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1.
为了分析海洋生境刀鲚(Coilia nasus)体内及生长环境菌群结构,作者采用免培养16S r DNA的PCR-DGGE指纹图谱技术,对刀鲚鳃、肠道壁、肠道内容物及水体环境中的菌群结构进行了对比分析。结果表明:变性梯度为35%~55%、浓度为8%的聚丙烯酰胺凝胶,150V 60℃下电泳10 h,DGGE带谱的分离效果较好;刀鲚鳃、肠道壁、肠道内容物及水体样品指纹图谱上分别显示出24、19、14和29条信号强度不同的条带;相同样品重复组细菌结构相似度在80%以上,差异不显著;不同样品之间,刀鲚鳃与海水聚为一支,具有较高的相似度为52%,肠壁与肠内容物相似度为41%。样品菌群主要以未培养菌为主,主要包括变形菌、放线菌和厚壁菌。本文首次成功构建海洋生境刀鲚菌群16S r DNA的PCR-DGGE指纹图谱。  相似文献   
2.
In order to assess the diversity and spatial distribution of bacterial and archaeal communities in a CO2-rich and meromictic lake, samples were collected along the water column of Lake Monoun and analyzed using PCR-DGGE and quantitative analyses of the 16S rRNA gene. The retrieved sequences were affiliated to 6 bacterial phyla and two archaeal phyla which plausible environmental functions map with the physico-chemical parameters of the lake. Unclassified sequences were also detected. This suggests heterogeneity in community composition and existence of potential candidate divisions. For instance, amongst the bacterial sequences, 18.2% matched with methanotrophic bacteria of the order methylococcales and amongst the archaeal sequences, 16.6% matched with methanogenic species of the order methanomicrobiales. Hence, evidencing the existence of methane-related prokaryotes in the lake, a finding that would play a key role in our understanding of the methane puzzle of Lake Monoun. Other groups capable of a wide range of metal and nutrients transformations were also detected, as well as those of unknown functions. The layering of microbial communities also appeared to directly or indirectly depend on oxygen availability. DGGE and qPCR analyses both suggested a scarcity of archaea in the surface samples. Furthermore, qPCR revealed that bacteria were numerically more important than archaea in all the samples. The general distribution along the water column indicated that archaeal abundance increases with depth.  相似文献   
3.
凡纳滨对虾咸淡水养殖系统内细菌群落组成的PCR-DGGE分析   总被引:16,自引:0,他引:16  
采用PCR(polym erase chain reaction)-DGGE(denaturing grad ient gel electrophoresis)及传统的微生物培养方法对凡纳滨对虾Litopenaeus vannam ei咸淡水养殖系统内各种环境的细菌群落组成进行了比较研究。传统的微生物培养计数表明,从海湾水、养殖池水到对虾粪样,细菌和弧菌的数量表现出依次增加的趋势,粪样及肠壁中弧菌的数量高出外界水环境1—4个数量级。相对于外界水环境,粪样中有很高的芽孢杆菌孢子含量,但是肠壁定植细菌中不存在芽孢杆菌(孢子)。PCR-DGGE及聚类分析结果表明,从海湾沿岸、养殖池、对虾粪便到对虾肠壁,细菌群落的多样性由高到低,无论是在哪种环境,群落的优势种都十分明显,且只有2—4种。来自同一环境各样品间的细菌群落组成非常相似,来自不同环境的样品,其细菌群落组成差别较大。聚类图上各簇的排列顺序反映了样品在取样空间分布上的毗邻次序和它们的相似程度。  相似文献   
4.
变性梯度凝胶电泳技术是目前研究微生物群落遗传多样性及种群动态性有效手段,已被广泛应用于土壤、活性污泥、生物膜、动物肠道、热泉、湖泊等环境微生物生态学研究。阐述了变性梯度凝胶电泳的原理,分析其在微生物多样性分析方面的优越性及局限性;并着重介绍了PCR-DGGE应用过程中的技术发展,包括Cloning/DGGE,GC-DGGE,Nested PCR-DGGE和DG-DGGE。  相似文献   
5.
太湖不同湖区水生真菌多样性   总被引:3,自引:0,他引:3  
采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)的方法,研究太湖不同湖区水体及沉积物中的水生真菌多样性及环境因子对其的影响.结果表明,2009年5月份太湖水生真菌群落具有较为丰富的多样性组成.东半湖水生真菌多样性指数较两半湖高,湖心区最低.不同湖区水生真菌群落的遗传结构和主要类群组成存在空间差异,东半湖真菌类群...  相似文献   
6.
董逸  刘敏  王金霞  肖天 《海洋与湖沼》2011,42(1):148-156
使用气升式光生物反应器培养钝顶螺旋藻25天,发现随螺旋藻生物量的增长,细菌生物量有一定的增长趋势.应用PCR-DGGE技术分析螺旋藻培养过程中细菌种类组成,发现在不同时期细菌群落组成变化明显.通过DGGE图谱中18条特征条带的克隆、测序及系统进化分析,发现其中有8条序列与а变形菌纲序列相似,3条与拟杆菌纲序列相似,2条...  相似文献   
7.
34株副溶血弧菌16S-23S rDNA间区多态性DGGE分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
采用PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)分析比较了34株分离于环境和水产养殖动物体内的副溶血弧菌及标准株16S-23S rDNA间区(Intergenic Spacer Region, ISR)的多态性和亲缘关系.结果表明, 34株副溶血弧菌的ISR经PCR-DGGE电泳后均能分离出4―10条条带, 共计产生15个多态性位点.所有菌株聚为H、I、J、K四大簇, 株间遗传差异最大为株A18和A25, 遗传距离达到0.4.ISR PCR-DGGE方法为副溶血弧菌基因分型提供了一种新的方法.  相似文献   
8.
采用PCR-DGGE方法,对2011年夏季北极王湾表层海水及沉积物细菌的群落分析结果表明,沉积物中的细菌多样性指数高于海水。深水站位(S1和S3)的沉积物细菌群落不但与浮游细菌群落存在差异,并且与浅水站位(S5)也存在差异。位于湾口、湾内的浮游细菌群落组成也存在一定差异。测序结果显示,王湾海洋细菌的多样性组成包括α-变形细菌、γ-变形细菌、δ-变形细菌、放线菌、拟杆菌及厚壁菌等类群。基于定量PCR方法的检测结果表明,位于湾口、湾内的浮游细菌丰度相似,但湾内玫瑰杆菌支系的丰度明显低于湾口。研究结果表明,与湾口相比,王湾湾内的细菌群落受陆源性淡水输入的影响明显,不但表现在细菌群落的多样性组成上,也表现在某些特定细菌类群的数量分布上。  相似文献   
9.
为了解海洋微表层浮游植物群落结构的日变化特征,于2013年12月3日清晨(6:00)、正午(12:00)、傍晚(18:00)采集了大亚湾海域3个站位微表层和次表层水样,利用PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)和显微镜观察对浮游植物DNA指纹及群落结构进行了分析比较。共分析鉴定出浮游植物79种,微表层和次表层浮分别为61种、68种,清晨、正午和傍晚观察的种类数分别为49种、61种、51种;清晨、正午和傍晚的平均细胞密度分别为1.2×106、1.6×106、1.6×106个/L,微表层和次表层平均细胞密度分别为1.72×106和1.22×106个/L。硅藻占有绝对优势,硅藻的数量百分比均在98%以上,主要优势硅藻为角毛藻(Chaetoceros spp.)、中肋骨条藻(Skeletonema costatum)、丹麦细柱藻(Leptocylindrus danicus)等。微表层对总浮游植物、硅藻及优势硅藻具有明显富集作用,其中对中肋骨条藻和丹麦细柱藻的富集系数分别为4.20和5.47,富集率均为100%。浮游植物DNA指纹条带也较丰富,每个样品DNA指纹条带数为12~28条,其中傍晚指纹条带最为丰富。由于优势种类对非优势种的屏蔽作用,DNA指纹条带数低于浮游植物种类数,但在剔除数量上小于0.5%的非优势种后,DNA指纹条带数与浮游植物种类数相近,说明PCR-DGGE技术对浮游植物检测灵敏度为优势度0.5%左右。  相似文献   
10.
采用3对特异性引物,对中国近海常见3种原甲藻的18S rDNA的部分序列进行PCR扩增,运用变性梯度凝胶电泳技术(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)对PCR产物进行了差异性分析。结果表明,各对引物具有不同的区分效果,选择包含较多差异碱基的短片段进行扩增,可以对藻种进行更好的区分;PCR-DGGE技术具有较高的灵敏性,不同藻种间即使1个碱基的差异也可以区分开;PCR-DGGE技术可以对3种原甲藻进行区分。  相似文献   
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