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1.
中国沿海常见蜑螺科贝类的DNA条形码 总被引:1,自引:0,他引:1
DNA条形码不仅为物种鉴定提供了有效方法,而且也有助于分类学和生物多样性研究。本研究旨在探讨将COI和16S rRNA基因序列应用于中国沿海蜑螺科贝类物种鉴定的可行性,获得了该科3属7种贝类61个个体的COI和16S rRNA基因序列。基于COI基因序列的种内遗传距离为0.00—1.29%,平均为0.67%;属内种间遗传距离为4.62%—19.25%,平均为13.02%;基于16S rRNA基因序列的种内遗传距离为0.00%—0.48%,平均为0.23%;属内种间遗传距离为2.47%—8.48%,平均为6.37%。两种基因序列在所研究的蜑螺中,种内遗传差异均小于种间遗传差异,存在明显的条形码间隙,所有物种在系统发生树上都表现为独立的单系群。结果表明,线粒体COI和16S rRNA基因序列可以作为DNA条形码标准基因对蜑螺科贝类进行有效地物种鉴定。 相似文献
2.
长腹剑水蚤属(Oithona)是广泛分布于海洋近岸和外海海域的中小型桡足类中最为丰富的类群之一,由于个体小且形态差异微小,通过传统的形态学分类法对其进行准确鉴定难度较大。本文对南海分布的长腹剑水蚤属内的5个种,即瘦长腹剑水蚤(O.tenuis)、羽长腹剑水蚤(O.plumifera)、刺长腹剑水蚤(O.setigera)、伪长腹剑水蚤(O.fallax)和长刺长腹剑水蚤(O.longispina)线粒体COⅠ基因序列以及DNA数据库中长腹剑水蚤属其他地区种类COⅠ基因序列进行比较分析,使用ABGD (Automatic Barcode Gap Discovery)和GMYC (Generalized Mixed Yule Coalescent)模型进行物种界定,分析种间种内遗传距离,并构建系统进化关系。结果显示ABGD和GMYC模型均可以很好地对长腹剑水蚤进行种类划分;种内遗传距离为0.0%~1.6%,种间遗传距离为17.7%~44.5%(Kimura 2-parameter双参数模型),表明种间出现较高的分化;贝叶斯系统树和最大似然树进化树结果均表明,简长腹剑水蚤(O.simplex)与其他种类相距较远,羽长腹剑水蚤和拟长腹剑水蚤(O.similis)中存在隐种的分化,分别是我国南海海域和地中海的羽长腹剑水蚤以及朝鲜海峡和北海的拟长腹剑水蚤,种间遗传距离分别为18.6%、22.9%。 相似文献
3.
DNA甲基化参与调节动物配子发生和胚胎发育过程,TET基因负责DNA主动去甲基化,在基因印迹去除和细胞全能性获得中起重要作用。为了解海洋贝类配子发生和胚胎发育过程中DNA去甲基化如何发生,本研究以虾夷扇贝为研究对象,鉴定了其TET基因,并分析了该基因在性腺和胚胎幼虫发育中的表达变化。结果表明,虾夷扇贝基因组中含有1个TET基因(PyTET),该基因长39127 bp,包含10个外显子,编码1592个氨基酸,其蛋白具有完整的2OGFeDO超家族的加氧酶结构域。在性腺发育过程中,PyTET基因表达峰值出现在休止期精巢和增殖期卵巢,原位杂交结果显示其在精原细胞、精母细胞中均有表达,在卵母细胞中的表达明显高于卵原细胞;在早期发育过程中,其峰值出现在囊胚期。以上结果提示虾夷扇贝配子发生和胚胎发育过程中均发生了DNA主动去甲基化,这将有助于系统了解表观调控在贝类发育中的作用。 相似文献
4.
胡最 《地球信息科学学报》2020,22(5):1083-1094
传统聚落是民族传统文化遗产的重要组成部分,对社会经济和文化建设具有重要的价值。针对现有研究缺乏探讨传统聚落景观基因(简称景观基因)蕴藏的地理信息特征及理解方法,论文从以下方面开展了深入分析:① 地理信息包含了语义描述、几何形态、属性特征、维度、时空框架、尺度、要素相互关系(空间关联)、演化过程(存在状态)等属性;② 景观基因是一种特殊的文化因子,蕴含着丰富的哲理,是认识传统聚落特征的分析方法,也是文化符号的集合;③ 景观基因包含了空间定位、载体特征、历史与文化特征等丰富的地理信息。根据前述分析结果,论文从符号化、数据挖掘、谱系分析与空间格局制图等途径系统地探讨了景观基因地理信息特征的理解方法。论文认为:在地理时空大数据与地理服务日益深化发展的背景下,结合GIS原理探讨景观基因的地理信息特征对于延伸地理信息科学的内涵,深化传统聚落的地学认识,促进人文GIS的发展具有积极的意义,今后应该继续加强相关方法探索。 相似文献
5.
《广东海洋大学学报》2019,(6)
【目的】筛选(Pinctadamartensii)金黄壳色选育群体植核后免疫相关基因与代谢通路。【方法】利用转录组对植核前后马氏珠母贝的血细胞进行转录组建库及测序分析。【结果和结论】分别获得61.78×106和62.68×106个高质量转录组数据,且映射到参考基因组的平均映射率分别为70.16%和67.82%。与植核前相比,植核后分别有2 925个和3 097个基因显著上调和下调(差异倍数≥2,校正后P≤0.001),其中包括免疫相关基因凝集素、Toll样受体,热休克蛋白等。对差异基因进行GO分类分析,分为基因的分子功能、细胞组分、生物过程3个大类,并细分为11个子类别,其中结合和催化功能的基因较多。KEGG分类分析差异基因,可将基因参与的KEGG代谢通路分为6个分支,细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾病(仅限动物)、代谢、有机系统。KEGG富集结果显示,差异表达基因显著富集到免疫相关通路胞质DNA感应途径、白细胞跨内皮迁移等免疫通路。 相似文献
6.
【目的】建立青鳉(Oryziaslatipes)foxl2基因突变体材料,为阐释foxl2基因功能提供良好的动物模型和研究基础。【方法】利用CRISPR/Cas9技术敲除青鳉foxl2基因,建立突变体材料。观察foxl2基因突变体的第二性征、性腺等形态特征;组织学分析性腺结构与性腺中细胞类型;用定量PCR检测性腺发育相关基因的表达情况。【结果】通过CRISPR/Cas9技术成功敲除青鳉foxl2基因,建立foxl2基因缺失4个碱基的青鳉突变体。从第二性征与性腺表型上,foxl2-/-突变体均表现为生理雄性;组织切片分析发现,foxl2-/-突变体的性腺结构与野生型卵巢和野生型精巢均有显著差异,存在退化的核仁外周卵母细胞与精子,提示foxl2-/-的性腺在组织结构上类似精巢;定量PCR结果显示,foxl2-/-突变体中雄性性腺发育关键基因sox9b、gsdf、amh等的表达量升高,雌性性腺发育关键基因cyp19a1a等的表达量下降。【结论】通过CRISPR/Cas9技术成功建立青鳉foxl2基因缺失的突变体,foxl2-/-突变体有遗传雌性、生理雄性的表型特征,foxl2对维持青鳉性腺功能有重要作用。 相似文献
7.
DNA条形码是指利用一段相对较短的标准DNA片段,对物种进行识别和鉴定。目前该技术在动物、植物物种鉴定领域已经得到了广泛的研究和应用。在藻类的研究中,尚未确定一条统一的标准条形码基因,现阶段都是使用2条或2条以上基因序列来完成物种鉴定。对于形态多样、种类繁多的海洋红藻,常用的DNA条形码基因有COI基因(Partial cytochrome c oxidase I gene)、UPA基因(Partial 23SrRNA gene,universal plastid amplicon)、LSU基因(Partial 28SrRNA gene)和rbcL基因(The large subunit of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase)等,这些基因中2个或3个基因的互补运用准确有效地提高了红藻的鉴定准确率,尤其是COI基因的种间差异大足够区分相近物种。本文在概述条形码的原理及其标准的基础上,阐述了红藻DNA条形码鉴定研究的新进展以及常用几种基因片段的优缺点,并对条形码在红藻鉴定中存在的问题进行了分析,对其应用前景进行了展望。 相似文献
8.
3种典型荒漠灌木内生固氮菌及固氮酶基因nifH多样性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
具有特殊生境的内生固氮菌,对改善植物营养、增强植物抗逆性及群落稳定性具有重要作用,是一类潜力巨大、尚待开发的微生物资源。以新疆3种典型荒漠灌木多枝柽柳(Tamarix ramosissima)、黑果枸杞(Lycium ruthenicum)、盐穗木(Halostachys caspica)为材料,从根和枝条组织中分离筛选获得137个内生固氮菌菌株,采用16SrDNA PCR-RFLP、16SrDNA序列测定、BOXAIR-PCR指纹图谱、nifH PCR-RFLP等方法分析其遗传多样性及系统发育关系。结果表明:分离菌株经16SrDNA PCR-RFLP酶切图谱聚类划分为9个遗传类型。序列测定和系统发育分析显示,代表菌株分属于拉恩氏菌属(Rahnella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、泛菌属(Pantoea)、芽孢杆菌属(Bacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)和申氏杆菌属(Shinella),其中Rahnella为优势种群。一个测定菌株的16SrDNA序列同源性低于97%,提示可能为一个潜在的新种。BOXAIR-PCR分析优势种群的基因组结构特征,获得12种指纹图谱类型,显示出该种群具有丰富的基因组多样性。nifH PCR-RFLP分析分离内生固氮菌菌株固氮酶基因nifH的分子多态性,将其划分为3种基因型,体现了nifH具有高度保守性,同时在不同固氮微生物种群和菌株间也存在一定的多样性。研究结果丰富了固氮微生物物种资源库和基因库,对于内生固氮菌资源的保护和利用奠定了科学基础。 相似文献
9.
10.
客家文化景观基因特征——以湖南省炎陵县为例 总被引:1,自引:0,他引:1
以中国南方山丘区具有代表性的客家文化聚居区——炎陵县为例,采用客家文化景观基因的特征提取技术,从民居建筑、传统习俗、地方方言、宗法制度、民间信仰5个角度,提取了炎陵县客家文化景观基因的特征。研究结果表明:1)该县客家人以开放性"围堡式"的血缘宗族聚居模式,与畲、黎、瑶等少数民族通婚繁衍在山丘区的山谷地带;在"入乡随俗"谋求生存发展的环境中,某些方面已适应当地习俗,但仍保留了基本的客家精神及风俗;并以当地炎帝神农文化为主要文化参照,形成了独具炎陵县特色的客家文化。2)该县客家文化的景观基因在不同发生发展过程中有着衣、食、住、行、商等物质性方面的表达载体和地方语言、宗法制度、民间信仰、民情风俗、文化艺术等非物质性方面的表达形式。 相似文献