鳗草HSF基因家族的筛选与生物信息学分析     

唐学玺  尚帅  臧宇  陈军  薛颂 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,50(9)

鳗草(Zostera marina)作为适应在海洋环境中生长和繁殖的多年生被子植物,是研究海洋高等植物分子进化的理想物种。热激转录因子(HSF)在植物细胞的修复、蛋白的转录修饰以及信号转导中具有重要的作用。为全面了解鳗草基因组中HSF基因家族信息,本文采用生物信息学手段,在鳗草基因组中鉴定了11个ZmHSFs基因,基因长度差异较大,但均不含有内含子。系统发育结果显示11个基因分为HSFA和HSFB两大分支。顺式作用元件分析表明ZmHSFs基因很可能同时受到温度和光照等多种非生物因素的调节。此外,鳗草HSF基因家族数目明显小于其他高等植物,二次入海过程可能导致部分ZmHSFs基因丢失。转录组数据表明HSF基因在3种不同器官中均有表达,且存在一定的器官表达差异。  相似文献   

海洋细菌SAR86研究进展     

王丹  吴冬梅  刘嘉佩  王健鑫 《海洋科学》2018,42(9):135-142

变形菌门是海洋环境中最主要的微生物类群,其中属于γ-变形菌门的海洋细菌SAR86成为近来研究的热点之一。本文从海洋细菌SAR86的系统发育多样性、生态分布、基因组学以及在海洋生物地球化学循环中的作用等四个方面对相关研究进行回顾与展望。  相似文献   

文昌鱼线粒体基因组特征分析及分子标记探讨     

申欣  田美  孟学平  程汉良 《海洋科学》2011,35(7):7-13

线粒体基因组已被广泛应用于后生动物分子系统发育和群体遗传的研究。文昌鱼（Amphioxus）作为研究脊椎动物起源和进化的模式动物,在脊椎动物起源和进化研究中占据极为重要的位置。作者综合分析文昌鱼2科7个种的51条线粒体基因组全序列,全面揭示了文昌鱼线粒体基因组的基本特征。文昌鱼线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因...  相似文献   

长牡蛎基因组微卫星引物的开发和特性描述   总被引：1，自引：0，他引：1  

韩斐斐  亓海刚  李莉  张国范  闫喜武  李慧娟  杨霏  王琳楠 《海洋通报》2011,30(5):566-571

长牡蛎于20世纪80年代从日本引进中国.在我国,长牡蛎已经成为重要的贝类养殖产业之一.本实验从全基因组上筛查微卫星序列,在微卫星筛查的范围、数目和类型上是传统的富集文库法开发微卫星所无法比拟的.利用基因组微卫星序列总共设计了104对引物,54对引物能扩增出目的片段,其中有34对引物显示多态性扩增,占32.7％,20对引...  相似文献   

小麦基因组比人类更复杂     

《海洋世界》2010,(10):7-7

基因组的复杂性与生物个体大小可没什么直接联系，比如小麦的基因组就比人类的要复杂得多。 每个人都做梦。但大多数人醒来后不久就想不起来梦的内容了，最多只留下一点印象。那些醒后还清晰记得梦的内容的，一般被认为是睡眠质量不高，或者是多梦。有些医生按照传统观念，也承认多梦是大脑不曾休息或休息不好的表现。  相似文献   

南极纳尔逊冰川土壤中微生物的群落结构及其代谢特征研究          下载免费PDF全文

范启连  田琛  吕永新  张宇  肖湘 《应用海洋学学报》2023,42(2):187-194

冰川土壤中的微生物是冰冻圈生态系统中的重要组成部分。南极纳尔逊冰川四周环海，临近海洋的物质输送和其他因素扰动改变了近岸土壤中部分理化因子，从而对土壤中的微生物群落产生影响。本研究采集了南极纳尔逊冰川不同近海距离处的土壤样品，并对其进行了细菌和古菌V4区扩增子测序以及宏基因组测序，探讨了不同近海距离的冰川土壤中的微生物群落结构和代谢潜能。物种多样性结果显示，不同位点的土壤微生物群落组成有所差异，但变形菌门、放线菌门、拟杆菌门等在冰川土壤样品中普遍存在且相对丰度较高。宏基因组分析结果显示，不同近海距离的冰川土壤微生物群落的功能基因分布不同，且能量代谢和跨膜运输等代谢途径的基因的丰度随着采样位点远离海洋而降低。冰川土壤中碳、氮、硫代谢分别以还原性柠檬酸循环、反硝化、同化硫酸盐还原途径为主，其中反硝化途径基因在所有样品中丰度较高。通过分箱组装获得了含有反硝化功能基因的基因组bin_71，并重构了其核心的代谢通路。本研究初步揭示了南极纳尔逊冰川土壤中微生物的群落结构及代谢潜能，为后续南极冰川土壤新物种的发现、功能基因的挖掘、以及探究全球气候变暖下海洋对沿海生态系统的影响提供了基础数据。  相似文献   

科学家发现蜥蜴的毛发基因     

《海洋世界》2008,(12):9-9

长期以来，科学家都认为毛发最初出现在哺乳动物中。毛发可为哺乳动物提供隔离和保护，一直被认为是一个生物进化上的创新。一项新研究表明，毛发的起源可以追溯到3亿年前古生代的爬行类。奥地利维也纳大学的科学家们发现，绿色变色蜥蜴的基因组中有6个编码角蛋白的基因（在哺乳动物中角蛋白与毛发生成密切相关），  相似文献   

Construction of bacterial artificial chromosome libraries for Zhikong Scallop Chlamys farreri     

张洋  张晓军  张洪斌  李富花  相建海 《中国海洋湖沼学报》2008,26(2):215-218

Two Large-insert genomic bacterial artificial chromosome （BAC） libraries of Zhikong scallop Chlamys farreri were constructed to promote our genetic and genomic research. High-quality megabase-sized DNA was isolated from the adductor muscle of the scallop and partially digested by BamH I and Mbo I, respectively. The BamH I library consisted of 53 760 clones while the Mbo I library consisted of 7 680clones. Approximately 96 % of the clones in BamH I library contained nuclear DNA inserts in average size of 100 kb, providing a coverage of 5.3 haploid genome equivalents. Similarly, the Mbo I library with an average insert of 145 kb and no insert-empty clones, thus providing a genome coverage of 1.1 haploid genome equivalents.  相似文献   

Methods Comparison for Microsatellite Marker Development： Different Isolation Methods, Different Yield Efficiency     

Aibin Zhan  Zhenmin Bao  Xiaoli Hu  Wei Lu  Jingjie Hu 《中国海洋大学学报(英文版)》2009,8(2):161-165

Microsatellite markers have become one kind of the most important molecular tools used in various researches. A large number of microsatellite markers are required for the whole genome survey in the fields of molecular ecology, quantitative genetics and genomics. Therefore, it is extremely necessary to select several versatile, low-cost, efficient and time- and labor-saving methods to develop a large panel of microsatellite markers. In this study, we used Zhikong scallop (Chlamys farreri) as the target species to compare the efficiency of the five methods derived from three strategies for microsatellite marker development. The results showed that the strategy of constructing small insert genomic DNA library resulted in poor efficiency, while the microsatellite-enriched strategy highly improved the isolation efficiency. Although the mining public database strategy is time- and cost-saving, it is difficult to obtain a large number of microsatellite markers, mainly due to the limited sequence data of non-model species deposited in public databases. Based on the results in this study, we recommend two methods, microsatellite-enriched library construction method and FIASCO-colony hybridization method, for large-scale microsatellite marker development. Both methods were derived from the mi-crosatellite-enriched strategy. The experimental results obtained from Zhikong scallop also provide the reference for microsatellite marker development in other species with large genomes.  相似文献   

建鲤基因组DNA的RAPD分析     

董在杰  朱健  袁新华  王建新  姜焱 《广东海洋大学学报》2002,22(1):3-6

用 1 5个随机引物对建鲤基因组DNA进行RAPD分析 ,结果显示 ,建鲤群体内的遗传相似系数为 0 91 81± 0 0 73 8,多态位点比例为 0 41 67,平均杂合度为 0 1 884。表明建鲤种质较纯 ,群体内的遗传变异程度较小。建鲤优良性状产生的分子学基础是等位基因的杂合程度较高  相似文献