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海洋球石藻Emiliania huxleyi及其特异性裂解病毒E. huxleyi virus (EhVs)在调节海洋碳、硫循环及全球气候变化中起着重要作用，也是开展真核生物病毒–宿主相互作用研究的良好模型系统之一。为了探究病毒感染条件下E. huxleyi基因表达水平的变化，以海洋球石藻E. huxley–BOF 92及其专一性裂解病毒EhV-99B1为研究对象，利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术，分别对E. huxleyi病毒感染组(Exp)和非感染对照组(Con)6 h和45 h的藻细胞样品进行转录组测序分析。共得到32 909条平均长度为1 153 bp的基因。病毒感染6 h和45 h分别得到2 617和5 229个差异表达基因，其中共差异表达基因465个。随机选取10条差异表达基因，采用qRT-PCR进行实验验证，结果证实转录组分析可靠。GO功能注释和KEGG通路富集，发现大量基因与氧化应激反应、脂类代谢、碳水化合物代谢及信号转导等代谢过程相关，其中变化最显著的是谷胱甘肽代谢途径。从病毒感染球石藻转录组中筛选出部分与氧化应激反应相关的基因，其中9个基因显著上调，11个基因显著下调，表明宿主能够通过体内的氧化应激反应响应病毒胁迫。 相似文献
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为发掘弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏功能基因、开发环境检测标记基因,本研究采用RNA-Seq技术分别测定了性成熟雌、雄弓背青鳉肝脏转录组,并获得80095044和87043984条clean reads,合并拼接出49912个unigenes(N50=2394bp)。基因表达差异分析显示在雌、雄弓背青鳉肝脏组织中存在571个差异基因(DEGs),其中364个在雄鱼中高表达,207个在雌鱼中高表达。GO和KEGG分析表明差异基因主要参与激素合成、免疫反应、氧化还原反应及卵黄发生等生物学过程。进一步,在转录组中筛选到了多个环境雌激素相关标记基因(vtgs,chgs,er,cyp450等),且这些基因在雌鱼肝脏中的表达水平显著高于雄鱼。研究结果丰富了弓背青鳉的基因资源,为研究基因功能提供了数据,也有助于进一步研究鱼类肝脏在不同性别之间的功能。 相似文献
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The aquaculture of sea cucumber Apostichopus japonicus (Echinodermata, Holothuroidea) has grown rapidly during recent years and has become an important sector of the marine industry in Northern China. However, with the rapid growth of the industry and the use of non-standard culture techniques, epidemic diseases of A. japonicus now pose increasing problems to the industry. To screen the genes with stress response to bacterial infection in sea cucumber at a genome wide level, we constructed a cDNA library from A. japonicus Selenka (Aspidochirotida: Stichopodidae) after infecting them with Vibrio sp. for 48 h. Total RNA was extracted from the intestine, mesentery and coelomocyte of infected sea cucumber using Trizol and mRNA was isolated by Oligotex mRNA Kits. The ligated cDNAs were transformed into DH5α, and a library of 3.24×105 clones (3.24×105 cfu mL-1) was obtained with the sizes of inserted fragments ranging from 0.8 to 2.5 kb. Sequencing the cDNA clones resulted in a total of 1106 ESTs that passed the quality control. BlastX and BlastN searches have identified 168 (31.5%) ESTs sharing significant homology with known sequences in NCBI protein or nucleotide databases. Among a panel of 25 putative immunity-related genes, serum lectin isoform, complement component 3, complement component 3-like genes were further studied by real-time PCR and they all increased more than 5 fold in response to Vibrio sp. challenge. Our library provides a valuable molecular tool for future study of invertebrate immunity against bacterial infection and our gene expression data indicates the importance of the immune system in the evolution and development of sea cucumber. 相似文献
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湖南省传统聚落景观基因的空间特征 总被引：8，自引：2，他引：6
湖南省有着悠久的历史文化和优越的自然地理环境,是全国传统聚落相对集中和保存较为完好的省区之一.本文以国家和湖南省政府正式公布的30 个历史文化名村名镇为研究对象,结合传统聚落景观基因理论,建立了包括建筑特征、文化特征、环境特征、聚落布局特征4 大类共14 项指标的传统聚落景观基因识别指标体系;根据要素提取法、图案分析法、结构提取法、含义提取法等景观基因提取方法,建立了湖南省传统聚落景观基因的识别流程,并进行了传统聚落景观基因的识别与提取.在此基础上,从建筑基因的特征、选址布局基因的特征、图腾文化基因的特征3 个角度分析了该省传统聚落景观基因的空间特征.本文对湖南省传统聚落的保护与合理、可持续开发利用具有参考意义,对开展全国其他省份传统聚落的相关研究同样具有借鉴意义. 相似文献
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位于甲壳动物眼柄的神经内分泌器官在调控甲壳动物的繁殖过程中发挥着重要作用。已有证据表明“眼柄-促雄性腺-精巢”内分泌轴调控十足目雄性甲壳动物精巢的发育,但是该过程的分子机制仍不清楚。本研究以凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）为实验对象,研究了切除雄性对虾的单侧眼柄对促雄性腺内胰岛素样促雄性腺素基因（LvIAG）和精巢内基因表达的影响。结果表明,切除单侧眼柄后,LvIAG基因的表达明显上调;比较了眼柄切除前后对虾精巢的转录组数据,共有267个基因的表达量出现明显变化。对精巢内差异表达基因进行功能分析发现,多个参与性腺发育和内分泌调控的基因发生表达上调,如Doublesex（Dsx）、保幼激素环氧水解酶（juvenile hormone epoxide hydrolase,JHEH）、细胞色素P450酶系基因以及泛素化系统相关基因等。对差异表达基因进行荧光定量PCR验证,结果与转录组结果一致,证实了转录组结果的可靠性。研究结果表明,对虾眼柄调控精巢的发育很可能是通过影响促雄性腺中LvIAG的表达,进而调控精巢内Dsx、JHEH、内分泌及泛素化系统相关基因的表达实现的。研究结果对深入理解甲壳动物精巢发育的分子调控机制提供了重要依据,对甲壳动物的人工繁育也具有重要指导意义。 相似文献
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Bacteria appeared early in the evolution of cellular life on planet Earth, and therefore the universally essential genes or biological pathways found across bacterial domains may represent fundamental genetic or cellular systems used in early life. The essential genes and the minimal gene set required to support bacterial life have recently been experimentally and computationally identified. It is, however,still hard to estimate the ancient genes present in primitive cells compared to the essential genes in contemporary bacteria, because we do not know how ancestral primitive cells lived and proliferated, and therefore cannot directly evaluate the essentiality of the genes in ancestral primitive cells. The cell wall is normally essential for bacterial proliferation and cellular division of walled bacterial cells is normally highly controlled by the essential FtsZ cell division machinery. But, bacteria are capable of reverting to their cell wall deficient ancestral form, called the "L-form". Unlike "normal" cells, L-forms divide by a simple physical mechanism based on the effects of membrane dynamics, suggesting a mode of primitive proliferation before the appearance of the cell wall. In this review, we summarize the experimental and computational investigations of minimal gene sets and discuss the minimal cellular modules required to support the proliferation of primitive cells, based on L-form proliferation. 相似文献
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三氮是我国地下水中典型污染物,其在包气带和含水层中的迁移转化过程受到高度关注。近几年,地下水位波动带中的三氮迁移转化已经成为新的研究领域。在综合运用文献计量分析法,定量分析相关研究趋势的基础上,系统总结地下水位波动带形成及特点,梳理波动带中三氮迁移转化过程及生物地球化学过程最新研究表述及成果,并对今后可能的研究热点和方向进行了展望。现有研究表明:水位波动带中环境指标如土壤含水率、氧化还原电位、溶解氧和有机质含量均表现出一定的分带性规律,微生物菌群结构和功能基因更多样化,并呈现一定的分布特征。随着地下水位波动,包气带中的三氮易浸溶进入地下水并发生迁移。地下水位上升,硝化作用减弱,反硝化作用增强;地下水位下降,硝化作用增强,反硝化作用减弱。为完善水位波动带三氮迁移转化过程研究,应进一步关注:（1）将水化学演化分析与分子生物学高通量测序方法相结合,深入探究水位波动带三氮转化与微生物作用机理;（2）除关注硝化、反硝化作用外,增加异化还原、同化还原和厌氧氨氧化等作用过程的研究;（3）细化分析更多情境、更多影响因素的水位波动过程,识别水位波动带三氮转化的关键影响要素。 相似文献
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本文以长牡蛎27个幼虫发育阶段个体以及成体的5个组织织作为实验材料,采用实时荧光定量PCR技术对其Dmrt家族中的2个基因(CgDsx和CgDmrtA2)的表达模式以及在性别决定中的作用进行了研究。结果表明,长牡蛎CgDsx基因在胚胎发育初期有大量表达,从囊胚期到担轮幼虫初期表达量最高,之后表达量开始降低,在D形幼虫后一直维持在极低的表达水平,此后仅在成体的雄性性腺中具有高度表达。由此可见,CgDsx可能也对早期胚胎发育起一定调控作用,同时参与了性别决定。CgDmrtA2在长牡蛎所有组织中均有表达,各组织间表达差异不显著,在D形幼虫至壳顶后期表达量较高,说明它参与了胚胎中后期的发育过程,可能与神经的形成相关,但是其具体功能还需要进一步研究。 相似文献
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制备鳗弧菌(Vibrio anguillarum)全菌灭活疫苗浸泡免疫牙鲆(Paralichthys olivaceus),分别于免疫后0h、4h、8h、12h、24h、48h、72h、96h、7d、14d取脾、头肾、鳃组织,提取m RNA,应用实时荧光定量PCR法检测3种组织中Toll-like受体(TLR)2、TLR5M、髓样分化因子My D88、核转录因子(NF)-κB、白介素(IL)-6、干扰素(IFN)γ、趋化因子CXC、补体C3、热休克蛋白(HSP)70、T细胞表面分子CD4、自然杀伤细胞增强因子(NKEF)十一种免疫相关基因的表达变化。结果显示,免疫后除TLR5M、NKEF以外其它九种基因表达均显著上调,表达高峰出现在24—72h,基因表达量最高值是对照组的2—12倍;TLR5M的表达量与对照组无显著差异;NKEF基因的表达量出现显著下调趋势,下调峰值出现在24h,为对照组的0.49倍。在脾脏和肾脏中,NF-κB和CD4基因的表达峰值高于鳃;在脾脏和鳃中,IL-6、HSP70和NKEF基因的表达峰值均高于头肾;IFNγ、CXC、C3和My D88在三个组织中的表达峰值差异不大。在三个组织中每个基因表达峰值出现的时间基本一致。结果表明,浸泡免疫后,IL-6和HSP70基因在三个组织中的表达变化迅速、且丰度高,可以作为疫苗浸泡免疫后的效果评价指标;除肾和脾主要的免疫器官外,鳃也是浸泡免疫后重要的检测组织。研究结果为浸泡免疫疫苗效果的评价积累了数据。 相似文献