新基因功能验证技术及其在微藻基因克隆中的适用性分析     

杨官品  林根妹 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2014,44(10):72-79

微藻是指1群真核、单细胞、行光合作用的生物。微藻种类多,分布广泛,有关键生态学功能,也有水产、生物能源应用价值。与模式生物和经济动植物一样,新基因克隆是微藻生物学研究的主要内容。基因组注释、转录组分析和基因分离等依据序列和结构同源性,是从已知到已知的过程;而新基因克隆需锁定序列和验证功能,其中,功能验证是基因克隆的最重要内容。已有的基因功能验证方法有基因敲除、基因沉默、插入突变、基因组编辑等。多种微藻已有遗传转化技术,有望直接采用模式生物和经济动植物的基因功能验证技术克隆新基因。本文归纳了已有新基因功能验证技术,并分析了它们在微藻新基因克隆中的适用性,以促进微藻新基因克隆研究。  相似文献   

菲律宾蛤仔(Venerupis philippinarum)Rho型GST和微粒体型GST的序列分析及表达特征研究     

章盈盈  袁泽轶  王清  李巧梅  吴惠丰  赵建民 《海洋与湖沼》2014,45(4):798-805

谷胱甘肽硫转移酶是一类在细胞解毒和抗氧化过程中发挥重要作用的超家族酶系。采用cDNA末端快速扩增技术,从菲律宾蛤仔中克隆获得Rho型GST和微粒体型GST基因的全长序列(分别命名为VpGSTR和VpGSTMi)。序列分析显示,VpGSTR和VpGSTMi的cDNA全长分别为942bp和661bp,编码234和149个氨基酸。系统分析结果表明,菲律宾蛤仔GSTR与GSTMi在进化树上的位置与其分类所处的位置一致。荧光定量PCR结果发现,VpGSTR和VpGSTMi广泛分布于所检测组织中,且在肝胰腺组织中表达量最高。在鳗弧菌侵染后,VpGSTR和VpGSTMi基因表达量在24h内均表现出明显的上升趋势。上述结果表明,VpGSTR和VpGSTMi可能在菲律宾蛤仔抵御细菌侵染导致的氧化应激中发挥重要功能。  相似文献   

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)RXR基因克隆及其在蜕皮过程中的表达分析   总被引：4，自引：1，他引：3  

王伟  吴旭干  楼宝  徐蕾  刘智俊  成永旭 《海洋与湖沼》2014,45(5):1105-1114

本研究通过转录组测序和RACE技术克隆了三疣梭子蟹类维甲酸X受体2(PtRXR2)基因cDNA全长(登录号:KF914662),并通过荧光定量PCR(qRT-PCR)技术研究了该基因在三疣梭子蟹不同组织及不同蜕皮阶段的表达情况。结果表明,(1)PtRXR2基因cDNA全长1718bp,包括5’非编码区(5’-UTR)141bp、3’-UTR 209bp和开放阅读框1368bp,编码455个氨基酸,预测分子量和等电点为49.75kDa和6.79。(2)PtRXR2推导氨基酸序列的Blastp结果显示,PtRXR2与已知甲壳动物RXR的一致性为74%—99%,系统进化树分析表明PtRXR2与其它甲壳动物RXR聚为一支。(3)qRT-PCR结果显示PtRXR2在C期三疣梭子蟹Y器官、鳃、眼柄和大颚器中表达水平较高,肝胰腺中的表达水平最低。其它6个组织中的表达水平居中。(4)不同蜕皮阶段,PtRXR2在Y器官、眼柄和胸神经中均是AB期表达水平最高,E期最低,这可能与上述器官的细胞增殖主要发生在AB期有关;肌肉中的PtRXR2表达水平在AB和C期较高,E和D期最低,与肌肉的生长和营养物质积累主要发生在这两个阶段相对应;肝胰腺中的PtRXR2表达水平在AB期最高,C期最低,这暗示PtRXR2主要参与肝胰腺中的上皮细胞增殖和分化,对于C期的营养代谢调控可能不起关键作用。  相似文献   

Identification of genes expressed in juvenile Haliotis rufescens in response to different copper concentrations in the north of Chile under controlled conditions     

Silva-Aciares F  Zapata M  Tournois J  Moraga D  Riquelme C 《Marine pollution bulletin》2011,62(12):2671-2680

This study reports molecular markers potentially associated with resistance or sensitivity to the impact of copper in juvenile red abalone, Haliotis rufescens, in the north of Chile under experimental conditions. Genomic analysis was made applying subtractive hybridization libraries (SSH) to identify genes up-and down regulated during cooper exposure in abalone over periods of 12 and 168 h exposed to 2.5 and 10 μg/L of Cu⁺². Results obtained from the SSH library revealed 368 different sequences regulated by copper, that correspond to eight major physiological functions. The validation of these sequences obtained by SSH as well as their expression kinetics were made by PCR in real time on 14 potential genes regulated by metal stress. This study provides information for the characterization of potential genomic markers that may be used in future environmental monitoring and to investigate new mechanisms of stress to copper in this commercially important marine species.  相似文献   

曼氏无针乌贼(Sepiella maindroni)血蓝蛋白酚氧化酶样活性研究和相关功能单元片段的克隆          下载免费PDF全文

常抗美  杨刚  刘慧慧  迟长凤  吕振明 《海洋与湖沼》2011,42(1):142-147

采用分光光度法对曼氏无针乌贼血蓝蛋白及相关功能单元(FUs)的酚氧化酶活性进行研究,并获得该功能单元的序列信息.结果表明,曼氏无针乌贼血蓝蛋白能氧化左旋多巴和邻苯二酚而不能氧化酪氨酸单酚,说明该血蓝蛋白可能具有酚氧化酶活性,并属于儿茶酚酶类;进一步研究显示,曼氏无针乌贼血蓝蛋白酶解片段FUg的酶活特性显著区别于其它功能...  相似文献   

鳜鱼（Siniperca chuatsi）幽门垂中两种胰蛋白酶的cDNA克隆及其生物信息学分析          下载免费PDF全文

杜翠红  苏文金  卢宝驹  刘光明  邱晓燕  曹敏杰 《海洋与湖沼》2011,42(2):221-228

采用RT-PCR、3′-RACE及5′-RACE技术从鳜鱼幽门垂组织中克隆了两种胰蛋白酶（分别命名为TRS-A与TRS-B）cDNA全长序列。将测序结果递交GenBank数据库,分别获得登录号为ACD70339和ACD70340。采用生物信息学的方法和工具预测了鳜鱼胰蛋白酶的理化参数及其高级结构,并构建了系统进化树。结...  相似文献   

Phylogenetic Diversity of Microorganisms from Chemocline of the Meromictic Soda Lake Doroninskoe(Zabaikalie,Russia)     

Evgeniya MATYUGINA  Natalia BELKOVA 《《地质学报》英文版》2014,88(Z1):153-154

正1 Introduction Many soda and salt lakes are characterized by the formation of the meromictic conditions under which a part of the water column is not involved in the annual process of mixing(Mac Intyre,Melack,1982).This creates an  相似文献   

密斑刺鲀(Diodon hystrix)gnrh基因的克隆及表达分析     

陈华谱  黄春仁  何睿祺  戴明姝  张明真  李智渊  黄海  李广丽 《海洋与湖沼》2021,52(4):994-1006

密斑刺鲀(Diodonhystrix)不仅具有食用价值,同时也是传统的中药及保健食品,但目前关于密斑刺鲀的生殖内分泌调控研究较少,限制了密斑刺鲀的人工繁育基础理论的发展。总所周知,促性腺激素释放激素(gonadotropin-releasing hormone, GnRH)是生殖内分泌调控的关键因子之一。利用转录组分析及分子克隆技术,获得密斑刺鲀促性腺激素释放激素(gonadotropin-releasinghormone,GnRH) gnrh2和gnrh3基因的cDNA开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)序列,并利用生物信息学的方法,获得密斑刺鲀gnrh2 cDNA开放阅读框共279 bp,可编码92个氨基酸残基;密斑刺鲀gnrh3cDNA开放阅读框共270 bp,可编码89个氨基酸残基。通过系统进化分析表明,密斑刺鲀GnRH与鲀科类的鱼具有较近的亲缘关系。通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction, PCR)半定量的方法检测gnrh2和gnrh3基因在密斑刺鲀各组织中的分布,结果发现gnrh2和gnrh3基因在脾、鳃和垂体中的表达量较高,而在心脏中的表达量最低。此外,利用实时荧光定量的方法检测了密斑刺鲀gnrh2和gnrh3基因在性腺发育不同时期的表达模式,结果显示密斑刺鲀gnrh2基因在不同的性腺发育时期中没有显著性的变化,而gnrh3基因随着性腺发育成熟而不断升高。研究主要获得两个创新性的重要结果:首先是证实了密斑刺鲀存在两种gnrh基因(gnrh2和gnrh3),其次是提示了gnrh3基因可能是密斑刺鲀生殖调控的主要gnrh类型。研究结果可为深入研究密斑刺鲀生殖内分泌调控机理提供研究方向和基础。  相似文献   

青蛤(Cyclina sinensis)金属硫蛋白及硫氧还蛋白基因的克隆与表达分析     

吕达  罗凯娅  潘宝平  高虹 《海洋与湖沼》2012,43(1):47-51

利用构建的cDNA文库及高通量测序方法,获得金属硫蛋白及硫氧还蛋白基因全长。结果表明,青蛤金属硫蛋白和硫氧还蛋白的cDNA全长分别为776bp和804bp,金属硫蛋白基因编码74个氨基酸,包含7个CXC特征结构;硫氧还蛋白基因编码165氨基酸,包含5个氨基酸构成的活性中心。采用实时定量PCR方法分析了两种基因在Cd2+胁迫下的表达变化,结果显示,金属硫蛋白基因在Cd2+胁迫下6—12hmRNA表达量急剧上升,与对照组有显著性差异(P<0.01)。硫氧还蛋白基因在Cd2+胁迫下mRNA在6h明显升高,在6—24h与对照组出现显著性差异(P<0.05)。说明Cd2+能够诱导青蛤金属硫蛋白和硫氧还蛋白基因表达的时序性升高,二者的转录过程反映了贝类抵御重金属胁迫的分子调控过程。  相似文献   

马氏珠母贝热休克蛋白HSP60基因的克隆与表达分析     

王志新  梁海鹰  杜晓东  黄荣莲  邓岳文  王庆恒  焦钰 《广东海洋大学学报》2013,(6):14-23

运用cDNA末端快速扩增（RACE）技术,克隆马氏珠母贝（Pinctadamαrtensii）热休克蛋白HSP60基因 cDNA全序列。序列全长2495坤,开放阅读框（ORF） 1734坤,编码577个氨基酸,预测的分子量约为61.79阳, 理论等电点为5.4905＇非翻译区（ 5＇UTR）长150坤, 3＇非翻译区（3＇UTR）长611 bp。同源性比对分析结果,马 氏珠母贝HSP60基因与与太平洋长牡妨（Crωsos仰a gIgω）和光滑双蹄螺（Biomphalaria glabrata）的同源性较 高,达到75%。氨基酸序列分析显示,马氏珠母贝HSP60氨基酸序列具有典型的rnt-HSP60特征序列、C-末端典型的GGM重复基序和一个ATP结合结构域。荧光定量数据分析发现,该基因在闭壳肌、外套腹、血淋巴、肝膜腺、性腺、躁、等6个组织中具有表达,在肝膜腺中表达量最高,腮中次之,而在血液和闭壳肌中仅有少量表达;在脂多糖剌激后,该基因表达水平上调,12 h后达到最大值,之后又逐渐下调,均高于对照组,差异具统计学意 义（P〈0.05）。  相似文献