东海几种鳗鲡目鱼类DNA条形码研究          下载免费PDF全文

宁子君  刘玉萍  高天翔  蒋日进  杨天燕 《海洋科学》2023,47(4):126-136

本研究采集了分布于中国东海的前肛鳗(Dysomma anguillaris)、短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)、艾氏蛇鳗(Ophichthus evermanni)、海鳗(Muraenesox cinereus)、黑尾吻鳗(Rhynchoconger ectenurus)、微鳍新鳗(Neenchelys parvipectoralis)、大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)、梅氏美体鳗(Ariosoma meeki)和星康吉鳗(Conger myriaster)9种鳗鲡目(Anguilliformes)鱼类,采用PCR技术扩增了线粒体COI基因片段序列, 结合GenBank数据库中下载的5种鳗鲡目鱼类同源序列, 分析比较了序列组成和差异, 并以光海鳝(Muraena argus)和细点海鳝(Muraena augusti)为外群, 基于最大似然法构建了鳗鲡目中6科11属14种鱼类的系统发育树, 探讨了该类群鱼类的系统进化关系。结果显示:72条序列共检测到43种单倍型, 4种碱基含量分别为27.4%(T)、28.2%(C)、25.8%(A)、18.6%(G), 平均A+T含量(53.2%)高于G+C含量(46.8%), 表现出明显的碱基组成偏好性。基于K2P(Kimura 2-parameter)模型计算得出不同种间的平均遗传距离为0.218 8, 不同属间的平均遗传距离为0.225 0, 不同科间的平均遗传距离为0.232 7, 分类阶元越高, 遗传距离越大。系统进化树显示蛇鳗科物种都能够形成独立的分支, 并得到有效的区分, 而其他类群存在混杂现象。以上结果表明, 由于鳗鲡目鱼类种类多且分布广,线粒体COI基因只适用于较低分类阶元(如科内属间、属内种间)间的物种鉴定, 该类群鱼类系统发育关系还有待于结合多种DNA条形码进行深入探讨。  相似文献   

泥蚶低氧胁迫后血细胞转录组及耐低氧相关基因的筛选与分析          下载免费PDF全文

张阳  金铭  刘宏星  郑赟  詹宇  李凌云  程浩翔  包永波  彭志兰  张晓林 《海洋科学》2023,47(1):34-44

泥蚶(Tegillarcagranosa)是一种比较特别的具有较强耐低氧能力的贝类,但目前其耐低氧分子调控机理尚不知。为探究泥蚶耐受低氧的分子调控机理,本研究对低氧胁迫下的泥蚶(Tegillarca granosa)血细胞转录组中富集的信号通路及生物学过程进行分析,并初步筛选分析耐低氧基因。对低氧(DO=0.5 mg/L)胁迫6、24、72、120 h的泥蚶血细胞进行转录组测序(RNA-seq)并开展生物信息学分析,筛选出差异基因集,并对胁迫72、120 h的DEGs进行GO富集分析、KEGG通路分析,采用qPCR方法检测7个DEGs的表达量并与转录组比较。结果显示从6 h开始到120 h的4个时间点的DEGs数量呈增多的趋势, GO功能分析主要富集在JUN激酶活性的负调控、蛋白质水解的负调控及免疫系统进程等主动抗凋亡、抗逆进程; KEGG通路分析主要富集在胰岛素及胰腺分泌的信号通路、HIF-1通路、钙信号相关通路和细胞凋亡相关通路。qPCR检测结果显示, 7个基因的表达上调/下调趋势与转录组测序一致,证实了转录组测序结果的可靠性。本研究推测胰腺分泌信号通路、钙信号通路及凋亡通路在泥蚶...  相似文献   

基于沉积物eDNA评估三疣梭子蟹资源量的方法初探          下载免费PDF全文

张凡瑶  张再美  陈萌琦  韦东升  徐严欢  姚冰  孙振宁  李慧  杨艳艳  周兴  李凡  陈翠霞 《海洋科学》2023,47(5):113-120

本文旨在通过沉积物eDNA (environmental DNA)的分析,建立一种快速评估三疣梭子蟹资源量的方法。采用柱状采泥器对莱州湾同一地点(37°30″E、119°20″N)不同深度(0~24 cm,7个深度)进行样品采集,提取不同深度地层沉积物中的eDNA,并以此为模板,运用三疣梭子蟹COI基因通用型引物和特异性引物分别进行普通PCR和实时荧光定量PCR (quantitative PCR,qPCR)扩增,评估莱州湾近年来三疣梭子蟹的资源量变化。结果显示:7个样品的eDNA中均能扩增出700 bp长度的DNA产物,表明在不同深度沉积物所代表的年份均有三疣梭子蟹的存在;通过Clustal X与MEGA 7.0软件比对各序列碱基之间的差异性,发现不同柱深沉积物中的COI基因共出现11个变化位点,包括8个转换位点、2个颠换位点和1个插入位点;qPCR结果显示,8~9 cm处的三疣梭子蟹COI基因拷贝数要大于其他深度地层沉积物,说明此柱深代表的年份中三疣梭子蟹的资源量高于其他年份。利用沉积物eDNA评估莱州湾海域内的三疣梭子蟹资源量的方法,可以打破时间和空间的限制,检测不同年份三疣梭子蟹的资源量的变化。  相似文献   

三沙湾大肠杆菌和肠球菌抗生素耐药性分析          下载免费PDF全文

李向乾  李晓东  林永豪  张伟  徐晗  杨桂琴  路玮静  俞道进  陈新华 《海洋科学》2023,47(7):138-148

为探究三沙湾水域细菌耐药性的情况,本文分离了该海域11株大肠杆菌和12株肠球菌,并测定其对常见抗生素的耐药性以及相关耐药基因。结果显示:大肠杆菌对抗生素的耐药率从高到低为四环素=氨苄西林>氯霉素=头孢唑啉>头孢噻肟=呋喃妥因>庆大霉素>环丙沙星,其中大肠杆菌对氨苄西林存在明显的高水平耐药(MIC≥256μg/mL占36.36%), TEM基因可能是导致耐药的主要基因。肠球菌对抗生素的耐药率从高到低为利福平>呋喃妥因>红霉素>氨苄西林=氯霉素=万古霉素,其对呋喃妥因存在明显的高水平耐药(MIC≥128μg/mL占74.93%)。肠球菌中仅检出喹诺酮类耐药基因gyra和四环素类耐药基因tetM、tetG。该海区存在着明显的多重耐药现象,大肠杆菌和肠球菌的多重耐药率分别达到54.55%和100%,表明三沙湾海域可能存在较为严重的抗生素耐药菌与耐药基因污染。  相似文献