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1.
三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究   总被引:21,自引:2,他引:19  
本文采用 PCR扩增和序列测定等技术 ,对三疣梭子蟹 (Portunustrituberculatus)线粒体DNA1 6Sr RNA和 COI基因片段进行了初步研究。经 PCR扩增和序列测定 ,分别得到 1 6Sr RNA和 COI2个基因片段的碱基序列 ,其中 1 6Sr RNA基因片段的大小为 566bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 35.1 6% ,34.45% ,1 2 .37%和 1 8.0 2 % ;COI基因片段的大小为 658bp,碱基 A,T,G,C的含量分别为 36.63% ,2 6.44% ,2 0 .52 %和 1 6.41 %。在 2种基因片段中 ,AT含量均明显高于 GC含量 ,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的 1 6Sr RNA和 COI基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹 1 6S r RNA和 COI2个基因片段遗传特征的研究 ,发现其种内变异较低 ,在 3个样本中 1 6Sr RNA基因片段序列完全一样 ,COI基因片段中也只有 2个 T/ C位点转换。另外 ,比较本研究所得序列与 Gen Bank中梭子蟹科 5个属的 1 6Sr RNA基因片段序列后 ,发现其聚类结果与传统分类相一致。  相似文献
2.
对3种蛏类大竹蛏(Solen grandis),长竹蛏(Solen strictus)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究。得到的序列总长度分别为472-481bp(16S)和658bp(COI)。3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例(16SrRNA基因62.1%;COI基因62.8%)。对位排序比较表明,16SrRNA片段种内个体间变异较小,3种类间存在128个碱基变异位点(其中包括127个简约信息位点)和5个插入/缺失位点,总共12个碱基长;COI片段有200个碱基存在变异,其中包括191个简约信息位点,不存在任何插入/缺失位点。数据分析结果表明16SrRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0.0856和0.1712,两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0.3054,0.2798和0.2662,0.2933。作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平,结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点。3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因在种间明显的多态性,证实了16SrRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析。  相似文献
3.
仿刺参(Apostichopus japonicus) mtDNA三个基因片段的序列分析   总被引:10,自引:0,他引:10  
采用PCR技术对中国烟台、威海和莱州三个地点仿刺参的16S rRNA、COI、IrRNA-COI三个mtDNA基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为570bp、640bp和900bp的三段序列,分析了三个采样点样品的遗传多样性。结果表明,每段基因序列扩增均获得两种单倍型,已在Genbank中注册(注册号码:AY852278—AY852283)。通过比较,三个地点样品的序列差异不显著,无缺失、插入、颠换的现象,只有个别位点出现转换,其中16S rRNA序列最为保守,16S rRNA、COI、IrRNA-COI三段序列A T的平均含量为56·2%、59·2%、61·8%,均大于G C含量。三个采样点样品同源性为99·84%—99·96%。将获得的仿刺参DNA序列和Genbank中的来自东太平洋8个外群进行基因序列比较,结果发现,不同目、科的海参的序列差异显著。采用DNAsp统计了各类位点数;MEGA2·1分析了碱基组成和遗传距离,构建了系统树。系统树体现的分类关系与这些物种的形态学分类关系完全一致。  相似文献
4.
魁蚶(Scapharcabroughtonii)是蚶科贝类的一种大型经济种类,主要分布于我国、日本和朝鲜半岛及俄罗斯东南部沿海。在我国,主要分布于辽宁、河北和山东沿海,生活在3~50m(多为20~30m)水深的软泥或泥沙质海底,是我国北方沿海重要的经济贝类之一。但但有有关关其其自自然然群群体体的的遗遗传传变变异异及及群群体体间间遗遗传传分分化化等等方方面面的的研研究究不不多多 ;;同同时时,,作作者者和和日日本本研研究究者者发发现现,,中中国国、、韩韩国国和和日日本本魁魁蚶蚶群群体体在在形形态态和…  相似文献
5.
利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚基(COI)基因序列片段对江浙闵沿海地区缢蛏三个野生群体(江苏射阳-WS、浙江象山-WX,福建霞浦-WP)和三个养殖群体(江苏射阳-CS、浙江象山-CX、福建焦城-CJ)的遗传结构进行初步分析.以特异引物进行PCR扩增,经纯化、测序、同源序列比对获得长度为556 bp的核苷酸序列,其中A T含量为66.2%,显著高于G C含量.在缢蛏六群体98个个体中共检测到了56个单倍型和66个核苷酸多态位点,多态位点比例为11.7%.野生群体的平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数略高于养殖群体,但是野生群体和养殖群体的单倍型多态性指数均大于0.9,其单倍型较为丰富.此外,六群体均有各自特有的单倍型,但只有射阳野生群体与其他群体无共享单倍型,具有鉴定该群体的特异碱基序列.遗传距离和聚类结果显示,养殖群体与象山野生群体和霞浦野生群体间亲缘关系较近.  相似文献
6.
mtDNA COI基因在轮虫分子系统重建中的意义   总被引:5,自引:0,他引:5  
为分析mtDNA COI基因在轮虫分子系统重建中的作用.扩增并测定了B.calyciflorus和B.quadridentatus mtDNA COI基因部分序列。通过对扩增序列和Genbank中其它轮虫序列进行比较分析.发现COI序列包含丰富的遗传信息。利用Kimura双参数法计算遗传距离,在属和物种水平上间存在不同程度的遗传分化。利用NJ和MP法构建基因树。各物种形成独立进化枝.在属、科水平上与传统分类结果基本一致.这说明COI在轮虫系统重建中具有重要意义。在种内不同的单元型之间存在着遗传差异,部分种类不同地理种群之间存在较大的遗传变异.因此在系统重建过程中要注意种内多态的影响。  相似文献
7.
To clarify cuttlefish phylogeny, mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene and partial 16S rRNA gene are sequenced for 13 cephalopod species. Phylogenetic trees are constructed, with the neighbor-joining method. Coleoids are divided into two main lineages, Decabrachia and Octobrachia. The monophyly of the order Sepioidea, which includes the families Sepiidae, Sepiolidae and Idiosepiidae, is not supported. From the two families of Sepioidea examined, the Sepiolidae are polyphyletic and are excluded from the order. On the basis of 16S rRNA and amino acid of COI gene sequences data, the two genera (Sepiella and Sepia) from the Sepiidae can be distinguished, but do not have a visible boundary using COI gene sequences. The reason is explained. This suggests that the 16S rDNA of cephalopods is a precious tool to analyze taxonomic relationships at the genus level, and COI gene is fitter at a higher taxonomic level (i.e., family).  相似文献
8.
以相应引物 PCR扩增了黄河口中华绒螯蟹线粒体细胞色素氧化酶 I亚基基因 (COI)片段 ,PCR产物经 T载体连接之后进行克隆、测序 ,得到 70 9bp的碱基序列 ,其 A,T,G,C含量分别为 34.4 1% ,2 7.93% ,2 0 .0 3%和 17.6 3%。并比较它与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列和日本绒螯蟹 COI序列的差异 ,发现黄河口中华绒螯蟹与珠江流域中华绒螯蟹 COI序列完全相同 ,而与日本绒螯蟹差异非常明显 ,70 9或 6 5 8(不计引物 )位点中核苷酸差异数为 32 ,核苷酸差异率为 4 .5 1%或 4 .86 % (不计引物 ) ,其中 2 5个位点为转换 ,7个位点为颠换。作者倾向于支持存在中华绒螯蟹和日本绒螯蟹 ,或它们为同一种的两个地理亚种的观点  相似文献
9.
福建沿海巨蛎属牡蛎的主要种类及其分布   总被引:4,自引:0,他引:4  
杜玄  郭希明  钱鲁闽 《台湾海峡》2009,28(3):399-404
本实验采用了多重种类特异性PCR(multiplex species—specific PCR)技术,研究了巨蛎属(Crassostrea)牡蛎主要种类在福建沿海的分布.从沿海11个采样地点共采集了657个野生牡蛎样本,随机抽取了327个牡蛎样本进行基因组DNA的提取和线粒体COI基因的鉴定,结果发现200个个体为葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata),101个个体为近江牡蛎(Crassostrea ariakensis),20个个体为熊本牡蛎(Crassostrea sikamea),6个个体为香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis).此次实验中未发现长牡蛎(Crassostrea gigas).结果表明,福建沿海有葡萄牙牡蛎、近江牡蛎、熊本牡蛎和香港巨牡蛎4种巨蛎属牡蛎分布.  相似文献
10.
辽宁沿海巨蛎属牡蛎的分布   总被引:4,自引:0,他引:4       下载免费PDF全文
作者采用多重种特异性PCR(multiplex species-specific PCR)技术,研究了巨蛎属(Crassostrea)牡蛎在辽宁沿海的分布。从辽宁沿海的共11个采样点共采集802个牡蛎样本,通过对COI基因的扩增,随机检测了其中的531个牡蛎样本,结果517个个体为长牡蛎(Crassostrea gigas),14个为近江牡蛎(Crassostrea ariakensis),未发现其他巨蛎属牡蛎。结果表明,辽宁沿海有长牡蛎和近江牡蛎等2种巨蛎属牡蛎分布,其中长牡蛎为优势种,分布于潮间带和潮下带,近江牡蛎为稀有种,分布于潮下带,而且在黄海和渤海海域均有分布。  相似文献
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