龙须菜微卫星DNA标记筛查及系统分析     

张学成  贺扬  徐涤 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2009,39(2)

利用生物信息学方法,从龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)公共核苷酸数据库中筛查到8条含有微卫星DNA的序列,并根据筛查出的微卫星DNA序列设计合成了5对引物,此外还使用了细江蓠的4对已知微卫星DNA引物共9对引物在采集自青岛的26株野生龙须菜个体中进行扩增,结果筛选到2对引物可扩增出具有多态性的产物.然后利用5对龙须菜的微卫星引物对6个龙须菜品系和另外2个种外物种细基江蓠和菊花心江蓠进行系统学分析.根据计算得到的不同样品之间Nei氏遗传相似系数进行聚类分析,显示青岛野生龙须菜QD与栽培品系981、石岛的龙须菜样品SD与龙须岛的龙须菜样品LD之间的遗传相似系数最高,而来自委内瑞拉的龙须菜样品LV与青岛野生龙须菜之间的差异远远高于种内水平的差异.  相似文献   

Identification of Prorocentrum minimum and Takayama pulchella by fluorescence in situ hybridization through epifluorescence microscopy and flow cytometry     

HOU Jianjun          LAI Hongyan  HUANG Bangqin  CHEN Jixin College of Fisheries  Huazhong Agricultural University  Wuhan  China College of Life Sciences  Hubei Normal University  Huangshi  China State Key Laboratory of Marine Environmental Science  Environmental Science Research Center  Xiamen University  Xiamen  China Key Laboratory of Freshwater Fish Germplasm Resources  Biotechnology  Yangtse River Fisheries Research Institute  Jinzhou  China State Key La... 《海洋学报(英文版)》2009,28(2)

Partial rDNA sequences of Prorocentrum minimum and Takayama pulchella were amplified, cloned and sequenced, and these sequence data were deposited in the GenBank. Eight oligonucleotide probes (DNA probes) were designed based on the sequence analysis. The probes were employed to detect and identify P. minimum and T. pulchella in unialgal and mixed algal samples with a fluorescence in situ hybridization method using flow cytometry. Epifluorescence micrographs showed that these specific probes labeled with flu...  相似文献   

中国沿海三疣梭子蟹的遗传结构和亲缘关系分析   总被引：3，自引：0，他引：3  

吴惠仙  徐雪娜  薛俊增  董双林  王芳 《海洋学研究》2009,27(3):48-53

应用CLUSTAL X 1.81对位排序软件和Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) Version 3.1系统发育相关分析软件包,分析了渤海、黄海和东海不同群体的三疣梭子蟹mtDNA D-loop片段序列,(不包括引物)D-loop序列(不包括引物)长约1 241 bp,该片段AT、GC平均含量分别为75.8%和24.2%,AT含量均明显高于GC含量,种群间的遗传距离平均为0.025.依据D-loop序列,应用邻接法(NJ)、最小进化法(ME)及最大简约法(MP),构建中国沿海三疣梭子蟹亲缘关系的系统发生树,MP、NJ和ME树中所显示的三疣梭子蟹亲缘关系基本一致.NJ和ME树中来自东海的XM1与DT5聚为姊妹群;来自渤海的PL1与来自东海的YT1聚为姊妹群;来自东海的DT3与来自黄海的DD1聚为姊妹群,再与来自渤海的PJ1相聚形成一个单系;来自东海的ZS1与来自黄海的QD1聚为姊妹群;来自东海的DT4与来自黄海的YC1相聚,再与来自东海的YT2,YT3相聚.在MP树中,来自黄海的YC1与来自东海的DT4相聚为姊妹群,再与YT2相聚;来自渤海的PL1与来自东海的YT1聚为姊妹群;来自东海的XM1与DT5聚为姊妹群;来自东海的DT3与来自黄海的DD1聚为姊妹群,再与来自渤海的PJ1相聚;来自东海的ZS1与来自黄海的QD1聚为姊妹群;这些群最后再与来自东海的YT3相聚.结果显示中国沿海各海区三疣梭子蟹种群间存在明显的基因交流,亲缘关系的远近并不以海区划分和地理位置的远近为依据.洄游和长期以来跨海区的捕捞作业可能是三疣梭子蟹种群间基因交流的根本原因;蓬勃发展的三疣梭子蟹人工养殖和放流也会导致亲蟹和苗种跨海区交流,对三疣梭子蟹种质资源的保护将产生巨大影响.  相似文献   

中国南海绿海龟(Chelonia mydas)线粒体DNA序列分析     

郭昱嵩  王中铎  刘楚吾 《广东海洋大学学报》2009,29(1)

测定了南海海域绿海龟(Chelonia mydas)线粒体DNA的细胞色素b(Cyt b,EU918367、EU918368)和控制区(D-loop,EU918363、EU918364、EU918365、EU918366)的全序列以及细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ,EU600157、EU600158)5’端DNA标签序列。Cyt b基因全序列和COⅠ标签序列(DNA barcode)与GenBank中的相应序列比对,确认样本均为绿海龟。D-loop区序列聚类分析显示中国南海绿海龟分别与中东太平洋、西南太平洋和印度洋的绿海龟存在较近的亲缘关系。  相似文献   

奥尼罗非鱼杂交子代及亲本mtDNA D-loop基因序列的多态性   总被引：1，自引：0，他引：1  

李培  刘丽  谭围  刘楚吾 《广东海洋大学学报》2009,29(6):12-15

利用PCR技术扩增奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)及其杂交子代(O.aureus♂×O.niloticus♀)3个群体mtDNA控制区全序列,分析其变异和遗传结构。结果显示:3个群体的mtDNA控制区序列长度多态性并不十分明显,全长921～933bp;3个群体间存在丰富的DNA序列多态性,共检测到138个变异位点(14.9%),44个个体具有44种单倍型(haplotype);3群体间的序列差异平均为4%,Tamura-Nei遗传距离平均为5.1%;采用NJ法和ME法构建的分子系统树中,奥利亚罗非鱼群体内所有的单倍型聚成一支,尼罗罗非鱼与其杂交子代的单倍型混杂在一起,聚成一支,表明杂交后代mtDNAD-loop表现为母系遗传。  相似文献   

东南沿海小孔蛸(Cistopus sp.)线粒体序列的比较研究     

杨秋玲  林祥志  郑小东  苏永全 《海洋与湖沼》2009,40(5):640-646

采用线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因序列对福建、浙江沿海分布的5个小孔蛸(Cistopus sp.)群体进行了遗传多样性研究。结果表明,序列总长度分别为497-501bp(16S rRNA)和652bp(COⅠ);小孔蛸5个群体的序列碱基组成均显示出较高的A+T含量(16S rRNA基因72.1%,COⅠ基因65.9%)。16S rRNA基因片段在种内和群体间个体差异均较小,5个群体共检测到8个变异位点(其中7个插入/缺失位点);COⅠ基因序列不存在插入/缺失位点,群体内个体间变异位点数为21个。系统进化树表明,宁德群体和象山群体与其它三个群体的亲缘关系较远,但存在基因交流。线粒体16S rRNA和COⅠ基因在群体间无显著多态性分布。  相似文献   

南海常见硬骨鱼类COⅠ条码序列   总被引：8，自引：1，他引：7  

王中铎  郭昱嵩  陈荣玲  何晓莹  刘楚吾  刘筠 《海洋与湖沼》2009,40(5):608-614

运用一对特异性引物扩增并测定了南海硬骨鱼类40个物种89个样本的线粒体DNA的细胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)约660bp的部分序列,即COⅠ条码序列。综合比较了《中国鱼类系统检索》、《海洋鱼类志》、FishBase鱼类形态学分类库、ITIS综合分类学信息系统和生物条码系统(The Barcode of Life Data System,BOLD)的相应形态学与DNA序列资料,在揭示完善我国鱼类检索系统必要性基础上,探讨了COⅠ条码序列在硬骨鱼类辅助物种鉴别和适用性,并对运用该条码序列库完善我国鱼类检索系统的可能途径进行了初步摸索。结果表明,COⅠ条码序列获取便捷,广泛适用硬骨鱼类物种鉴别,并可用于低级分类阶元的系统进化分析。本研究结果可为分子生物学辅助分类、市场监督、资源有序利用和保护提供参考。  相似文献   

环介导恒温扩增技术快速检测米氏凯伦藻方法的建立   总被引：2，自引：0，他引：2  

张凤英  徐兆礼  马凌波  郑俊斌  缪宇平  陆亚男 《海洋学报》2009,31(6):170-175

米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi,Hansen)属于裸甲藻目(Gymnodiniales),裸甲藻科(Gymnodi-niaceae),凯伦藻属(Karenia)。它能产生溶血性(hemolytic)毒素和鱼毒(ichthyotoxins),溶解鱼类细胞,破坏鱼鳃组织结构,使鱼类无法正常呼吸而窒息死亡[1]。近年来,米氏凯伦藻引起的赤潮在世界各海域屡次发生,日本海域,墨西哥湾,新西兰、韩国、苏格兰和澳大利亚海域都有米氏凯伦藻引发赤潮的报道,对渔业造成很大损失[2]。  相似文献   

条斑星鲽幼鱼变态期间核酸及蛋白的变化     

佟雪红  徐世宏  刘清华  李军  肖志忠  马道远 《海洋科学》2010,34(5):41-47

本试验测定了条斑星鲽(Verasper moseri)幼鱼变态过程中DNA、RNA、蛋白及其比值的变化,作为评价幼鱼变态阶段生长潜能的指标。结果表明,试验期间培育水温为16.5～18.0°C,DNA、RNA及蛋白的变化都带有发育阶段特异性。DNA含量在34～42日龄增加缓慢,然后快速增加直至44日龄,在45日龄和46日龄分别保持下降和上升趋势。蛋白含量和RNA含量的变化趋势相似,在试验期间保持快速增长的趋势。RNA/DNA比值从试验开始至35日龄呈上升状态,36日龄时下降,38日龄时达到最高值5.01,然后显著下降(P0.05),在试验结束时达到最低值1.76。蛋白/DNA在40日龄时达到最高值58.64,在46日龄时达到最低值21.28。RNA、DNA及蛋白含量跟全长和体质量有明显的线性关系(P0.05)。RNA/DNA与全长和体质量的关系比蛋白/DNA与全长和体质量的关系密切。蛋白/DNA比值的变化趋势跟RNA/DNA比值类似,但前者的变化滞后于后者,表明RNA/DNA比值是评价条斑星鲽生理状况的更有效的生理指标。  相似文献   

现代分子生物学技术在海洋生态毒理学的应用及展望     

孙国华  任利华  刘爱英  段效辉  宋秀凯  刘丽娟 《海洋湖沼通报》2010,(4)

随着现代分子生物学生物学技术的发展,海洋生态毒理学正进入一个新的发展阶段,一些常用的分子生物学技术应用于外来有毒物质引起的DNA损伤、基因突变、加合物形成、基因多态等的检测,大大提高了毒理学研究的整体水平。文中针对近年来新开展的几项分子生物学技术的原理及其在海洋生态毒理学领域的应用进行评述及展望。  相似文献