Phylogenetic analysis of Pectinidae(Bivalvia) based on the ribosomal DNA internal transcribed spacer region     

HUANG Xiaoting  BI Ke  HU Jingjie  HU Xiaoli  BAO Zhenmin 《海洋学报(英文版)》2007,26(6):83-90

The ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) region is a useful genomic region for understanding evolutionary and genetic relationships. In the current study, the molecular phylogenetic analysis of Pectinidae (Mollusca: Bivalvia) was performed using the nucleotide sequences of the nuclear ITS region in nine species of this family. The sequences were obtained from the scallop species Argopecten irradians, Mizuhopecten yessoensis, Amusium pleuronectes and Mimachlamys nobilis, and compared with the published sequences of Aequipecten opercularis, Chlamys farreri, C. distorta, M. varia, Pecten maximus, and an outgroup species Perna viridis. The molecular phylogenetic tree was constructed by the neighbor-joining and maximum parsimony methods. Phylogenetic analysis based on ITS1, ITS2, or their combination always yielded trees of similar topology. The results support the morphological classifications of bivalve and are nearly consistent with classification of two subfamilies (Chlamydinae and Pectininae) formulated by Waller. However, A. irradians, together with A. opercularis made up of genera Amusium, evidences that they may belong to the subfamily Pectinidae. The data are incompatible with the conclusion of Waller who placed them in Chlamydinae by morphological characteristics. These results provide new insights into the evolutionary relationships among scallop species and contribute to the improvement of existing classification systems.  相似文献   

新月细柱藻（Cylindrotheca closterium）种复合体研究     

李海涛  杨官品  孙颖  吴岁寒  张秀芳 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2007,37(2):287

研究并建立采自胶州湾的11株大小存在差异的新月细柱藻单克隆培养体系。对其核编码的SSU rDNA基因和叶绿体编码的rbcL基因进行了克隆和测序。序列分析表明，11株C．closterium的SSU rDNA基因和rbcL基因存在很大的序列变异。依据rhcL基因核苷酸序列推导的氨基酸残基变异则明显小于核苷酸变异。分别通过两基因核苷酸序列构建的邻接（Neighbor joining，NJ）系统发育树将11株C．closterium分成相同的6个分支（clade）。通过SSU rDNA基因构建的NJ树将所有的细柱藻聚为一支。SSU rDNA基因NJ树将细柱藻分为2个明显的支系（lineage）：支系Ⅰ由12株C．closterium组成，包括本实验分离到的全部11株C．closterium，该支系中部分节点没有得到较高的支持率（〈50％）；支系Ⅱ包括2株C．closterium和1株C．fusiformis。在rbcL基因NJ树中细柱藻也形成2个支系，11株C．closterium组成1个支系，系统树中每个节点均得到很高的支持率（〉70％）。统计分析表明，支系Ⅰ中株系间的平均遗传距离高于其它微藻种的种内变异程度，差异极显著（P〈0．01）。上述分析结果证实C．closterium实际上是1个种复合体（species complex），可以被细分为若干个种。  相似文献   

引物退火控制技术在差异表达基因克隆中的应用   总被引：4，自引：0，他引：4  

谢芳靖  张子平  林鹏  王艺磊 《海洋科学》2007,31(5):70-75

许多年以来,分离差异表达基因的方法仅限于差异筛选cDNA文库,直到1992年Liang等[1]发明了一种检测基因转录模式的方法,即mRNA差异显示技  相似文献   

小珊瑚藻藻红蛋白提取及其稳定性研究     

刘广发  林均民  林枫 《海洋科学》2006,30(11):23-27

以羟基磷灰石柱层析法从小珊瑚藻(Corallinapilulifera)中提取出藻红蛋白,其纯度可达A565/A280大于3,得率为0.173g/kg。该藻红蛋白在498nm和565nm处有两处荧光激发峰,为双峰型。荧光发射光谱检测表明藻红蛋白在pH5.0~10.0溶液中具有较高的稳定性,其中以pH6.0和pH10.0的稳定性最高。该藻红蛋白对光照敏感,光照度800lx照射17h后荧光基本消失。对氧化剂(H2O2)敏感,在9℃以0.1%的H2O2处理24h,荧光基本消失。藻红蛋白不耐高温,80℃处理0.5h,导致蛋白液褪色,荧光消失。  相似文献   

3种鲍16S rRNA基因片段序列的初步研究   总被引：13，自引：0，他引：13  

杨建敏  郑小东  王如才  宋志乐  孙振兴 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2003,33(1):36-40

本文对引自日本的盘鲍 (H aliotisdiscusdiscus)、皱纹盘鲍 (H.discushannai)和大鲍 (H.gi-gantiea) 3个自然群体的线粒体 DNA 1 6S r RNA基因片段进行了扩增和测序 ,分析了 52 8bp的碱基序列 ,结果显示 :3种鲍的基因序列中 A+T含量为 56.74%～ 57.1 2 %。 3个自然群体间碱基片段序列差异不显著 ,盘鲍与皱纹盘鲍、大鲍彼此均仅有 1处核苷酸检测到变异 ,皆为碱基转换 ,同源性为99.81 % ;皱纹盘鲍与大鲍有 2处碱基转换 ,同源性为 99.61 %。 1 6Sr RNA基因在鲍属内表现出很高的保守性。  相似文献   

魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景   总被引：10，自引：0，他引：10  

孔晓瑜  姜艳艳  相建海  喻子牛  刘亚军 《海洋科学》2001,25(12):46-48

魁蚶（Ｓｃａｐｈａｒｃａｂｒｏｕｇｈｔｏｎｉｉ）是蚶科贝类的一种大型经济种类，主要分布于我国、日本和朝鲜半岛及俄罗斯东南部沿海。在我国，主要分布于辽宁、河北和山东沿海，生活在３～５０ｍ（多为２０～３０ｍ）水深的软泥或泥沙质海底，是我国北方沿海重要的经济贝类之一。但但有有关关其其自自然然群群体体的的遗遗传传变变异异及及群群体体间间遗遗传传分分化化等等方方面面的的研研究究不不多多 ;;同同时时，，作作者者和和日日本本研研究究者者发发现现，，中中国国、、韩韩国国和和日日本本魁魁蚶蚶群群体体在在形形态态和…  相似文献   

海洋浮游植物铁限制的研究进展   总被引：14，自引：1，他引：14  

曹勇  李道季  张经 《海洋通报》2002,21(6):83-90

介绍了海洋铁限制的研究进展和它对全球气候的影响,铁对海洋浮游植物的生长有着重要的作用,在高营养盐低叶绿素（HNLC）区域,铁是藻类生长的限制因子,海洋施铁对降低温室效应有着很好的前景,铁也是近岸赤潮发生的激发因子之一。  相似文献   

乳糖诱导重组别藻蓝蛋白(rAPC)在大肠杆菌(Escherichia coli)中的表达     

唐志红  葛保胜  林凡  任育红  秦松 《海洋与湖沼》2006,37(6):524-528

采用廉价的乳糖替代IPTG诱导重组别藻蓝蛋白(rAPC)在大肠杆菌(Escherichiacoli)JM109中表达,对诱导产物表达的培养基、培养条件、诱导剂的浓度和诱导时机进行了优化,将优化条件用于5L自控发酵罐进行高密度培养。结果表明,对rAPC表达的条件进行优化后,乳糖诱导rAPC的表达率可达26.8%,与IPTG的诱导结果接近;在高密度培养中,OD600最大达21.8。研究结果可为乳糖替代IPTG大规模生产rAPC奠定基础。  相似文献   

中华齿米虾胰蛋白酶基因的研究          下载免费PDF全文

张建业  姜国良  王宁  马欣荣 《海洋科学》2007,31(2):40-43

以中华齿米虾(Neocaridina denticulata sinensis)基因组DNA为模板,根据胰蛋白酶基因保守序列设计简并引物,利用PCR技术获得一个基因。序列分析表明此基因与已报道的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)胰蛋白酶基因有较高的相似度,序列中包含一个内含子和两个不完整的外显子,编码182个氨基酸残基。该氨基酸序列与凡纳滨对虾胰蛋白酶氨基酸序列的相似度为83.5%;含有胰蛋白酶所特有的His、Asp和Ser组成的活性三联体、决定胰蛋白酶底物专一性的Asp、底物结合部位的G1y残基。综合分析认定该基因为胰蛋白酶基因片断。将其氨基酸序列与报道的其他动物胰蛋白酶氨基酸序列进行了系统进化分析。系统进化分析的结果与现有以表型特征为依据的虾分类结果是一致的。  相似文献   

微卫星筛选及其在对虾遗传学研究中的应用          下载免费PDF全文

张留所  相建海 《海洋科学》2007,31(2):72-76

Litt等[1]1989年在心肌肌动蛋白的基因内扩增了一种2核苷酸重复并创造了"微卫"(microsatellite)这个名词.后来,Edward等[2]称微卫星为简单重复序列(simple sequence repeat,SSR).现在人们一般把微卫星定义为1～6 bp 基元组成的重复序列.  相似文献