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【目的】了解巨砺属牡蛎的系统关系和种类区分。【方法】对我国沿海分布的7种巨砺属牡蛎(香港牡蛎、有明牡蛎、熊本牡蛎、岩牡蛎、艾氏牡蛎、太平洋牡蛎、葡萄牙牡蛎)的线粒体DNA片段(COI、12S、16S和tRNAs),以及核糖体RNA基因转录间隔子序列(ITS-1、ITS-2和ITS)进行分子系统学研究。【结果】无论种间或种内,tRNAs序列差异最大,亚种内TS1序列差异最大;tRNAs和COI序列较其它序列变异更快,种间变异与种内变异之间有明显的条形码间隙;12S、16S、ITS和ITS2的种间变异与种内变异无重叠及条形码间隙;ITS1的种间变异与种内变异出现重叠。在亚种层面,12S、ITS、ITS1和ITS2的亚种间变异与亚种内变异出现重叠;16S的亚种间变异与亚种内变异无重叠及条形码间隙;tRNAs与COI序列亚种间变异与亚种内变异之间有明显的条形码间隙,有利于区分亚种。【结论】tRNAs和COI序列可用于种及亚种的鉴定。 相似文献
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利用线粒体16S rRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因片段初步研究钦州湾牡蛎(Ostrea)的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16S rRNA基因部分长度为413bp,COⅠ基因部分长度为535bp,2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例:16S rRNA基因59.8%;COⅠ基因60.5%。对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,存在7个变异位点,4种单倍型,其中包括5个转换位点突变,2个颠换位点突变;COⅠ片段有30个碱基存在变异,7种单倍型,其中包括16个转换位点突变,14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)16S rRNA和COⅠ序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0.000,有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎(red meat ostrea)的遗传距离分别为0.000和0.011,白肉牡蛎16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0.035和0.146。结果表明,钦州湾牡蛎分为2个不同的种,线粒体16S rRNA和COⅠ基因在种间存在明显的多态性,证实了16S rRNA和COⅠ基因序列适用于牡蛎的系统学分析。 相似文献
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利用SSR标记分析广西凡纳滨对虾育种中心选育的凡纳滨对虾品种中抗传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)家系的遗传多样性,为凡纳滨对虾抗IHHNV育种亲本材料的选择提供参考。通过体外攻毒试验,从育种中心构建的凡纳滨对虾家系中筛选出抗IHHNV的家系,然后利用SSR标记对筛选出的抗IHHNV品种的遗传多样性进行分析。结果表明,6对引物在上述抗病毒品种中共检测到162个等位变异,每对引物平均为3个,引物的多态信息含量(PIC)在0.372 8～0.479 7之间,平均为0.434 1;抗病品种间的遗传相似系数平均为0.894 2,表明筛选出的抗病品种遗传多样性较高。 相似文献
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利用线粒体16SrRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（cvtocllrome oxidase Ⅰ，COI）基因片段初步研究钦州湾牡蛎（Ostxea）的物种组成。以特异引物进行PCR扩增，对扩增产物进行纯化、测序，分析表明，16SrRNA基因部分长度为413bp，COI基因部分长度为535bp，2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例：16SrRNA基因598％；COI基因605％。对位排序比较表明，16SrRNA片段种内个体间变异较小，存在7个变异位点，4种单倍型，其中包括5个转换位点突变，2个颠换位点突变；COI片段有30个碱基存在变异，7种单倍型，其中包括16个转换位点突变，14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎（Crassostrea hongkongensis）16SrRNA和COI序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0000，有明巨牡蛎（Crassostrea ariakensis）16SrRNA和COI序列和红肉牡蛎（redmeatostxea）的遗传距离分别为0000和0011，白肉牡蛎16SrRNA和COI序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0035和0146。结果表明，钦州湾牡蛎分为2个不同的种，线粒体16SrRNA和COI基因在种间存在明显的多态性，证实了16SrRNA和COI基因序列适用于牡蛎的系统学分析。 相似文献
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近江牡蛎i-型溶菌酶基因分析及温度对基因表达的影响 总被引：2，自引：0，他引：2
溶菌酶是机体先天免疫系统中一个重要的效应分子,参与机体多种免疫反应。本研究克隆了近江牡蛎Crassostrea hongkongensis i-型溶菌酶的保守cDNA序列,并探讨其在不同组织的表达、不同温度对其表达的影响。结果表明,近江牡蛎i-型溶菌酶保守cDNA序列长634 bp,包含一个长420 bp开放阅读框,编码139个氨基酸;其蛋白序列具有典型的i-型溶菌酶特征,包含特定氨基酸残基序列CL(E/L/R/H)C(I/M)C、部分高度保守序列SCG(P/Y)FQI和酶活性中心位点(Glu34、Asp45、Ser48、Trp61);另外,还发现一个新的氨基酸保守序列HNGGPRGC。i-型溶菌酶基因在近江牡蛎消化腺、肌肉、鳃、外套膜、唇瓣等5种组织的表达量以消化腺最高,鳃次之,肌肉最低。i-型溶菌酶基因的表达与温度相关,水温20—25℃,其表达量比较稳定;水温6℃或13℃,表达量都呈下降趋势;在27℃,表达量在整个实验过程都维持一个相对高的水平;在34℃,其表达量在第12小时达到最高,第48小时后急剧下降;表明温度可影响i-型溶菌酶基因表达,从而调节其免疫功能和对外环境的应激反应。 相似文献
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以企鹅珍珠贝(Pteria penguin)闭壳肌为样品,利用高盐+十二烷基硫酸钠(SDS)除去蛋白和多糖,用低盐+十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)进一步纯化DNA,建立一种贝类基因组DNA简便、安全、经济的提取方法。改进后的SDS-CTAB法提取的DNA纯度较高,无蛋白质和RNA污染;酶切和AFLP实验验证表明,所提取DNA可满足酶切分析和分子标记等实验的要求。 相似文献
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