基因间隔序列(ITS)在水产动物种质鉴定和遗传多样性分析中的应用   总被引：1，自引：0，他引：1  

徐田军  刘楚吾  刘丽  董秋芬  杨叶欣 《广东海洋大学学报》2006,26(1):84-88

近年来,由于国内外市场对水产品的需求不断增长,水产业因此获得了长足的发展,许多水产种类的养殖量有了大幅度的增加,在给我国国民经济的增长作出贡献的同时,已经不可避免的带来了许多弊端,一些方面甚至在一定程度上会影响未来水产业的发展。其中最应该引起关注的是由于目前捕捞强度的增加、生态环境的恶化等,导致许多种群的数量大量减少,产量也随之降低,种质资源遭到前所未有的破坏和衰退。因此,种质鉴定、种群分析及保护和遗传多样性的研究已经成为当前水产研究的当务之急[2-7]。随着分子生物学技术的发展,理论与实际应用以前所未有的速度…  相似文献   

蛤蜊科3种贝类16S rRNA基因片段及ITS2核苷酸序列分析     

孟学平  高如承  董志国  阎斌伦  程汉良  李艳杰  陈建安 《广东海洋大学学报》2006,26(4):8-13

利用PCR技术分别扩增连云港及启东沿海蛤蜊科的西施舌(Coelomactra antiquata)、中国蛤蜊(Mactrachinensis)和四角蛤蜊(Mactra veneriformis)3种双壳贝的16S rRNA基因片段和ITS2核苷酸序列,测序后用DNA star软件分析了核苷酸差异。结果显示:三种贝类16S rRNA基因片段长度相同,均为306bp(去除引物),核苷酸存在多态性,共有45个变异位点,54个核苷酸发生了变异,全部为碱基置换。西施舌与中国蛤蜊此片段核苷酸的同源性为88.9%,与四角蛤蜊的同源性为88.6%,中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为90.6%。三种蛤蜊ITS2序列分别为390 bp(西施舌)4、41 bp(四角蛤蜊)和466 bp(中国蛤蜊),存在长度多态性,ITS2核苷酸差异分析结果显示,西施舌与中国蛤蜊的同源性为70.9%-71.1%,西施舌与四角蛤蜊的为70.5%-71.0%,中国蛤蜊与四角蛤蜊的同源性为88.1%-88.8%。ITS2序列分析结果与16S rRNA基因片段分析结果一致,2种分子分析法均显示中国蛤蜊与四角蛤蜊的亲缘关系近。  相似文献   

番茄形状的“控制者”     

《海洋世界》2008,(4):9-9

俄亥俄州立大学的农作物科学家们克隆了控制番茄形状的基因。新发现的基因被命名为SUN，是迄今为止发现的第二个控制番茄多种形状的基因。番茄是形状和大小最为多样化的种植蔬菜，有的大且分瓣，有的呈梨形，有的为椭圆形，有的像辣椒。不同形态的番茄皆由一种很小的圆形野生植物进化而来。目前，在基因水平上研究番茄进化过程中的形状转变仍然少见。  相似文献   

Microsatellite variation between Japanese eel （Anguillajaponica） and European eel （Anguilla anguilla）     

梁俊李道季  卢莉琼 《中国海洋湖沼学报》2005,23(4):448-454

Allelic variation in a total of 7 microsatellites was examined between elvers of freshwater eels （Anguillajaponica and Anguilla anguilla）. The number of alleles at these loci ranged from 8 to 26. A single test of each locus revealed significant deficits of heterozygotes （P〈0.01）. Significant departure from expectations of Hardy-Weinberg equilibrium （HWE） was found for all loci within four subpopulations of A. japonica, which opposes the panmixia hypothesis of Schmidt. Also exact tests of population differentiation based on allelic frequency distribution disagree the hypothesis of random distribution of individuals among populations. Population structure among four populations of A. japonica was revealed with FST value of 0.009 8 （P=-0.000 48; 10 000 iteration）. Pairwise matrixes of FST and RST showed a significant difference between two distantly related species-A, japonica and A. anguilla. Divergent time of the two species calculated by Goldstein method is over 2 million years. The results may challenge the Schmidt＇s theory about the distribution of freshwater eels.  相似文献   

一株卓贝尔氏菌F13-1好氧反硝化特性及其反硝化基因的初步研究          下载免费PDF全文

李小义  王丽萍  赖其良  李登峰  邵宗泽 《应用海洋学学报》2016,35(1):122-129

为获得高效好氧反硝化细菌,并研究这些细菌的脱氮特性以及好氧反硝化机理,采集了近海表层沉积物进行富集培养,分离获得一株具有高效好氧反硝化能力的菌株F13-1.结合生理生化特征及16S rRNA基因序列分析,初步鉴定菌株F13-1为卓贝尔氏菌(Zobellella sp.).在以葡萄糖为碳源,C/N比值为15,盐度为30,摇床转速160 r/min,p H值为7,28℃的最优脱氮条件下菌株F13-1脱氮效果较好,分别能将100 mg/dm3硝酸盐和亚硝酸盐在24和16 h内彻底脱除,脱除速率分别为:5.87 mg/(dm3·h)和5.97 mg/(dm3·h).并且菌株F13-1对高浓度亚硝酸盐具有较好的耐受性,能在高浓度亚硝酸盐存在条件下正常生长及脱氮,156 h内能将400 mg/dm3亚硝酸盐脱除完全.基因组分析表明,该菌株具有完整的反硝化基因簇,包括nap、nir、nor和nos等共17个基因.研究结果表明该菌株具有高效好氧反硝化特性,在养殖废水处理中具有较好的应用潜力.  相似文献   

马氏珠母贝细胞周期分裂基因CDC45基因特征、表达量与性状相关分析     

《广东海洋大学学报》2016,(6)

采用RACE技术克隆了马氏珠母贝细胞周期分裂基因45(Pm-CDC45)全长序列,利用荧光定量PCR检测该基因在闭壳肌、鳃、性腺与外套膜组织的表达量,并估计基因表达量与金黄壳色第3代选育群体壳高性状的相关性。结果表明:Pm-CDC45基因序列全长为2 091 bp,5′非编码区(5′UTR)为157 bp,3′非编码区(3′UTR)为34 bp,其中开放阅读框为1 967 bp,编码655个氨基酸;Pm-CDC45在各组织的相对表达量存在显著差异(P0.05),其中闭壳肌表达量最高,鳃和性腺为其次,外套膜最低;Pm-CDC45基因相对表达量与选育群体壳高性状与存在显著的正相关(r=0.531,P0.05);马氏珠母贝Pm-CDC45为影响壳高性状基因。  相似文献   

无乳链球菌sodA基因的克隆、序列分析及原核表达载体构建     

《广东海洋大学学报》2016,(3)

无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)是引起我国南方罗非鱼链球菌病的主要病原之一,SodA是无乳链球菌重要的毒力因子之一。根据链球菌sod A基因保守区设计引物,采用PCR扩增sod A基因部分序列,反向PCR和巢式PCR扩增其侧翼序列,成功获得无乳链球菌sod A基因。无乳链球菌sod A基因序列全长为699 bp,含开放阅读框609 bp,可编码202个氨基酸,演绎的SodA蛋白主要由α螺旋和不规则卷曲构成。BLAST分析表明,该蛋白氨基酸序列与犬链球菌(S.canis)及副乳房链球菌(S.parauberis)相应蛋白的氨基酸序列相似性分别高达80%和79%。将sodA基因克隆至原核表达载体pET28a上成功构建了重组质粒p ET28a-sod A,导入Escherichia coli BL21(DE3),诱导表达的重组蛋白质分子质量约为24 ku,主要以包涵体形式存在于表达菌中。  相似文献   

哈维氏弧菌qnr基因的克隆及原核表达条件优化     

《广东海洋大学学报》2016,(1)

根据Gen Bank中公布的哈维氏弧菌qnr基因序列设计引物扩增哈维氏弧菌qnr序列,将其插入p ET-32a质粒,构建原核表达载体p ET32-qnr,并对诱导温度、时间、IPTG浓度等条件进行优化。结果表明,哈维氏弧菌qnr全长651 bp,编码216个氨基酸;重组蛋白优化条件为于28℃、IPTG浓度为0.05 mmol/L条件下诱导6 h。  相似文献   

青海湖1.8万年以来甲藻Dinoflagellate群落变化及其古气候环境的指示意义          下载免费PDF全文

杨渐  蒋宏忱  吴耿  李高远  侯卫国  董海良 《盐湖研究》2016,24(2):83-91

近年来,有学者通过古DNA方法成功地重建了海洋沉积记录中古微生物群落变化,并借此反演了当地古环境—气候变化。然而,此种方法对于陆地湖泊沉积记录是否适用仍然有待研究。采用聚合酶链式反应(PCR,Polymerase Chain Reaction)、变性梯度凝胶电泳(DGGE,Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)与实时荧光定量聚合酶链式反应(Q-PCR,Quantitative PCR)相结合的综合分析技术手段,系统研究青海湖5.8 m(时间跨度为~18 500 a)沉积柱中的甲藻(Dinoflagellate)多样性和丰度变化。研究结果显示,青海湖Dinoflagellate藻18S rRNA基因序列主要与海洋型藻类Woloszynskiahalophila和Scrippsiellahangoei相近(~98%序列相似性)。定量Q-PCR结果显示,每克沉积物含有dinoflagellate藻类18S rRNA基因丰度范围为2.27×10~3~8.55×10~6拷贝。另外,Dinoflagellate藻类18S rRNA基因丰度与总有机碳含量成显著正相关(R=0.408,p=0.0001)。对比分析揭示,较高的藻类丰度对应高总有机碳含量和较低的可溶解性盐电导率;反之,较低的藻类丰度对应较高的可溶解性盐电导率和较低的总有机碳含量。在青海湖区,总有机碳指示着季风降雨变化,并间接地指示着外源输入和湖泊营养状况变化,然而可溶性盐电导率则指示着湖泊盐度变化。综上所述,青海湖沉积柱Dinoflagellate藻类丰度可能反应了历史时期湖泊营养状况和盐度波动情况。  相似文献   

红鳍笛鲷(Lutjnaus erythropterus)酪氨酸酶相关蛋白1基因克隆及表达分析     

张艳苹  王中铎  郭昱嵩  刘丽  刘楚吾 《海洋与湖沼》2016,47(2):390-399

本文利用RACE技术克隆获得红鳍笛鲷(Lutjnaus erythropterus)酪氨酸酶相关蛋白1基因全长,并利用生物信息学方法对该基因的m RNA序列特征、氨基酸序列特征、分类及系统发生进行了分析。结果表明,在红鳍笛鲷中,酪氨酸酶相关蛋白1基因含有TYRP1a和TYRP1b两个拷贝,其中TYRP1a序列全长3178bp,开放阅读框(ORF)长1566bp,5?端235bp,3?端1377bp;TYRP1b基因c DNA全长1871bp,ORF区长1656bp,5?端89bp,3?端126bp。序列分析发现,TYRP1a和TYRP1b基因与其它物种的同源基因保守性较高,尤其是酪氨酸酶基因家族典型的酶活性位点序列在脊椎动物中具有高度保守性。进化分析发现,TYRP1a和TYRP1b基因的种间同源性高于两个基因间的同源性。荧光定量PCR数据分析表明,TYRP1a和TYRP1b基因都在眼睛部位具有最高表达,TYRP1b在黑色皮肤也有较高表达。结果可为进一步阐述TYRP1基因在红鳍笛鲷身体和眼睛部位的色素合成机制提供一定的理论基础。  相似文献