螺旋藻的分类、进化和形态建成等重大生物学课题有关,并有可能担负着某些生物学功能。  相似文献   

白额纵沟纽虫(Lineus alborostratus Takakura)的线粒体基因组     

徐冬丽  陈海霞  时伟  孙世春 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2012,42(6):85-92

通过PCR扩增、测序获得白额纵沟纽虫线粒体基因组全序列并进行了生物信息学分析.白额纵沟纽虫线粒体基因组全长15 476bp,包含后生动物线粒体基因组典型的13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因和1个747bp的非编码区.除tRNA-Thr和tRNA-Pro基因外,其他基因均编码在重链上.基因组碱基组成具有AT偏向性,蛋白质编码基因偏好使用富含T的密码子.蛋白质编码基因的起始密码子均为ATG,终止密码子多为TAA或TAG,nad1、nad2、cytb基因具有不完全终止密码子T.预测的22个tRNA均具有典型三叶草结构.非编码区未发现在其他纽虫所报道的特殊茎环结构,但在nad4基因上发现有37 bp的发卡结构.白额纵沟纽虫的基因排列、起始密码子、tRNA反密码子与Lineus viridis完全一致,两者rrnL和非编码区长度差别较大,前者具有较少核苷酸插入.  相似文献   

尾索动物线粒体基因组特征比较及分子系统发育   总被引：1，自引：1，他引：0  

申欣  田美  孟学平  程汉良  李士虎 《海洋科学》2012,36(11):30-37

为全面揭示尾索动物线粒体基因组的基本特征,作者系统分析了12种尾索动物的线粒体基因组全序列,尾索动物线粒体基因组所有的基因均在同一链上编码,这与脊椎动物、头索动物线粒体基因组的基因分布特征显著不同.与后生动物线粒体基因组标准的基因组成相比,尾索动物线粒体基因组存在转运 RNA基因的增加以及部分物种 atp8基因的缺失.在尾索动物线粒体基因组中发生了大规模的基因重排,即使在同属物种的线粒体基因组中,也存在主编码基因的基因重排及基因缺失.尾索动物线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子、终止密码子及氨基酸长度存在明显差异.2个玻璃海鞘(Ciona intestinalis 和 C. savignyi)线粒体基因组12个蛋白质编码基因的 Ka/Ks 比值都低于1(0.0927~0.6752),显示出一定的负选择.在所有的主编码基因中, nad5基因和nad4基因的变异位点最多,可以作为备选的分子标记,用于分析尾索动物不同物种之间的生物多样性.基于线粒体基因组的系统发育分析,支持尾索动物在科级的亲缘关系为:(((柄海鞘科 Pyuridae+芋海鞘科 Styelidae)+(((三段海鞘科Polyclinidae+星骨海鞘科Didemnidae)+簇海鞘科Clavelinidae)+玻璃海鞘科Cionidae))+长纹海鞘科Ascidiidae)+海樽科Doliolidae.  相似文献   

Preliminary Analysis of Population Genetic Diversity of Cultivated Laminariajaponica Sporophyte via AFLP Technique     

YI Heng  SUI Zhenghong  BAO Zhenmin 《青岛海洋大学学报(英文版)》2010,(1):53-58

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我国近岸多室草苔虫(Bugula neritina)的群体遗传分化研究     

李海  刘巧红  唐雪颖  陈武个  丁少雄 《海洋学报》2017,39(10):90-100

基于线粒体控制区序列和SLAF-seq,对重要药源生物多室草苔虫的群体遗传分化水平开展了研究。控制区序列中检测到8个单倍型,单倍型多样性（h）和核苷酸多样性（π）分别为0.130 7和0.000 7,单倍型网络图和NJ系统进化树的结构都较简单,无明显拓扑结构。中性检验和核苷酸不配对分析结果均表明多室草苔虫未经历过大规模群体扩张。F_st和AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内。SLAF建库共开发得到214 409个SLAF标签,其中多态性SLAF标签23 437个,共开发出99 432个SNP位点。群体间的遗传距离较小,且低于群体内的遗传距离。基于SNP所做的系统发育树和群体遗传结构分析表明,各群体之间没有显著的遗传结构。综上所述,我国沿海多室草苔虫的遗传多样性水平较低,不同地理群体之间不存在显著的遗传结构。多室草苔虫较强的扩散能力是造成上述结果的主要原因。另外,本研究还验证和讨论了SLAF-seq应用在海洋生物群体遗传分化研究中的可行性和优势。  相似文献   

基于全基因组重测序对ARTP诱变的一株高产淀粉酶韩国普李斯特氏菌的关键基因研究          下载免费PDF全文

何伟  王灵  刘景川  黄仕新  李菁菁  黄家琪  龙腾  吴鹏  范坚强  邓小华  陈善义  陈义强  唐旭 《应用海洋学学报》2024,43(1):171-182

为提高一株海洋来源的韩国普李斯特氏菌（Priestia koreensis FS 1）产淀粉酶的能力,对该株菌采用常压室温等离子体（atmospheric and room temperature plasma, ARTP）技术进行了诱变选育。结果显示：经过诱变选育后得到一株产淀粉酶活力较原始菌株提高了90%且稳定遗传的突变菌株P. koreensis FS 103。为解析该突变菌株酶活力增加的分子机制,对突变菌株P. koreensis FS 103进行了全基因组重测序及比对分析研究。相关分析显示：首先,P.koreensis FS 103的基因组中乙酰化修饰、抗氧化作用以及同义突变相关的基因发生了遗传变异;其次,对COG（clusters of orthologous groups）功能和变异基因进行富集分析,P. koreensis FS 103转录、翻译和翻译后修饰过程相关基因均上调。经过ARTP诱变以后的突变菌株P. koreensis FS 103淀粉酶活力提升的原因是以上功能基因发生上调效应。  相似文献   

我国破译对虾病毒遗传密码     

山信 《海洋信息》2000,(1):25-25

我国科学家已成功地测定了白斑杆状病毒基因组的全部序列,从而在世界上率先破译了虾病病毒遗传密码。  相似文献