Spatial and diel variations of the prokaryotic community in the Phaeocystis globosa blooms area of Beibu Gulf,China     

Cheng He  Sha Xu  Shuqun Song  Caiwen Li 《海洋学报(英文版)》2022,41(12):87-97

While prokaryotes play key roles in nutrient cycling and energy flow during Phaeocystis globosa blooms, the information on the spatial and diel temporal distribution of the prokaryotic community during Phaeocystis blooms remains scarce. In January 2019, we used high-throughput sequencing of the 16S rRNA gene to explore the spatial and diel variations of particle-attached (PA) and free-living (FL) prokaryotic communities during the blooming phase of P. globosa in Beibu Gulf, Guangxi, China. The results suggested a significant spatial variation pattern in the horizontal distribution of prokaryotic communities, while there was no significant difference in the vertical direction. Both spatial distance and environmental variables shaped the horizontal distribution of the prokaryotic community structure, while environmental variables, particularly the abundance of P. globosa colony and Chl a, showed more significant influence and were closely related to the structure and variation of the prokaryotic community. Strong vertical mixing of the water column disrupted the vertical structure heterogeneity of the prokaryotic community in winter. There were significant differences in the diel samples of PA prokaryotic communities, but not in the FL prokaryotic communities. Nitrate, ammonium and the abundance of P. globosa colony were the key environmental variables impacting the diel variations of prokaryotic communities over the sampling period. The present study provided valuable information to depict the spatial-temporal variations of the microbial community and its association with environmental parameters during P. globosa bloom in the tropical gulf.  相似文献   

水产用微生态制剂耐药性评估及耐药相关遗传元件检测     

陈招弟  李健  翟倩倩  常志强  王佳佳  葛倩倩 《海洋科学》2018,42(6):132-140

以市场上购买的9种水产用微生态制剂为研究对象,采用琼脂稀释法筛选其中的耐药菌株,运用微量肉汤稀释法检测分离菌株对庆大霉素、恩诺沙星、诺氟沙星、氟苯尼考、磺胺嘧啶、磺胺甲基嘧啶、四环素、土霉素、万古霉素9种抗生素的耐药性,结合聚合酶链式反应分析耐药菌株携带的耐药基因和可移动遗传元件(接合性质粒遗传标记、转座子、整合子和插入序列),为微生态制剂的安全生产与监测提供参考。结果显示,9种微生态制剂中都存在耐药菌株,100株分离菌株对除恩诺沙星以外的8种抗生素都存在不同程度的耐药, 46%的株菌同时携带氟喹诺酮类、酰胺醇类、磺胺类、四环素类、氨基糖苷类和糖肽类耐药基因,且有15株菌同时携带整合子-基因盒、质粒、转座子和插入序列,携带两种及两种以上可移动遗传原件的比例为95%。微生态制剂产品可能存在一定的安全隐患,应加强质量监测和市场监管。  相似文献   

病毒感染海洋球石藻Emiliania huxleyi的转录组分析     

田雪  蔡伟聪  苏金净  吴书燕  刘静雯 《海洋学报》2019,41(12):103-112

海洋球石藻Emiliania huxleyi及其特异性裂解病毒E. huxleyi virus (EhVs)在调节海洋碳、硫循环及全球气候变化中起着重要作用，也是开展真核生物病毒–宿主相互作用研究的良好模型系统之一。为了探究病毒感染条件下E. huxleyi基因表达水平的变化，以海洋球石藻E. huxley–BOF 92及其专一性裂解病毒EhV-99B1为研究对象，利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术，分别对E. huxleyi病毒感染组(Exp)和非感染对照组(Con)6 h和45 h的藻细胞样品进行转录组测序分析。共得到32 909条平均长度为1 153 bp的基因。病毒感染6 h和45 h分别得到2 617和5 229个差异表达基因，其中共差异表达基因465个。随机选取10条差异表达基因，采用qRT-PCR进行实验验证，结果证实转录组分析可靠。GO功能注释和KEGG通路富集，发现大量基因与氧化应激反应、脂类代谢、碳水化合物代谢及信号转导等代谢过程相关，其中变化最显著的是谷胱甘肽代谢途径。从病毒感染球石藻转录组中筛选出部分与氧化应激反应相关的基因，其中9个基因显著上调，11个基因显著下调，表明宿主能够通过体内的氧化应激反应响应病毒胁迫。  相似文献   

雌、雄弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏转录组比较分析     

董忠典  黎学友  廖健  张宁  郭昱嵩  王中铎 《海洋与湖沼》2020,51(5):1203-1213

为发掘弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏功能基因、开发环境检测标记基因,本研究采用RNA-Seq技术分别测定了性成熟雌、雄弓背青鳉肝脏转录组,并获得80095044和87043984条clean reads,合并拼接出49912个unigenes(N50=2394bp)。基因表达差异分析显示在雌、雄弓背青鳉肝脏组织中存在571个差异基因(DEGs),其中364个在雄鱼中高表达,207个在雌鱼中高表达。GO和KEGG分析表明差异基因主要参与激素合成、免疫反应、氧化还原反应及卵黄发生等生物学过程。进一步,在转录组中筛选到了多个环境雌激素相关标记基因(vtgs,chgs,er,cyp450等),且这些基因在雌鱼肝脏中的表达水平显著高于雄鱼。研究结果丰富了弓背青鳉的基因资源,为研究基因功能提供了数据,也有助于进一步研究鱼类肝脏在不同性别之间的功能。  相似文献   

含水非晶碳酸钙的仿生矿化研究     

官叶斌  姚奇志  周根陶 《高校地质学报》2011,17(1):46-52

生物成因矿物的形成过程通常是通过先沉积非晶前驱体,进而转变形成某一种结晶相的途径来实现的。对生物成因 碳酸钙而言,普遍认为其非晶的前驱体相是在生物有机大分子和无机离子共同作用下形成的。在阴离子柠檬酸根存在的情 况下,仿生合成了非晶碳酸钙（Amorphous calcium carbonate,ACC）,运用场发射扫描电子显微镜（FESEM）、X-射线衍射（XRD）、 傅里叶红外光谱（FTIR）和热重-差热分析（TG-DTA）等实验手段进行了分析并观测了非晶碳酸钙后续转变。结果显示, 多羧基的阴离子能够诱导形成非晶碳酸钙,并且这些非晶碳酸钙具有与生物成因非晶碳酸钙类似的组成。这可能指示与生 物矿化相关的生物大分子,特别是一些富含极性羧基大分子能够诱导碳酸钙矿物非晶态前驱体相的形成,同时也能暂时稳 定这些非晶前驱体相。  相似文献   

Construction of cDNA library from intestine, mesentery and coelomocyte of Apostichopus japonicus Selenka infected with Vibrio sp. and a preliminary analysis of immunity-related genes     

Hongzhan Liu  Fengrong Zheng  Xiuqin Sun  Yimei Cai 《中国海洋大学学报(英文版)》2012,11(2):187-196

The aquaculture of sea cucumber Apostichopus japonicus (Echinodermata, Holothuroidea) has grown rapidly during recent years and has become an important sector of the marine industry in Northern China. However, with the rapid growth of the industry and the use of non-standard culture techniques, epidemic diseases of A. japonicus now pose increasing problems to the industry. To screen the genes with stress response to bacterial infection in sea cucumber at a genome wide level, we constructed a cDNA library from A. japonicus Selenka (Aspidochirotida: Stichopodidae) after infecting them with Vibrio sp. for 48 h. Total RNA was extracted from the intestine, mesentery and coelomocyte of infected sea cucumber using Trizol and mRNA was isolated by Oligotex mRNA Kits. The ligated cDNAs were transformed into DH5α, and a library of 3.24×105 clones (3.24×105 cfu mL-1) was obtained with the sizes of inserted fragments ranging from 0.8 to 2.5 kb. Sequencing the cDNA clones resulted in a total of 1106 ESTs that passed the quality control. BlastX and BlastN searches have identified 168 (31.5%) ESTs sharing significant homology with known sequences in NCBI protein or nucleotide databases. Among a panel of 25 putative immunity-related genes, serum lectin isoform, complement component 3, complement component 3-like genes were further studied by real-time PCR and they all increased more than 5 fold in response to Vibrio sp. challenge. Our library provides a valuable molecular tool for future study of invertebrate immunity against bacterial infection and our gene expression data indicates the importance of the immune system in the evolution and development of sea cucumber.  相似文献   

湖南省传统聚落景观基因的空间特征   总被引：8，自引：2，他引：6  

胡最  刘沛林  曹帅强 《地理学报》2013,68(2):219-231

湖南省有着悠久的历史文化和优越的自然地理环境,是全国传统聚落相对集中和保存较为完好的省区之一.本文以国家和湖南省政府正式公布的30 个历史文化名村名镇为研究对象,结合传统聚落景观基因理论,建立了包括建筑特征、文化特征、环境特征、聚落布局特征4 大类共14 项指标的传统聚落景观基因识别指标体系;根据要素提取法、图案分析法、结构提取法、含义提取法等景观基因提取方法,建立了湖南省传统聚落景观基因的识别流程,并进行了传统聚落景观基因的识别与提取.在此基础上,从建筑基因的特征、选址布局基因的特征、图腾文化基因的特征3 个角度分析了该省传统聚落景观基因的空间特征.本文对湖南省传统聚落的保护与合理、可持续开发利用具有参考意义,对开展全国其他省份传统聚落的相关研究同样具有借鉴意义.  相似文献   

企鹅珍珠贝矿化基因表达模式和贝壳超微结构对珍珠质层颜色影响的研究     

张佳谊  杨蕾  陈一  王爱民  战欣 《海洋与湖沼》2022,53(1):113-119

为探究企鹅珍珠贝贝壳内表面珍珠质层不同区域颜色差异形成的原因,选取9个生物矿化相关基因,利用实时荧光定量PCR扩增技术对其在外套膜不同部位的表达水平进行测定,并利用扫描电子显微镜对贝壳珍珠质层不同区域的内表面及纵断面的微观结构进行观察.结果 表明:有8个矿化基因在企鹅珍珠贝外套膜远端膜区和中央膜区的表达量具有显著差异(...  相似文献   

不同微生物诱导钙锶生物矿化的比较研究          下载免费PDF全文

黄婷  刘明学  董发勤  刘媛媛  郭玉婷 《高校地质学报》2015,21(4):584

为了研究并比较不同微生物在不同钙锶比条件下对钙锶生物矿化过程的调制作用,选取耐辐射奇球菌、酵母菌和大 肠杆菌作为模拟生物矿化的有机基质,通过SEM,FT-IR和XRD对钙锶矿物的形貌、晶型、晶粒尺寸进行表征分析。结果 表明：①当[Ca2+]/[Sr2+]=2时,不加微生物体系中形成的是文石型和柱状方解石型混合晶体,加入微生物组则形成纺锤状方 解石型晶体。此时3种微生物均能诱导锶离子进入碳酸钙晶格;②当[Ca2+]/[Sr2+]=1时,不加菌体系中形成条稀疏的纺锤状文 石型晶体。加入酵母菌和大肠杆菌的体系则形成紧密的纺锤状和簇状文石型晶体,它们能在一定程度上抑制锶离子进入碳 酸钙晶格。而加入耐辐射奇球菌体系形成菜花状方解石型晶体,其仍能诱导锶离子置换钙离子;③当[Ca2+]/[Sr2+]=1/2时,不 加菌体系中形成大小无规则聚集成团的文石型晶体。加3种微生物体系则形成纺锤状或簇状文石型晶体,它们会在一定程 度上抑制锶离子进入碳酸钙晶格。因此,在钙离子浓度较大时,更易形成方解石物相,在锶离子浓度较大时,更易形成文 石物相。  相似文献   

微生物地球化学及其研究进展   总被引：11，自引：1，他引：10  

陈骏姚素平  季峻峰张传伦 李一良 《地质论评》2004,50(6):620-632

本文阐述了微生物地球化学的发展历程及微生物地球化学近期的研究进展。微生物可以促进许多地质地球化学过程,微生物地球化学作用主要表现在对岩石和矿物风化、元素迁移和聚集、有机质降解以及矿床形成等方面;还表现在部分控制大气成分,参与有机物和无机物循环并影响其全球分布,从而对地球形成以来物质在上部岩石圈、水圈和大气圈中的分布起到了重要的控制作用。微生物地球化学的成果已经从根本上修正了地球科学的核心观点,它的发展必将对地球科学和生命科学的发展起到重要的促进作用。  相似文献