马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞转录组测序数据中SNP标记的开发及其功能注释分析     

王忠良  丁燏  许尤厚  王蓓  张健东 《海洋与湖沼》2018,49(2):403-412

本文基于马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞比较转录组学数据进行单核苷酸多态性标记(SNP)的开发和关联基因的功能注释分析,以期为SNP标记的利用提供有效信息。在转录组测序获得的67632条SNP-unigenes中共获得962995个SNP位点,位点平均发生频率约为1个SNP/100bp;转换SNP数目与颠换SNP数目比值约为0.5,与理论比率相符;而6种单核苷酸变异类型中,以A/T颠换SNP最多。SNP-unigene功能注释分析表明,30376条unigenes(44.91%)匹配到GO分类条目;18150条unigenes(26.84%)获得COG注释信息,并以"一般功能预测"类最多;10981条unigenes(16.24%)富集到32条KEGG子集,其中以"信号转导"子集中富集的SNP-unigene最多。进一步富集分析显示629个SNP-unigenes注释到"Platelet activation"等多条免疫防御相关信号通路中;同时,根据SNP位点分布情况筛选到123个溶藻弧菌感染前、后转录组中特异分布的免疫防御相关候选SNP位点。基于标准化的基因表达水平分析,在17个差异表达免疫防御相关基因中共检测到1594个SNP位点。  相似文献   

合浦珠母贝转录因子PF-CREB3L2基因的克隆和鉴定     

鲁冰  郑向南  刘阳嘉  谢莉萍  张荣庆 《海洋科学》2018,42(3):77-83

克隆得到了合浦珠母贝(Pinctada fucata)PF-CREB3L2蛋白的c DNA序列,其c DNA全长1 983 bp,其中开放阅读框长度为1 728 bp,编码的蛋白含有575个氨基酸残基。组织表达分布实验发现,其在合浦珠母贝内脏囊中表达量最高,在外套膜和鳃中也有大量表达,推测其广泛参与合浦珠母贝的贝壳形成等生理活动。贝壳损伤修复实验中发现,在合浦珠母贝贝壳受到损伤后,PF-CREB3L2和基质蛋白的表达量会迅速上升,且PF-CREB3L2的峰值出现更早,推测其通过影响基质蛋白转录,参与合浦珠母贝生物矿化的调控过程。PF-CREB3L2与合浦珠母贝基质蛋白表达相关性的分析发现,PF-CREB3L2与Prisilkin39、KRMP的表达量呈现显著的正相关,说明其可能特异性地调控某些基质蛋白的转录。  相似文献   

马氏珠母贝(Pinctada fucata)血细胞RNA-Seq转录组数据中补体样组分分析     

吴勇  张野  许尤厚  梁雪茹  王忠良 《海洋与湖沼》2019,50(6):1343-1353

补体系统在体液免疫中发挥着重要作用,是连接先天免疫和适应性免疫的枢纽。本研究基于前期转录组RNA-Seq数据检索马氏珠母贝(Pinctada fucata)补体样组分,并对其结构域及溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)刺激后的基因表达水平进行了分析。结果表明,共获得68条补体样成分unigene,分别编码14个含C1q结构域蛋白、14个凝集素蛋白、4个纤维蛋白原相关蛋白、12个丝氨酸蛋白酶、10个含硫酯键蛋白、1个末端补体分子C6、5个补体受体、1个补体因子及7个纤胶凝蛋白;结构域分析表明,马氏珠母贝补体样组分均含有相应的保守结构域,与其他贝类补体组分的研究结果基本一致;表达量分析表明,经溶藻弧菌刺激后, 68条补体样组分unigene中共有21条unigene表达上调,其中12条为模式识别受体unigene。结合牡蛎等贝类补体组分的研究结果,推测贝类已形成一个含有多种补体组分的原始补体系统,且可能以凝集素途径或替代途径行使补体的生物学功能。以上研究结果为深入了解马氏珠母贝及其他海洋无脊椎动物免疫防御机制、探讨补体系统的进化起源提供了新的依据。  相似文献   

氨氮胁迫对马氏珠母贝免疫活性的影响     

栗志民  申玉春  王淑敏  李嘉威 《广东海洋大学学报》2011,(4):52-57

在实验室条件下探讨氨氮胁迫对马氏珠母贝(Pinctada martensii)血细胞密度、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、溶菌酶(LSZ)、酸性磷酸酶(ACP)活性的影响。结果表明:1)不同浓度氨氮(1.25~40 mg/L)胁迫3 d后,马氏珠母贝血细胞密度随氨氮浓度的增加呈下降趋势,当氨氮浓度超过5 mg/L时血细胞密度较对照组明显下降,差异极显著(P<0.01);2)血清SOD活性随实验氨氮浓度(1.25~40 mg/L)的增加而明显下降,在较低氨氮浓度(1.25~5 mg/L)时,SOD活性高于对照组,氨氮浓度超过10 mg/L时,SOD活性低于对照组,各实验组SOD活性与对照组均存在极显著差异(P<0.01);3)当氨氮浓度为1.25~20 mg/L时,马氏珠母贝血清CAT活性随氨氮浓度的增加而升高,除氨氮1.25 mg/L组外,其余各实验组血清CAT活性较对照组极显著升高(P<0.01),当氨氮浓度为30~40 mg/L时,血清CAT活性呈急剧下降趋势,且低于对照组(P<0.01);4)马氏珠母贝血清LSZ活性随实验氨氮浓度的增加而降低,当氨氮浓度为10 mg/L以下时,血清LSZ活性高于对照组,当氨氮浓度为20 mg/L以上时,血清LSZ活性较对照组极显著降低(P<0.01);5)氨氮浓度为1.25~10 mg/L时,马氏珠母贝血清ACP活性随氨氮浓度的增加而升高,且高于对照组(P<0.01),当氨氮浓度超高20 mg/L时,马氏珠母贝血清ACP活性随氨氮浓度的增加急剧降低,且低于对照组(P<0.01)。  相似文献   

Growth performance and physiological parameters of the second generation selected and control groups of Pinctada martensii     

DENG Yuewen  YU Ziniu  DU Xiaodong  WANG Qingheng  FU Shao 《海洋学报(英文版)》2011,30(2):120-125

In May of 2007,the second generation selected (SS) and control (SC) groups of pearl oyster Pinctada martensii were established by selecting 10% breeders with the largest and mean shell length,respectively,from the first generation selected group.Growth performance of the SS and SC groups were compared on the basis of measurement data at Days 8,18,60,95,195 and 365.On Day 365,100 individuals (60.0–75.0 mm at shell length) were sampled from each group and then subjected to the experiment where physiological parameters such as filtrate rate,oxygen consumption and ammonia excretion were measured at 15,20,25 and 30°C.The results show that the SS group had significantly larger mean shell length and shell height than the SC group at Days 8,18,60,95,195 and 365 (P <0.05).The genetic gains at different ages varied from 6.0% to 17.0% for shell length and 5.7% to 14.6% for shell height,respectively.At 15,20,25 and 30 ° C,the SS groups had significantly larger filtrate rate than the SC group (P <0.05).At 15 and 25 °C,the differences in oxygen consumption rate between the SS and SC groups were not significant (P >0.05).At 20 and 30 °C,however,the oxygen consumption rate of the SS group was significantly larger than the SC group (P <0.05).At 15,20,25 and 30 °C,there were no significant differences in ammonia excretion rate between the SS and SC groups (P >0.05).The present results indicate that there existed considerable genetic variability in the base population and a further selection could be likely fruitful.Mass selection for faster growth might produce animals that had higher intake of metabolizable energy by virtue of faster filtrating behavior.  相似文献   

马氏珠母贝壳长生长模型研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

符世伟  刘志刚  王辉  杜晓东 《广东海洋大学学报》2008,28(4)

以Cp统计量作为确定马氏珠母贝壳长最优生长模型的准则,通过Levenberg-Marquardt迭代法求出模型中各生长参数,用Brody、von Bertalanffy、Gompertz、Logistic和Richards 5个生长模型对马氏珠母贝壳长的生长进行了拟合。结果表明,在马氏珠母贝生长的第一年中,壳长生长过程遵循Brody生长模型,其壳长生长极限值为56.572 mm(43.807～69.337,95%置信区间)。  相似文献   

珠母贝、亲贝人工促熟培育与催产的研究   总被引：2，自引：0，他引：2  

邓陈茂  尹国荣  符韶  黄海立  谢仁政 《广东海洋大学学报》2005,25(1):14-16

从23 ~24℃开始,每4~5d升高水温1℃,终至26~27℃,并用亚心形扁藻(Platymonassubcordiformis)、三角褐指藻(Phaeodactylartriconrutum)及辅助饲料投喂培育,促进珠母贝[Pinctadamargaritifera(Linne) ]亲贝性腺发育成熟。用阴干刺激、异性产物刺激及浓扁藻液结合诱导,催产率达100%。  相似文献   

基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测     

王忠良  丁燏  许尤厚  简纪常  鲁义善  王蓓  陈刚  吴灶和 《海洋与湖沼》2015,46(3):687-693

为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34%,平均每5102 bp含有1个SSR位点。在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46%;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27%。基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物。随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5%;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42%。以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义。  相似文献   

马氏珠母贝Pinctada martensii珍珠囊发育的超微结构观察   总被引：1，自引：0，他引：1  

杜晓东  焦钰  邓岳文  王庆恒  黄荣莲 《海洋学报》2010,32(5):160-164

  相似文献   

几种抗菌药物对马氏珠母贝D型幼虫的毒性试验     

刘志刚  王本兴 《广东海洋大学学报》1994,(2)

试验了几种抗菌药物对马氏珠母贝幼虫的毒性，结果表明，几种抗菌药物对马氏珠母贝Ｄ型幼虫９６ｈ半数耐受浓度（９６ＴＬＭ＝９６ＬＣ５０）及安全浓度分别为：氯霉素４５．４×１０－６、４．５×１０－６；红霉素５３．０×１０－６、５．３×１０－６；呋喃西林６４．１×１０－６，６．４×１０－６土霉素、百炎净、硫酸链霉素、青霉素Ｇ钠均大于１００×１０－６及１０×１０－６。但若以幼虫活力、摄食率、日生长率的变化作为观察指标，则这些药物的９６ＴＬＭ及安全浓度分别落在下述区间内：土霉素（３８～６７）×１０－６、（３．８～６．７）×１０－６；百炎净（５２～６７）×１０－６、（５．２～６．７）×１０－６；硫酸链霉素（２５～３８）×１０－６、（２．５～３．８）×１０－６；青霉素Ｇ钠仍大于１００×１０－６及１０×１０－６。下列药物在一定浓度下对幼虫的生长有明显的促进作用：青霉素Ｇ钠，百炎净（１３～３８）×１０－６；呋喃西林１３×１０－６。  相似文献