基于网络药理学与分子对接探讨“卷柏-猕猴桃根”治疗肺结节的物质基础及作用机制          下载免费PDF全文

吴朗杰  鹿竞文  徐力 《应用海洋学学报》2022,38(11):151

目的：通过网络药理学方法和分子对接技术,寻找“卷柏-猕猴桃根”药对的主要活性成分,探讨其在肺结节治疗中的作用机制。方法：在TCMSP网站中检索草药卷柏和猕猴桃根,获得两药所含化合物。经过ADME筛选与文献检索,确定药对主要活性化合物。利用PubChem、ChEMBL寻找该药对化合物的预测靶点。利用GeneCard、DisGeNET寻找肺结节的相关基因。利用Venny 2.1在线工具进行韦恩分析,寻找药对与肺结节共有的基因靶点。在OmicShare tools中进行基因本体（GO）功能、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。在KEGG ORTHOLOGY数据库中进行基因靶点KO映射。利用分子对接技术验证化合物与预测靶点的对接能力,并进行筛选。在Cytoscape 3.7.1软件中,构建对接成功的“药物-关键化合物-关键靶点-关键通路”网络。结果：本研究共获得9种关键化合物、21个关键靶点。卷柏和猕猴桃根的关键化合物为苏铁黄酮、穗花杉双黄酮、秦皮素、儿茶素、芹菜素、表儿茶素、芦荟大黄素、香草酸、原儿茶酸。关键靶点为磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚单位δ（PIK3CD）、磷酸二酯酶4D（PDE4D）、热休克蛋白90α家族A类成员1（HSP90AA1）、醛酮还原酶家族1成员B10（AKR1B10）、囊性纤维化跨膜转导调节因子（CFTR）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（ROS1）、髓样细胞白血病蛋白1（MCL1）等,关键作用通路为磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、叉头框蛋白O（FoxO）信号通路、凋亡（Apoptosis）、环磷酸腺苷（cAMP）信号通路等。结论：“卷柏-猕猴桃根”的多种活性化合物通过作用于多通路的靶点蛋白而发挥治疗肺结节的作用。  相似文献   

基于网络药理学与分子对接探究连脂清肠汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制          下载免费PDF全文

崔松香  毛银枫  陆为民 《应用海洋学学报》2022,38(11):160

目的：应用网络药理学与分子对接技术探究连脂清肠汤（LQD）治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法：利用TCMSP和TCMID数据库收集LQD的活性成分及靶点,通过GeneCard、OMIM及TTD数据库获取UC疾病靶点,将药物与疾病靶点匹配得到共同靶点,使用Cytoscape 软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络图,将关键靶点导入STRING平台构建PPI网络,并用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体（GO）功能、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,利用Auto Dock Tools对筛选所得活性成分与靶点蛋白进行分子对接验证。结果：获得LQD有效活性成分123种,LQD作用靶点216个,UC靶点1189个,共同靶点117个。LQD治疗UC的主要活性成分包括槲皮素、山柰酚、柚皮素、甘草查尔酮a、芒柄花黄素等。核心靶基因包括信号转录活化因子3（STAT3）、转录因子激活蛋白1（JUN）、丝氨酸/苏氨酸激酶1（AKT1）、核转录因子-κB p65（RELA）、白细胞介素-6（IL-6）等。GO功能主要包括RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、凋亡过程的负调控、细胞核、细胞溶质、细胞质、蛋白结合、酶结合等。KEGG通路主要有癌症通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果表明核心成分与核心靶点结合性较好。结论：LQD治疗UC具有多组分、多靶点和多通路的特点。  相似文献   

基于网络药理学及分子对接探讨八珍汤抗疲劳的作用机制          下载免费PDF全文

王若兰  韩祖成  王佩 《应用海洋学学报》2022,38(8):151

目的：运用网络药理学方法探讨八珍汤抗疲劳的药理机制,为八珍汤抗疲劳的临床应用提供理论依据。方法：筛选八珍汤药物的活性成分及靶点,查找疲劳相关基因,确定八珍汤抗疲劳靶点,进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,将预测靶点最多的活性成分与蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络中节点最大的靶点进行分子对接。结果：共筛选出143个有效活性成分,作用于133个疲劳靶点,八珍汤抗疲劳的核心基因主要有白细胞介素-1β（IL-1β）、趋化因子8（CXCL8）等47个。中药-疾病靶点涉及的GO功能分析中,生物过程主要集中在对无机物的反应、脂多糖的反应、炎症反应等;分子功能主要集中在激酶结合、DNA 结合转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等;细胞组分主要集中在膜筏、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、囊腔等。KEGG通路富集分析主要富集在包括癌症通路、糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、甘草酮a和β谷甾醇与核心靶点结合性较好,结合能均<0 kcal/mol。结论：八珍汤抗疲劳的机制是多靶点、多通路的,为后续的基础研究提供了思路,并为临床运用八珍汤抗疲劳提供了理论支持。  相似文献   

基于网络药理学和分子对接探讨真人养脏汤对溃疡性结肠炎的作用机制          下载免费PDF全文

韩欣荣  严建 《应用海洋学学报》2022,38(8):143

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨真人养脏汤治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库检索人参、当归、白术、肉豆蔻、肉桂、白芍、木香、诃子、罂粟壳的活性成分及靶点;运用DisGeNET数据库筛选出UC的相关靶点;使用Venny 2.1平台筛选共同靶点,导入Cytoscape 3.8.0软件构建真人养脏汤成分-靶点网络可视化关系图,筛选出核心成分;依据STRING数据库得到共同靶点的蛋白互作网络,筛选出核心靶点;采用DAVID 6.7数据库对共同靶点进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;同时将筛选得到的核心成分和核心靶点进行分子对接验证。结果：筛选出真人养脏汤治疗UC的核心成分为山柰酚、谷甾醇、豆甾醇、可待因、碎叶紫堇碱、蓝堇碱;核心靶点为蛋白激酶（AKT1）、白细胞介素-6（IL-6）、血管内皮生长因子（VEGFA）、肿瘤坏死因子（TNF）、肿瘤蛋白 p53（TP53）;信号通路主要涉及TNF、低氧诱导因子-1(HIF-1)、Toll样受体（TLR）等,分子对接显示核心成分和核心靶点具有较强的结合能力。结论：本研究初步揭示了真人养脏汤治疗UC的作用机制,为后续研究提供思路与依据。  相似文献   

牡蛎的遗传育种研究进展     

薛明  杜晓东 《广东海洋大学学报》2004,24(1):78-84

牡蛎肉味鲜美，营养丰富，是世界重要海水贝类养殖对象之一。随着各种生物技术在水产领域的广泛应用，牡蛎的遗传育种工作也备受重视，尤其自Stanley首次人工诱导美洲牡蛎(Crassostrea virginica)三倍体成功以来，大大加快了对牡蛎的遗传学背景和育种进程的研究步  相似文献   

Genetic Analysis of Floating Enteromorpha prolifera in the Yellow Sea with AFLP Marker     

LIU Cui  ZHANG Jing  SUN Xiaoyu  LI Jian  ZHANG Xi  LIU Tao 《青岛海洋大学学报(英文版)》2011,(3):263-269

  相似文献   

首次发现系外星球上的有机分子     

胡德良 《海洋地质前沿》2009,25(7):42-42

研究人员首次发现，有机分子以甲烷的形式存在于太阳系以外的一颗行星上。这颗巨大的行星距离其主恒星太近，上面的甲烷不可能导致生命的产生。然而，该发现为天文学家们提供了希望，有朝一日他们将能够分析类地行星上的大气。  相似文献   

长蛸Octopus variabilis自然群体生化遗传学研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

高强  郑小东  孔令锋  王昭萍  王如才 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2009,39(6)

采用同工酶电泳技术,筛选了天冬氨酸转氨酶(AAT)、腺苷酸激酶(AK)、肌酸激酶(CK)、果糖二磷酸激酶(FBP)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(G3PDH)、6-磷酸葡萄糖异构酶(GPI)、谷胱甘肽还原酶(GRS)、异柠檬酸脱氢酶(IDH)、甘露糖-6-磷酸异构酶(MPI)和核苷磷酸化酶(NP)等10种同工酶,并以短蛸Octopus ocellatus和目乌贼Sepia aculeata为外群,研究了长蛸Octopus variabilis大连(DLC)、烟台(YTC)和莱州(LZC)3个自然群体的遗传结构和多样性水平.结果表明DLC、YTC、LZC 3个长蛸群体的多态位点比例较高,分别为20%,30%和30%(P_(0.99));群体平均杂合度观测值分别为0.014,0.153,0.092;平均有效等位基因数分别为1.2,1.4,1.3.烟台长蛸群体的遗传多样性较高.对3个种5个群体构建UPGMA系统树,并进行聚类分析.  相似文献   

罗非鱼4个选育群体遗传结构SSR分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

蒋家金  李瑞伟  叶富良 《广东海洋大学学报》2008,28(4)

采用SSR分子标记分析了吉富品系罗非鱼的两个家系(GF1和GF2)以及奥利亚罗非鱼(Fo)和奥本尼罗罗非鱼(Fn)群体的遗传结构。结果显示,扩增后等位基因数为3～8个,随引物不同而异,14对引物共扩增60个等位基因,扩增片断大小在102～267 bp之间。微卫星分析表明,奥本尼罗罗非鱼(Fn)的平均观测杂合度(0.764 3)和平均期望杂合度(0.519 6)均最高,吉富尼罗罗非鱼(GF1)平均多态信息含量(0.419 5)最高;吉富尼罗罗非鱼(GF2)平均观测杂合度(0.614 2),奥利亚罗非鱼(Fo)的平均期望观测度(0.446 6)、平均多态信息含量(0.359 2)最低;因此,吉富鱼(GF1)的遗传多样性最高,奥利亚的遗传多样性最低。Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数(D)奥利亚(Fo)和尼罗(Fn)(0.463 4和0.478 9)明显高于吉富的两家系(0.234 1和0.250 0)。Fo与GF2间遗传距离(0.477 0)最大;而GF1和GF2间的遗传距离(0.302 7)最小,遗传相似系数(0.607 3)最大,可推断新一代吉富罗非鱼与本地选育群体有相对较远的亲缘关系,更具杂种优势。  相似文献   

基于弧段标记的交通网络时间最短路径算法   总被引：2，自引：0，他引：2  

高松  陆锋 《地球信息科学学报》2008,10(5):604-610

标号算法是经典的最短路径算法之一,在交通领域中具有广泛的应用。在交通领域中,时间最短路径比距离最短路径更有意义,而时间最短路径不仅与道路的时间权值有关,还与道路之间的转弯阻抗有关。在传统的交通路网抽象方式下,道路抽象为平面图中的弧段,道路间的交叉口抽象为节点。本文介绍了一种适用于传统交通路网模型的弧段标记时间最短路径算法,详细阐述了该算法的原理、数据基础与运行结构。通过分析和实例测试表明,该算法可以顾及城市路网在路口的交通限行与转弯延迟的影响,并且时间复杂度低,具有一定的实际应用价值。  相似文献