强光照和黑暗条件下刺参体壁的基因表达差异     

张立斌  冯其明  孙丽娜  房燕  徐冬雪  张涛  杨红生 《海洋学报(英文版)》2018,37(5):54-66

参对光照变化非常敏感，研究刺参对光照的分子响应非常重要。本研究应用RNA测序获取了刺参暴露于强光（“强光”）、正常光照（“对照”）和完全黑暗（“黑暗”）环境下体壁的基因表达谱情况，通过“对照”与“黑暗”，“对照”与“强光”和“黑暗”与“强光”的比较，在|log₂ ratio|≥1和FDR≤0.001的标准下分别发现了1161、113和1705个差异表达基因（DEGs）。基因本体分析表明，“cellular process”和“binding”在“生物过程”和“分子功能”类别中的DEGs富集最多，而“cell”和“cell part”在“细胞组分”类别中的DEGs富集最多。将DEGs与Kyoto Encyclopedia基因和基因组数据库上的于214、41和229条通路进行比对，发现了51、2和57条通路分别显著富集。本研究发现的光特异性DEGs可作为深入研究刺参对光照变化的生化适应机制的重要目标基因。  相似文献   

利用扩增vvhA基因的环介导等温扩增技术快速，特异而敏感地检测创伤弧菌     

张丽娜  王明义  丛殿霞  丁淑研  丛日楠  岳进勇  耿建利  胡成进 《海洋学报(英文版)》2018,37(4):83-88

创伤弧菌是一种可感染人类的河口病原菌。建立快速，特异而敏感的检测方法，有助于创伤弧菌感染的早期疾病诊断和及时治疗。本研究设计了针对vvhA基因的一系列引物（包括两对外部引物和两对内部引物），采用环介导等温扩增技术（LAMP）来检测创伤弧菌。结果显示，本方法的最适扩增温度是63℃，反应仅需35分钟。扩增产物不仅可以用含有DNA ladder的琼脂糖凝胶电泳检出，也可借助钙黄绿素直接肉眼观察。采用45株菌株检测该方法的特异性，其中所有创伤弧菌均被检出而其他菌株检测结果皆为阴性。本方法的敏感性是普通PCR扩增的100倍，同时利用该方法可以准确检测出所有的模拟样品、临床标本及环境样品。与其他已知方法比较，针对vvhA基因的介导等温扩增技术可以快速、简单、敏感及特异地鉴定创伤弧菌。  相似文献   

黄条(鰤)(Seriola aureovittata)MyHC基因克隆及其在早期发育阶段表达研究     

史宝  孙冉冉  柳学周  徐永江  姜燕  王滨  张正荣 《海洋与湖沼》2020,51(2):422-432

为解析肌球蛋白重链(MyHC)基因在黄条鰤(Seriola aureovittata)生长发育过程中作用机制,本研究采用RACE技术,克隆了黄条鰤MyHC基因全长cDNA序列,采用荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对MyHC在黄条鰤不同组织、胚胎发育过程以及仔稚幼鱼发育过程中的表达特征进行了研究。结果表明:黄条鰤MyHC基因全长为6143bp,开放阅读框为5811bp,编码了1936个氨基酸,由3个保守结构域组成即MYSc-classⅡ、Myosin taill和SH3;系统进化树分析显示黄条鰤MyHC与高体鰤进化关系最近。qRT-PCR分析发现黄条鰤MyHC在各组织中均有表达,但在肌肉中表达量最高(P0.05);随着黄条鰤胚胎发育的进行,MyHC在16细胞期之前表达量较高,在胚体下包2/3时期表达量显著升高,且在孵化期达到峰值(P0.05:);在仔稚幼鱼发育阶段,MyHC在孵化后20d后表达量显著升高,30d表达水平达到峰值(P0.05),随后的35d到40d表达水平略有下降但仍保持较高表达趋势,黄条鰤MyHC表达具有发育阶段表达的特异性。MyHC表达特征揭示其参与了调控黄条鰤的早期生长发育。  相似文献   

hedgehog基因在笠贝(Lottia goshimai)早期发育中的表达模式研究     

杨伟红  郇聘  刘保忠 《海洋与湖沼》2020,51(4):960-965

Hedgehog信号通路参与动物神经系统发育、分节等诸多发育过程,研究该信号通路对理解动物的发育与演化机制有重要意义。对软体动物而言,目前Hedgehog信号通路的研究较少。本文克隆了腹足纲软体动物笠贝的hedgehog基因,利用整装原位杂交技术研究了其在胚胎发育过程中的时空表达规律;并与重要发育基因brachyury及soxb的表达模式进行了比较。结果表明,笠贝hedgehog基因与神经外胚层及中/内胚层相关,可能调控了幼虫神经、肌肉及消化道的分化。通过比较原肠胚及担轮幼虫不同阶段的基因表达模式,研究了hedgehog基因相关的组织和细胞随个体发育进程的动态变化。这些结果为理解软体动物形态发生和重要器官的分化机制提供了基础。  相似文献   

基于形态学特征和DNA条形码对中国沿海银口天竺鲷属(Jaydia)分类研究     

罗植森  易木荣  刘思杓  邱康文  谷穗  颜云榕 《海洋与湖沼》2020,51(5):1246-1256

本研究针对中国沿海银口天竺鲷属鱼类分类鉴定不清晰，同种异名多，种类误鉴等分类问题，结合形态特征比较与DNA条形码技术对其分类鉴定问题进行梳理。2014—2019年间于南海北部沿海采集101尾银口天竺鲷属鱼类标本，经形态学特征鉴定为：横带银口天竺鲷Jaydia striata（Smith&Radcliffe，1912），特征为体侧有7—11褐色宽横带，腹鳍、臀鳍浅灰色；印度洋银口天竺鲷J.striatodes（Gon，1997），特征为体侧有7—11褐色宽横带，臀鳍后缘黑色；白边银口天竺鲷J.novaeguineae（Valenciennes，1832），特征为臀鳍、尾鳍最下缘为白边；黑边银口天竺鲷J.truncata（Bleeker，1855）特征为第二背鳍、臀鳍中部有一平行基底的黑色带，尾鳍后缘黑色带略宽；史密斯银口天竺鲷J.smithi Kotthaus，1970，特征为第二背鳍中部有一平行基底的黑色纵带，尾鳍后缘黑色带略细；斑鳍银口天竺鲷J.carinatus （Cuvier，1828），特征为第二背鳍最末软条基底有一大黑斑；黑鳃银口天竺鲷J.poeciloptera （Cuvier，1828），特征为臀鳍淡黄色，鳍膜间有一暗点。研究发现Apogon arafurae并不是J.truncata同种异名，学名应更正为Jaydia poeciloptera。基于线粒体COI基因K2P遗传距离显示，J.striata、J.smithi、J.truncata种内遗传距离大于2%。构建NJ系统发育树发现红海、阿拉伯海和北部湾的J.smithi分成2个单系支。结合NJ树分析发现，J.smithi和J.poeciloptera均出现错误鉴定，认为GenBank上传的序列（MH085808、JQ681491）存在误鉴，实为J.poeciloptera。  相似文献   

适宜浓度的维生素E促进半滑舌鳎生长激素基因的表达     

王蔚芳  向玲  王琳  黄滨  李会涛 《海洋科学》2020,44(2):113-119

本实验旨在探究维生素E对半滑舌鳎垂体组织中生长激素基因表达的影响。作者在每千克等氮等能的基础饲料中分别添加0、400和1 600mg的DL-α-生育酚乙酸酯(维生素E)投喂半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)成鱼(464±2.6) g,进行为期8周的养殖实验;另外,在L-15培养基中添加0、18和54μmol/L的维生素E,对半滑舌鳎成鱼(464±2.6) g的垂体细胞进行为期3 d的体外原代培养实验。分别取垂体组织和原代细胞,通过荧光实时定量PCR分析其gh mRNA的相对表达量。实验结果表明:垂体组织中gh mRNA的相对表达量随着饲料中维生素E含量的增加而呈现先升高后下降的变化趋势,在400 mg/kg组时显著高于其他各组(P0.05);随着细胞培养液中维生素E浓度的升高, gh mRNA的相对表达量显著增加(P0.05)。由此可见,适宜浓度的维生素E能够促进半滑舌鳎垂体组织中生长激素基因的表达。  相似文献   

虾夷扇贝TET基因在配子发生和早期发育中的表达模式     

李仰平  张玲玲  李若佼  刘甜  郭振义  李婉茹  包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2020,50(4):54-62

DNA甲基化参与调节动物配子发生和胚胎发育过程,TET基因负责DNA主动去甲基化,在基因印迹去除和细胞全能性获得中起重要作用。为了解海洋贝类配子发生和胚胎发育过程中DNA去甲基化如何发生,本研究以虾夷扇贝为研究对象,鉴定了其TET基因,并分析了该基因在性腺和胚胎幼虫发育中的表达变化。结果表明,虾夷扇贝基因组中含有1个TET基因(PyTET),该基因长39127 bp,包含10个外显子,编码1592个氨基酸,其蛋白具有完整的2OGFeDO超家族的加氧酶结构域。在性腺发育过程中,PyTET基因表达峰值出现在休止期精巢和增殖期卵巢,原位杂交结果显示其在精原细胞、精母细胞中均有表达,在卵母细胞中的表达明显高于卵原细胞;在早期发育过程中,其峰值出现在囊胚期。以上结果提示虾夷扇贝配子发生和胚胎发育过程中均发生了DNA主动去甲基化,这将有助于系统了解表观调控在贝类发育中的作用。  相似文献   

传统聚落景观基因的地理信息特征及其理解     

胡最 《地球信息科学学报》2020,22(5):1083-1094

传统聚落是民族传统文化遗产的重要组成部分,对社会经济和文化建设具有重要的价值。针对现有研究缺乏探讨传统聚落景观基因（简称景观基因）蕴藏的地理信息特征及理解方法,论文从以下方面开展了深入分析：① 地理信息包含了语义描述、几何形态、属性特征、维度、时空框架、尺度、要素相互关系（空间关联）、演化过程（存在状态）等属性;② 景观基因是一种特殊的文化因子,蕴含着丰富的哲理,是认识传统聚落特征的分析方法,也是文化符号的集合;③ 景观基因包含了空间定位、载体特征、历史与文化特征等丰富的地理信息。根据前述分析结果,论文从符号化、数据挖掘、谱系分析与空间格局制图等途径系统地探讨了景观基因地理信息特征的理解方法。论文认为：在地理时空大数据与地理服务日益深化发展的背景下,结合GIS原理探讨景观基因的地理信息特征对于延伸地理信息科学的内涵,深化传统聚落的地学认识,促进人文GIS的发展具有积极的意义,今后应该继续加强相关方法探索。  相似文献   

Refugees in the IT Sector: Young Syrians’ Economic Subjectivities and Familial Lives in Jordan     

Elisa Pascucci 《Geographical review》2019,109(4):580-597

This article explores refugee economic subjectivity in the context of restrictive asylum policies and disrupted transnational family lives. Drawing on fieldwork with young Syrian refugees pursuing IT training in Jordan, I focus on the “coding boot camp,” an emerging educational format in the field of refugee professional training. I thus explore how Syrian youths approach humanitarian policies in which, in the absence of full social and economic rights for refugees, the question of livelihoods is addressed through the paradigms of self‐reliance, creativity, and innovation. Reframing the refugee from a “protected” to a “productive” subject, and offering individual solutions to a structural economic impasse, these policies produce tensions between individual responsibilities and more‐than‐individual relations and identifications—with families, religious identities, and national communities—that remain unresolved. The findings contribute to geographical scholarship on economic subjectivity, familial relations, and the migrant and refugee condition, while shedding light on some of the effects of the encounter between technology‐centred, neoliberal approaches to humanitarianism and restrictive migration regimes in responses to the Syrian displacement.  相似文献   

宜昌地区早志留世（Llandoverian）腕足类一新科Spinochonetidae (fam. nov.)及其意义     

曾庆銮  张淼  李志宏 《地质学报》2015,89(4):681-691

腕足类新科Spinochonetidae(fam.nov.)建立在宜昌地区志留系兰多维列统罗惹坪组下段中部(上埃隆阶)的Spinochonetes Rong,Xu et Yang(1974)和Spinolella(gen.nov.)两个属,以及一个属、种未定的分类单元的基础上。新科成员仅有从腹壳喙部伸出一根直的腹喙刺,这与Chonetoidea超科内的Strophochonetidae科以及Chonestrophiidae科众成员的铰合缘刺都是从腹壳铰合缘上伸出来的有着本质差别。另外,本文还对Spinochonetes以及它的属型种S.notata Rong,Xu et Yang(1974)进行重要图解和补充描述。与此同时,对Spinolella(gen.nov),以及S.minuta(gen.et sp.nov.)进行系统描述和对比。据目前所知,新科成员只分布于我国鄂西、黔东北、陕南和川北等地,属于上扬子台地的土族居民。因为Spinochonetidae(fam.nov.)属于腕足类独特的一个类型,演化快,贝体极小,保存精美,因此具有分类学、地层对比,以及恢复古环境等方面的重要意义。  相似文献