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以克隆获得的可口革囊星虫(Phasolosma esculenta)、枝吻纽虫(Dendrorhynchus zhejiangensis)、泥蚶(Tegillarca granosa)、缢蛏(Sinonovacula constricta)、仿刺参(Apostichopus japonicus)和白肛海地瓜(Acaudina leucoprocta)6种无脊椎动物的铁结合蛋白基因为基础, 通过NCBI检索下载相应的氨基酸序列, 采用SingalP程序查找信号肽, 用TMHMM程序搜寻预测跨膜区, 采用Clustal W程序多序列比对, 构建进化树。对其编码蛋白的信号肽、跨膜区以及磷酸化位点等进行分析。结果表明, 6种动物的铁结合蛋白都没有信号肽, 也无跨膜区, 不可能是膜上的受体或定位于膜上, 均为胞外蛋白。泥蚶的ferritin有4个磷酸化位点, 仿刺参ferritin有10个, 枝吻纽虫有8个, 白肛海地瓜有9个, 可口革囊星虫和缢蛏的ferritin未搜寻到磷酸化位点。6种铁结合蛋白的疏水性有一定的差异, 最大值在1.0—1.6之间, 最小值在?3.3—?2.8之间。可口革囊星虫和仿刺参的铁结合区域特征序列完全相同, 与文昌鱼、缢蛏、泥蚶、牡蛎、盘鲍有2个氨基酸差异, 与人、小家鼠和叉尾有1个氨基酸差异。 相似文献
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于2011年3月、5月、8月和10月对大连沿海10个排污口及部分排污口的邻近水域分别采集水样, 对样本进行细菌总数3M试纸计数、2216E培养基和TCBS培养基培养并菌落计数, 对不同菌株进行16S rRNA基因克隆测序, 鉴定种属, 对细菌时间、空间的动态分布与群落结构及细菌分布与生态因子的相关性进行了分析。结果表明, 不同的排污口之间细菌总数差别很大, 数量在(1.6—500.0)×104cfu/mL之间; 排污口与其邻近水域差异明显, 排污口、邻近5m、100m和500m距离的细菌总数全年平均分别为77.94×104、 34.00×104、 4.520×104和0.448×104 cfu/mL。不同季节之间, 远距离水样季节性差异较大, 而排污口间季节性差异相对较小。在群落构成上, 假交替单胞菌属、肠杆菌科、假单胞菌属、弧菌属和希瓦氏菌属为优势菌属, 检出率较高, 数量较大。细菌分布与多种生态因子具有不同程度的相关。 相似文献
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宁波沿海陆源排污口假单胞菌属(Pseudomonas)分布特点 总被引:2,自引:2,他引:0
采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析, 得到2011年3月、5月、8月、10月份各排污口假单胞菌属的分布情况。结果表明, 宁波沿海陆源排污口中存在较多的假单胞菌属。在检出的假单胞菌属中, 维罗纳假单胞菌(Pseudomonas veronii)和莓实假单胞菌(Pseudomonas fragi)的含量相对较多, 分别占56.72%、13.904%; 排污口中假单胞菌属的数量存在季节性差异, 3月份、5月份假单胞菌的数量相对较多, 8月份和10月份较少, 推测与季节性温度变化有关; 假单胞菌属的含量与排污口的主要污染物有关, 氨氮含量较高的排污口假单胞菌属的含量更高。 相似文献