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沙冬青根瘤菌结瘤基因nodA PCR-RFLP分析 总被引：2，自引：2，他引：0
利用结瘤基因nodA PCR-RFLP和nodA PCR产物序列分析技术,对36株分离自沙冬青根瘤菌菌株的共同结瘤基因nodA进行了遗传类型和系统发育关系分析。试验结果表明,36株根瘤菌nodA PCR-RFLP分析显示在80%的相似水平上聚为两个类群5个亚群;选取不同基因型代表菌株的nodA进行序列测定和系统发育关系分析表明,测试菌株CCNWNX0117、CCNWNX0068、CCNWNX0083、CCNWNX0062、CCNWNX0058与中慢生根瘤菌聚在一起,系统发育地位相近;测试菌株CCNWNX0089、CCNWNX0081、CCNWNX0064与中华根瘤菌聚在一起,有较高的序列相似性。本研究中nodA基因所揭示的沙冬青根瘤菌遗传多样性和系统发育关系说明沙冬青根瘤菌nodA基因遗传多样性较高,宿主结瘤范围较宽。 相似文献
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单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism—SNP)被认为是揭示遗传变异理想的分子标记,近几年来一系列针对高通量测序平台的技术如RAD,GBS,RRLs,2b-RAD等成为非模式生物尤其是水生动物的de novo SNP标记规模开发和大样本群体遗传研究的有利途径。本文从理论上讨论了测序错误和重复序列因素对de novo SNP分型的影响,并利用模式生物拟南芥RAD模拟数据对理论分析进行了验证。通过理论推导和模拟验证发现测序数据量在15～20X左右时单拷贝区域内SNP被检测的概率大于95%,等位基因的支持度不小于2时能够有效屏蔽掉测序错误对SNP分型的影响(假阳性低于2%),这些为实际数据的de novo SNP分型提供了理论上的指导。 相似文献
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舟山海域好氧不产氧光合异养细菌群落结构分析 总被引：2，自引：0，他引：2
好氧不产氧光合异养细菌(aerobic anoxygenic phototrophic bacteria,AAPB)是广泛分布在各种海洋环境中并在微生物生态学、海洋碳汇和海洋生态系统的生物地球化学循环的过程中具有潜在的重要作用的一类光合异养微生物。于2016年4月份在舟山群岛不同海洋功能区海域的八个站点采集表层海水,基于编码光合反应复合中心小亚基的puf M基因进行高通量测序,对测序结果进行分析,结果发现:除了岱山的样品测序失败以外,其它七个站点共得到192633条序列,我们进行了OTU聚类分析,相似性设为97%,可以看到,所有的数据最后一共分成4051个OTU。属于Proteobacteria的AAPB占明确分类的各细菌门的97%。Rhodobacteraceae科的Loktanella和Roseobacter两个属的AAPB在所有的采样站点中都处于优势地位。Desulfocapsa属在朱家尖站位(ZJJ)的发现非常具有研究价值,在以往的研究中还没有出现过。研究结果表明,在舟山群岛不同功能海域AAPB的群落结构和分布情况也是有差别的,而且与很多环境因素有关,这可以解释为什么目前很难准确预测水生环境总AAPB分布的问题。 相似文献
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凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)亲虾繁殖期水体微生物多样性 总被引：3，自引：1，他引：2
为了揭示凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)繁殖期亲虾养殖水体的微生物多样性,我们比较了雌雄虾养殖水体细菌群落结构差异,采用Illumina HiSeq高通量测序方法对凡纳滨对虾亲虾养殖水体细菌的16S rRNA基因的两个高变区(V3-V4)进行测序分析,并进行了α-多样性指数和β-多样性指数分析。结果表明:雌雄虾养殖水体细菌群落的α-多样性指数中Chao1,ACE和Goods-coverage指数无显著差异(P0.05),而Observed-species,Shannon和Simpson指数有显著性差异(P0.05)。主坐标分析和聚类热图分析表明雌雄虾养殖水体的细菌群落结构不同,变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为两者共同的优势菌门,但其相对丰度有一定差异,在雄虾养殖池水体中相对丰度分别为76.15%和21.28%;在雌虾养殖池水体中相对丰度分别为66.01%和29.02%。两者的核心微生物群(属水平)明显不同,雄虾养殖水体的核心属主要包括Glaciecola、Octadecabacter、Methylobacterium、Psychroserpens、Olleya;雌虾养殖水体的核心属主要包括Pseudomonas、Polaribacter、Pseudoalteromonas、Vibrio、Arcobacter、Synechococcus、Hyphomonas、Paracoccus、HTCC、Thalassomonas、Thalassobius、Owenweeksia等,其中包括了Vibrio、Pseudomonas和Owenweeksia等病原相关菌类。该实验结果对凡纳滨对虾育苗阶段亲虾的健康管理、病害诊断及防治具有重要意义。 相似文献
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宁波沿海陆源排污口弓形杆菌属(Arobacter sp.)和梭菌属(Clostridium sp.)的分布特点 总被引：1，自引：0，他引：1
弓形杆菌属(Arobacter sp.)和梭菌属(Clostridium sp.)广泛存在于水体和寄生在动物体内,极易造成水体污染和人畜共患病。采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到1年中的3月、5月、8月和10月份各排污口弓形杆菌属和梭菌属生物的分布情况。研究结果表明:弓形杆菌属检测出两个种,分别是嗜低温弓形杆菌(Arcobacter cryaerophilus)、布氏弓形杆菌(Arcobacter butzleri)。梭菌属共检测出12个种,其中产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)检出次数最高,丁酸梭菌(Clostridium butyricum)次之;排污口的类型是影响弓形杆菌属检出量的重要因素。弓形杆菌属主要分布在氮,磷含量较高的工业排污口和市政排污口,而梭菌属只在3月份的S7宁海西店崔家综合排污口呈现出相对较高的比例(7.5%),其它排污口检出量均在2%以下;弓形杆菌属和梭菌属在10个排污口20个站位4个月份的检出次数呈现正相关性;由季节性的变化引起的气温差异也是影响弓形杆菌属生长的重要因素,弓形杆菌属在5月份的时候检出次数最大,梭菌属适宜生长温度范围较广10—65°C,受温度影响较小。 相似文献
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塔里木河下游胡杨根际土壤细菌群落多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《干旱区地理》2021,44(3):750-758
采用高通量测序技术,对塔里木河下游不同生长时期(幼龄期、中壮期、过熟期、衰亡期)胡杨根际土壤细菌进行测序,结合典范对应分析(CCA)与Spearman相关性分析,探讨细菌群落组成与环境因子的相关性。结果表明:(1)土壤样品共获得7287个操作分类单元(OTUs),经过对比鉴定共得到73门,165纲,339目,454科,651属和205种。(2)胡杨根际土壤细菌群落丰富度和多样性随生长时期表现为先增加后降低的趋势,而不同生长时期间无显著差异。(3)胡杨根际细菌群落主要的优势细菌门为变形菌门(Proteobacteria)、unidentified_Bacteria、Halobacterota,优势细菌属为海杆菌属(Marinobacter)、嗜盐单胞菌属(Halomonas)、Woeseia,相较于门分类学水平,细菌群落组成在属水平上存在较大差异,不同生长时期胡杨根际细菌群落的优势菌属不同。(4)不同生长时期胡杨根际土壤细菌群落组成可分为两大类,中壮期与衰亡期的土壤样品聚为一类,幼龄期与过熟期的土壤样品聚为一类。(5)CCA分析表明土壤含水量、全钾、总盐、pH是显著影响胡杨根际土壤细菌群落组成的环境因子(P0.05)。研究结果为丰富干旱区根际微生物的研究、探讨干旱区植物-微生物之间的相互作用提供科学依据。 相似文献
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豚鼠气单胞菌CB101在胶体几丁质诱导下产生多种分子量不同的几丁质酶,其中分子量最大的一个几丁质酶Chi1(约91.5kDa)的编码基因已经被克隆.本文报道从CB101发酵液经硫酸铵盐析,DEAE-纤维素柱层析和MonoQ离子交换柱层析,分离纯化出其中的一个分子量约为60KDa的几丁质酶.N端测序的结果表明该酶是Chi1剪缺掉N末端信号肽部分、C末端A区和两个几丁结合区的产物.构建了CB101基因组的cosm id文库,从中筛选到9个产几丁质酶的克隆子,克隆子分析表明它们包含的几丁质酶基因都是chi1.蛋白分离、纯化和基因克隆的实验都暗示CB101的几丁质酶系统只包含一个几丁质酶基因. 相似文献
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贝类血细胞直接参与异物吞噬和包囊作用,还在伤口修复、炎症反应过程中发挥重要作用,是机体免疫防御的承担者。本研究采用RNA-seq测序技术研究了鳗弧菌感染前后泥蚶血细胞的转录组序列,通过序列组装,获得了α-葡萄糖苷酶(GAA)、α-甘露糖苷酶(LAMAN)、芳基硫酸酯酶B(ASB)、天冬酰胺氨基葡萄糖酶(AGA)、整合素β3亚基(ITB3)、热休克蛋白9(HSPA9)和Toll相互作用蛋白(TOLLIP)序列,利用Orffinder获得了其编码蛋白序列,并对蛋白序列进行了理化性质、二级结构、保守结构域和三级结构分析。结果表明:7种蛋白质二级结构均含有α螺旋、β折叠及无规则卷曲,泥蚶和人类ITB3和TOLLIP具有相同的保守结构域, Swiss-model同源建模获得的三级结构与模板同源性均超过35%(TOLLIP除外)。鳗弧菌刺激后,GAA、LAMAN、ASB、AGA和HSPA9的表达量显著增加,ITB3和TOLLIP表达量变化不明显。该研究补充和完善了对泥蚶免疫相关基因的认识,并为进一步开展泥蚶抗病机理研究提供了重要的理论依据。 相似文献
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为了研究玉米根际土壤细菌群落对土壤Cd污染的响应,本研究基于Illumina MiSeq高通量测序平台,对取自甘肃省白银市四龙镇地区的4组不同Cd污染程度的土壤样品进行16S rDNA扩增子测序分析。结果显示：4组不同Cd污染程度的玉米根际土壤细菌样品的Chao1指数和Shannon指数差异性不明显(p>0.05),表明Cd污染对土壤细菌多样性的影响不显著。4组样品的细菌丰富度相似,优势类群大致相同。4组样品的优势门均为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和浮霉菌门(Planctomycetes),优势菌属为Ohtaekwangia、GP4、GP6、硝化螺旋菌属(Nitrospira)和芽单胞菌属(Gemmatimonas)等。Ohtaekwangia和芽单胞菌属的细菌抗逆性较强,随着环境中Cd含量的增加,其细菌相对丰度增加,而GP4和GP6的细菌抗逆性较差,其相对丰度会随土壤Cd含量的降低而降低。Cd污染会引起土壤中细菌的多样性变化,但细菌多样性与土壤中Cd含... 相似文献
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采煤造成黄河流域一带生态环境问题日趋严重。为了探明采煤扰动对黄河流域一带土壤因子及微生物群落的扰动特征,阐明采煤沉陷边缘区域与未开采区域土壤微生物群落的差异性,以内蒙古上湾煤矿为研究区,选择以沉陷边缘区作为起始区域(HD),向未开采区进行等距取样。选择距沉陷边缘区150(D1)、300(D2)、450(D3)、600(D4)及750 m(D5)作为采样点,测定营养指标、土壤酶及土壤C∶N∶P化学计量特征3种土壤因子和微生物群落特征。结果表明,边缘沉陷区与未开采区土壤因子及微生物多样性的差异主要集中在距边缘沉陷区较近(小于300 m)的未开采区。在靠近边缘沉陷区,全氮、土壤有机质含量以及细菌丰度产生不同程度下降,速效钾、碳氮比(C/N)、蔗糖酶及磷酸酶活性有不同程度上升。群落组成方面,酸杆菌门(Acidobacteria)相对丰度在未开采区随距离呈现先增大后降低趋势,绿弯菌门(Chloroflexi)表现为边缘沉陷区高于未开采区;Phaeosphaeriaceae、毛壳菌科(Chaetomiaceae)相对丰度表现为边缘沉陷区显著高于未开采区。研究发现,边缘沉陷区对未开采区的影响主要集中... 相似文献