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目的：通过生物信息学方法分析骨关节炎（OA）中软骨生成祖细胞（CPC）损伤的差异基因表达,并找出关键基因来预测可用于诊断或治疗CPC损伤的生物标志物及中药。方法：从GEO数据库下载CPC数据。共包含样本8 例。以R语言处理数据,得到差异表达基因。再使用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。对显著差异表达的前100个差异表达基因进行分析后绘制蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图。比较关键基因在OA组织及正常组织中的表达水平。筛选网络中显著模块及关键基因,最后预测作用于关键基因的中药。结果：共筛选出DEGs 1027个,其中上调基因327个,下调基因700个。DEGs 显著富集于细胞外基质（ECM）受体相互作用、金黄色葡萄球菌感染、粘着斑、人乳头瘤病毒感染、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、肺结核等通路。前7个关键基因为：基质金属肽酶3（MMP3）、脂多糖结合蛋白（LBP）、基质金属肽酶1（MMP1）、脂质运载蛋白（LCN2）、人血浆丝氨酸蛋白激酶（SERPINA5）、成纤维细胞生长因子23（FGF23）、颗粒酶B（GZMB）。其中MMP3和LBP为核心基因。MMP3和LBP出现显著表达,预测出治疗CPC损伤的潜在代表中药有黄芩、淫羊藿、桃仁等。结论：MMP3和LBP的显著表达有助于区分OA中的CPC,并且有望成为诊断和治疗CPC损伤的生物标志物。 相似文献
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