病毒感染海洋球石藻Emiliania huxleyi的转录组分析     

田雪  蔡伟聪  苏金净  吴书燕  刘静雯 《海洋学报》2019,41(12):103-112

海洋球石藻Emiliania huxleyi及其特异性裂解病毒E. huxleyi virus (EhVs)在调节海洋碳、硫循环及全球气候变化中起着重要作用，也是开展真核生物病毒–宿主相互作用研究的良好模型系统之一。为了探究病毒感染条件下E. huxleyi基因表达水平的变化，以海洋球石藻E. huxley–BOF 92及其专一性裂解病毒EhV-99B1为研究对象，利用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术，分别对E. huxleyi病毒感染组(Exp)和非感染对照组(Con)6 h和45 h的藻细胞样品进行转录组测序分析。共得到32 909条平均长度为1 153 bp的基因。病毒感染6 h和45 h分别得到2 617和5 229个差异表达基因，其中共差异表达基因465个。随机选取10条差异表达基因，采用qRT-PCR进行实验验证，结果证实转录组分析可靠。GO功能注释和KEGG通路富集，发现大量基因与氧化应激反应、脂类代谢、碳水化合物代谢及信号转导等代谢过程相关，其中变化最显著的是谷胱甘肽代谢途径。从病毒感染球石藻转录组中筛选出部分与氧化应激反应相关的基因，其中9个基因显著上调，11个基因显著下调，表明宿主能够通过体内的氧化应激反应响应病毒胁迫。  相似文献   

雌、雄弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏转录组比较分析     

董忠典  黎学友  廖健  张宁  郭昱嵩  王中铎 《海洋与湖沼》2020,51(5):1203-1213

为发掘弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏功能基因、开发环境检测标记基因,本研究采用RNA-Seq技术分别测定了性成熟雌、雄弓背青鳉肝脏转录组,并获得80095044和87043984条clean reads,合并拼接出49912个unigenes(N50=2394bp)。基因表达差异分析显示在雌、雄弓背青鳉肝脏组织中存在571个差异基因(DEGs),其中364个在雄鱼中高表达,207个在雌鱼中高表达。GO和KEGG分析表明差异基因主要参与激素合成、免疫反应、氧化还原反应及卵黄发生等生物学过程。进一步,在转录组中筛选到了多个环境雌激素相关标记基因(vtgs,chgs,er,cyp450等),且这些基因在雌鱼肝脏中的表达水平显著高于雄鱼。研究结果丰富了弓背青鳉的基因资源,为研究基因功能提供了数据,也有助于进一步研究鱼类肝脏在不同性别之间的功能。  相似文献   

海洋蛭弧菌DA5全基因组测序及序列分析     

陆友云  薛明  李志桦  温崇庆 《热带海洋学报》2018,37(6):112-119

为深入挖掘和利用海洋蛭弧菌及其基因资源, 本研究利用Illumina HiSeq测序平台对一株属于嗜盐噬菌弧菌(Halobacteriovorax)的海洋蛭弧菌DA5进行了全基因组测序, 对基因组进行组装、基因预测和功能注释, 并与其他8株蛭弧菌进行了比较基因组分析。结果显示: DA5基因组大小为3.27Mb, GC含量为36.5%, 预测编码基因3175个。在DA5基因组中注释到303个基因具有直系同源蛋白簇分类, 与代谢通路相关基因1239个。比较基因组分析表明: DA5符合海洋蛭弧菌基因组的基本特征, 与其他8株蛭弧菌共有467个同源基因家族, 而DA5特有基因为266个。DA5中与细胞运动相关基因62个, 其中编码甲基受体趋化蛋白、鞭毛蛋白、鞭毛马达及其开关蛋白基因均与嗜盐噬菌弧菌BAL6_X的对应基因亲缘关系最近。对DA5全基因组序列的注释和功能分析, 为深入研究其捕食特性和作用机制, 并更有效地利用其防控海水养殖细菌病害提供了基础。  相似文献   

微生物絮凝剂投加方式对好氧颗粒污泥性能的影响     

宋志伟  王秋旭  宁婷婷  任南琪  李立欣 《吉林大学学报(地球科学版)》2015,45(1):247-254

为提高好氧污泥颗粒化速度, 采用微生物絮凝剂, 探讨在好氧颗粒污泥培养过程中微生物絮凝剂的投加方式对颗粒污泥理化性能及生物降解效能的影响。结果表明:微生物絮凝剂每隔2、3、5、7 d投加一次时, 均可培养出成熟的好氧颗粒污泥, 微生物絮凝剂的投加方式对好氧污泥颗粒化的影响较显著;微生物絮凝剂最佳投加方式为每5天投加一次, 此时颗粒化速度快, 颗粒形成时间由未投加的60 d缩短为42 d, 好氧颗粒污泥疏水性好, 污泥体积指数稳定在40 mL/g左右, 沉降速度达35.06 m/h, COD、氨氮和总磷的去除率分别为96.55%、93.29%和87.29%。  相似文献   

Additions to the echinoid fauna of New Zealand     

D. G. McKnight 《新西兰海洋与淡水研究杂志》2013,47(1):90-110

Seven species of echinoids are added to the New Zealand fauna, two being described as new species of the genera Caenopedina and Spatangus Described species, new to the fauna, are Gracilechinus multidentatus (H. L. Clark), Pourtalesia laguncula A. Agassiz, Hemiaster expergitus gibbosus A. Agassiz, and Gymnopatagus magnus A. Agassiz and H. L. Clark. Fragments of Spatangus, possibly hybrid S. thor Fell, and fragments of Echinocardium, almost certainly not E. cordatum (Pennant), are also described.  相似文献   

阿特拉津低温降解菌的筛选及降解机理研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

刘娜  毕海涛  任何军  姬克宁  郑松志 《吉林大学学报(地球科学版)》2009,39(5)

以阿特拉津为唯一氮源, 在低温条件下(10℃),从吉林市污水处理厂的活性污泥中分离、筛选出1株能够高效降解地下水中阿特拉津的菌株W4.通过16S rDNA碱基测序和比对,初步确定该菌为假单胞菌属;通过室内降解条件优化,确定W4的最佳降解条件:初始pH范围为7～9,最佳碳源为蔗糖和乳糖,最佳碳源加入量为0.4 g/L.在最佳降解条件下,W4对初始质量浓度为34 mg/L、22 mg/L和10 mg/L的阿特拉津的生物降解反应符合零级反应动力学方程,对初始质量浓度为5 mg/L的阿特拉津的生物降解反应符合一级反应动力学方程.GC/MS分析结果显示,菌株W4降解阿特拉津遵循氯水解途径,代谢产物为2-羟基-4-乙胺基-6-异丙胺基-1,3,5-三嗪.  相似文献   

Phylogeny of the Sepia officinalis species complex in the eastern Atlantic extends the known distribution of Sepia vermiculata across the Benguela upwelling region     

AJE Healey  NJ McKeown  WM Potts  CL de Beer  W Sauer  PW Shaw 《African Journal of Marine Science》2017,39(3):307-313

Accurate species identification and biogeographic characterisation are fundamental for appropriate management of expanding cephalopod fisheries. This study addresses this topic within the common cuttlefish Sepia officinalis species complex (S. officinalis, S. hierredda and S. vermiculata), with an emphasis on occurrence in African waters. Tissue samples from the currently presumed distributions of S. vermiculata and S. hierredda (from South Africa and Ghana/Angola, respectively) were sequenced for the cytochrome c oxidase subunit I (COI) and the cytochrome b (cytb) genes of the mitochondrial genome and then compared to existing S. officinalis sequences. Three highly divergent and reciprocally monophyletic clades, corresponding to S. officinalis, S. hierredda and S. vermiculata, were resolved, representing the first molecular confirmation of the distinct species status of S. hierredda and S. vermiculata. The sequences also revealed that, contrary to expectations based on presently published information, all samples from southern Angola were S. vermiculata. These results indicate that the range of S. vermiculata extends beyond the currently described northern limit and that S. hierredda and S. vermiculata may be indiscriminately harvested in Angolan waters. Finer-scale patterns within S. vermiculata phylogeography also indicate that the Benguela Current System and/or other environmental factors serve to isolate northern and southern stocks.  相似文献   

Railway network design with multiple project stages and time sequencing   总被引：4，自引：0，他引：4  

Michael Kuby  Zhongyi Xu  Xiaodong Xie 《Journal of Geographical Systems》2001,3(1):25-47

This paper presents a spatial decision support system for network design problems in which different kinds of projects can be built in stages over time. It was developed by the World Bank and China's Ministry of Railways to plan investment strategies for China's overburdened railway system. We first present a mixed-integer program for the single-period network design problem with project choices such as single or multiple tracks and/or electrification with economies of scale. Then, because such projects can be built all at once or in stages, we developed a heuristic backwards time sequencing procedure with a cost adjustment factor to solve the “project staging” problem. Other innovations include a preloading routine; coordinated modeling of arcs, paths, and corridors; and a custom-built GIS. Received: 5 May 2000/Accepted: 11 August 2000  相似文献   

土壤包气带强化反应层脱氮的控制因素与性能研究     

孙昭玥  郑西来  郑天元  栾永霞  辛佳 《地学前缘》2021,28(5):136-145

包气带作为防止地下水硝酸盐污染的天然屏障,其反硝化效果通常受到碳源的限制。针对地下水硝酸盐污染防治技术现状,本文采用Ca(OH)₂处理的玉米芯作为反硝化的碳源材料,构建包气带强化反应层,用响应曲面法研究硝酸盐浓度、含水量和温度的交互作用对脱氮性能影响,并用硝态氮去除率、亚硝态氮累积、pH值变化以及溶解性有机碳(dissolved organic carbon, DOC)淋失通量综合评价脱氮性能,最后采用高通量测序揭示脱氮层中微生物变化。研究结果表明:温度、含水量以及温度和含水量交互作用对硝态氮去除率影响显著,其中温度是反硝化过程中最关键的因素;系统运行74天后,硝态氮去除率达到50%,亚硝态氮累积量(以N计)大多低于3 mg/L,pH值维持在7.0左右,DOC淋失通量(以C计)介于0.10.2 mg/(cm²·d);高通量测序发现,脱氮层中微生物的丰富度降低,而与反硝化和碳分解有关的微生物相对丰度提高,在碳源的刺激下微生物向有利于脱氮的方向演变。  相似文献   

长牡蛎(Crassostrea gigas)中ChIP-seq 方法的建立     

展望  王文  施威扬 《海洋与湖沼》2015,46(6):1557-1563

染色质免疫共沉淀技术(ChIP)作为研究DNA 结合蛋白与DNA 相互作用最有力的工具, 越 来越受到重视。但目前该技术在牡蛎等贝类中的应用尚未见相关报道。为了研究长牡蛎早期胚胎发 育过程中表观遗传信息的变化模式, 本文在长牡蛎胚胎中探索并建立了一套完整的染色质免疫共沉 淀方法, 构建了高质量的高通量测序文库, 首次获得了牡蛎全基因组水平的组蛋白H3K4me3 修饰分 布, 从而为研究牡蛎的表观遗传调控奠定了基础。  相似文献