强光照和黑暗条件下刺参体壁的基因表达差异     

张立斌  冯其明  孙丽娜  房燕  徐冬雪  张涛  杨红生 《海洋学报(英文版)》2018,37(5):54-66

参对光照变化非常敏感，研究刺参对光照的分子响应非常重要。本研究应用RNA测序获取了刺参暴露于强光（“强光”）、正常光照（“对照”）和完全黑暗（“黑暗”）环境下体壁的基因表达谱情况，通过“对照”与“黑暗”，“对照”与“强光”和“黑暗”与“强光”的比较，在|log₂ ratio|≥1和FDR≤0.001的标准下分别发现了1161、113和1705个差异表达基因（DEGs）。基因本体分析表明，“cellular process”和“binding”在“生物过程”和“分子功能”类别中的DEGs富集最多，而“cell”和“cell part”在“细胞组分”类别中的DEGs富集最多。将DEGs与Kyoto Encyclopedia基因和基因组数据库上的于214、41和229条通路进行比对，发现了51、2和57条通路分别显著富集。本研究发现的光特异性DEGs可作为深入研究刺参对光照变化的生化适应机制的重要目标基因。  相似文献   

黄条(鰤)(Seriola aureovittata)MyHC基因克隆及其在早期发育阶段表达研究     

史宝  孙冉冉  柳学周  徐永江  姜燕  王滨  张正荣 《海洋与湖沼》2020,51(2):422-432

为解析肌球蛋白重链(MyHC)基因在黄条鰤(Seriola aureovittata)生长发育过程中作用机制,本研究采用RACE技术,克隆了黄条鰤MyHC基因全长cDNA序列,采用荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对MyHC在黄条鰤不同组织、胚胎发育过程以及仔稚幼鱼发育过程中的表达特征进行了研究。结果表明:黄条鰤MyHC基因全长为6143bp,开放阅读框为5811bp,编码了1936个氨基酸,由3个保守结构域组成即MYSc-classⅡ、Myosin taill和SH3;系统进化树分析显示黄条鰤MyHC与高体鰤进化关系最近。qRT-PCR分析发现黄条鰤MyHC在各组织中均有表达,但在肌肉中表达量最高(P0.05);随着黄条鰤胚胎发育的进行,MyHC在16细胞期之前表达量较高,在胚体下包2/3时期表达量显著升高,且在孵化期达到峰值(P0.05:);在仔稚幼鱼发育阶段,MyHC在孵化后20d后表达量显著升高,30d表达水平达到峰值(P0.05),随后的35d到40d表达水平略有下降但仍保持较高表达趋势,黄条鰤MyHC表达具有发育阶段表达的特异性。MyHC表达特征揭示其参与了调控黄条鰤的早期生长发育。  相似文献   

鲫鱼(Carassius auratus)半胱亚磺酸脱酸酶CSAD基因克隆及其表达研究     

李晓洁  唐建洲  宋鹏  伍琴  瞿符发  刘臻  鲁双庆 《海洋与湖沼》2018,49(1):134-141

本研究以鲫鱼(Carassius auratus)为研究对象,采用巢式PCR和RACE技术克隆鲫鱼半胱亚磺酸脱酸酶CSAD基因c DNA序列,并且利用实时荧光定量PCR检测了CSAD m RNA在鲫鱼不同组织和昼夜节律中的相对表达水平,同时还研究了牛磺酸对鲫鱼肠道CSAD m RNA表达的影响。结果表明:(1)鲫鱼CSAD基因c DNA序列包含186bp的5?UTR序列,675bp的3?UTR序列,1503bp开放阅读框,编码500个氨基酸。同源性分析表明,鲫鱼和鲤鱼的同源性为97.2%。系统发育分析表明,鲫鱼与鲤鱼之间的亲缘关系最接近,置信度为100。经预测,其编码的蛋白质的分子量和等电点分别为56.82k Da和5.77;(2)Ca CSAD m RNA在肌肉、心脏、肠道及肝脏中的表达水平较高,在脑和鳃组织中的相对表达量较低;(3)鲫鱼肠道CSAD m RNA的相对表达量在6:00am点时最高,9:00pm点时相对表达量最低;(4)鲫鱼CSAD的相对表达丰度随着牛磺酸添加量的增加而逐渐下降。本研究结果不仅有助于理解鲫鱼CSAD基因的分子特征,同时将为进一步研究鱼类CSAD营养调控功能提供理论依据。  相似文献   

泛地图学理论研究框架   总被引：1，自引：0，他引：1  

郭仁忠  陈业滨  赵志刚  贺彪  闾国年  李志林  应申  马丁 《测绘地理信息》2021,46(1):9-15

信息与通信技术的快速发展带动人类进入地理空间、人文社会空间和信息空间相融合的三元空间。地图制图的目的、人员、对象和环境等均发生巨大变化,地图的类型、空间对象、表达维度、地图角色等呈现出显著泛化特征,现有地图学理论无法引领和指导当代的地图实践。地图学理论亟待"突围"。从地图学研究的角度出发,重新梳理泛地图的对象空间理论、表达维度模型,以及表达机制与方法,构建适应新环境背景,满足地图新视角、新思维、新制图需求的泛地图学理论框架,以适应地图学在新时期发展的需要。  相似文献   

迟缓爱德华氏菌OppA蛋白的免疫原性及免疫保护分析          下载免费PDF全文

王妍妍  李贵阳  李杰  肖鹏  莫照兰 《海洋科学》2011,35(5):19-23

迟缓爱德华氏茵(Edwardsiella tarda)是水产养殖动物重要的病原茵,引起鱼类爱德华氏茵病,免疫防治是针对该病的一个有效途径.OppA是迟缓爱德华氏茵的一个寡肽透过酶组分,作者开展OppA的免疫原性及免疫保护性的研究,旨在评价其作为鱼类爱德华氏菌病疫苗候选抗原的可行性.将致病性的迟缓爱德华氏菌LSE40的o...  相似文献   

壳聚糖酶基因在解脂耶氏酵母中的表达及重组酶性质研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘万顺  王娇  杨艳  韩宝芹  董文  刘光磊  池振明 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2011,41(12):58-62

为构建高效表达壳聚糖酶工程菌株,以Microbacteriumsp.基因组为模板扩增壳聚糖酶基因,目的基因与表达载体pINA1317连接构建重组质粒,重组质粒NotⅠ酶切线性化后转化解脂耶氏酵母Y.liPolytica Po1h。所得结果为PCR扩增得到约1000bp的特异性片段,序列分析表明含有壳聚糖酶全长基因,开放阅读框801bp,编码266个氨基酸残基。转化子酶活力为10.4U/mL,是原菌株酶活力的3.15倍。重组蛋白经DEAE-Sepharose FF分离纯化,达到电泳纯,SDS-PAGE显示单一条带,分子量约41kDa。重组酶反应最适温度为45℃,最适pH为5.6,Km和Vmax分别是0.926mg/mL和6.15U/mL。质谱分析酶解产物主要为三糖和五糖。实现了壳聚糖酶在解脂耶氏酵母中的分泌表达,为壳聚糖酶的工业化生产奠定了理论基础。  相似文献   

地形变应变张量矩阵的不变量分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

刘序俨  季颖锋  黄声明  梁全强 《大地测量与地球动力学》2011,31(4):66-70

在给出正交曲线坐标系的有关位移向量及其全微分、位移梯度矩阵、应变张量矩阵的普适表达式的基础上,又给出了任意两种正交曲线坐标系下的应变张量矩阵的普适转换表达式,并指出:由于该变换矩阵为正交矩阵,故应变张量矩阵为相似矩阵.并对应变张量矩阵的几何物理性质进行了分析,指出任何一种正交曲线坐标系的应变张量矩阵都具有唯一不变的主应...  相似文献   

Empirical modeling of plate load test moduli of soil via gene expression programming     

Ali Mollahasani  Amir Hossein Alavi  Amir Hossein Gandomi 《Computers and Geotechnics》2011

New empirical models were developed to predict the soil deformation moduli using gene expression programming (GEP). The principal soil deformation parameters formulated were secant (E_s) and reloading (E_r) moduli. The proposed models relate E_s and E_r obtained from plate load-settlement curves to the basic soil physical properties. The best GEP models were selected after developing and controlling several models with different combinations of the influencing parameters. The experimental database used for developing the models was established upon a series of plate load tests conducted on different soil types at depths of 1–24 m. To verify the applicability of the derived models, they were employed to estimate the soil moduli of a part of test results that were not included in the analysis. The external validation of the models was further verified using several statistical criteria recommended by researchers. A sensitivity analysis was carried out to determine the contributions of the parameters affecting E_s and E_r. The proposed models give precise estimates of the soil deformation moduli. The E_s prediction model provides considerably better results in comparison with the model developed for E_r. The simplified formulation for E_s significantly outperforms the empirical equations found in the literature. The derived models can reliably be employed for pre-design purposes.  相似文献   

魁蚶(Scapharca broughtonii)半乳糖凝集素(SbGal)基因cDNA的克隆及表达分析   总被引：3，自引：2，他引：1  

郑利兵  吴彪  刘志鸿  周丽青  孙秀俊  田吉腾  杨爱国  郑言鑫 《海洋与湖沼》2015,46(5):1061-1070

半乳糖凝集素(Galectin)作为动物凝集素家族的一员,是一种重要的免疫因子,在脊椎动物和无脊椎动物中都参与了重要的免疫防御反应。为明确魁蚶(Scapharca broughtonii)半乳糖凝集素基因的结构特征、组织分布及其对病原菌刺激的免疫反应规律,本研究从构建的魁蚶转录组文库中筛选得到半乳糖凝集素基因部分序列,通过c DNA末端快速扩增(rapid amplication of c DNA ends,RACE)技术获得该基因c DNA全长序列(命名为Sb Gal)。序列和结构分析表明,该c DNA全长3120bp,编码554个氨基酸,是一个含有4个糖识别结构域(CRD)的且在双壳贝类中较为独特的半乳糖凝集素;预测蛋白的分子量(Mw)为63.3158 k Da,理论等电点(p I)为4.99。同源性及系统分析表明,Sb Gal基因与美洲牡蛎、合浦珠母贝、海湾扇贝galectin的同源性分别为70%、65%、46%,Sb Gal基因四个CRD彼此的相似性为36%—41%。实时荧光定量PCR(q RT-PCR)结果表明:Sb Gal m RNA在魁蚶血细胞、斧足、闭壳肌、外套膜、鳃和肝胰腺中均有表达,血细胞中的表达量最高,在肝胰腺中的表达量最低;注射鳗弧菌后,相对于对照组,Sb Gal基因在所检测的每个组织中m RNA水平上的表达量都显著上调(P0.01),而且表达量具有显著的时间依赖性和瞬时表达趋势,呈现先升高后降低的趋势。  相似文献   

性类固醇激素E₂、MT 对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)雌、雄生长差异的影响     

马细兰  张勇  陈勇智  周立斌 《海洋与湖沼》2015,46(6):1487-1493

性类固醇激素对动物生长有一定的影响, 但其对鱼类雌、雄生长差异的影响机理尚不清楚。 为进一步了解动物雌雄生长差异的内在原因, 本文通过在体注射和荧光定量PCR 方法, 比较了性类 固醇激素(E₂、MT)对尼罗罗非鱼雌鱼和雄鱼的生长及对垂体GH、肝脏GHR1、IGF-I mRNA 表达的 影响。结果表明: 性类固醇激素E₂ 和MT 对尼罗罗非鱼的生长及生长轴相关基因的表达均有显著的 影响, 并且这种影响存在明显的性别二态性。E₂ 明显促进雌鱼的生长但不显著影响雄鱼的生长, MT 显著促进雄鱼和雌鱼的生长; E₂ 可使雌鱼垂体GH 和肝脏GHR1 、IGF-I 的mRNA 水平显著升高 (P<0.05), 但降低雄鱼垂体GH和肝脏GHR1的mRNA表达; MT 显著提高雄鱼垂体GH和肝脏GHR1、 IGF-I mRNA 水平(P<0.05), 但降低雌鱼垂体GH 的mRNA 表达, 促进雌鱼肝脏GHR1 mRNA 的表达, 但对雄鱼肝脏GHR1 的促进作用明显大于雌鱼(P<0.05).上述结果表明, 性类固醇激素对不同性别尼 罗罗非鱼的生长及生长轴相关基因的mRNA 表达有不同的影响, 表现出明显的性别二态性, 提示不 同性别鱼体内性类固醇激素水平的不同可能是导致尼罗罗非鱼雌雄生长二态性的另一内在原因。  相似文献