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1.
皱纹盘鲍微卫星研究进展   总被引:18,自引:2,他引:16  
微卫星标记(microsatellite markers)广泛分布于原核生物和真核生物基因组中,具有密度大、多态性丰富、遵循孟德尔分离定律共显性遗传、易于PCR扩增等特点,已成为近年来最引人注目的新型DNA标记。本文对皱纹盘鲍的微卫星标记的开发以及在种群遗传多样性评价、家系分析、人工苗种遗传变异监测研究方面的最新进展进行了综述,并阐述了微卫星标记在无效等位基因、大小承异同形性等方面存在的问题。  相似文献
2.
采用分群分离分析法,以同一批受精卵孵化的同池养殖大菱鲆生长性状发生分离的群体为材料,进行微卫星DNA遗传分析,以揭示影响大菱鲆生长发育速度方面的遗传信息。30个多态性微卫星位点对生长高值组(F组)和生长低值组(S组)各10个样本建立的DNA混合池进行扩增时,在两池间出现了7个差异片段。通过对两组大菱鲆个体PCR扩增出的差异条带进行统计,分析微卫星位点与大菱鲆生长性状的相关性。结果表明,有1个微卫星位点(SmaC10)在355bp的等位基因片段与大菱鲆生长性状存在一定的负相关性;有4个微卫星位点(SmaC02、SmaC06、SmaC09、B11-I12/6/3)分别在258bp、182bp、226bp、175bp的等位基因片段与大菱鲆生长性状存在正相关性,其中位点Smac09在226bp的等位基因片段与生长性状的正相关性极显著,相关系数达到0.354。位点SmaC09所扩增出的等位基因片段可作为具有良好生长特性人工选育群体的分子标记,指导大菱鲆的辅助育种。  相似文献
3.
皱纹盘鲍野生与养殖群体微卫星标记遗传变异研究   总被引:3,自引:3,他引:5  
采用7个微卫星标记对辽宁大连、山东烟台、荣城、崂山和胶南5个皱纹盘鲍养殖群体,以及山东长岛、荣城、日本岩手、韩国仁川4个皱纹盘鲍野生群体进行了群体遗传多样性与遗传分化的研究.结果表明,从等位基因数与杂合度上分析,养殖群体(N=8.0~9.4,He=0.754~0.787)遗传多样性显著低于野生群体(N=11.3~15.0,He=0.821~0.866);等位基因频率分布揭示出野生群体中一些稀有等位基因在养殖群体中有所丢失;亲鲍选用数量少与性别比例不均衡可能是产生养殖群体中遗传多样性显著减少的原因.通过对等位基因频率比较分析,5个养殖群体之间以及养殖群体与野生群体之间观察到显著差异的Fst与Rst值,野生群体之间日本群体Fst与Rst值与其他3个野生群体差异显著,群体间存在遗传分化;养殖群体间遗传距离与地理距离不相关,可能是皱纹盘鲍育苗过程中亲鲍和苗种频繁交流所造成的结果;日本群体与其他3个野生群体间存在显著遗传分化与皱纹盘鲍短暂的浮游期与有限的扩散能力有关.  相似文献
4.
大菱鲆与耐高温性状相关的微卫星标记筛选   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
采用微卫星分子标记(SSR)技术分析大菱鲆(Scophthalmus maximus L.)耐高温相关特性,为耐高温大菱鲆的分子辅助育种提供合适的分子标记.将大菱鲆经过高温实验处理,区分为耐高温组与高温敏感组,用于实验分析.采用Salah.M法抽提大菱鲆肌肉组织的DNA,根据已知的30个大菱鲆微卫星位点的侧翼保守序列设计引物,进行微卫星引物PCR(SSR-PCR)扩增.对PCR扩增出的差异条带进行个体统计,最后进行微卫星位点与耐高温性状的相关性分析.结果表明,有1个微卫星位点与大菱鲆耐高温性状存在一定的负相关性;有3个微卫星位点与大菱鲆耐高温性状存在正相关性,其中位点Sma-USC27 286 bp的等位基因片段与耐高温性状的正相关性极显著,相关系数达到0.383(P<0.01),其余2个位点为一般显著性相关.微卫星位点Sma-USC27所扩增出的差异等位基因片段可作为分子标记指导耐高温大菱鲆的辅助育种.  相似文献
5.
采用微卫星标记进行缢蛏(Sinonovacula constricta)群体遗传研究时,群体的样本量多少对遗传多样性指标准确性有影响.实验设置了11个样本量梯度,并对观测等位基因数(Na),有效等位基因数(Ne),表观杂合度(Ho),期望杂合度(He)和Nei's遗传多样性指数(H)的变化趋势进行了分析.结果表明,样本量与观测等位基因数和有效等位基因数具有高度的正相关性,与杂合度和内氏遗传多样性指数呈中度相关.当样本量小于20时,遗传多样性指标均呈现迅速增加的趋势;当样本量大于30,杂合度和内氏遗传多样性指数趋于稳定.建议在利用微卫星进行群体遗传结构评估时,最适参数为期望杂合度和内氏遗传多样性指数,最小样本量为30.  相似文献
6.
许氏平鲉4 个野生群体遗传多样性微卫星分析   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
利用18对微卫星引物分析了荣成湾群体1、荣成湾群体2、即墨群体和龙口群体共4个许氏平鲉(Sebastes schlegeli)野生群体的遗传多样性。结果表明:4个群体的平均有效等位基因数分别为3.1、2.7、2.8和2.7,平均期望杂合度分别为0.590、0.540、0.552和0.491,平均多态信息含量分别为0.577、0.495、0.538和0.528。4个许氏平鲉群体均表现出较高的遗传多样性水平,但也都存在杂合子缺失现象。Χ2检验显示,4个群体中大部分微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。群体间Fst值为0.04,说明遗传变异主要存在于群体内,群体间的遗传分化程度较低。该研究结果将为许氏平鲉种质资源保护和合理利用以及人工增殖提供理论参考。  相似文献
7.
根据已知罗非鱼相关基因序列设计了5对微卫星引物,对萨罗罗非鱼、尼罗罗非鱼、以色列红罗非鱼、台湾红罗非鱼、奥利亚罗非鱼和齐氏罗非鱼6种罗非鱼进行遗传多样性分析,结果表明:(1)6种罗非鱼在5个微卫星座位上共发现22个等位基因和49种基因型,萨罗罗非鱼、台湾红罗非鱼及齐氏罗非鱼的等位基因数和基因型数较少,萨罗罗非鱼特有的等位基因是190和204,特有的基因型为190/190、204/204、270/223和270/243;(2)与另外5种罗非鱼相比,萨罗罗非鱼的有效等位基因数(Ne)、平均杂合度期望值(He)和多态信息含量值(PIC)都较低,分别为1.812、0.331和0.326;(3)6种罗非鱼明显分为2支,萨罗罗非鱼单独为一支,另外5种罗非鱼聚为一支;(4)萨罗罗非鱼保种的主要问题是要特别防止近亲繁殖。  相似文献
8.
基于微卫星标记的三疣梭子蟹家系系谱认证   总被引:1,自引:0,他引:1  
用6个微卫星标记对三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的6个家系进行系谱鉴别和遗传多样性研究。6个微卫星标记在6个家系中显示了高度的遗传差异,6个位点的多态信息含量(PIC)分别为Pot09位点0.6045,Pot14位点0.6072,Pot17位点0.8130,Pot18位点0.6870,Pot25位点0.7839,Pot42位点0.6330。6个多态性位点共发现了32个等位基因,每个位点的等位基因数在4~8个之间。不同位点共发现7个家系特异性等位基因,2#和3#家系中各发现2个,1#、5#、6#家系中各发现1个,4#家系未发现特异性等位基因。根据已知亲本及子代基因型,可推断出6个家系中全部亲本的基因型,据此鉴别各家系。在Pot18位点可将1#家系和6#家系与其他家系相区别;Pot14位点和Pot17位点可将3#家系与其他家系相区别;Pot42位点可将5#与其他家系相区别;Pot17位点和Pot25可将2#家系与其他家系相区别。因此,Pot18位点、Pot14位点和Pot17位点、Pot42位点、Pot17位点和Pot25位点可分别用于鉴别1#和6#家系、3#、5#、2#家系的特异性标记。研究表明,在选用的6个微卫星标记中,最少选用3个标记可鉴别6个三疣梭子蟹家系。  相似文献
9.
为给石磺科贝类系统进化研究和资源保育工作提供更有效的分子标记, 使用Illumina HiseqTM 2000高通量测序技术对里氏拟石磺进行转录组测序, 以所得的拼接序列为基础, 利用MISA 和SSR Hunter1.3软件进行微卫星序列的查找, 对选出的51 个微卫星位点进行引物设计, 经PCR扩增得到单一清晰扩增条带的位点24个, 研究湛江里氏拟石磺群体扩增。结果表明, 其中14个位点表现多态性。14个多态性位点得到的等位基因数为2~4, 其中观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.031 3~0.714 3 和0.031 3~0.708 4,多态性信息含量(PIC)为0.089 5~0.640 5, 14个位点中的2个位点表现为高度多态性(PIC>0.5), 10个位点表现为中度多态性(0.5>PIC>0.25), 另外2个位点表现为低度多态性(PIC<0.25)。经Sequential Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验, 9个位点不偏离平衡(P>0.05)。开发的SSR标记可用于里氏拟石磺群体遗传学和石磺科贝类间的系统发生研究, 并为里氏拟石磺的群体种质保护提供数据支持。  相似文献
10.
采用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法,得到12对缢蛏(Sinonovacula constricta)的多态性微卫星引物。每个位点的观测等位基因数为2—15个,有效等位基因数为1.0339—8.8063个;观测杂合度(Ho)为0.0333—1.0000,平均观测杂合度为0.7525;期望杂合度(He)为0.0333—0.9020,平均期望杂合度为0.6866;多态信息含量(PIC)为0.0320—0.8680。所有位点中,有8个位点属于高度多态位点(PIC0.5),SC1-5和SC4-6属于低度多态位点(PIC0.25);经Bonferroni校正后,无显著偏离哈迪-温伯格平衡的位点;连锁不平衡检验结果表明,位点间不存在连锁不平衡现象。此外,分析了这些引物在近缘种长竹蛏(Solen strictus)、大竹蛏(Solen grandis)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的通用性情况,结果显示:长竹蛏中,位点SC1-4、SC2-8、SC3-1、SC3-14表现出了高度多态(PIC0.5);在大竹蛏中,位点SC3-4、SC3-7、SC4-6表现出了高度多态性(PIC0.5),SC2-9为低态位点(PIC0.25);在小刀蛏中,位点SC1-7、SC2-9、SC3-4、SC3-14表现出了高度多态性(PIC0.5),SC4-6为低态位点(PIC0.25)。  相似文献
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