东海陆架表层沉积物微生物多样性初步研究   总被引：2，自引：2，他引：0  

王健鑫  许贤恩  周链链  陶诗  刘雪珠  石戈 《海洋与湖沼》2012,43(4):805-813

提要从东海陆架DH-13站点的表层沉积物中提取环境基因组DNA,通过PCR和TA克隆构建了细菌和古菌的16SrDNA基因文库,并对克隆子文库进行系统发育分析。结果表明:细菌序列以变形菌门(Proteobacteria,41.5%)居多,其次是浮霉菌门(Planctomycetes,10.9%)、放线菌门(Actino-bacteria,8.9%)和CFBgroup(7.9%),另外还有少量酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verru-comicrobia)、硝化螺旋菌门(Nitrospira)和厚壁菌门(Firmicutes)等;古菌序列全部来自泉古生菌门(Crenarchaeota),其中Marine Crenarchaeotic Group Ⅰ(MGⅠ,93.6%)是绝对优势菌,还有少量序列属于Miscellaneous Crenarchaeotic Group(MCG)、Marine BenthicG roup C(MBGC)和Marine Benthic Group A(MBGA)。文库多样性分析结果显示东海陆架表层沉积物中有着丰富多样的微生物群落,细菌的多样性更为显著。  相似文献   

三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)4个野生群体ITS1序列分析及系统进化分析     

李远宁  马朋  刘萍  李琪 《海洋与湖沼》2012,43(4):768-774

对我国沿海4个野生群体三疣梭子蟹的核糖体RNA转录单元内间隔区ITS1基因片段进行克隆和测序,获得长度为515—571bp的ITS1核苷酸序列,在4个群体的三疣梭子蟹中共检测到变异位点56个,多态位点比例为9.5%,其中简约信息位点25个,共检测到40种单倍型。通过统计单倍型多态性、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数,结果显示:舟山群体多样性指数最高,其次是鸭绿江口群体和海洲湾群体,莱州湾群体最低。在三疣梭子蟹ITS1序列中共发现5种微卫星位点,AMOVA分析结果显示4个群体间的遗传差异显著。另外,将本研究所得序列结合GenBank数据库中十足目12种蟹ITS1序列构建系统进化树,系统树显示同属的不同种各自聚支,与形态学分类吻合。  相似文献   

氮磷比对浙江近岸浮游植物群落结构影响的实验研究   总被引：3，自引：1，他引：2  

黄伟  朱旭宇  曾江宁  陈全震  徐晓群  廖一波  刘晶晶  杜萍 《海洋学报》2012,34(5):128-138

通过室内受控实验方法研究不同氮磷比(N/P)(1:1,4:1,8:1,16:1,32:1,64:1,128:1和256:1)对浙江近岸秋季浮游植物群落结构的影响。结果表明,不同N/P对浮游植物群落的多样性指数、物种组成及演替过程均有显著影响。实验前期(6~12 d),低N/P组(1:1)H',Ma,J和D_r值均偏小,实验结束时(30 d)8:1和16:1组H',J和D_r值小于其他各组。实验初期(6 d),高N/P组(128:1和256:1)对硅藻生长有明显促进作用,实验结束时8:1和16:1组更适合硅藻生长。此外,各组中浮游植物群落都呈硅藻→甲藻的基本演替规律,外界环境条件的改变较之群落初始物种组成对浮游植物群落的演替顺序更具决定性作用。  相似文献   

厚壳贻贝(Mytilus coruscus)4 个群体遗传多样性的 ISSR 分析     

叶莹莹  徐梅英  郭宝英  吴常文 《海洋与湖沼》2012,43(1):113-119

采用ISSR分子标记对中国沿海4个厚壳贻贝群体进行遗传多样性和遗传结构分析,筛选出13条引物对4个群体120个样品共扩增出192个清晰的扩增位点,其中多态位点188个,多态位点百分率为97.92%,在物种水平上遗传多样性较为丰富。群体遗传多样性结果表明,PPL在81.77%—89.58%之间,H在0.2950—0.2818之间,I在0.4213—0.4447之间,其中福州群体多样性指数最低,温州群体最高。4个群体间GST为0.1519,Nm值范围介于3.0576—5.9714之间,AMOVA分析显示遗传变异主要来自群体内个体间。群体间遗传距离和聚类分析显示,温州群体和宁德群体首先聚为一支,再与舟山群体聚类,最后与福州群体聚在一起。表明地理位置较远的群体,遗传距离也较大,地理距离和遗传距离一致。  相似文献   

我国东南沿海厚壳贻贝(Mytilus coruscus)4 个群体线粒体16S rRNA 序列及遗传结构分析     

叶莹莹  徐梅英  郭宝英  吴常文 《海洋与湖沼》2012,43(2):376-381

采用16S rRNA基因测序技术,对我国东南沿海4个地理群体的厚壳贻贝遗传结构及遗传变异进行研究。通过对4个厚壳贻贝群体共83个个体的线粒体16S rRNA基因进行测序,获得1个长度为305bp的同源序列,共检测到150个多态位点,多态位点比例达49.18%。83个个体中共检测到28个单倍型,单倍型多样性指数(Hd)为0.810,核苷酸多样性指数(Pi)为0.09602,平均核苷酸差异数(K)达27.846。结果表明,我国东南沿海厚壳贻贝群体具有较高的遗传多样性水平。遗传结构检测结果表明,舟山群体、温州群体、宁德群体间的遗传距离小,遗传分化系数(Fst)为-0.0141—0.0059之间,群体内部无显著分化(P>0.05),而福州群体与其它群体间遗传距离较大,为0.215—0.217之间,遗传分化系数(Fst)也较大,为0.6217—0.6319之间,存在极显著的遗传分化(P<0.001)。  相似文献   

Ecological influence of exotic plants of Sonneratia apetala on understory macrofauna     

TANG Yijie  FANG Zhanqiang  CHEN Kang  ZHANG Zaiwang  ZHONG Yanting  AN Dong  YANG Xiongbang  LIAO Baowen 《海洋学报(英文版)》2012,31(5):115-125

The study aims to compare the differences of macrofauna communities of wetlands at 3-year-forest- age, 5-year-forest-age Sonneratia apetala artificial mangroves, 5-year-forest-age Kandelia candel ar- tificial mangroves with the same restoration background, and the naked tidal flat in the Qi’ao Island Mangrove Nature Reserve of Zhuhai, Guangdong Province. The results show that there were signif- icant structural differences in macrofauna communities among four kinds of habitats. The increase of biomass and species diversity of macrofauna at 3-year-forest-age S. apetala artificial mangroves was obviously faster than that at 5-year-forest-age K. candel artificial mangroves whose average tree height was close to that of 3-year-forest-age S. apetala artificial mangroves. The BIOENV analysis shows that it was related to the rapid growth of S. apetala, which rapidly changed the light level and shading conditions in the forests. The 5-year-forest-age S. apetala artificial mangroves had lower macrofauna species diversity but higher density and biomass than K. candel artificial mangroves with the same forest age. This was due to the rapid changes of physical and chemical properties of habitat soil by the ecological restoration of S. apetala artificial mangroves as well as the changed food sources possibly caused by the leaf-litter of such non-indigenous mangrove species S. apetala. However, further survey should be conducted on whether there are any negative ecological impacts of large-scale cultivation of S. apetala on macrofauna communities, so as to evaluate correctly S. apetala’s role in the restoration of coastal mangrove ecosystems.  相似文献   

Expressed sequence tag analysis and cloning of trehalose-6-phosphate synthase gene from marine alga Laminaria japonica (Phaeophyta)     

XUAN Jinsong  FENG Yanbin  WENG Manli  ZHAO Ge  SHI Jinfeng  YAO Jianting  WANG Xiuliang  GUO Baotai  QIAO Lixian  DUAN Delin  WANG Bin 《海洋学报(英文版)》2012,31(6):139-148

A high quality cDNA library was constructed from the brown alga Laminaria japonica,with the titer of 1.2×10 5 pfu/ml.The average insert size of the cDNA library is about 1.6 kb.From the cDNA library,591 cDNA clones were randomly selected and sequenced.As a result,574 EST(expressed sequence tag) sequences were generated.All of the 574 ESTs were submitted to the dbEST database section of GenBank with the accession numbers from CX942625 to CX943198.The cDNA library was screened with a α-32 p labeled 453 bp T P S gene probe,which is a partial sequence yielded from Porphyra yezoensis.Four positive cDNA clones were screened and the sequencing data showed that these four cDNA clones covered majority of L.japonica TPS cDNA sequence.After PCR amplification,sequencing and assembling,the entire ORF(open reading frame) sequence of the T P S gene was obtained,which was named LjTPS.LjTPS encodes a protein containing 908 amino acids with a calculated molecular mass of 101 674 Daltons.The LjTPS gene was successfully expressed in E.coli and rice.The LjTPS gene has potential application both in plant breeding to stress tolerance and in deciphering the T P S gene function and mechanism to stress tolerance.  相似文献   

Genetic variation and population evolutionary history of the giant mottled eel （Anguilla marmorata） based on the mito- chondrial D-loop gene     

《海洋科学》2012,36(5)

通过测定花鳗鲡∞nguilliamarmorata）海南群体（HN）和菲律宾群体（PH）共19尾个体的线粒体D．100p基因的核苷酸序列（约1017bp）,分析了花鳗鲡的种群遗传结构。结果表明：A、T、G、C4种核苷酸的平均含量分别为39．8％、28_3％、12．4％、19．4％,A＋T含量（68．1％）明显高于G＋C含量（31．8％）。所测序列中存在73个变异位点,共有18个单倍型。其中海南群体的单倍型多样度（删）、核苷酸多态性（Pi）、平均核苷酸差异数（纠分别为0．982、0．21577和219．655,而菲律宾群体的单倍型多样度、核苷酸多态性、平均核苷酸差异数分别为1．000、0．26728和271．821,两个群体之间平均遗传距离（P）为0．3203。结果表明2个群体遗传变异较大,菲律宾群体的遗传多样性较海南群体更加丰富。通过构建NJ分子系统树表明2个群体的亲缘关系较近。利用中性检验Tajima’s D（海南群体D=I．35345,P〉0．01;菲律宾群体D=0．79220,P〉0．01）和Fs（海南群体Fs=3．759;菲律宾群体Fs=2．231）探讨其种群历史,表明花鳗鲡群体进化过程种群数量较为稳定。  相似文献   

黄河三角洲泥质沉积区表层沉积物古菌分布特征     

王涛  萨仁高娃  李铁刚  马学恩  春梅  于心科 《海洋科学》2012,36(10):5-12

通过古菌16S rDNA 基因文库技术, 在黄河三角洲泥质沉积区6 个站位共获得568 个克隆, 经处理得到73 个OUTs(Operational Taxonomic Units), 在此基础上进行系统进化树以及统计学分析。结果显示, 在本次研究的6 个站位的表层沉积物中, 古菌序列均来自于泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota): 其中以Marine Crenarchaeotic Group I(MGI)为主, 仅含少量的Miscellaneous Crenarchaeotic Group (MCG), Marine Benthic Group B(MBGB)等其他种属。研究结果表明, 6 个不同站位的沉积物中只有5 个古菌类群, 群落分布较为均匀, 多样性不高。研究结果揭示了黄河三角洲表层沉积物中古菌横向分布特征, 并为今后在黄海区域开展古菌生态学研究提供了数据信息, 特别是在当前古菌研究主要集中在深海区域的背景下, 对相应的近海区域古菌研究具有一定的参考意义。  相似文献   

利用线粒体DNA 控制区部分序列分析不同地理群体大泷六线鱼遗传多样性   总被引：5，自引：2，他引：3  

李莹  王伟  孟凡平  李占东 《海洋科学》2012,36(8):40-46

利用PCR技本扩增了6个野生地理群体大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)线粒体DNA控制区的部分序列,共获得352bp碱基序列,31尾个体定义了22种单倍型.中性检验Fu's Fs值为-0.14881(P＜0.01).分子变异分析(AMOVA)结果显示:遗传分化指数Fst=0.7398(P＜0.01),73.98％的变异来自群体间,26.02％的变异来自群体内.根据不同个体间的遗传距离构建了NJ和MP系统树,两种方法获得了相似的进化树.其中青岛群体与旅顺群体的一部分个体单独成支,其它群体聚为1支.研究结果表明,大泷六线鱼群体遗传多样性较为丰富,群体间发生了较大的遗传分化,证明线粒体DNA控制区基因可用于大泷六线鱼群体内及群体间遗传多样性的分析.  相似文献