基于线粒体控制区的中国近海竹荚鱼种群遗传结构和种群历史动态分析     

任慧敏  张衡  许莎莎  李圣法  李建生  李治洪  何利军 《热带海洋学报》2021,40(5):36-44

竹荚鱼(Trachurus japonicus)是中国近海主捕鱼种之一, 在海洋食物网中扮演了重要角色, 然而环境污染和过度捕捞导致其出现种群数量衰退以及个体趋于小型化等现象。为了解中国近海竹荚鱼的种群遗传格局, 文章以线粒体DNA控制区为遗传标记研究了东海大陆架、福建近海和南海北部湾竹荚鱼群体的遗传结构以及种群历史动态。结果表明, 中国近海竹荚鱼整体呈现高单倍型多态性(H_d=0.998±0.001)和高核苷酸多态性(π=0.01259±0.00041)的遗传多样性特征。单倍型网络图呈现为星形辐射状的单一谱系, 利用最大似然法构建的系统进化树也未发现谱系分化。不同海区地理群体的分子方差分析显示东海群体和南海北部湾群体间无遗传分化, 遗传变异主要来源于群体内部(99.39%)。中性检验和核苷酸歧点分布分析结果暗示各海区竹荚鱼群体(东海、南海北部湾)以及整个群体均经历过近期的种群扩张。中国近海竹荚鱼群体呈现为遗传均匀的种群结构, 可以作为一个单一的种群加以管理, 人类高强度捕捞压力尚未影响其种群恢复潜力。  相似文献   

厚蟹线粒体16S rRNA基因序列分析及系统发育研究   总被引：1，自引：1，他引：0  

徐敬明  孙翰昌  孙世春 《海洋学报》2011,33(5):124-132

对我国沿海天津厚蟹6个群体、侧足厚蟹4个群体、伍氏仿厚蟹2个群体和日本仿厚蟹1个群体的线粒体16S rRNA基因片段进行了序列测定;结合从GenBank下载的其他厚蟹序列,分析了厚蟹分子系统发育关系.除天津厚蟹丹东群体的2个个体16S rRNA基因片段长度为526 bp外,其他天津厚蟹和侧足厚蟹均为525 bp;除日照...  相似文献   

黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）鳃的超微结构研究     

罗芬  陈礼强  康斌 《海洋与湖沼》2011,42(4):488-494

应用光学和电子显微成像技术对黄颡鱼鳃的表面形态特征、鳃小片血管分布及其内部超微结构进行了观察。结果表明,黄颡鱼鳃耙呈长锥形,鳃弓表面具棘状小刺,鳃小片呈褶皱状,镶嵌排列在长条形鳃丝两侧。光镜可观察到鳃小片两侧红色的入鳃和出鳃动脉以及中部片状毛细血管网。鳃耙、鳃弓、鳃丝及鳃小片表面均被扁平上皮细胞覆盖,其表面微嵴形态结构...  相似文献   

Effects of Aroclor 1254 on reproductive organ weight, sperm quality and testicular mitochondria oxidative stress of Boleophthalmus pectinirostris     

HE Shanying  WU Qiuling  SUN Mengdie 《海洋学报(英文版)》2011,30(6):65-71

Boleophthalmus pectinirostris is an amphibious economic fish and wildly distributed in the southeast coast of China. In this study, Aroclor 1254 was intraperitoneally injected into B. pectinirostris with 1, 2 and 4 μg/(g·d) for 28 d to assay the reproductive organ weight, the sperm quality (sperm concentration and motility), and the testicular mitochondrial testicular mitochondria oxidative stress. The results show that the sperm number and motility in seminal vesicles, the absolute weight of testes and seminal vesicles of B. pectinirostris treated with 2 and 4 μg/(g·d) Aroclor 1254 decreased significantly as compared to the controls (p <0.05), while those treated with 1 μg/(g·d) Aroclor 1254 had no significant effects on these indictors. For the relative weight of reproductive organs, significant reduction (p <0.05) was only observed in the seminal vesicles of B. pectinirostris treated with 4 μg/(g·d). SOD activities and GSH levels in all the Aroclor 1254 treatments were significantly lower than those of the controls (p <0.05). The activities of CAT, GPx, GR and the levels of Vit C also decreased significantly in comparison with the controls (p <0.05) at the higher dose of 2 and 4 μg/(g·d) Aroclor 1254 treatments. In addition, both H₂O₂ level and MDA content in testicular mitochondria of B. pectinirostris had a close correlation with Aroclor 1254 dosage, and were significantly higher than the controls (p <0.05). Those indicate that Aroclor 1254 can induce the oxidative stress of testicular mitochondria, and impair the reproductive function of male B. pectinirostris.  相似文献   

淋巴囊肿病毒中国分离株基因组序列和结构分析     

闫秀英  吴灶和  简纪常  鲁义善  孙修勤 《广东海洋大学学报》2011,31(1):1-6

LCDV-cn是分离自中国养殖牙鲆的淋巴囊肿病病原,给中国牙鲆养殖业带来了严重危害。通过PCR、克隆和测序,获得了LCDV-cn部分基因的序列,证明LCDV-cn与LCDV-C的基因组序列是一致的。比较基因组学分析发现,LCDV-cn基因组中有137个ORF是其独有的、与LCDV-1及其它虹彩病毒无同源区域。对LCDV-cn基因组进行生物信息学分析发现,在LCDV-cn独有的ORF中,有的编码与宿主同源的蛋白,有的编码与DNA复制相关的蛋白,某些ORF编码的蛋白含有跨膜区等。LCDV-cn的独有基因或许对其毒力和宿主范围有关。  相似文献   

基于COI序列比较中国和科威特养殖鲳鱼群体的遗传差异     

孙鹏 《海洋科学》2015,39(1):53-58

为探讨中国和科威特鲳鱼(Pampus)养殖群体的遗传差异和遗传多样性,本研究对两个鲳鱼群体线粒体细胞色素c氧化酶I亚基(COI)部分序列进行了比较和分析。通过PCR扩增和测序,共获得COI基因片段47条,定义了8个单倍型。两个群体的COI序列的A+T含量均高于G+C含量,在中国养殖群体中检测到4个变异位点,在科威特群体中检测到14个。两个群体的单倍型多样性水平较高(0.566~0.643),但核苷酸多样性水平均较低(0.0022~0.0030)。NJ系统发生树和遗传距离分析结果表明中国和科威特养殖群体的遗传差异较大,高于种内差异水平,因此两个养殖群体并非同一种鲳属鱼类。  相似文献   

基于mtDNA控制区序列的3个黑棘鲷群体遗传结构特性研究   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

施晓峰  苏永全  王文成  王军 《热带海洋学报》2015,34(1):56-63

  相似文献   

利用线粒体DNA 控制区部分序列分析不同地理群体大泷六线鱼遗传多样性   总被引：5，自引：2，他引：3  

李莹  王伟  孟凡平  李占东 《海洋科学》2012,36(8):40-46

利用PCR技本扩增了6个野生地理群体大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)线粒体DNA控制区的部分序列,共获得352bp碱基序列,31尾个体定义了22种单倍型.中性检验Fu's Fs值为-0.14881(P＜0.01).分子变异分析(AMOVA)结果显示:遗传分化指数Fst=0.7398(P＜0.01),73.98％的变异来自群体间,26.02％的变异来自群体内.根据不同个体间的遗传距离构建了NJ和MP系统树,两种方法获得了相似的进化树.其中青岛群体与旅顺群体的一部分个体单独成支,其它群体聚为1支.研究结果表明,大泷六线鱼群体遗传多样性较为丰富,群体间发生了较大的遗传分化,证明线粒体DNA控制区基因可用于大泷六线鱼群体内及群体间遗传多样性的分析.  相似文献   

Genetic variation and population evolutionary history of the giant mottled eel （Anguilla marmorata） based on the mito- chondrial D-loop gene     

《海洋科学》2012,36(5)

通过测定花鳗鲡∞nguilliamarmorata）海南群体（HN）和菲律宾群体（PH）共19尾个体的线粒体D．100p基因的核苷酸序列（约1017bp）,分析了花鳗鲡的种群遗传结构。结果表明：A、T、G、C4种核苷酸的平均含量分别为39．8％、28_3％、12．4％、19．4％,A＋T含量（68．1％）明显高于G＋C含量（31．8％）。所测序列中存在73个变异位点,共有18个单倍型。其中海南群体的单倍型多样度（删）、核苷酸多态性（Pi）、平均核苷酸差异数（纠分别为0．982、0．21577和219．655,而菲律宾群体的单倍型多样度、核苷酸多态性、平均核苷酸差异数分别为1．000、0．26728和271．821,两个群体之间平均遗传距离（P）为0．3203。结果表明2个群体遗传变异较大,菲律宾群体的遗传多样性较海南群体更加丰富。通过构建NJ分子系统树表明2个群体的亲缘关系较近。利用中性检验Tajima’s D（海南群体D=I．35345,P〉0．01;菲律宾群体D=0．79220,P〉0．01）和Fs（海南群体Fs=3．759;菲律宾群体Fs=2．231）探讨其种群历史,表明花鳗鲡群体进化过程种群数量较为稳定。  相似文献   

日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较   总被引：1，自引：0，他引：1  

申欣  李晓  徐启华 《海洋学报》2012,34(5):147-153

首先通过基因组DNA的提取、通用引物PCR扩增和长PCR扩增,从而获得日本鼓虾(Alpheus japonicus)的线粒体DNA;应用鸟枪法和引物步移法测序,获得了日本鼓虾的线粒体基因组全序列。结合GenBank线粒体基因组数据库中鲜明鼓虾(A.distinguendus)的线粒体基因组,比较分析了鼓虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。研究结果表明,在日本鼓虾线粒体基因组中共存在9对基因的重叠。日本鼓虾线粒体基因组全长16 487 bp,较鲜明鼓虾线粒体基因组(15 700 bp)长,主要是由于最大非编码区的长度存在差异。日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组均编码37个基因,且37个基因的基因排列完全一致;与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,仅出现1个转运RNA基因(trnE)的易位和倒位。2个鼓虾线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子和终止密码子存在差异。除了cob基因外,其余12个蛋白质编码基因所编码氨基酸的数目均完全相同。鼓虾线粒体基因组13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1,显示出较强的负选择。在15个主编码基因中,nad5基因的变异位点数最多,其次是nad4基因和lrRNA基因。因此,nad5,nad4和lrRNA基因可以作为备选的分子标记,用于分析鼓虾不同物种和群体之间的生物多样性。  相似文献