Methods Comparison for Microsatellite Marker Development： Different Isolation Methods, Different Yield Efficiency     

Aibin Zhan  Zhenmin Bao  Xiaoli Hu  Wei Lu  Jingjie Hu 《中国海洋大学学报(英文版)》2009,8(2):161-165

Microsatellite markers have become one kind of the most important molecular tools used in various researches. A large number of microsatellite markers are required for the whole genome survey in the fields of molecular ecology, quantitative genetics and genomics. Therefore, it is extremely necessary to select several versatile, low-cost, efficient and time- and labor-saving methods to develop a large panel of microsatellite markers. In this study, we used Zhikong scallop (Chlamys farreri) as the target species to compare the efficiency of the five methods derived from three strategies for microsatellite marker development. The results showed that the strategy of constructing small insert genomic DNA library resulted in poor efficiency, while the microsatellite-enriched strategy highly improved the isolation efficiency. Although the mining public database strategy is time- and cost-saving, it is difficult to obtain a large number of microsatellite markers, mainly due to the limited sequence data of non-model species deposited in public databases. Based on the results in this study, we recommend two methods, microsatellite-enriched library construction method and FIASCO-colony hybridization method, for large-scale microsatellite marker development. Both methods were derived from the mi-crosatellite-enriched strategy. The experimental results obtained from Zhikong scallop also provide the reference for microsatellite marker development in other species with large genomes.  相似文献   

帘蛤科4种养殖蛤群体遗传多样性和种间关系的fAFLP分析          下载免费PDF全文

彭永兴  程汉良  夏德全  吴婷婷  孟学平  吉红九  董志国 《海洋科学》2008,32(1):45-51

利用荧光标记扩增片段长度多态性(fAFLP)技术对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)4种帘蛤科贝类的群体遗传多样性和种间关系进行了研究。选择EcoRⅠ/MseⅠ进行酶切,使用6个E 3/M 3引物组合进行扩增,共获得1 096个位点,多态位点比率95.1%,片段长度50~456 bp。其中,文蛤、青蛤、菲律宾蛤仔和硬壳蛤分别得到681,715,702和694个位点,相应的多态位点比率为76.8%,81.7%,83.0%和75.1%,得到17个种特异性位点,可作为4物种特征标记。分析了群体遗传相似系数和遗传多样性指数以及种间遗传相似系数。结果表明,硬壳蛤群体遗传相似系数最高(0.670 9),遗传多样性指数最低(0.236 0);菲律宾蛤仔群体遗传相似系数最低(0.592 5),遗传多样性指数最高(0.261 8);根据遗传相似系数采用UPGMA法构建了4物种32个体的聚类图,表明文蛤与菲律宾蛤仔遗传关系最近,青蛤与其他3物种遗传关系较远。  相似文献   

脂肪肝病变大黄鱼肝脏脂肪酸组成、代谢酶活性及抗氧化能力的研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

ZENG Duan  麦康森  AI Qing-Hui 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2008,38(4)

脂肪肝病变在人工养殖大黄鱼(Pseudosciaena crocea)中非常普遍,本试验研究了大黄鱼脂肪肝的发生机制,为寻找解决大黄鱼脂肪肝的有效途径提供基础资料.试验鱼取自中国东海,养殖方式和饲料来源相同,根据肉眼和组织学观察分为正常肝脏、轻微脂肪肝和严重脂肪肝3类.分别测定了正常大黄鱼和具有脂肪肝症状的大黄鱼肝脏总脂脂肪酸组成的变化、相应脂肪酸合成酶、抗氧化酶以及丙二醛含量的变化.试验结果显示,随着大黄鱼脂肪肝症状严重程度增加,肝脏总脂饱和脂肪酸和n-3多不饱和脂肪酸比例显著降低(P<0.05),单不饱和脂肪酸比例显著上升(P<0.05).其中严重脂肪肝花生四烯酸(ARA)、二十碳五烯酸(EPA)、二十二碳六烯酸(DHA)比例较正常鱼分别降低了89%,79%和78%.严重脂肪肝大黄鱼的异柠檬酸脱氢酶和6-磷酸葡萄糖脱氢酶活性显著高于正常鱼(P<0.05);轻微脂肪肝鱼的转氨酶活性显著低于正常鱼(P<0.05);具有脂肪肝症状的大黄鱼超氧化物歧化酶和过氧化氢酶活性均高于正常鱼.丙二醛含量则随大黄鱼脂肪肝病变程度加剧而显著增加(P<0.05).通过分析认为,过量单不饱和脂肪酸沉积在肝脏中,导致脂肪酸合成代谢发生紊乱,可能是造成大黄鱼脂肪肝的主要原因;肝脏ARA含量大量减少使脂肪肝大黄鱼抗应激能力降低,而肝脏脂肪酸过氧化程度升高,进一步破坏肝脏的正常功能.  相似文献   

尖刀蛏生化成分和营养价值评价     

吴仁协  苏永全  王军  洪万树  张其永 《台湾海峡》2008,27(1):21-25

分析了尖刀蛏(Cultelles scalprum)肉的生化成分,并对其营养价值进行评定.结果显示:尖刀蛏的含肉率为60.3%,鲜肉中的水分、蛋白质、脂肪和灰分含量分别为84.21%、10.85%、1.31%和1.71%,人体必需氨基酸占氨基酸总量的37.3%,不饱和脂肪酸含量占总脂肪的43.1%,其中廿碳五烯酸(C20:5,EPA)和廿二碳六烯酸(C22:6,DHA)的含量分别占总脂肪的7.8%和15.7%.研究结果表明,尖刀蛏含肉率高,营养丰富,有较高的营养价值和保健价值.  相似文献   

皱纹盘鲍野生与养殖群体微卫星标记遗传变异研究   总被引：9，自引：3，他引：6  

束靖  李琪  于瑞海  田传远 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2008,38(1):52-58

采用7个微卫星标记对辽宁大连、山东烟台、荣城、崂山和胶南5个皱纹盘鲍养殖群体,以及山东长岛、荣城、日本岩手、韩国仁川4个皱纹盘鲍野生群体进行了群体遗传多样性与遗传分化的研究.结果表明,从等位基因数与杂合度上分析,养殖群体(N=8.0～9.4,He=0.754～0.787)遗传多样性显著低于野生群体(N=11.3～15.0,He=0.821～0.866);等位基因频率分布揭示出野生群体中一些稀有等位基因在养殖群体中有所丢失;亲鲍选用数量少与性别比例不均衡可能是产生养殖群体中遗传多样性显著减少的原因.通过对等位基因频率比较分析,5个养殖群体之间以及养殖群体与野生群体之间观察到显著差异的Fst与Rst值,野生群体之间日本群体Fst与Rst值与其他3个野生群体差异显著,群体间存在遗传分化;养殖群体间遗传距离与地理距离不相关,可能是皱纹盘鲍育苗过程中亲鲍和苗种频繁交流所造成的结果;日本群体与其他3个野生群体间存在显著遗传分化与皱纹盘鲍短暂的浮游期与有限的扩散能力有关.  相似文献   

吃富含ω-3脂肪酸的鱼类真的无益健康么？     

蔡燕雯 《海洋世界》2006,(5):24-25

我还要不要继续给我孩子吃ω脂肪酸保健品?所有让我们在饮食中增加富含油脂鱼类的建议都纯属无稽之谈吗?自从最近有报道说ω-3系列脂肪酸并不能降低患心脏病、中风和癌症的概率后许多人提出了这样的问题。这个报道是英国东安格利亚大学(UEA)的一个研究小组在总结了各种有关富含  相似文献   

西城区不动产登记预约和信息发布系统建设     

靳婷  任海英  董承玮  张伟松  裴莲莲  申兆慕 《北京测绘》2021,35(9):1141-1145

从不动产登记现状出发,为满足北京市西城区智慧服务大厅的建设需求,依托微信平台和信息化大屏,采用超文本标记语言的最新修订版本5.0(HyperText Markup Language 5.0,HTML5)、"互联网+"、网闸等主流技术,搭建了"北京西城不动产登记"微信公众号、大厅信息发布管理系统,并对大厅现有的自助预约、自助取号、叫号等系统进行升级改造.系统的建成和应用简化了大厅办事流程,提供了多元化与便民化服务,助力了北京市营商环境的改善与优化.  相似文献   

棘皮动物线粒体基因组的基因重排、分子标记及系统发生分析     

申欣  田美  孟学平  程汉良  阎斌伦 《海洋学报》2013,35(5):137-146

棘皮动物(echinoderms)是海洋生境中所特有的无脊椎动物重要类群,本文全面比较分析了棘皮动物29个物种的线粒体全基因组。线粒体基因组主编码基因的分析结果显示,海胆纲Echinoidea和海参纲Holothuroidea物种的基因排列完全相同;海星纲Asteroidea物种之间的基因排列也完全相同,然而与海胆纲、海参纲相比,存在一个长片段的倒位。海百合纲Crinoidea的栉羽星Phanogenia gracilis和花形羽枝Florometra serratissima主编码基因的基因排列完全相同,地中海海羊齿和海百合Neogymnocrinus richeri与此相比,均存在一个蛋白质编码基因(nad4L)的易位。蛇尾纲Ophiuroidea真蛇尾目Ophiurida的3个科(阳遂足科Amphiuridae、辐蛇尾科Ophiactidae和栉蛇尾科Ophiocomidae)主编码基因的基因排列完全相同,而同属于真蛇尾目,另外一个科(真蛇尾科Ophiuridae)的白色真蛇尾Ophiura albida和灰色真蛇尾Ophiura lutkeni,与同目的前3个科相比,存在3个蛋白质编码基因(nad1、nad2和cob)的倒位。蛇尾纲蔓蛇尾目Euryalida的海盘Astrospartus mediterraneus,与真蛇尾目5个线粒体基因组相比,存在主编码基因的重排。棘皮动物线粒体单基因的变异位点特征显示,nad5、nad4和nad2基因是理想的分子标记基因。基于29个线粒体基因组的氨基酸序列,通过两种方法(邻接法和最大似然法)所构建系统发生树的拓扑结构完全一致。支持其下分的5个纲(蛇尾纲、海参纲、海胆纲、海星纲和海百合纲)均为单系群。线粒体基因组的数据支持棘皮动物动物在纲层次的亲缘关系为:(((海胆纲+海星纲)+海参纲)+蛇尾纲)+海百合纲,海百合纲作为棘皮动物中最为古老的类群,位于系统发生树的根部。基于线粒体基因组构建的系统发生树,支持所有的科均为单系群;综合系统发生树及主编码基因的基因重排分析,均支持真蛇尾目并非单系发生,真蛇尾目的有效性还值得今后深入研究。  相似文献   

西北地区晚第四纪沉积地层一元正脂肪酸酰胺分布特征及古气候意义     

蒲阳  张虎才  雷国良  常凤琴  杨明生  庞有智 《地球科学进展》2010,25(5):533-542

利用气相色谱质谱联用仪在中国西北地区晚第四纪沉积地层中检测出一类特殊的类脂物分子--一元正脂肪酸酰胺.根据其碳数分布特征及前人的研究成果,认为一元正脂肪酸酰胺来源于各种生物体,产生于生物的某些生理活动过程,而不是来源于石油残余物及各种可能的污染.通过对比3个不同区域相近时期古湖相及黄土沉积地层中的脂肪酸酰胺分布特征,认为柴达木盆地可能不是黄土沉积的主要物源区,而额济纳盆地及邻近区域对黄土堆积有着重要的贡献或具有相同的物源.典型黄土沉积地层中UFAA值(不饱和与饱和脂肪酸酰胺相对含量的比值)与粒度、磁化率等指标具有很好的可对比性,特别是在相对暖湿阶段UFAA值呈现了明显的低值.这一现象表明脂肪酸酰胺在沉积地层中的变化受控于气候变化所导致的成岩作用强度的变化,从而记录了气候变化信息.通过研究,认为生物生理活动过程中所产生的一元正脂肪酸酰胺与构成细胞膜的类脂物分子一样,可记录古气候变化.  相似文献   

标记方法对皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)生理、生长及存活性状的影响     

张远帆  唐君玮  仉佳文  葛红星  吴富村  张国范 《海洋与湖沼》2022,53(3):735-742

皱纹盘鲍是我国重要的增养殖贝类,近年来养殖产量增长迅速,但现有养殖群体仍存在抗逆性不足、底播增养殖低效等问题。个体身份的标记技术对于皱纹盘鲍人工选育中谱系记录,以及对于底播增殖效果的精准评估等均具有重要作用。采用金属挂片和塑料黏贴标签两种标记方法,比较了标记后皱纹盘鲍生理、生长存活、标记脱落率及被敌害捕食死亡等方面的差异。研究结果表明,与塑料黏贴标签标记和无标记对照相比,金属挂片标记对皱纹盘鲍标记早期生理包括出现黏液时间、心率变化等产生显著影响,对小规格皱纹盘鲍(壳长<3 cm)造成生长下降、死亡率高等影响,而对大规格皱纹盘鲍(壳长>3 cm)标记生成60 d后长时期的生长、存活以及逃避敌害均无显著影响;塑料黏贴标签标记方法与无标记对照组相比,均未对皱纹盘鲍造成显著影响。验证了皱纹盘鲍个体水平下两种标记方法的有效性及适用性,特别是对大规格苗种标记后生长、存活等性状无显著影响。研究结果将为皱纹盘鲍人工选育以及底播增养殖等工作提供有益指导。  相似文献