基于SLAF-seq技术的黑棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的通用性研究     

吴仁协  肖瑶  牛素芳  翟云  张浩冉  陈伟勇  黎晓 《海洋与湖沼》2019,50(2):365-377

黑棘鲷(Acanthopagrusschlegelii)是广泛分布于西北太平洋的暖温性中下层经济鱼类,也是我国沿海重要的海洋捕捞鱼类和增养殖对象。然而,目前有关黑棘鲷的微卫星标记研究报道较少,难以对其种质资源状况作出精确评估。本研究采用SLAF-seq技术测序共获得22489个二至六碱基重复的黑棘鲷微卫星序列,短重复序列(二、三碱基)占总微卫星序列的90.8%,长重复序列(四至六碱基)占有9.2%。经过157对随机合成引物的多态性筛选,开发出49个高多态性的黑棘鲷微卫星标记,其中短重复序列位点有25个,长重复序列位点有24个。每个位点的等位基因数(Na)为2—20(均值为8.3),观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.097—0.938和0.122—0.922(均值分别为0.663和0.701),多态信息含量(PIC)为0.118—0.897(均值为0.655)。经Bonferroni校正后,有47个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),各位点间未检测到连锁不平衡现象,仅2个位点偏离HWE。结果表明,所开发的大部分微卫星标记具有高多态性,蕴含的遗传信息含量较为丰富,能够为黑棘鲷的种群遗传资源评估提供数量充足、类型多样的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,有43个黑棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增,其中28个标记在太平洋棘鲷(Acanthopagruspacificus)、黄鳍棘鲷(Acanthopagruslatus)和澳洲棘鲷(Acanthopagrusaustralis)中具有较好的通用性,2个标记在平鲷(Rhabdosargussarba)、蓝点赤鲷(Pagruscaeruleostictus)、真赤鲷(Pagrusmajor)、二长棘犁齿鲷(Evynnis cardinalis)及黄牙鲷(Dentex hypselosomus)中具有通用性。这些通用性标记可为阐明鲷科属、种间的系统进化关系和棘鲷属鱼类的群体遗传学分析提供新的标记来源和研究角度。  相似文献   

Population connectivity of an overexploited coastal fish,Argyrosomus coronus (Sciaenidae), in an ocean-warming hotspot     

R Henriques  WM Potts  CV Santos  WHH Sauer  PW Shaw 《African Journal of Marine Science》2018,40(1):13-24

The West Coast dusky kob Argyrosomus coronus is a commercially exploited fish with a distribution confined to the Angola–Benguela Frontal Zone (ABFZ) of the southeastern Atlantic Ocean. A previous study revealed that during a recent period of local warming the species extended its distribution into Namibian waters, where it hybridised with the resident and congeneric Argyrosomus inodorus. Environmental changes are a major threat to marine biodiversity and when combined with overfishing have the potential to accelerate the decline of species. However, little is known regarding the evolutionary history and population structure of A. coronus across the ABFZ. We investigated genetic diversity, population structure and historical demographic changes using mtDNA control region sequences and genotypes at six nuclear microsatellite loci, from 180 individuals. A single, genetically homogeneous population was indicated across the distributional range of A. coronus (φ_ST = 0.041, F_ST = 0.000, D = 0.000; p > 0.05). These findings imply that the oceanographic features within the ABFZ do not appear to significantly influence population connectivity in A. coronus, which simplifies management of the species. However, reconstruction of the demographic history points to a close link between the evolutionary history of A. coronus and the environmental characteristics of the ABFZ. This outcome suggests the species’ vulnerability to the rapid environmental changes being observed across this region, and highlights a pressing need for transboundary management to mitigate the impacts of climate change in this global hotspot of seawater temperature changes.  相似文献   

太湖梅梁湾藻华暴发消退-周期表层水体溶解性有机质分子特征     

庞佳丽  许燕红  何毓新  史权  何丁  孙永革 《湖泊科学》2020,32(6):1599-1609

人类活动引起的富营养化对太湖的碳循环模式可能产生严重影响，精细描述太湖藻华暴发-消退周期的溶解性有机质分子是了解太湖碳库动态变化的关键.本研究利用傅立叶变换离子回旋共振质谱技术，以太湖北部梅梁湾2017年5月至2018年5月的表层水体为研究对象，解析藻华暴发-消退周期溶解性有机质的来源和分子组成特征，进而理解浮游藻类异常增殖对水体溶解性有机质的影响及其在区域碳循环中的角色.研究结果表明，藻华暴发期浮游藻类生产力显著增加，使得表层水体的溶解性有机质从含量到分子组成均发生剧烈改变.含量上表现为溶解性有机碳浓度升高，分子组成上表现为CHO类化合物和以脂肪族类化合物为代表的活性组分占比增加，特征化合物以相对高饱和度和高含氧的小质量数分子为主.而在藻华消退期，随着藻类有机质贡献的减少和有机质降解过程的持续进行，含量上表现为溶解性有机碳浓度下降，分子组成上表现为CHOS、CHONS类化合物和富羧酸脂环类化合物等惰性分子占比增加，特征化合物以大质量数分子和相对低饱和度和低含氧的小质量数分子为主.研究结果表明，太湖水体的溶解性有机质分子组成在藻华暴发期受藻类有机质输入控制，在消退期受藻类有机质降解的影响.  相似文献   

海洋有害藻华研究进展   总被引：3，自引：0，他引：3  

林森杰  姬南京  罗昊 《海洋与湖沼》2019,50(3):495-510

浮游植物不仅是食物链的基础环节,也在生物地球化学循环中起着重要作用。然而,某些种类在一定条件下会过度增殖富集形成有害藻华(因造成水色变为红、绿、褐、金等颜色,所以俗称为赤潮、绿潮、褐潮、金潮等),结果严重影响当地经济、海洋生态系统、全球生物地球化学循环甚至人类健康。近年来,随着水体富营养化、全球气候变化等现象加剧,有害藻华(Harmful Algal Bloom,HAB)的暴发规模和频次呈逐年增加趋势,且相关研究已成为环境生态学领域的热点。本文主要以典型海洋HAB生物为线索,从物种分布、生物监测、主要影响因素、分子机制及防治等方面概述了近十年HAB的主要研究进展,总结了现有研究的优点和不足,并对未来HAB研究做了相关展望。近十年的研究进展主要体现在:(1)不断有新的HAB物种被发现或鉴定,HAB藻类系统分类也不断被更新;(2)鉴定、检测方法包括DNA分析、生物传感器研发应用等有较大改进;(3)藻类毒素生物合成通路的研究有一定进展;(4)在HAB生态学与海洋学研究持续发展的基础上,分子机制及现代组学发展较迅速。然而, HAB发生的关键环境诱因和生物学(特别是生化与分子)机制仍然不是很清楚,缺乏一个可用来预测HAB暴发的关键因子。笔者认为,一方面是因为HAB的复杂性、种类及生态系统的特异性,另一方面是研究缺乏系统性与完整性。因此未来有必要加强对每一个重要的HAB原因种开展系统、持续的研究,类似于生物科学领域里的模式种研究,并且有必要开展综合性的研究,如实验室单种培养、中尺度模拟及现场生态研究相结合,整合现代组学、传统生理生态学和现场实时连续观测等技术。  相似文献   

Biotic drivers of river and floodplain geomorphology – New molecular methods for assessing present‐day and past biota          下载免费PDF全文

Annegret Larsen  Nadir Alvarez  Christoph Sperisen  Stuart N. Lane 《地球表面变化过程与地形》2018,43(1):333-338

Geomorphology has increasingly considered the role of biotic factors as controls upon geomorphic processes across a wide range of spatial and temporal scales. Where timescales are long (centennial and longer), it has been possible to quantify relationships between geomorphic processes and vegetation using, for example, the pollen record. However, where the biotic agents are fauna, longer term reconstruction of the impacts of biological activity upon geomorphic processes is more challenging. Here, we review the prospect of using environmental DNA as a molecular proxy to decipher the presence and nature of faunal influences on geomorphic processes in both present and ancient deposits. When used appropriately, this method has the potential to improve our understanding of biotic drivers of geomorphic processes, notably fauna, over long timescales and so to reconstruct how such drivers might explain the landscape as we see it today. Copyright © 2017 John Wiley & Sons, Ltd.  相似文献   

Isolation of 12 microsatellite markers following a pyrosequencing procedure and cross-priming in two invasive cryptic species, Alexandrium catenella (group IV) and A. tamarense (group III) (Dinophyceae)     

Martin Laporte  Zhaojun Shao  Patrick Berrebi  Mohamed Laabir  Eric Abadie  Nicolas Faivre  Fabien Rieuvilleneuve  Estelle Masseret 《Marine pollution bulletin》2014

Alexandrium catenella (group IV) and Alexandrium tamarense (group III) (Dinophyceae) are two cryptic invasive phytoplankton species belonging to the A. tamarense species complex. Their worldwide spread is favored by the human activities, transportation and climate change. In order to describe their diversity in the Mediterranean Sea and understand their settlements and maintenances in this area, new microsatellite markers were developed based on Thau lagoon (France) samples of A. catenella and A. tamarense strains. In this study twelve new microsatellite markers are proposed. Five of these microsatellite markers show amplifications on A. tamarense and ten on A. catenella. Three of these 12 microsatellite markers allowed amplifications on both cryptic species. Finally, the haplotypic diversity ranged from 0.000 to 0.791 and 0.000 to 0.942 for A. catenella and A. tamarense respectively.  相似文献   

柱色谱分离-分子筛络合洗脱过程中正构烷烃单体碳同位素分馏研究     

董浩伟  赵佳玉  曾凡刚  谢曼曼  尚文郁  王淑贤  孙青 《岩矿测试》2021,(3):349-357

应用气相色谱-气体同位素质谱(GC-C-IRMS)分析正构烷烃单体碳同位素之前,需要对饱和烃样品中正构烷烃和异构烷烃进行预分离、富集,在预分离和富集过程中正构烷烃单体碳同位素是否发生分馏是高精度分析正构烷烃单体碳同位素比值(δ~(13)C)的关键。本文以正构烷烃混合溶液为对象,利用柱色谱、5■分子筛络合、环己烷-正戊烷混合溶剂两次洗脱,GC-C-IRMS分析正构烷烃单体碳同位素,研究前处理过程中正构烷烃单体碳同位素是否发生分馏。结果表明:使用柱色谱分离前后,多数正构烷烃单体碳同位素比值相差-0.2‰～0.2‰;当5■分子筛不完全络合时,未络合的正构烷烃单体碳同位素比值偏重约0.7‰,可能发生了微弱的碳同位素分馏,但并未影响洗脱后的正构烷烃单体碳同位素比值;使用环己烷-正戊烷混合溶剂洗脱前后,碳同位素比值相差-0.2‰～0.5‰,以同样方式洗脱第二次,获得的正构烷烃单体碳同位素比值与模拟样品相差-0.3‰～0.2‰。分析不同回收率(20%)正构烷烃的单体碳同位素比值,处理前后的差值基本在0.3‰以内,可见当正构烷烃回收率低至20%左右时,其单体碳同位素仍未发生明显分馏。柱色谱分离-5■分子筛络合-混合溶剂洗脱方法适用于回收率大于20%的正构烷烃单体碳同位素分析。  相似文献   

基于傅里叶变换质谱的烃源岩成熟度评价方法及地质意义     

韩双彪  谢林丰  唐致远  李剑  王成善  Brian HORSFIELD 《地质学报》2023,97(5):1717-1721

<正>伴随非常规油气资源的勘探开发,油气资源开采的广度和深度进一步扩大,一定程度上缓解了我国油气供需矛盾、保障了我国能源安全,同时有力推动了能源结构战略转型。但同时也对能源地质研究工作提出了新的挑战。有机质成熟度是油气评价的重要参数之一,不同成熟阶段的有机质会对应产出不同成因、不同性质、不同质量的油气,如何准确评价沉积有机质成熟度是当前油气资源勘探开发工作的关键问题之一。前人在科研实践工作中从光学、化学、谱学等角度提出了适用条件各异的成熟度评价方法,在部分地质环境中获得了良好的应用效果,但已有的成熟度指标多受测定方法原理的制约导致其适用性不同程度受限(肖贤明等,2020),制约了油气资源的高质量勘探开发。  相似文献   

文昌鱼线粒体基因组特征分析及分子标记探讨     

申欣  田美  孟学平  程汉良 《海洋科学》2011,35(7):7-13

线粒体基因组已被广泛应用于后生动物分子系统发育和群体遗传的研究。文昌鱼（Amphioxus）作为研究脊椎动物起源和进化的模式动物,在脊椎动物起源和进化研究中占据极为重要的位置。作者综合分析文昌鱼2科7个种的51条线粒体基因组全序列,全面揭示了文昌鱼线粒体基因组的基本特征。文昌鱼线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因...  相似文献   

双壳类分子生物标志物对海水重金属的响应评述   总被引：1，自引：0，他引：1  

孟范平  高鹰  赵顺顺  付海防  肖静 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2011,41(5):100-109

海洋双壳类动物的组织和器官对微量重金属具有高富集能力,诱导机体内的某些分子生物标志物(molecular biomarkers,MBMs)发生变化,可用于指示海水中的重金属污染水平。近10年来,许多学者在双壳类MBMs对海水重金属的响应规律方面进行了研究,其中,金属硫蛋白(MTs)、热激蛋白70(HSP70)、抗氧化防御系统等受到了较多的关注。本文在介绍这些MBMs结构和功能的基础上,重点评述了各种MBMs对海水重金属的响应特征,并提出了影响双壳类MBMs应用于海水重金属监测的因素及进一步研究的方向。  相似文献