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罗非鱼源无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)新型AI-2信号分子受体RbsB蛋白结晶生长研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了开展无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)核糖结合蛋白(Ribose binding protein B,RbsB)结构功能的研究,本实验根据已知无乳链球菌ZQ0910全基因组序列设计相关引物。采用PCR方法扩增其RbsB基因,随后将该基因定向克隆到原核表达载体pGEX-6p-1中,在大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中进行IPTG诱导表达;采用HRV 3C蛋白酶切除GST标签,分子筛分离获得RbsB蛋白;运用生物信息学软件对RbsB基因序列进行分析,并对RbsB蛋白二级和三级结构进行预测;采用NeXtal Tubes JCSG Core Suite结晶试剂盒筛选蛋白结晶条件。研究结果表明,该基因全长为969碱基,编码322个氨基酸,RbsB蛋白理论分子量33.9ku,等电点为9.41,二级结构中α螺旋结构所占比重最高,建立RbsB蛋白三维结构模式图;经IPTG诱导后表达的融合蛋白分子量为59ku,筛选RbsB蛋白的初始结晶条件为(0.2mol/L di-Potassium hydrogen phosphate,20%(W/V)PEG3350;1.5mol/L ammonium sulfate,25%(V/V)Glycerol),获得RbsB蛋白结晶体。本研究结果可为无乳链球菌核糖结合蛋白(RbsB)的功能解析提供实验及理论基础。 相似文献
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【目的】研究工厂化养殖条件下不同养殖密度(2、4、6 kg/m3)、投喂频率(1、2、3次/d)和投喂水平(60、80、100%饱食)对珍珠龙胆石斑鱼(棕点石斑鱼Epinephelus fuscoguttatus♀×鞍带石斑鱼E.lanceolatus♂)幼鱼的特定生长率、饲料转化率和胃蛋白酶活力等3生长性能参数的协同影响。【方法】采用中心复合实验设计(BBD)和响应曲面(RSM)方法分析。【结果】养殖密度、投喂频率和投喂水平的一次、二次效应对幼鱼特定生长率、饲料转化率和胃蛋白酶活力影响显著(P﹤0.05)。养殖密度与投喂频率对幼鱼的特定生长率和饲料转化率有极显著的交互作用(P0.01),对胃蛋白酶活力无显著交互作用(P0.05);养殖密度与投喂水平对饲料转化率和特定生长率有极显著交互作用(P0.01),对胃蛋白酶活力有显著交互作用(P0.05);投喂频率与投喂水平对特定生长率、饲料转化率和胃蛋白酶活力无显著交互作用(P0.05)。3响应面指标回归模型的决定系数分别为0.983 0、0.943 6和0.991 0,拟合方程可信度较高。响应指标优化结果表明,在养殖密度为42尾/m3,投喂频率为2次/d,投喂水平为81.24%条件下,特定生长率、饲料转化率和胃蛋白酶活力最佳,分别为1.291%/d、1.041%和154.322 U/mg,可靠性达94.6%,可信度较高。【结论】工厂化循环水养殖系统内养殖珍珠龙胆石斑鱼幼鱼,在养殖密度为42尾/m~3、每天2次的81.24%饱食投喂条件下,幼鱼可健康生长,生产成本最低。 相似文献
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补体系统作为先天免疫的重要组成部分,是一种复杂的限制性蛋白水解系统,其在免疫系统中发挥着重要的防御作用。为分析马氏珠母贝补体系统的组成及作用机制,使用血细胞样品进行了全长转录组测序建库、基因比对、功能注释,共挖掘到212个潜在补体样组分相关基因。补体样组分基因经同源性比对和结构域检测分析表明,检索到的基因分别编码89个含C1q结构域蛋白、57个C型凝集素蛋白、33个纤维胶凝蛋白、11个纤维蛋白原相关蛋白、8个甘露糖结合型凝集素关联丝氨酸蛋白酶、2个含硫酯蛋白(1个C3分子,1个TEP分子)、1个补体受体、2个补体因子、9个丝氨酸蛋白酶。随机选择12个补体相关基因,使用溶藻弧菌刺激前后的血细胞样品进行实时定量PCR检测其表达水平,结果显示C1q(C1q domain containing protein)、C-lectin、MBL(mannose-binding lectin)、ficolin、MASP(mannan-binding lectin serine protease)等基因均呈现出显著差异表达,表明马氏珠母贝补体系统是一个复杂的多组分效应系统,且可能通过凝集素途径或类似于凝集素途径激活补体系统的免疫作用。研究结果为进一步验证马氏珠母贝中存在的原始补体系统提供了分子生物学证据,同时对深入了解马氏珠母贝免疫防御机制,丰富和发展海洋无脊椎动物免疫学内容也具有重要理论意义。 相似文献
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【目次】了解方斑东风螺中响应LPS刺激的SNP位点及SNP所在基因SNP-Unigenes的功能。【方法】使用SOAPsnp软件分析不同时间条件下转录组数据中的SNP位点,使用GO、COG和KEGG数据库进行功能注释。【结果】转录组数据中共挖掘到673 782个SNP位点,分布在110 869条SNP-unigenes序列上。SNP类型分析表明,转换位点发生的频率远高于颠换位点,且6种单碱基变异类型中以A/G转换发生概率最大。有5866条SNP-unigenes富集到298个KEGG子集中,其中以"内吞作用"子集中富集的SNP-Unigenes最多,共富集182条。 相似文献
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根据已构建的溶藻弧菌(Vibro alginolyticus)诱导的马氏珠母贝(Pinctada fucata)血淋巴cDNA差减文库得到的ESTs序列, 应用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆了其组织蛋白酶L基因(PFCatL), 并对其进行了生物信息学分析; 应用实时荧光定量PCR (Real-time PCR)技术, 研究了PFCatL基因在溶藻弧菌刺激前后马氏珠母贝足、外套膜、鳃、闭壳肌等8个组织中的表达变化。结果表明, PFCatL基因cDNA全长2004bp, 其中5′非编码区(5′-UTR)50bp, 3′非编码区(3′-UTR)865bp, 开放阅读框(ORF)1089bp, 编码362个氨基酸, 其分子量计算值(MW)为40.52kDa, 理论等电点(IP)为5.20; 生物信息学分析表明, PFCatL含有16个氨基酸残基组成的信号肽序列以及组织蛋白酶前体抑制功能域I29; Clustalw2多重比对发现PFCatL氨基酸序列在催化三联体Cys-His-Asn、底物结合位点以及二硫键形成相关的半胱氨酸残基位点高度保守; Real-time PCR研究发现, PFCatL在马氏珠母贝各组织中均有表达, 但各组织间的表达量存在差异, 其中以肾和闭壳肌中的表达量最高; 溶藻弧菌感染4h后, 外套膜、鳃以及血淋巴中PFCatL基因的表达较感染前显著上调。 相似文献
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【目的】筛选褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)及其杂交子一代(E. fuscoguttatus♀×E. polyphekadion♂,F1)的差异表达基因,探讨褐点石斑鱼及F1代之间的生长差异性。【方法】采用Illumina HiSeq 2000测序平台对同龄的褐点石斑鱼及其杂交F1的脑、肝脏和肌肉组织进行转录组测序,通过edgeR软件包筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO(Gene Ontology)功能注释和KOG注释,最后通过实时荧光定量PCR验证转录组数据。【结果】测序的原始数据经过质量控制和组装共得到54 610条unigenes。组装的unigenes共有28 832条unigenes得到注释,共获得20234条差异表达基因,其中有10218条上调,10016条下调。GO功能注释显示共34061条unigenes聚类到涉及生物过程、分子功能和细胞组分的53个功能类别,其中被较多基因聚类到的功能类别为细胞过程、结合、单一生物过程、代谢过程和催化活性等。KOG注释发现,42 753 unigenes被注释到25个功能类别中,其中较多涉及信号转导机制、基因功能预测、翻译后修饰,蛋白质周转和分子伴侣、转录等。进一步筛选到一批和生长相关的差异表达基因,如GH、GHRH、PRL、SLP、AVTp等,这些差异表达基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与杂交F1相较于褐点石斑鱼生长快速的性状相符。【结论】研究完成了对褐点石斑鱼及其杂交F1的转录组测序、组装,获得了测序数据在不同数据库的功能注释信息,同时筛选了一批生长相关差异表达基因,这些基因在F1中的表达水平均高于其亲本褐点石斑鱼,与现实生长性状相符。 相似文献
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将莫荷罗非鱼(Oreochromis mossambicus×O.urolepis hornorum)幼鱼养殖水体盐度从淡水渐变至12、18、24、30(每天提升6)等4个目标盐度,利用间歇式呼吸仪分析幼鱼在目标盐度下5、10、15、20 d时的呼吸和氨氮排泄的变化。结果表明,在实验前期,莫荷罗非鱼幼鱼耗氧率、排氨率随盐度的升高而增加,各盐度处理组均在5 d时升到最大值,之后开始下降,下降时间、幅度与外界盐度有关。盐度12、18组幼鱼耗氧率10 d时下降至对照组水平,20 d时低于对照组水平,差异有统计学意义(P<0.05);盐度24、30组幼鱼耗氧率则在15 d时下降至对照组水平并维持稳定;幼鱼排氨率随实验时间的延长,各盐度处理组幼鱼排氨率呈先上后下降的变化,盐度24、30组幼鱼排氨率在15 d下降并维持在对照组水平,盐度12、18组幼鱼排氨率在15 d时下降至对照组水平并于20 d时低于其他盐度组,差异有统计学意义(P<0.05)。莫荷罗非鱼幼鱼适应新盐度环境后,盐度18组的耗氧率、排氨率最低,与盐度12组差异无统计学意义(P>0.05),与其他盐度处理组有差异有统计学意义(P<0.05),推测其等渗点在盐度12~18之间。不同盐度条件下,氧氮比值介于18.810~24.216间,氨熵介于0.083~0.108间,表明莫荷罗非鱼幼鱼主要依靠蛋白质和脂肪氧化供能。 相似文献
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高光谱压缩感知(HCS)对于解决机载或星载高光谱数据的存储与实时传输具有重要意义。目前,线性混合模型(LMM)已被成功应用于HCS;然而,由于光照条件、地形变化以及大气作用等的影响,所获取的地物光谱会发生扰动,从而限制了HCS重建质量的提高。在LMM基础上,通过引入光谱修正项来修正光谱扰动,提出了光谱扰动修正的LMM (SPC_LMM);在此基础上,进一步提出了基于SPC_LMM的HCS (HCS_SPC_LMM)方法。该方法在采样端仅对原始高光谱图像进行光谱维压缩采样,基于压缩采样数据,将SPC_LMM应用HCS的重建,利用交替方向乘子法(ADMM)分别估计SPC_LMM中各分量的最优值,以获得最优的高光谱图像重建质量。实验结果表明,HCS_SPC_LMM能够获得优于其他典型HCS方法的重建质量。 相似文献
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