长心卡帕藻（Kappaphycus alvarezii）表达序列标记分析     

刘晨临  黄晓航  刘建国 《海洋与湖沼》2011,42(6):804-810

分别采用BlastX和Blast2go软件对453条非冗余的长心卡帕藻EST序列进行匹配分析和GO注释。结果表明,有281条序列与蛋白数据库中序列匹配,有132条序列被归属为3个子本体：分子功能、生物学过程和细胞组成。同时筛选到24个与逆境适应相关的基因,包括应对胁迫反应和抗氧化反应的基因。采用GCUA软件,进行长心卡...  相似文献   

徐闻角孔珊瑚系统发育关系     

刘丽  李文娟  刘楚吾  廖宝林 《海洋湖沼通报》2011,(4):52-57

本文以徐闻4种角孔珊瑚为研究对象,研究了其ITS基因各区段的长度,碱基组成及(G+C)含量,计算了4种角孔珊瑚间的遗传距离并构建了其系统发育树.结果显示,4种角孔珊瑚的ITS基因长度在592～599bp之间,4种角孔珊瑚ITS区的(G+C)平均含量在48.5％,二异角孔珊瑚的ITS基因各个区段的(G+C)的含量与其他3...  相似文献   

饥饿对金鱼卵巢型和脑型芳香化酶基因表达的影响研究     

温海深  王宇龙  姜龙  李吉方  何峰  刘淼 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2011,(Z2):48-53

采用RT-PCR技术,研究了金鱼性腺型芳香化酶基因(CYP19A)和脑型芳香化酶基因(CYP19B)的表达对饥饿胁迫的响应机制.研究结果表明:正常投喂的雌性金鱼中CYP19A基因mRNA在卵巢、肝脏、肾脏、肌肉、鳃、头肾、脾脏、脑、肠和心脏10个组织均有表达,表达量呈现递减趋势;饥饿胁迫后,CYP19A基因mRNA在脑和卵巢中表达的变化规律基本一致,即饥饿5d时表达量显著降低(P<0.05),随后表达水平维持稳定.正常投喂的雌性金鱼CYP19B基因mRNA在脑、头肾、性腺、脾、肌肉和心脏6个组织中表达呈现递减趋势;CYP19B基因mRNA在脑和卵巢中的表达量,在饥饿5d时表达量显著降低(P<0.05),随后表达水平维持稳定.这些结果说明,雌性金鱼在饥饿条件下,性激素合成关键酶基因在脑和卵巢中的表达量显著降低,可能影响卵巢发育。  相似文献   

基因排序基本一致东方鲀成研究对象     

《发现．图形科普》2001,(11):5-5

东方鲀是一种体内含有类似于箭毒的热稳定素的鲀科鱼类。它的基因组与人类基因组包含的排列顺序基本一致。只是在东方鲀内构成DNA的有4亿基数，而人体内有30亿基数。以美国能源部联合基因研究所为主体的国际合作组在开展一项研究，希望通过对东方鲀的研究能够对基因的研究有所帮助。能源部在1986年开始从事人体基因项目研究，联合基因研究所位于加利福尼亚，是世界最大的基因排序中心。  相似文献   

基于历史预警准确率的时空重排扫描最大扫描半径优化方法     

张亚楠  龙华  邵玉斌  杜庆治  陈腾飞 《地理与地理信息科学》2021,37(4):16-21

时空重排扫描统计方法因不需考虑人口数据即可进行时空扫描分析而应用广泛,最大扫描半径是影响时空重排扫描统计方法性能的重要参数,其设置过大会增加运算时间.该文提出基于历史预警准确率的时空重排扫描最大扫描半径优化方法:根据历史时空数据集的同期均值确定异常点,通过二分法选取并迭代不同最大扫描半径,进而对历史时空数据集进行回顾性时空重排扫描统计;根据不同扫描半径得到的扫描结果预警准确率,选取预警准确率最高的最大扫描半径作为前瞻性扫描分析的最大扫描半径.结果表明:该方法在保证预警准确率的同时,可缩短时空重排扫描统计方法耗时,优化了时空重排扫描统计方法的性能.基于旧金山地区火灾数据集验证了该方法的有效性.  相似文献   

文化景观基因视角下传统村落保护与发展——以黔东北土家族村落为例   总被引：1，自引：0，他引：1  

林琳  田嘉铄  钟志平  李诗元  任炳勋 《热带地理》2018,38(3):413-423

通过深度访谈和意象图分析,对土家族传统村落朝阳村的文化景观基因进行识别、挖掘和提取,发现村落景观基因由环境基因“山-水-田-寨”“上寨-中寨-下寨”十字轴线空间格局,布局基因“屋-巷-屋”“屋-坝-巷”交织的街巷肌理,建筑基因穿斗式、干栏式民居建筑形式与惜字塔、王字格及虎图腾窗花、八字朝门等土家族建筑装饰元素,以及文化基因中的惜字文化、傩堂戏、摆手舞、土家礼仪等共同组成。研究发现,由于过度的旅游开发,无序地挖山采石,导致水土污染、梯田荒废,朝阳村传统村落山水田格局、屋坝巷肌理和传统建筑元素均遭到了严重破坏。为走出困境,朝阳村借助“公众参与”理念,通过搭建“政府-村委村民-社会团体”体系,组织多方共同参与朝阳村文化景观基因保护,更好地传承与延续文化景观基因。与此同时,在整合建筑符号元素、统一街巷传统风貌、整治村落自然环境等方面取得一些可供借鉴的经验。  相似文献   

一种基于重排检验的时空聚类方法          下载免费PDF全文

唐建波  刘启亮  刘博  邓敏  黄金彩  胡卫松 《武汉大学学报(信息科学版)》2017,42(4):503-511

融合时空邻近与专题属性相似的时空聚类是挖掘地理现象时空演化规律的重要手段。现有方法需要的聚类参数许多难以获取,影响了聚类方法的可操作性与聚类结果的可靠性。提出一种基于重排检验的时空聚类方法。首先,通过重排检验发现时空数据集中的均质子区域;进而,采用均方误差准则合并均质子区域内的时空实体生成时空簇,并通过簇内重排检验自动识别聚类合并的终止条件;最后,借助时空拓扑关系在保证结果精度的前提下发展一种快速重排检验的方法,提高了聚类方法的运行效率。通过实验和比较发现,该方法一方面可以发现不同形状、大小的时空簇,聚类质量优于经典的ST-DBSCAN方法;另一方面聚类过程中人为设置参数的主观性显著降低,提高了聚类方法的可操作性。  相似文献   

海湾扇贝(Argopecten irradians)金属硫蛋白基因的克隆与分析   总被引：1，自引：1，他引：1  

刘维青  倪多娇  宋林生  吴龙涛  胥炜  孔晓瑜 《海洋与湖沼》2006,37(5):444-449

金属硫蛋白是一种普遍存在于生物体内的低分子量、半胱氨酸含量丰富、易于被外界刺激诱导的金属结合蛋白。采用表达序列标签法,结合cDNA末端快速扩增技术,首次获得了海湾扇贝金属硫蛋白(AiMT)的全长cDNA序列。该序列全长787bp,5′UTR(UntranslatedRegion)为79bp,3′UTR为270bp,开放阅读框(OpenReadingFrame,ORF)长度为438bp,可编码145个氨基酸。在其编码的氨基酸序列中半胱氨酸含量丰富,甘氨酸含量也较高,芳香族氨基酸含量低,不含组氨酸,存在有无脊椎动物和软体动物金属硫蛋白的特征序列CKCXXX-CXCX,C-末端的氨基酸序列也符合软体动物金属硫蛋白标签序列C-x-C-x(3)-C-T-G-x(3)-C-x-C-x(3)-C-x-C-K。序列特征分析表明,该序列具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族的成员。  相似文献   

基因间隔序列(ITS)在水产动物种质鉴定和遗传多样性分析中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

徐田军  刘楚吾  刘丽  董秋芬  杨叶欣 《广东海洋大学学报》2006,26(1):84-88

近年来,由于国内外市场对水产品的需求不断增长,水产业因此获得了长足的发展,许多水产种类的养殖量有了大幅度的增加,在给我国国民经济的增长作出贡献的同时,已经不可避免的带来了许多弊端,一些方面甚至在一定程度上会影响未来水产业的发展。其中最应该引起关注的是由于目前捕捞强度的增加、生态环境的恶化等,导致许多种群的数量大量减少,产量也随之降低,种质资源遭到前所未有的破坏和衰退。因此,种质鉴定、种群分析及保护和遗传多样性的研究已经成为当前水产研究的当务之急[2-7]。随着分子生物学技术的发展,理论与实际应用以前所未有的速度…  相似文献   

蛤蜊科3种贝类16S rRNA基因片段及ITS2核苷酸序列分析     

孟学平  高如承  董志国  阎斌伦  程汉良  李艳杰  陈建安 《广东海洋大学学报》2006,26(4):8-13

利用PCR技术分别扩增连云港及启东沿海蛤蜊科的西施舌(Coelomactra antiquata)、中国蛤蜊(Mactrachinensis)和四角蛤蜊(Mactra veneriformis)3种双壳贝的16S rRNA基因片段和ITS2核苷酸序列,测序后用DNA star软件分析了核苷酸差异。结果显示:三种贝类16S rRNA基因片段长度相同,均为306bp(去除引物),核苷酸存在多态性,共有45个变异位点,54个核苷酸发生了变异,全部为碱基置换。西施舌与中国蛤蜊此片段核苷酸的同源性为88.9%,与四角蛤蜊的同源性为88.6%,中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为90.6%。三种蛤蜊ITS2序列分别为390 bp(西施舌)4、41 bp(四角蛤蜊)和466 bp(中国蛤蜊),存在长度多态性,ITS2核苷酸差异分析结果显示,西施舌与中国蛤蜊的同源性为70.9%-71.1%,西施舌与四角蛤蜊的为70.5%-71.0%,中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为88.1%-88.8%。ITS2序列分析结果与16S rRNA基因片段分析结果一致,2种分子分析法均显示中国蛤蜊与四角蛤蜊的亲缘关系近。  相似文献