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为进一步研究条斑紫菜促分裂原活化激酶家族PyMAPK5的下游互作蛋白,理解其生物学功能,本研究通过酵母双杂交的方法进行其相互作用蛋白的筛选。提取不同温度和失水逆境胁迫下的RNA,利用Invitrogen体系构建条斑紫菜酵母双杂交cDNA文库,其库容为1.44×107CFU,重组率为91.8%。以pGBKT7-PyMAPK5为诱饵蛋白载体,利用共转化方法,从文库中筛选得到26个与PyMAPK5互作的候选蛋白。候选蛋白集中在光系统II相关蛋白、捕光蛋白、微管蛋白、ATP酶、GTP结合蛋白及假设蛋白等。微管蛋白、捕光蛋白、光系统II蛋白一对一验证结果为阳性,表明在酵母体内存在互作。本研究为阐明条斑紫菜PyMAPK5与其互作蛋白的关系及解析PyMAPK5下游作用机制奠定了基础。 相似文献
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丛粒藻形态多样性与遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
观察了采集自不同地点的3株丛粒藻(Botryococcus braunii)(AGB-Bb01、AGB-Bb02和AGB-Bb03)的显微结构和亚显微结构,以18S rDNA和ITS区序列为目标位点比较分析了16株丛粒藻藻株的遗传距离和序列相似性,重建了系统发生树。结果表明:丛粒藻不同地理株在细胞大小、聚落大小和聚落细胞数目方面存在较明显的差异,亚显微结构显示不同藻株的杯状鞘厚度及细胞包埋程度也存在差异;不同地理株间具有较高的遗传多样性,系统发生树显示所有藻株可分成2个簇群和4个亚群,存在一定程度的地理隔离。研究证明了18S rDNA和ITS区序列是进行丛粒藻基因分型和遗传多样性研究的良好位点。本研究为系统了解丛粒藻的遗传多样性和开展优良藻株选育工作奠定了基础。 相似文献
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条斑紫菜锰超氧化物歧化酶原核表达及多克隆抗体制备 总被引：1，自引：0，他引：1
研究紫菜抗逆的分子机制,将本实验室克隆的条斑紫菜(Porphyra yezoensisUeda)锰超氧化物歧化酶(manganese superoxide dismutase,Mn SOD)基因全长cDNA克隆到质粒pET-30c(+)中,构建原核表达载体pET-S,转化大肠杆菌BL21(DE3)表达Mn SOD,表达产物的分子量约为30 KDa。利用不同浓度的Mn2+诱导重组Mn SOD的表达,可以检测到比活力随Mn2+浓度增高而上升的趋势。用重组Mn SOD免疫新西兰大白兔,制备了多克隆抗体,多克隆抗体的效价为1∶8 000。免疫印迹实验(Western Blot)表明该多克隆抗体具有很好的特异性。 相似文献
4.
微管是细胞骨架的主要成分,其结构及动力学机制对提高生物体耐受性具有重要作用。微管网络如何通过结构的动态变化调控适应环境变化已成为胁迫生物学领域的研究热点之一。条斑紫菜(Pyropiayezoensis)能够适应潮间带复杂多变的环境,是研究潮间带大型海藻抗逆机制的良好材料。目前对紫菜微管相关基因家族构成及其生物学功能的研究较少。本研究利用生物信息学方法,在条斑紫菜基因组中共鉴定出4个Tubulin基因(Pyα-tubulin 1、Pyα-tubulin 2、Pyβ-tubulin和Pyγ-tubulin)和11个Kinesin基因(PyKinesin1—PyKinesin11),并对其理化性质、基因结构、蛋白特征、染色体定位、系统进化和失水胁迫下的表达模式进行了系统分析。结果显示:条斑紫菜中有3种微管蛋白(Tubulin)亚型;该家族成员散布于1号和2号染色体上, Pyα-tubulin 1和Pyα-tubulin 2为串联重复基因;PyTubulin家族成员在基因结构和蛋白特征方面均较为保守,且在转录水平对失水胁迫不敏感。条斑紫菜中有5种驱动蛋白(Kinesin)亚型,亚家族种类和基因数量均少于高等植物;该家族基因散布于1号、2号和3号染色体上,无串联重复基因; PyKinesin家族成员在基因结构和蛋白特征方面存在一定差异,PyKinesin1在中高度失水胁迫下表达量显著上调。本研究为进一步理解Tubulin和Kinesin基因家族的进化和功能、解析微管在条斑紫菜响应失水胁迫中的作用奠定了基础。 相似文献
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坛紫菜EST-SSR筛选及其在遗传多样性分析中的实用性 总被引：1，自引：0，他引：1
微卫星标记作为1种重要的分子标记,在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用.EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一, 本研究对坛紫菜EST数据库中6*!035条序列进行搜索,发现340条EST包含SSR序列,其中三碱基重复最多,占总数45.95%;其次是两碱基重复,占总数的45.38%;再次是六碱基和五碱基,分别占总数的5.78%和2.02%;四碱基最少,仅占总数的0.87%.在两碱基中AG,GA,TC,CT类型数量最多,占所有两碱基SSR的82.8%;在三碱基中CCG,CGC,GCC,GGC,GCG,CGG类型数量最多,占所有三碱基SSR的52.83%;其它重复次数中,各种类型所占比例相差不大.进一步比较坛紫菜与条斑紫菜EST-SSR序列,发现2种紫菜SSR类型及比例存在明显差异.根据EST-SSR序列设计合成了10对引物,其中4个位点在8个不同来源坛紫菜叶状体间存在多态性,说明从坛紫菜EST中筛选的SSR标记可以用于进行坛紫菜遗传多样性分析. 相似文献
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以3种不同盐度处理的大叶藻为材料,采用RNA转录本5’末端转换机制(SMART)构建了大叶藻叶片全长cDNA文库,原始文库滴度为8.675×106pfu/mL,重组率为97.19%,插入片段平均长度大于800bp,扩增后的文库滴度达到1.03×109pfu/mL。将部分原始λ噬菌体cDNA文库转化成质粒cDNA文库,PCR检测结果显示文库插入片段集中在750～2000bp之间。随机选取20个单克隆进行测序,其中13条序列包含完整的开放阅读框。结果表明所构建文库容量大,全长比例高,为深入开展大叶藻功能基因研究奠定了基础。 相似文献
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RSAP标记技术在紫菜遗传多样性检测及种质鉴定中的应用 总被引：4，自引：0，他引：4
限制性位点扩增多态性（restriction site amplification polymorphism，RSAP）是根据基因组内普遍存在的酶切位点来设计特殊的引物，通过简单的梯度PCR反应来产生多态性。本研究首次将RSAP标记技术成功应用于紫菜遗传多样性检测和种质鉴定。利用所建立的适合于紫菜RSAP分析的PCR反应体系和反应条件，使用30对引物对15个紫菜系DNA进行了PCR扩增，经过3次重复验证，有12对引物能够扩增出清晰且稳定的条带。这12对引物共扩增出413条带，其中408条为多态性条带，多态性比例96％，平均每对引物产生34条多态性条带，片段大小在50-500bp之间。利用这413条带进行聚类分析，产生了这15个紫菜系的进化树。15个紫菜系在0.69相似系数水平上分为两大类：一类包括坛紫菜；另一类包括条斑紫菜和少精紫菜。选2对引物R1／R6和R3／R4所扩增的10条稳定且重复性好的条带，构建了这15个紫菜系的RSAP-DNA指纹图谱。在该指纹图谱中，每个紫菜系都有其独一无二的指纹模式，能够很容易地与其它紫菜系相区分。 相似文献
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4株琼胶降解菌的分离、鉴定及产酶条件分析 总被引：2，自引：1，他引：1
从海藻及海参中分离筛选得到4株琼胶降解菌HD、JL、QJ和HS,均为革兰氏阴性菌,确定了它们发酵产酶的最佳条件均为：2216E海水培养基、初始 Ph 7.5、琼胶底物浓度0.30%、培养温度28℃、培养时间36 h。大部分酶分泌到细菌细胞外。生理生化检测、16SrDNA序列同源性及聚类分析结果表明, HD、JL、HS为白色噬琼胶菌(Agarivorans albus);QJ的16SrDNA序列与Simiduia sp.,糖噬胞菌属( Saccharophagus sp.)和船蛆杆菌(Teredinibacter sp.)的相似性为93%~94%,在进化树上单独形成一个分支,但生理生化特征与它们有所不同,分类地位需要进一步确定。从HD、JL和HS中能克隆到β-琼胶酶基因,它们与其他物种的β-琼胶酶基因序列的相似性为97%~98%。 相似文献
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本研究从条斑紫菜中克隆了一个丝裂原活化蛋白激酶(mitogen activated protein kinase)基因,命名为PyMAPK3。该基因全长2155bp,开放阅读框(ORF)1401bp,编码466个氨基酸,含有两个内含子。氨基酸序列分析表明,PyMAPK3磷酸化位点的氨基酸基序为TDY,其等电点为7.17,蛋白分子量为51.6KDa,亚细胞定位于叶绿体。荧光定量PCR技术对该基因在不同非生物胁迫条件下的转录差异分析结果显示,极端胁迫条件下基因表达量显著增加。蛋白免疫印迹技术对蛋白在不同胁迫条件下的表达量分析结果显示,在不同的胁迫条件下其翻译水平的表达模式表现出与转录水平的不一致性。本研究为深入了解条斑紫菜在逆境适应机制中MAPK蛋白的作用奠定基础,同时为条斑紫菜抗逆品系的选育提供理论指导。 相似文献
10.
探索优化研磨条斑紫菜叶状体提取DNA的条件,建立一套简单、快速、高效的高通量研磨破碎方法。钢珠研磨80s时的破碎效果与液氮研磨破碎效果相近,因此选用80s作为研磨时间。利用2种样品材料(干燥和新鲜)、4种研磨介质(钢珠Φ2.3mm、陶瓷珠Φ1mm、石英砂0.270~0.707mm和玻璃珠Φ0.5mm)、3个研磨介质体积梯度(0.1、0.2和0.3mL)设计研磨实验。结果发现,钢珠的破碎效果最好,玻璃珠的破碎效果最差;石英砂和玻璃珠组研磨干燥材料所得DNA完整性最好,4种研磨介质研磨新鲜材料所得DNA出现了降解,钢珠和陶瓷珠研磨干燥材料所得DNA降解最严重;研磨介质的体积对样品的破碎程度、DNA得率和DNA质量没有显著性影响;4种研磨介质研磨干燥和新鲜材料所提DNA的纯度均较高。80s的研磨实验中显示,钢珠组能有效的破碎干燥和新鲜材料,获得DNA的纯度和得率都比较高,但是DNA出现了降解。在此基础上设置了0.2mL钢珠研磨干燥和新鲜材料5~40s的时间梯度。实验结果显示,钢珠在5~40s时均能有效的破碎干燥、新鲜2种样品材料。干燥材料研磨5~40s时,DNA有明显的主条带,DNA得率随着研磨时间的延长有所增加,DNA质量较好,且能用于限制性内切酶酶切实验;新鲜材料研磨5~40s时,DNA有明显的主条带,DNA得率没有显著性差异,DNA质量较好,也能用于限制性内切酶酶切实验。所以本文认为破碎干燥和新鲜2种样品材料制备高质量条斑紫菜DNA的最佳条件为:研磨介质为0.2mL钢珠、研磨速度为6 800r/min、研磨时间为5s。 相似文献